BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27190.1
Length=1768
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490038 jgi|Araly1|490038|fgenesh2_kg.6__3172__AT2G27190.1 2346 0.0
Ahg344468 jgi|Araly1|344468|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000810 2178 0.0
> Ahg490038 jgi|Araly1|490038|fgenesh2_kg.6__3172__AT2G27190.1
Length=1623
Score = 2346 bits (1270), Expect = 0.0
Identities = 1488/1593 (93%), Gaps = 15/1593 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 TTTAATTTCCC--A-A-AAAGAAAATATAAAGCACGTTCTTCGTCTCGGATTCAGAGAAA 168
||||||||||| | | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 35 TTTAATTTCCCAAAGAGAAAAAAAATCTAAAGCACGTTCTTCGTCTCGGATTCAGA-AAA 93
Query 169 -CTAATCTTGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCAAAATCAAACGAGTTTCTTTGATAAT 227
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |||||
Sbjct 94 TCTAACCTTGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCACAAGCAAACGAGTTTCCTTCATAAT 153
Query 228 CTTCTTGCTAAGTGTTCTTGTTGAGTTTTGCTATGGAGGGTTCACAAGTGAATATGTCAG 287
|||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 154 CTTCTTGCTATGTGTTCTTGTTGAGTTATGCCATGGAGGAATCACCAGTGAATATGTCAG 213
Query 288 AGGAAGTGATTTACCAGATGACATGCCACTAGACAGCGATGTTTTTGAAGTTCCTCCTGG 347
|| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||
Sbjct 214 AGCAAGTGATTTACCAGATGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTTGCACTTCCTCCTGG 273
Query 348 TCCTAATTCACCTCAACAGGTTCATGTAACGCAAGGGAACCATGAAGGTAATGGAGTGAT 407
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 274 TCCTAATTCACCACAACAAGTTCATGTAACGCAAGGGAATCATGAAGGTAACGGAGTGAT 333
Query 408 CATTTCTTGGGTGACTCCGGTTAAGCCCGGTTCTAAGACTGTTCAATATTGGTGTGAGAA 467
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 334 CATTTCTTGGGTGACTCCGGTTAAGCCTGGTTCAAATACTGTTCATTATTGGTTTGAGAA 393
Query 468 TGAGAAATCGAGGAAACAAGCAGAAGCAACAGTTAATACTTACCGGTTCTTTAATTACAC 527
||||||||||| ||| |||| ||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 394 TGAGAAATCGAAGAAGCAAGAAGAAGGAACCGTTAACACCTACCGGTTCTTTAATTACAC 453
Query 528 GTCTGGTTATATTCACCATTGCCTCATCGATGATTTGGAATTTGATACGAAATACTACTA 587
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 454 TTCCGGTTACATCCACCATTGCCTCATCGATGATTTGGAATTTGATACGAAATATTACTA 513
Query 588 CGAAATTGGGAGTGGCAAGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTTATC-CCGCCTAAATCAG 646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| || |||
Sbjct 514 CGAAATTGGGAGTGGCAAGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTCA-CTCCGCCTGAACCAG 572
Query 647 GCCCTGACGTACCTTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAA 706
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 573 GCCCTGACGTACCTTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAA 632
Query 707 ATAGTACGTTAAGCCATTATGAGATGAATCCGGGAAAAGGACAAGCGGTTCTGTTTGTAG 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 633 ATAGTACGTTAAGCCATTATGAGATGAATCCGGGAAAAGGACAGGCGGTTCTGTTTGTGG 692
Query 767 GAGACTTGTCTTACGCGGATCGCTACCCTAACCACGACAACAATAGATGGGATACTTGGG 826
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 GAGACTTGTCTTACGCGGATCGATACCCTAACCATGACAACAATAGATGGGATACTTGGG 752
Query 827 GAAGGTTCGTTGAGCGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATGGACTGCTGGCAACCACG 886
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 753 GAAGGTTCGTTGAGAGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATGGACTCCTGGCAACCACG 812
Query 887 AAATCGACTTCGTTCCTGACATTGGTGAAATAGAACCATTCAAGCCTTTTATGAATCGGT 946
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 813 AAATCGACTTCGTTCCTGACATTGGTGAAACAGAACCATTCAAGCCATTTAAGAATCGGT 872
Query 947 ATCATACGCCACATAAGGCATCAGGAAGTATCTCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGG 1006
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 873 ATCATACGCCATATAAGGCATCAGGAAGTATCTCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGG 932
Query 1007 CGTCAGCTTATATTATTGTTATGTCATGTTACTCATCTTATGGGATATACACACCTCAAT 1066
