BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27210.1
Length=3816
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481616 jgi|Araly1|481616|fgenesh2_kg.4__676__AT2G27210.1 5084 0.0
Ahg919586 jgi|Araly1|919586|scaffold_100867.1 3458 0.0
Ahg472815 jgi|Araly1|472815|fgenesh2_kg.1__2769__AT1G25540.1 58.4 4e-07
Ahg358332 jgi|Araly1|358332|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002119 52.8 2e-05
> Ahg481616 jgi|Araly1|481616|fgenesh2_kg.4__676__AT2G27210.1
Length=3670
Score = 5084 bits (2753), Expect = 0.0
Identities = 3055/3195 (96%), Gaps = 44/3195 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 TTTTTCCGGGAAGATCTCACCGGAGAAAAGCT-AGCTAGGGTTTCTCCACCGTGAAGATT 169
||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 89 TTTTTCCGGTAGGATCTCACCGGAGAAAAGCTAAGCTAGGGTTTCTCTATCGTGAAGATT 148
Query 170 CTAGAAGCGAGAA-TTTGGAATTTGCTAATTAAGAAGATGTGTTACGATCTTTCTTAATT 228
| ||||||| || ||| |||||||||||||||||||| || | | |||||||||
Sbjct 149 TTCGAAGCGACAACTTT-GAATTTGCTAATTAAGAAGA--TG-T--G----TTCTTAATT 198
Query 229 AAAAAAGCATTGAAATTGACGAATTTAGGGTTGTGAAAAATATGGATTTGGATTCTTCAA 288
|| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 199 --AAGAGCTTTGAAATTGACG-ATTTAGGGTTGTGAAAAA-ATGGATTTGGATTCATCTA 254
Query 289 TGGTACCAGAGAATGATCAAGATCCTATTGCTACGTCTGAGAAT---CAATCTCCTATGG 345
||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 255 TGGTACCAGAGAATGATGAAGATCCTGTTGCTACGCCTGAGAATCACCAATCTCCTATGG 314
Query 346 AG-GAGAA-AG-AAGAAGC-GTCTGA-GCAACAAACCGGATCCGAATCCGAATCGGCGTC 400
|| |||| | || ||| || | | || |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 AGAAAGAAGCGTCAG-AGCAATC-AACGGAAGAAACTGGATCCGAATCCGAATCGGCGTC 372
Query 401 TTTGACTCCTTCTCTTCCTCCTCCTTCGCAGCAACAACAACAACAGCAGCAACAGCCGCA 460
||||||||| || ||| ||||||| |||||| ||||| | | | | || ||
Sbjct 373 TTTGACTCC-TC-CTT-CTCCTCCGTCGCAG---------CAACA--A-C-A-A-CCTCA 414
Query 461 GGTAACGGCGGTGGTTGGTCCGAGATGTGCGCCAACGTATTCGGTTGTGAATGCTATAAT 520
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GGTAACGACGGTGGTTGGTCCGAGATGTGCGCCAACGTATTCGGTTGTGAATGCTATAAT 474
Query 521 CGAGAAGAAAGAAGATGGTCCTGGTCCTAGATGTGGACATACGCTGACGGCGGTTCCTGC 580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 475 AGAGAAGAAAGAAGATGGTCCTGGTCCTAGATGTGGACATACGTTGACGGCGGTTCCGGC 534
Query 581 TGTTGGTGAAGAAGGGACGTCTTCTTATATTGGCCCGAGACTGATCTTGTTTGGTGGTGC 640
|||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 535 GGTTGGTGAGGAAGGGACGTCTGGTTATATTGGACCGAGACTGATTTTGTTTGGTGGTGC 594
Query 641 TACTGCTCTTGAGGGTAATTCTGGAGGAACGGGAACACCTACTTCAGCTGGAAGTGCTGG 700
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 595 TACTGCTCTTGAGGGTAATTCTGGAGGAACAGGAACACCTACTTCAGCTGGAAGTGCCGG 654
Query 701 CATTCGGTTAGCTGGTGCAACCGCTGATGTTCATTGTTATGATGTTCTTTCTAATAAGTG 760
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 655 CATTCGACTAGCTGGTGCAACGGCTGATGTTCATTGTTATGATGTTCTTACTAATAAGTG 714
Query 761 GTCGAGGCTTACACCTTATGGAGAACCACCTAGTCCAAGAGCTGCTCATGTTGCTACTGC 820
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GTCGAGGCTTACACCATATGGAGAACCACCTAGTCCAAGAGCTGCTCATGTTGCTACTGC 774
