BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G27190.1 Length=1768 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg490038 jgi|Araly1|490038|fgenesh2_kg.6__3172__AT2G27190.1 2346 0.0 Ahg344468 jgi|Araly1|344468|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000810 2178 0.0 > Ahg490038 jgi|Araly1|490038|fgenesh2_kg.6__3172__AT2G27190.1 Length=1623 Score = 2346 bits (1270), Expect = 0.0 Identities = 1488/1593 (93%), Gaps = 15/1593 (1%) Strand=Plus/Plus Query 113 TTTAATTTCCC--A-A-AAAGAAAATATAAAGCACGTTCTTCGTCTCGGATTCAGAGAAA 168 ||||||||||| | | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 35 TTTAATTTCCCAAAGAGAAAAAAAATCTAAAGCACGTTCTTCGTCTCGGATTCAGA-AAA 93 Query 169 -CTAATCTTGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCAAAATCAAACGAGTTTCTTTGATAAT 227 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||| Sbjct 94 TCTAACCTTGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCACAAGCAAACGAGTTTCCTTCATAAT 153 Query 228 CTTCTTGCTAAGTGTTCTTGTTGAGTTTTGCTATGGAGGGTTCACAAGTGAATATGTCAG 287 |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 154 CTTCTTGCTATGTGTTCTTGTTGAGTTATGCCATGGAGGAATCACCAGTGAATATGTCAG 213 Query 288 AGGAAGTGATTTACCAGATGACATGCCACTAGACAGCGATGTTTTTGAAGTTCCTCCTGG 347 || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||| Sbjct 214 AGCAAGTGATTTACCAGATGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTTGCACTTCCTCCTGG 273 Query 348 TCCTAATTCACCTCAACAGGTTCATGTAACGCAAGGGAACCATGAAGGTAATGGAGTGAT 407 |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 274 TCCTAATTCACCACAACAAGTTCATGTAACGCAAGGGAATCATGAAGGTAACGGAGTGAT 333 Query 408 CATTTCTTGGGTGACTCCGGTTAAGCCCGGTTCTAAGACTGTTCAATATTGGTGTGAGAA 467 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| |||||| Sbjct 334 CATTTCTTGGGTGACTCCGGTTAAGCCTGGTTCAAATACTGTTCATTATTGGTTTGAGAA 393 Query 468 TGAGAAATCGAGGAAACAAGCAGAAGCAACAGTTAATACTTACCGGTTCTTTAATTACAC 527 ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||| Sbjct 394 TGAGAAATCGAAGAAGCAAGAAGAAGGAACCGTTAACACCTACCGGTTCTTTAATTACAC 453 Query 528 GTCTGGTTATATTCACCATTGCCTCATCGATGATTTGGAATTTGATACGAAATACTACTA 587 || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 454 TTCCGGTTACATCCACCATTGCCTCATCGATGATTTGGAATTTGATACGAAATATTACTA 513 Query 588 CGAAATTGGGAGTGGCAAGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTTATC-CCGCCTAAATCAG 646 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| || ||| Sbjct 514 CGAAATTGGGAGTGGCAAGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTCA-CTCCGCCTGAACCAG 572 Query 647 GCCCTGACGTACCTTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAA 706 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 573 GCCCTGACGTACCTTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAA 632 Query 707 ATAGTACGTTAAGCCATTATGAGATGAATCCGGGAAAAGGACAAGCGGTTCTGTTTGTAG 766 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 633 ATAGTACGTTAAGCCATTATGAGATGAATCCGGGAAAAGGACAGGCGGTTCTGTTTGTGG 692 Query 767 GAGACTTGTCTTACGCGGATCGCTACCCTAACCACGACAACAATAGATGGGATACTTGGG 826 |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 693 GAGACTTGTCTTACGCGGATCGATACCCTAACCATGACAACAATAGATGGGATACTTGGG 752 Query 827 GAAGGTTCGTTGAGCGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATGGACTGCTGGCAACCACG 886 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 753 GAAGGTTCGTTGAGAGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATGGACTCCTGGCAACCACG 812 Query 887 AAATCGACTTCGTTCCTGACATTGGTGAAATAGAACCATTCAAGCCTTTTATGAATCGGT 946 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 813 AAATCGACTTCGTTCCTGACATTGGTGAAACAGAACCATTCAAGCCATTTAAGAATCGGT 872 Query 947 ATCATACGCCACATAAGGCATCAGGAAGTATCTCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGG 1006 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 873 ATCATACGCCATATAAGGCATCAGGAAGTATCTCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGG 932 Query 1007 CGTCAGCTTATATTATTGTTATGTCATGTTACTCATCTTATGGGATATACACACCTCAAT 1066 |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||| Sbjct 933 CGTCAGCTTATATTATTGTTATGTCATGCTATTCTTCTTATGGGAAATACACACCTCAAT 992 