|||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 933 CGTCAGCTTATATTATTGTTATGTCATGCTATTCTTCTTATGGGAAATACACACCTCAAT 992
Query 1067 ACAAATGGCTGGAAAAGGAGTTACAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATAG 1126
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 993 ACAAATGGCTGGAAAAAGAGTTGCAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATCG 1052
Query 1127 TCTTAGTGCATAGCCCGTTTTAC-AGTAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACA 1185
||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053 TCTTAGTACATTGCCCGTTTTACCA-TAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACA 1111
Query 1186 TTGAGAGTCATGTACGAACAATGGTTTGTCAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGT 1245
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 TTGAGAGTCATGTACGAACAGTGGTTTGTCAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGT 1171
Query 1246 CATGTTCATGCCTATGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAATATTGCTTACAACATTGTCAAT 1305
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 CATGTTCATGCCTATGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAACATTGCTTACAACATTGTCAAT 1231
Query 1306 GGATTGTGTGAGCCAATATCGGATGAGTCAGCTCCTATATACATCACAATCGGGGATGGC 1365
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 GGACTGTGTGAGCCAATACCGGATGAGTCAGCTCCTGTATACATCACAATCGGGGATGGA 1291
Query 1366 GGAAACTCGGAAGGCTTGCTTACCGACATGATGCAGCCACAACCAAAATACTCCGCGTTT 1425
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1292 GGAAACTCGGAAGGCTTGGTTACTGACATGATGCAGCCACAACCCAAATACTCCGCTTTT 1351
Query 1426 CGAGAAGCTAGCTTTGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTC 1485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352 CGAGAAGCTAGCTTTGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTC 1411
Query 1486 AGCTGGAATCGGAACCAAGATGGGAACGCCGTGGCAGCAGATTCTGTGTGGTTGCTTAAT 1545
||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 AGCTGGAATAGGAACCAAGATGGGAGCTCCATGGCAGCAGATTCTGTGTGGTTGCTTAAT 1471
Query 1546 CGGTTTTGGCGAGCTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAAAGACAAATTGAAGAA 1605
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
Sbjct 1472 CGGTTTTGGAGATCTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAAACACAAACTGAACAA 1531
Query 1606 GGTTTTATTTTTGCAGCAATT-CTAAACGAA-TAAATCAGTTAGTGACTGTTTTACGAGG 1663
|||| ||||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||| | |
Sbjct 1532 GGTTGTATTTTTGCTGCAATTTCTAAA-GAAATAAATCAGTTTGTGATTGTTTTATAACG 1590
Query 1664 GT-TGTT-ATTGAGATTTGATTAAAACCTCCTC 1694
|| | || ||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1591 GTATTTTCATTGAAATTTGATCAAAACCTCCTC 1623
> Ahg344468 jgi|Araly1|344468|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000810
Length=1410
Score = 2178 bits (1179), Expect = 0.0
Identities = 1335/1412 (95%), Gaps = 4/1412 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 181 ATGAGTTCAAGATCTGACCTCAAAATCAAACGAGTTTCTTTGATAATCTTCTTGCTAAGT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||
Sbjct 1 ATGAGTTCAAGATCTGACCTCAAAATCAAACGAGTTTCTTTCATAATCTTCTTGTTATGT 60
Query 241 GTTCTTGTTGAGTTTTGCTATGGAGGGTTCACAAGTGAATATGTCAGAGGAAGTGATTTA 300
|||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 GTTCTTGTTGAGTTATGCCATGGAGGAATCACCAGTGAATATGTCAGAGCAAGTGATTTA 120
Query 301 CCAGATGACATGCCACTAGACAGCGATGTTTTTGAAGTTCCTCCTGGTCCTAATTCACCT 360
||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCAGATGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTTGCATTTCCTCCTGGTCCTAATTCACCT 180
Query 361 CAACAGGTTCATGTAACGCAAGGGAACCATGAAGGTAATGGAGTGATCATTTCTTGGGTG 420
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 CAACAAGTTCATTTAACGCAAGGGAACCATGAAGGTAATGGAGTGATTATTTCTTGGGTG 240
Query 421 ACTCCGGTTAAGCCCGGTTCTAAGACTGTTCAATATTGGTGTGAGAATGAGAAATCGAGG 480
|||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 241 ACTCCGGTTAAGCCTGGTTCAAATACTGTTCATTATTGGTCTGAGAATGAGAAATCGAAG 300
Query 481 AAACAAGCAGAAGCAACAGTTAATACTTACCGGTTCTTTAATTACACGTCTGGTTATATT 540
||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 301 AAACAAGCAGAAGGAACCGTTAATACTTACCGATTCTTTAATTACACTTCTGGTTACATC 360