Query 821 TGTTGGGACCATGGTAGTAATTCAGGGGGGAATAGGTCCTGCTGGTTTATCAGCTGAGGA 880
||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 TGTTGGGACTATGGTAGTCATTCAGGGTGGAATAGGTCCTGCTGGTTTATCAGCTGAGGA 834
Query 881 TCTTCACGTTCTTGATCTCACACAGCAACGGCCACGATGGCACAGGGTTGTTGTTCAGGG 940
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TCTTCACGTTCTTGATCTCACTCAGCAACGGCCACGATGGCACAGGGTTGTTGTTCAGGG 894
Query 941 TCCTGGACCAGGACCACGTTATGGACATGTCATGGCACTGGTAGGACAGAGGTATCTCAT 1000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TCCTGGACCAGGACCACGTTATGGACATGTCATGGCACTGGTAGGACAGAGGTATCTCAT 954
Query 1001 GGCAATTGGTGGAAATGATGGGAAACGTCCATTAGCTGATGTATGGGCTTTGGACACTGC 1060
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GGCAATTGGTGGAAATGATGGAAAACGTCCATTAGCTGATGTATGGGCTTTGGACACTGC 1014
Query 1061 TGCCAAACCTTATGAATGGCGTAAGCTGGAACCGGAAGGGGAAGGTCCACCACCATGCAT 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1015 TGCCAAACCTTATGAATGGCGTAAGCTGGAACCGGAAGGGGAAGGTCCACCTCCATGCAT 1074
Query 1121 GTATGCAACTGCAAGTGCGCGATCTGATGGCCTTCTTCTTCTCTGTGGTGGAAGAGATGC 1180
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GTATGCAACTGCAAGTGCGCGGTCTGATGGCCTTCTTCTTCTCTGTGGTGGAAGAGATGC 1134
Query 1181 GAATAGTGTGCCCCTAGCAAGTGCATATGGACTTGCCAAGCACAGAGATGGACGTTGGGA 1240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GAATAGTGTGCCCCTAGCAAGTGCATATGGACTTGCCAAGCACAGAGATGGACGTTGGGA 1194
Query 1241 ATGGGCCATAGCCCCAGGTGTCTCCCCTTCTGCCAGATACCAGCATGCTGCAGTCTTTGT 1300
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ATGGGCCATTGCCCCTGGTGTCTCCCCTTCTGCCAGATACCAGCATGCTGCAGTCTTTGT 1254
Query 1301 AAATGCAAGACTCCATGTCTCTGGTGGGGCACTTGGTGGTGGACGCATGGTAGAAGACTC 1360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 AAATGCAAGACTCCATGTCTCTGGTGGGGCACTTGGTGGTGGACGCATGGTAGAAGACTC 1314
Query 1361 GTCCAGTGTTGCAGTGTTGGATACTGCAGCAGGTGTTTGGTGTGATACAAAATCGGTTGT 1420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GTCCAGTGTTGCAGTGTTGGATACTGCAGCAGGTGTTTGGTGTGATACAAAATCGGTTGT 1374
Query 1421 TACTAGTCCTAGAACTGGTAGGTATAGTGCTGACGCAGCTGGTGGTGATGCTTCTGTTGA 1480
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TACTAGTCCTAGAACTGGTAGGTATAGCGCTGACGCAGCTGGTGGTGATGCTTCTGTTGA 1434
Query 1481 GCTGACTAGGCGATGCAGGCATGCTGCTGCTGCAGTGGGTGATTTGATATTCATCTATGG 1540
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 GCTGACTAGGCGTTGCAGGCATGCTGCTGCTGCAGTGGGTGATTTGATATTCATCTATGG 1494
Query 1541 TGGGTTGCGTGGAGGAGTTTTACTTGATGACCTATTGGTTGCTGAAGATCTTGCTGCAGC 1600
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1495 TGGTTTGCGTGGAGGAGTGTTACTTGATGACCTATTGGTTGCTGAAGATCTTGCTGCGGC 1554
Query 1601 GGAAACAACATCTGCTGCCTCTCATGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCAACAAACACGCCACC 1660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1555 GGAAACAACATCTGCTGCCTCTCATGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCAACAAACTCACCACC 1614
Query 1661 TGGCCGTTCACCTGGAAGATATGGATTTTCTGATGAAAGGACAGGGGAGCTACCAGAATC 1720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TGGCCGTTCACCTGGAAGATATGGATTTTCTGATGAAAGAACAGGGGAGCTACCAGAATC 1674