Query 1067 ACAAATGGCTGGAAAAGGAGTTACAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATAG 1126 |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 993 ACAAATGGCTGGAAAAAGAGTTGCAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATCG 1052 Query 1127 TCTTAGTGCATAGCCCGTTTTAC-AGTAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACA 1185 ||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1053 TCTTAGTACATTGCCCGTTTTACCA-TAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACA 1111 Query 1186 TTGAGAGTCATGTACGAACAATGGTTTGTCAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGT 1245 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1112 TTGAGAGTCATGTACGAACAGTGGTTTGTCAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGT 1171 Query 1246 CATGTTCATGCCTATGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAATATTGCTTACAACATTGTCAAT 1305 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1172 CATGTTCATGCCTATGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAACATTGCTTACAACATTGTCAAT 1231 Query 1306 GGATTGTGTGAGCCAATATCGGATGAGTCAGCTCCTATATACATCACAATCGGGGATGGC 1365 ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1232 GGACTGTGTGAGCCAATACCGGATGAGTCAGCTCCTGTATACATCACAATCGGGGATGGA 1291 Query 1366 GGAAACTCGGAAGGCTTGCTTACCGACATGATGCAGCCACAACCAAAATACTCCGCGTTT 1425 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 1292 GGAAACTCGGAAGGCTTGGTTACTGACATGATGCAGCCACAACCCAAATACTCCGCTTTT 1351 Query 1426 CGAGAAGCTAGCTTTGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTC 1485 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1352 CGAGAAGCTAGCTTTGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTC 1411 Query 1486 AGCTGGAATCGGAACCAAGATGGGAACGCCGTGGCAGCAGATTCTGTGTGGTTGCTTAAT 1545 ||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1412 AGCTGGAATAGGAACCAAGATGGGAGCTCCATGGCAGCAGATTCTGTGTGGTTGCTTAAT 1471 Query 1546 CGGTTTTGGCGAGCTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAAAGACAAATTGAAGAA 1605 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || Sbjct 1472 CGGTTTTGGAGATCTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAAACACAAACTGAACAA 1531 Query 1606 GGTTTTATTTTTGCAGCAATT-CTAAACGAA-TAAATCAGTTAGTGACTGTTTTACGAGG 1663 |||| ||||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||| | | Sbjct 1532 GGTTGTATTTTTGCTGCAATTTCTAAA-GAAATAAATCAGTTTGTGATTGTTTTATAACG 1590 Query 1664 GT-TGTT-ATTGAGATTTGATTAAAACCTCCTC 1694 || | || ||||| ||||||| ||||||||||| Sbjct 1591 GTATTTTCATTGAAATTTGATCAAAACCTCCTC 1623 > Ahg344468 jgi|Araly1|344468|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000810 Length=1410 Score = 2178 bits (1179), Expect = 0.0 Identities = 1335/1412 (95%), Gaps = 4/1412 (0%) Strand=Plus/Plus Query 181 ATGAGTTCAAGATCTGACCTCAAAATCAAACGAGTTTCTTTGATAATCTTCTTGCTAAGT 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || Sbjct 1 ATGAGTTCAAGATCTGACCTCAAAATCAAACGAGTTTCTTTCATAATCTTCTTGTTATGT 60 Query 241 GTTCTTGTTGAGTTTTGCTATGGAGGGTTCACAAGTGAATATGTCAGAGGAAGTGATTTA 300 |||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 61 GTTCTTGTTGAGTTATGCCATGGAGGAATCACCAGTGAATATGTCAGAGCAAGTGATTTA 120 Query 301 CCAGATGACATGCCACTAGACAGCGATGTTTTTGAAGTTCCTCCTGGTCCTAATTCACCT 360 ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CCAGATGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTTGCATTTCCTCCTGGTCCTAATTCACCT 180 Query 361 CAACAGGTTCATGTAACGCAAGGGAACCATGAAGGTAATGGAGTGATCATTTCTTGGGTG 420 ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 181 CAACAAGTTCATTTAACGCAAGGGAACCATGAAGGTAATGGAGTGATTATTTCTTGGGTG 240 Query 421 ACTCCGGTTAAGCCCGGTTCTAAGACTGTTCAATATTGGTGTGAGAATGAGAAATCGAGG 480 |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 241 ACTCCGGTTAAGCCTGGTTCAAATACTGTTCATTATTGGTCTGAGAATGAGAAATCGAAG 300 Query 481 AAACAAGCAGAAGCAACAGTTAATACTTACCGGTTCTTTAATTACACGTCTGGTTATATT 540 ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || Sbjct 301 AAACAAGCAGAAGGAACCGTTAATACTTACCGATTCTTTAATTACACTTCTGGTTACATC 360 Query 541 CACCATTGCCTCATCGATGATTTGGAATTTGATACGAAATACTACTACGAAATTGGGAGT 600 || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CATCATTGCCTCATCAATGATTTAAAATTTGATACGAAATACTACTACGAAATTGGGAGT 420 Query 601 GGCAAGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTTATC-CCGCCTAAATCAGGCCCTGACGTACC 659 |||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 421 GGCAGGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTCA-CTCCGCCTAAACCAGGCCCTGACGTACC 479 Query 660 TTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAAATAGTACGTTAAG 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 TTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAAATAGTACGTTAAG 539 Query 720 CCATTATGAGATGAATCCGGGAAAAGGACAAGCGGTTCTGTTTGTAGGAGACTTGTCTTA 779 ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CCATTATGAGATGAATCCGGGGAAAGGACAGGCTGTTCTGTTTGTAGGAGACTTGTCTTA 599 Query 780 CGCGGATCGCTACCCTAACCACGACAACAATAGATGGGATACTTGGGGAAGGTTCGTTGA 839 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 CGCGGATCGTTACCCTAACCATGACAACAATAGATGGGATACTTGGGGAAGGTTCGTTGA 659 Query 840 GCGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATGGACTGCTGGCAACCACGAAATCGACTTCGT 899 | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 GAGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATTGACTGCTGGCAACCACGAAATCGACTTCGT 719 Query 900 TCCTGACATTGGTGAAATAGAACCATTCAAGCCTTTTATGAATCGGTATCATACGCCACA 959 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 720 TCCTGACATTGGTGAAATAGAACCATTCAAGCCTTTTATGAATCGGTATCATACGCCATA 779 Query 960 TAAGGCATCAGGAAGTATCTCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGGCGTCAGCTTATAT 1019 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 780 TAAGGCATCGGGAAGTATATCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGGCGTCGGCTTATAT 839 Query 1020 TATTGTTATGTCATGTTACTCATCTTATGGGATATACACACCTCAATACAAATGGCTGGA 1079 |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 840 TATTGTTATGTCGTGTTACTCGTCTTATGGGAAATACACACCTCAATACAAATGGCTCGA 899 Query 1080 AAAGGAGTTACAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATAGTCTTAGTGCATAG 1139 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | Sbjct 900 AAAGGAGTTGCAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATTGTCTTAGTACATTG 959 Query 1140 CCCGTTTTACAGTAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACATTGAGAGTCATGTA 1199 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CCCGTTATACAGTAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACATTGAGAGTCATGTA 1019 Query 1200 CGAACAATGGTTTGTCAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGTCATGTTCATGCCTA 1259 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CGAACAATGGTTTGTTAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGTCATGTTCATGCCTA 1079 Query 1260 TGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAATATTGCTTACAACATTGTCAATGGATTGTGTGAGCC 1319 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1080 TGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAACATTGCTTACAACATTGTCAATGGACTGTGTGAGCC 1139 Query 1320 AATATCGGATGAGTCAGCTCCTATATACATCACAATCGGGGATGGCGGAAACTCGGAAGG 1379 |||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1140 AATACCGGATGAGTCAGCTCCTGTATACATAACGATCGGGGATGGAGGAAACTCGGAAGG 1199 Query 1380 CTTGCTTACCGACATGATGCAGCCACAACCAAAATACTCCGCGTTTCGAGAAGCTAGCTT 1439 |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| Sbjct 1200 CTTGGTTACTGACATGATGCAGCCACAACCAAAATACTCCGCCTTTCGAGAACCTAGCTT 1259 Query 1440 TGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTCAGCTGGAATCGGAA 1499 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1260 TGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTCAGCTGGAATAGGAA 1319 Query 1500 CCAAGATGGGAACGCCGTGGCAGCAGATTCTGTGTGGTTGCTT-AATCGGTTTTGGCGAG 1558 ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||| Sbjct 1320 CCAAGATGGGAACTCTGTGGCAGCGGATTCTGTGTGGTTG-TTCAATCGGTTTTGGAGAG 1378 Query 1559 CTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAA 1590 ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 GTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAA 1410 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 66353206790 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5