Query 541 CACCATTGCCTCATCGATGATTTGGAATTTGATACGAAATACTACTACGAAATTGGGAGT 600
|| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CATCATTGCCTCATCAATGATTTAAAATTTGATACGAAATACTACTACGAAATTGGGAGT 420
Query 601 GGCAAGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTTATC-CCGCCTAAATCAGGCCCTGACGTACC 659
|||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 GGCAGGTGGTCCAGACGGTTCTGGTTCTTCA-CTCCGCCTAAACCAGGCCCTGACGTACC 479
Query 660 TTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAAATAGTACGTTAAG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTACACATTTGGATTAATTGGGGATCTAGGACAAACTTATGACTCAAATAGTACGTTAAG 539
Query 720 CCATTATGAGATGAATCCGGGAAAAGGACAAGCGGTTCTGTTTGTAGGAGACTTGTCTTA 779
||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCATTATGAGATGAATCCGGGGAAAGGACAGGCTGTTCTGTTTGTAGGAGACTTGTCTTA 599
Query 780 CGCGGATCGCTACCCTAACCACGACAACAATAGATGGGATACTTGGGGAAGGTTCGTTGA 839
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CGCGGATCGTTACCCTAACCATGACAACAATAGATGGGATACTTGGGGAAGGTTCGTTGA 659
Query 840 GCGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATGGACTGCTGGCAACCACGAAATCGACTTCGT 899
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GAGAAGTGTTGCTTATCAACCTTGGATATTGACTGCTGGCAACCACGAAATCGACTTCGT 719
Query 900 TCCTGACATTGGTGAAATAGAACCATTCAAGCCTTTTATGAATCGGTATCATACGCCACA 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 720 TCCTGACATTGGTGAAATAGAACCATTCAAGCCTTTTATGAATCGGTATCATACGCCATA 779
Query 960 TAAGGCATCAGGAAGTATCTCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGGCGTCAGCTTATAT 1019
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 780 TAAGGCATCGGGAAGTATATCTCCATTGTGGTATTCCATCAAAAGGGCGTCGGCTTATAT 839
Query 1020 TATTGTTATGTCATGTTACTCATCTTATGGGATATACACACCTCAATACAAATGGCTGGA 1079
|||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 TATTGTTATGTCGTGTTACTCGTCTTATGGGAAATACACACCTCAATACAAATGGCTCGA 899
Query 1080 AAAGGAGTTACAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATAGTCTTAGTGCATAG 1139
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
Sbjct 900 AAAGGAGTTGCAAGGAGTGAATCGAACAGAGACGCCATGGCTTATTGTCTTAGTACATTG 959
Query 1140 CCCGTTTTACAGTAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACATTGAGAGTCATGTA 1199
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CCCGTTATACAGTAGCTATGTGCATCATTACATGGAAGGTGAAACATTGAGAGTCATGTA 1019
Query 1200 CGAACAATGGTTTGTCAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGTCATGTTCATGCCTA 1259
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CGAACAATGGTTTGTTAAATACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCAGGTCATGTTCATGCCTA 1079
Query 1260 TGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAATATTGCTTACAACATTGTCAATGGATTGTGTGAGCC 1319
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1080 TGAGAGATCGGAACGTGTTTCTAACATTGCTTACAACATTGTCAATGGACTGTGTGAGCC 1139
Query 1320 AATATCGGATGAGTCAGCTCCTATATACATCACAATCGGGGATGGCGGAAACTCGGAAGG 1379
|||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1140 AATACCGGATGAGTCAGCTCCTGTATACATAACGATCGGGGATGGAGGAAACTCGGAAGG 1199
Query 1380 CTTGCTTACCGACATGATGCAGCCACAACCAAAATACTCCGCGTTTCGAGAAGCTAGCTT 1439
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1200 CTTGGTTACTGACATGATGCAGCCACAACCAAAATACTCCGCCTTTCGAGAACCTAGCTT 1259
Query 1440 TGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTCAGCTGGAATCGGAA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1260 TGGGCACGGGTTGCTAGAGATTAAAAACAGAACTCATGCTTACTTCAGCTGGAATAGGAA 1319
Query 1500 CCAAGATGGGAACGCCGTGGCAGCAGATTCTGTGTGGTTGCTT-AATCGGTTTTGGCGAG 1558
||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||
Sbjct 1320 CCAAGATGGGAACTCTGTGGCAGCGGATTCTGTGTGGTTG-TTCAATCGGTTTTGGAGAG 1378
Query 1559 CTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAA 1590
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GTCAAAAGAAGACATGGCTTGATGCATTTTAA 1410
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 66353206790
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5