Query 1721 AGCTCCTGACGCTGTGGTGCTGGGAAGCCCTGTTGCACCCCCTGTAAATGGTGATATGTA 1780
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AGCTCCTGACTCTGTGGTGCTGGGAAGCCCTGTTGCACCCCCTGTAAATGGTGATATGTA 1734
Query 1781 TACTGATATTAGCACTGAAAATGCAATGGTTCCAGGAATTCGGAGAACAAGCAAGGGTGT 1840
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TACTGATATAAGCACTGAAAATGCAATGGTTCCAGGAACTCGGAGAACAAGCAAGGGTGT 1794
Query 1841 GGAGTATCTTGTTGAAGCATCTGCTGCGGAAGCCGAGGCTATCAGTGCAACATTAGCTGC 1900
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 GGAGTATCTCGTTGAAGCATCTGCTGCGGAAGCCGAGGCTATCAGTGCAACATTAGCTGC 1854
Query 1901 TGCGAAGGCACGACAGGTCAATGGGGAAGTTGAACTTCCAGATAGGGATCGTGGTGCTGA 1960
||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TGCGAAGGCACGACAGGTCAACGGTGAAGTTGAACTCCCAGATAGGGATCGTGGTGCTGA 1914
Query 1961 GGCTACGCCCAGTGGAAAACCTTCATTATCATTGATTAAGCCTGATTCTGCAGTACCAAA 2020
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1915 GGCTACACCCAGTGGAAAACCTTCATTATCATTGATTAAGCCTGATTCTGCAGTACCGAA 1974
Query 2021 TAGTGTTATTCCTGCAGGGGTTCGACTTCATCATAGAGCTGTGGTGGTTGCTGCAGAAAC 2080
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1975 CAGTGTTATTCCTGCAGGCGTTCGACTGCATCATAGAGCTGTGGTGGTTGCCGCAGAAAC 2034
Query 2081 AGGTGGAGCCTTAGGTGGAATGGTTAGACAGTTATCCATTGATCAATTTGAAAATGAGGG 2140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 AGGTGGAGCCTTAGGTGGAATGGTTAGACAGTTATCCATTGATCAATTTGAAAATGAGGG 2094
Query 2141 ACGCCGTGTTAGTTATGGGACACCCGAAAGTGCAACAGCAGCTAGGAAATTATTAGATCG 2200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2095 ACGCCGTGTTAGTTATGGGACACCCGAAAGTGCAACAGCAGCAAGGAAATTATTAGATCG 2154
Query 2201 TCAGATGTCAATCAATAGTGTTCCGAAAAAGGTTGTAGCTCATCTTTTGAAGCCTCGGGG 2260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TCAGATGTCAATCAATAGTGTTCCGAAAAAGGTTGTAGCTCATCTTTTGAAGCCTCGGGG 2214
Query 2261 GTGGAAGCCTCCAGTTCGTCGCCAGTTTTTCTTGGATTGCAATGAAATAGCTGATCTTTG 2320
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 GTGGAAGCCTCCAGTTCGACGCCAGTTTTTCTTGGATTGCAATGAAATAGCTGATCTTTG 2274
Query 2321 CGACAGTGCAGAACGTATCTTCTCAAGCGAACCTACTGTGTTACAGCTTAAAGCTCCTAT 2380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 CGACAGTGCAGAACGTATCTTCTCAAGCGAACCTACTGTGTTACAGCTTAAAGCTCCTAT 2334
Query 2381 TAAGATATTTGGTGATTTGCATGGCCAGTTTGGGGATCTCATGCGCCTTTTTGATGAATA 2440
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 TAAGATATTTGGTGATTTGCATGGTCAGTTTGGGGATCTCATGCGCCTTTTTGATGAATA 2394
Query 2441 TGGTTCACCATCAACAGCTGGAGACATATCATACATCGATTACCTCTTCTTAGGAGACTA 2500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2395 TGGTTCACCATCAACAGCTGGAGACATATCATACATCGATTACCTCTTCTTAGGGGACTA 2454
Query 2501 TGTTGATCGGGGTCAACACAGCCTAGAGACAATTACACTTCTGCTTGCTTTAAAGGTTGA 2560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2455 TGTTGATCGGGGTCAACACAGCCTAGAGACAATTACACTTCTGCTTGCGTTAAAGGTTGA 2514
Query 2561 ATACCAACATAACGTACACCTGATTCGTGGAAATCATGAAGCTGCCGACATTAATGCACT 2620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2515 ATACCAACATAACGTACACCTGATTCGTGGAAATCATGAAGCTGCTGACATTAATGCCCT 2574
Query 2621 TTTTGGTTTCCGGATAGAGTGTATTGAGCGAATGGGTGAACGTGATGGGATCTGGGTGTG 2680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 TTTTGGTTTCCGGATAGAGTGTATTGAGCGAATGGGTGAACGTGATGGGATCTGGGTGTG 2634
Query 2681 GCATCGAATAAACCGTTTATTCAATTGGCTACCTCTGGCTGCACTGATTGAGAAGAAAAT 2740
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 GCACCGAATAAACCGTTTATTCAATTGGCTACCTCTGGCTGCACTGATTGAGAAGAAAAT 2694
Query 2741 CATCTGTATGCATGGGGGAATTGGTCGGTCGATAAATCATGTGGAGCAGATAGAAAATAT 2800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2695 TATCTGTATGCATGGGGGAATTGGTCGGTCGATAAATCATGTGGAACAGATAGAAAATAT 2754
Query 2801 CCAACGTCCAATTACGATGGAAGCAGGCTCAATTGTACTTATGGATTTATTATGGTCGGA 2860
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2755 CCAACGTCCAATTACGATGGAAGCTGGCTCAATTGTACTTATGGATTTACTATGGTCGGA 2814
Query 2861 TCCAACTGAAAATGACAGTGTCGAAGGTTTAAGGCCCAATGCTAGAGGCCCTGGGTTGGT 2920
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 TCCAACTGAAAATGACAGTGTTGAAGGTTTAAGACCCAATGCTAGAGGCCCTGGGTTGGT 2874
Query 2921 TACTTTTGGGCCTGACCGTGTCATGGAGTTTTGCAACAACAATGATCTGCAATTGATTGT 2980
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2875 TACCTTCGGGCCTGACCGTGTCATGGAGTTTTGCAACAACAATGATCTTCAATTGATTGT 2934
Query 2981 ACGTGCGCATGAATGCGTGATGGACGGATTTGAGCGTTTTGCCCAAGGTCATTTGATAAC 3040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 ACGTGCGCATGAATGCGTGATGGACGGATTTGAGCGTTTCGCCCAAGGTCATTTGATAAC 2994
Query 3041 GCTCTTTTCGGCAACAAATTATTGTGGTACCGCAAACAATGCCGGGGCTATCTTGGTGTT 3100
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 GCTCTTTTCGGCAACAAACTATTGTGGTACTGCAAACAATGCCGGGGCTATCTTGGTGTT 3054
Query 3101 GGGGAGAGATCTTGTGGTGGTTCCTAAGCTTATCCATCCATTGCCTCCAGCGATAACCTC 3160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3055 GGGGAGAGATCTTGTGGTGGTTCCTAAGCTTATCCATCCATTGCCTCCAGCAATTACCTC 3114
Query 3161 ACCTGAAACTTCACCAGAAAGACATATAGAGGATACATGGATGCAGGAGTTAAACGTAAA 3220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3115 ACCTGAAACTTCACCAGAAAGACATATAGAGGATACATGGATGCAGGAGTTAAACGCAAA 3174
Query 3221 TAGACCACCAACACCAACAAGAGGACGCCCACAAAATCCAAATGACCGCGGCTCTCTTGC 3280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3175 TAGACCACCAACACCAACAAGAGGACGCCCACAAAATCCAAATGACCGTGGCTCTCTTGC 3234
Query 3281 TTGGATATAAACCCT 3295
|||||||||| ||||
Sbjct 3235 TTGGATATAACCCCT 3249
Score = 357 bits (193), Expect = 3e-97
Identities = 345/410 (84%), Gaps = 43/410 (10%)
Strand=Plus/Plus
Query 3338 TCCTGACAGCCGCCTCTAGGTGATCCTCATGTTGTGTACAGAACCAACCAAACCATTCAA 3397
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 3249 TCCCGACAGCCGCCTCTTGGTGATCCTCATGTTGTGTACAGATCCAACCAAACCGTTCAA 3308
Query 3398 TTATCGATTGCTATTTACCAACGAGATGGATCA-ATGAGGGTTTTGAGTTATCGAAGAAT 3456
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||| |||
Sbjct 3309 TTATCGATTGCTATTTACCAACGAGATGGATCACACGAGGGTTCTGAGATATCGG-GAAA 3367
Query 3457 T-TCACAGGTTAAGTTCATTCAAGTCAGATGATGAAAGGGTAAAGAATTTG----T---- 3507
| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 3368 TATCACAGGTTAAGTTCA---A-GTCAGATGATGAAAGGGTAAAAAATTTGGAGGTGGTG 3423
Query 3508 AGTA---G--TAGTGAGGAGGAAGAGTAtttgttttgtaaaaggggttttctcattttta 3562
|||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 3424 AGTAACTGAGTAGTGAGGAGGAAGAGTATTTGTTGGGTAAAAGGGTTTTTGTCATTTTTA 3483
Query 3563 ttcatatatttgattttcttcactttgctttt--tt--tcTT-AGTA-TTGA-TTATATA 3615
||||||||||||||||||||||||||| |||| || | || | || |||| |||||||
Sbjct 3484 TTCATATATTTGATTTTCTTCACTTTGTTTTTGCTTAGTATTGATTAATTGAATTATATA 3543
Query 3616 TGTGGTATTGGACTTTTGGTGAGGGACACAAA-CAGGAGAGTGAGTAGGAGGAGGATTTT 3674
||||||||||| |||||||||||||||||||| | || | | |||| | || |
Sbjct 3544 TGTGGTATTGGGCTTTTGGTGAGGGACACAAAACGGGCG-G-GAGT-G-AG-----T--- 3591
Query 3675 AGAGGTTGTTTTAGTTTTGGGGTATTTATGTATCATAGAGAGGTGTGTTT 3724
|| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3592 AG-G-T-GTATTAGTTTTGGGGTATTTATGTATCATAGAGAGGTGTTTTT 3638
Score = 91.6 bits (49), Expect = 4e-17
Identities = 54/56 (96%), Gaps = 2/56 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 aaaaaaaaaaaaaCTGGGAAGAAGAA-A-GAACAAACTCATTTTCAAATTCTCCGA 89
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 32 AAAAAAAAAAAAACTGGGAAGAAGAAGAAGAACAAACTCATTTTCAAATTCTCCGA 87
> Ahg919586 jgi|Araly1|919586|scaffold_100867.1
Length=3095
Score = 3458 bits (1872), Expect = 0.0
Identities = 2515/2829 (89%), Gaps = 29/2829 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 474 GTTGGTCCGAGATGTGCGCCAACGTATTCGGTTGT-GAATGCTATAATCGAGAAGAAAGA 532
||||||||||| ||||| || ||||||||||| || | ||||||| || || || |||||
Sbjct 255 GTTGGTCCGAGGTGTGCACCTACGTATTCGGTGGTCG-ATGCTATGATGGATAAAAAAGA 313
Query 533 AGATGGTCCTGGTCCTAGATGTGGACATACGCTGACGGCGGTTCCTGCTGTTGGTGAAGA 592
||||| ||||| ||||| ||||| || ||| ||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 314 GGATGGCCCTGGCCCTAGGTGTGGTCACACGTTGACGGCTGTGCCTGCTGTTGGTGATGA 373
Query 593 AGGGACGTCTTCTTATATTGGCCCGAGAC-TGATCTTGTTTGGTGGTGCTACTGCTCTTG 651
||| ||| || ||| ||||| || | | || | |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 374 AGGAACGCCTGGTTACATTGGTCCTCGTCTTG-TATTGTTTGGTGGTGCGACGGCTCTTG 432
Query 652 AGGGTAATTCTGGAGGAACGGGAACACCTACTTCAGCTGGAAGTGCTGGCATTCGGTTAG 711
||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 433 AGGGTAATTCTGGTGGCACCGGAACTCCAACTTCAGCTGGAAGTGCCGGCATTCGGCTAG 492
Query 712 CTGGTGCAACCGCTGATGTTCATTGTTATGATGTTCTTTCTAATAAGTGGTCGAGGCTTA 771
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 493 CTGGTGCAACTGCTGATGTTCATTGTTATGATGTACTTTCTAATAAGTGGACTAGGCTTA 552
Query 772 CA-CCTTATGGAGAACCACCTAGTCCAAGAGCTGCTCATGTTGCTACTGCTGTTGGGACC 830
|| |||| |||||||||||| | || || || || |||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 553 CACCCTT-TGGAGAACCACCAACCCCGAGGGCCGCACATGTTGCCACTGCAGTCGGGACC 611
Query 831 ATGGTAGTAATTCAGGGGGGAATAGGTCCTGCTGGTTTATCAGCTGAGGATCTTCACGTT 890
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||
Sbjct 612 ATGGTAGTTATTCAGGGTGGAATTGGTCCTGCTGGTTTATCGGCTGAAGACCTTCATGTT 671
Query 891 CTTGATCTCACACAGCAACGGCCACGATGGCACAGGGTTGTTGTTCAGGGTCCTGGACCA 950
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 CTTGATCTCACTCAACAACGGCCACGATGGCACAGGGTTGTTGTTCAGGGTCCTGGACCA 731
Query 951 GGACCACGTTATGGACATGTCATGGCACTGGTAGGACAGAGGTATCTCATGGCAATTGGT 1010
||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 732 GGACCGCGTTATGGACATGTCATGGCACTCGTGGGACAAAGGTATCTCATGGCAATTGGT 791
Query 1011 GGAAATGATGGGAAACGTCCATTAGCTGATGTATGGGCTTTGGACACTGCTGCCAAACCT 1070
|||||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 792 GGAAATGACGGAAAACGTCCACTCGCTGATGTATGGGCCTTGGATACTGCCGCCAAGCCT 851
Query 1071 TATGAATGGCGTAAGCTGGAACCGGAAGGGGAAGGTCCACCACCATGCATGTATGCAACT 1130
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 852 TATGAATGGCGTAAGCTGGAACCAGAAGGGGAAGGTCCACCTCCCTGCATGTATGCAACT 911
Query 1131 GCAAGTGCGCGATCTGATGGCCTTCTTCTTCTCTGTGGTGGAAGAGATGCGAATAGTGTG 1190
||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 912 GCAAGTGCGCGTTCCGATGGTCTTCTTCTCCTCTGTGGTGGAAGGGATGCAAACAGTGTG 971
Query 1191 CCCCTAGCAAGTGCATATGGACTTGCCAAGCACAGAGATGGACGTTGGGAATGGGCCATA 1250
|| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 CCTCTGGCCAGTGCATATGGACTTGCGAAGCATAGAGATGGACGTTGGGAATGGGCCATA 1031
Query 1251 GCCCCAGGTGTCTCCCCTTCTGCCAGATACCAGCATGCTGCAGTCTTTGTAAATGCAAGA 1310
||||| |||||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 GCCCCTGGTGTCTCACCATCTTCCAGATATCAGCATGCAGCAGTCTTTGTAAATGCAAGA 1091
Query 1311 CTCCATGTCTCTGGTGGGGCACTTGGTGGTGGACGCATGGTAGAAGACTCGTCCAGTGTT 1370
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1092 CTTCATGTGTCCGGTGGGGCACTTGGTGGTGGACGCATGGTTGAAGACTCATCCAGTGTT 1151
Query 1371 GCAGTGTTGGATACTGCAGCAGGTGTTTGGTGTGATACAAAATCGGTTGTTACTAGTCCT 1430
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1152 GCAGTATTGGATACTGCAGCAGGTGTATGGTGTGATACGAAATCAGTTGTTACTAGTCCT 1211
Query 1431 AGAACTGGTAGGTATAGTGCTGACGCAGCTGGTGGTGATGCTTCTGTTGAGCTGACTAGG 1490
||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1212 AGAACCGGCAGGTATAGTGCCGATGCAGCTGGTGGTGATGCTTCGGTTGAGCTGACTAGG 1271
Query 1491 CGATGCAGGCATGCTGCTGCTGCAGTGGGTGATTTGATATTCATCTATGGTGGGTTGCGT 1550
|| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || || |||
Sbjct 1272 CGTTGTAGGCATGCTGCTGCTGCAGTCGGTGATTTGATATTTATCTACGGCGGTTTACGT 1331
Query 1551 GGAGGAGTTTTACTTGATGACCTATTGGTTGCTGAAGATCTTGCTGCAGCGGAAACAACA 1610
||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1332 GGAGGGGTGTTACTCGATGACTTATTGGTTGCTGAAGATCTTGCTGCTGCGGAAACAACA 1391
Query 1611 TCTGCTGCCTCTCATGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCAACAAACACGCCACCTGGCCG-TTC 1669
| |||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||| | ||||| || || ||
Sbjct 1392 TATGCTGCTTCTCATGCTGC--C-GCAGCTGCGGCAACAAATTCCCCACCAGGTCGATT- 1447
Query 1670 ACCTGGAAGATATGGATTTTCTGATGAAAGG-ACAGGGGAGCTACCAGAATCAGCTC-CT 1727
||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| || | |||||||| | ||
Sbjct 1448 ACCTGGAAGGTATGGTTTTTCAGATGAAAGGAACA-GGGAGTTATCTGAATCAGC-CGCT 1505
Query 1728 GA---CGCTGTGGTGCTGGGAAGCCCTGTTGCACCCCCTGTAAATGGTGATATGTATACT 1784
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1506 GATGGCGCTGTTGTGCTGGGAAGCCCTGTTGCACCCCCTGTAAATGGTGATATGCATACT 1565
Query 1785 GATATTAGCACTGAAAATGCAATGGTTCCAGGAATTCGGAGAAC-AAGCAAGGGTGTGGA 1843
||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1566 GATATTAGCCCTGAAAATGCATTACTTCCAGGAACTCGGAGAACGAA-TAAGGGTGTGGA 1624
Query 1844 GTATCTTGTTGAAGCATCTGCTGCGGAAGCCGAGGCTATCAGTGCAACATTAGCTGCTGC 1903
|||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||
Sbjct 1625 GTATCTTGTTGAAGCATCAGCAGCGGAAGCTGAGGCGATCAGTGCTACGTTGGCTGCTGC 1684
Query 1904 GAAGGCACGACAGGTCAATGGGGAAGTTGAACTTCCAGATAGGGATCGTGGTGCTGAGGC 1963
||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1685 CAAGGCACGACAAGTCAATGGTGAAGTTGAACTCCCAGATAGGGATTGTGGTGCAGAGGC 1744
Query 1964 TACGCCCAGTGGAAAACCTTCATTATCATTGATTAAGCCTGATTCTGCAGTACCAAAT-A 2022
||| || ||||| |||||| |||| || | || ||||| |||||| | | | ||| |
Sbjct 1745 TACACCTAGTGGGAAACCTACATTTTCGCTAATCAAGCCAGATTCTATGGGATC-AATGA 1803
Query 2023 GTGTTATTCCTGCAGGGGTTCGACTTCATCATAGAGCTGTGGTGGTTGCTGCAGAAACAG 2082
|||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1804 GTGTTACTCCTGCAGGGATTCGTCTTCATCATAGAGCCGTGGTGGTTGCTGCAGAAACTG 1863
Query 2083 GTGGAGCCTTAGGTGGAATGGTTAGACAGTTATCCATTGATCAATTTGAAAATGAGGGAC 2142
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 GTGGCGCCTTAGGTGGAATGGTTAGACAGTTATCTATTGATCAATTTGAAAATGAGGGAC 1923
Query 2143 GCCGTGTTAGTTATGGGACACCCGAAAGTGCAACAGCAGCTAGGAAATTATTAGATCGTC 2202
| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
Sbjct 1924 GGCGTGTCAGTTATGGGACACCAGAAAGTGCAACAGCAGCAAGGAAACTATTAGATCGAC 1983
Query 2203 AGATGTCAATCAATAGTGTTCCGAAA-AAGGTTGTAGCTCATCTTTTGAAGCCTCGGGGG 2261
|||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1984 AGATGTCAATCAATAGTGTTCC-AAAGAAGGTTATAGCTCATCTTTTGAAGCCTCGTGGG 2042
Query 2262 TGGAAGCCTCCAGTTCGTCGCCAGTTTTTCTTGGATTGCAATGAAATAGCTGATCTTTGC 2321
||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 TGGAAGCCTCCTGTTCGACGCCAGTTTTTCCTAGATTGCAATGAAATAGCTGATCTTTGT 2102
Query 2322 GACAGTGCAGAACGTATCTTCTCAAGCGAACCTACTGTGTTACAGCTTAAAGCTCCTATT 2381
|| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 GATAGTGCAGAACGTATCTTCGCAAGTGAACCAACTGTATTACAGCTTAAAGCTCCTATC 2162
Query 2382 AAGATATTTGGTGATTTGCATGGCCAGTTTGGGGATCTCATGCGCCTTTTTGATGAATAT 2441
|| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 AAAATATTTGGTGATCTGCATGGGCAGTTTGGGGATCTTATGCGCCTTTTTGATGAATAT 2222
Query 2442 GGTTCACCATCAACAGCTGGAGACATATCATACATCGATTACCTCTTCTTAGGAGACTAT 2501
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2223 GGTTCACCATCTACAGCTGGAGACATATCATACATCGATTACCTCTTCTTAGGGGACTAT 2282
Query 2502 GTTGATCGGGGTCAACACAGCCTAGAGACAATTACACTTCTGCTTGCTTTAAAGGTTGAA 2561
|||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 2283 GTTGATCGGGGTCAACACAGTCTAGAAACAATTTCCCTTCTACTTGCATTAAAGGTGGAG 2342
Query 2562 TACCAACATAACGTACACCTGATTCGTGGAAATCATGAAGCTGCCGACATTAATGCACTT 2621
||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 2343 TACCAGCATAACGTACACTTAATTCGGGGAAACCATGAAGCTGCGGATATTAATGCCCTT 2402
Query 2622 TTTGGTTTCCGGATAGAGTGTATTGAGCGAATGGGTGAACGTGATGGGATCTGGGTGTGG 2681
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2403 TTTGGCTTCCGAATAGAGTGTATTGAGCGAATGGGTGAACGCGATGGAATCTGGGTGTGG 2462
Query 2682 CATCGAATAAACCGTTTATTCAATTGGCTACCTCTGGCTGCACT-GATTGAGAAGAAAAT 2740
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||
Sbjct 2463 CACCGAATAAATCGTTTATTCAATTGGCTACCTCTTGCCGCA-TCAATTGAGAAGAAAAT 2521
Query 2741 CATCTGTATGCATGGGGGAATTGGTCGGTCGATAAATCATGTGGAGCAGATAGAAAATAT 2800
|| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2522 TATATGTATGCATGGGGGTATTGGTCGTTCTATAAATCATGTGGAGCAGATAGAAAATAT 2581
Query 2801 CCAACGTCCAATTACGATGGAAGCAGGCTCAATTGTACTTATGGATTTATTATGGTCGGA 2860
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 TCAACGTCCAATTACAATGGAAGCTGGCTCCATTGTGCTTATGGATTTATTATGGTCGGA 2641
Query 2861 TCCAACTGAAAATGACAGTGTCGAAGGTTTAAGGCCCAATGCTAGAGGCCCTGGGTTGGT 2920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2642 TCCAACTGAAAATGACAGTGTCGAAGGTTTAAGGCCCAATGCTAGAGGTCCTGGATTGGT 2701
Query 2921 TACTTTTGGGCCTGACCGTGTCATGGAGTTTTGCAACAACAATGATCTGCAATTGATTGT 2980
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2702 TACTTTTGGGCCTGACCGTGTCATGGAGTTCTGCAACAACAATGATCTTCAGTTGATTGT 2761
Query 2981 ACGTGCGCATGAATGCGTGATGGACGGATTTGAGCGTTTTGCCCAAGGTCATTTGATAAC 3040
||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2762 ACGAGCACACGAATGCGTAATGGATGGATTTGAGCGTTTTGCTCAAGGACATTTGATAAC 2821
Query 3041 GCTCTTTTCGGCAACAAATTATTGTGGTACCGCAAACAATGCCGGGGCTATCTTGGTGTT 3100
||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 2822 GCTCTTTTCTGCTACAAACTATTGTGGTACTGCAAACAACGCTGGGGCTATCTTGGTATT 2881
Query 3101 GGGGAGAGATCTTGTGGTGGTTCCTAAGCTTATCCATCCATTGCCTCCAGCGATAACCTC 3160
|||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||| | | ||
Sbjct 2882 AGGGAGAGATCTTGTAGTGGTTCCTAAGCTCATTCATCCGTTACCTCCAGCTCTTTCATC 2941
Query 3161 ACCTGAAACTTCACCAGAAAGACATATAGAGGATACATGGATGCAGGAGTTAAACGTAAA 3220
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || | ||
Sbjct 2942 GCCTGAAACTTCACCAGAAAGACATATAGAAGACACATGGATGCAGGAGCTGAATGCGAA 3001
Query 3221 TAGACCACCAACACCAACAAGAGGACGCCCACAAAATCCAAATGACCGCGGC--T-CTCT 3277
||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||
Sbjct 3002 TAGGCCAGCGACGCCAACCAGAGGACGCCCACAAAATTCAAATGACCGAGGAGGTTCTCT 3061
Query 3278 TGCTTGGAT 3286
||||||||
Sbjct 3062 GGCTTGGAT 3070
> Ahg472815 jgi|Araly1|472815|fgenesh2_kg.1__2769__AT1G25540.1
Length=2932
Score = 58.4 bits (31), Expect = 4e-07
Identities = 33/34 (97%), Gaps = 0/34 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 428 GCAGCAACAACAACAACAGCAGCAACAGCCGCAG 461
||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2349 GCAGCAACAACAACAACAGCAGCAACAGCAGCAG 2382
> Ahg358332 jgi|Araly1|358332|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002119
Length=1221
Score = 52.8 bits (28), Expect = 2e-05
Identities = 28/28 (100%), Gaps = 0/28 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 428 GCAGCAACAACAACAACAGCAGCAACAG 455
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 GCAGCAACAACAACAACAGCAGCAACAG 915
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144200144097
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5