BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27460.1
Length=2418
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481646 jgi|Araly1|481646|fgenesh2_kg.4__706__AT2G27460.1 3917 0.0
> Ahg481646 jgi|Araly1|481646|fgenesh2_kg.4__706__AT2G27460.1
Length=2388
Score = 3917 bits (2121), Expect = 0.0
Identities = 2302/2391 (96%), Gaps = 5/2391 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 ATCTGAAACAATGGCAGTGAGAGCAACGGTGTCGCGTTTTCCGATCGATTCAGACGCTCA 86
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 ATCTGAAGCAATGGCCGTGAGAGCAACGGTGTCGCGTTTTCCGATCGATGCAGACGCTCA 60
Query 87 AGAGGCGTCAGGACTTCCTTGGGGACTGACAGTAACACCATTCGCGGCCAAAGACGAGAA 146
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 AGAGGCGTCAGGACTTCCTTGGGGACTAACAGTAACACCATTCGCGGCTAAAGACGAGAA 120
Query 147 CGGAATCGGACCAGCGTGCGGATCTAACGGTCATCTTCTTCCTCGTTGCGAAAACTGCTA 206
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGAAATCGGACCAGCGTACGGATCTAACGGTCATCTTCTTCCTCGTTGCGAAAACTGCTA 180
Query 207 CGCTTACTTCAATACCTATTGTGAGCTTGATCAATGGGCTTGGAATTGCTCGCTTTGTGG 266
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGCTTACTTCAATACCTACTGTGAGCTTGATCAATGGGCTTGGAATTGCTCGCTTTGTGG 240
Query 267 AACTCTCAATGGACTTCCTTCTGATGCTATTGCTCGTTACTCTAATCCTCACTCTATACC 326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 AACTCTCAATGGACTTCCTTCTGATGCTATTGCTCGTTACTCTAATCCTCAGTCTATACC 300
Query 327 TGAAATGACTTCCTCCTTCATTGATCTTGAGATGCCTCTGGATGGATCGGAGGAAGAGAT 386
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGAAATGACTTCTTCCTTCATTGATCTTGAAATGCCTCTGGATGGATCGGAGGAAGAGAT 360
Query 387 GACGCAAGCACGACCTGTGTATGTTGCGGCGATTGATATCTCTTCTTCTGAGGAATTTTT 446
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 361 GACTCAAGCACGGCCTGTGTATGTTGCGGCGATTGATATCTCGTCTTCCGAGGAATTTTT 420
Query 447 GGAGCTTACAAAAAGTGCATTGCTAGCCGCTCTGGAAGCTCTAAGTCCAGGGGCTCTTTT 506
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGAACTTACAAAAAGTGCATTGCTAGCCGCTCTGGAAGCTCTAAGTCCAGGGGCTCTTTT 480
Query 507 TGGTCTTGTTACGTTCAGTCACAAAATAGGACTGTATGATGTTCAAGGACCTATACCAGT 566
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 481 CGGTCTTGTAACGTTCAGCCACAAAATAGGACTGTATGATGTTCAAGGACCTATACCGGT 540
Query 567 TGTAAAGAATGTATTCATTCCCCCTGATGGGGAGAGCAGCTTATCGCTAGAACTTGAGGA 626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGTAAAGAATGTATTCATTCCCCCTGATGGGGAGAGTAGCTTATCGCTAGAACTTGAGGA 600
Query 627 TGTCATGCCCTTGTTACAATTTTTGGCTCCGGTAGAAACTTGCAAGGATCGTATTGCTGC 686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGTCATGCCCTTGTTACAATTTTTGGCTCCGGTAGAAACTTGCAAGGATCGTATTGCTGC 660
Query 687 TGCACTTGAGACACTCAGACCAATTACTTCTTGGGAGAGATCAGCTGGAGCAGGTCAAGG 746
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 661 AGCTCTTGAGACACTCAGACCAATAACTTCTTGGGAGAGATCAGCTGGTGCAGCTCAAGG 720
Query 747 GATGGATAGTGTGTTGATGGGTGGTAGGGGCTTTGGTACAGCTATGGAAGCTCTATTCAA 806
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GATGGATAGTGTATTGATGGGTGGTAGGGGATTTGGTACAGCTATGGAAGCTCTATTCAA 780
Query 807 CTATCTAGGATCTGAATTTGGGAATACATTTGCATTAGCTAGGGTGTTTGCTTTCCTATC 866
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTATCTAGTATCTGAATTTGGGAATACATTTGCATTAGCTAGGGTGTTTGCTTTCCTATC 840
Query 867 TGGTCCTCCTGATTATGGACGTGGACAATTGGATACAAGTAGATATGGTGAACAATATGC 926
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGGTCCTCCTGATTATGGACGTGGACAACTGGATACAAGTAGATATGGTGAACAATATGC 900
Query 927 AAGTAAAAGGGTAGATGCTGATCGTGCTCTACTTCCTGAACAAACACCATTCTACAAAGA 986
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AAGTAAAAGGGTAGATGCTGATCGTGCTCTGCTTCCTGAACAAACACCATTCTACAAAGA 960
Query 987 CCTAGCCACCATTGCTGTCCAATCAGGTGTATGTGTAGATTTATTTGCAGTTACAAATGA 1046
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 961 CCTAGCCACCATTGCTGTCCAGTCTGGTGTATGTGTAGATTTATTCGCAGTTACAAATGA 1020
Query 1047 GTACACAGATTTAGCATCCCTGAAGTTCCTTAGCATTGAAAGTGGCGGTTCACTGTTTTT 1106
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||
Sbjct 1021 GTACACAGATTTAGCATCCCTGAAGTTCCTTAGCATCGAAAGTGGTGGCTCGCTGTTTTT 1080
Query 1107 GTATTCAAGCACTGATGATTCAACTCTTCCCCAAGACATGTTTCGAATGCTTAACCGGCC 1166
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTATTCAAGCACCGATGATTCAACTCTTCCCCAAGACATGTTTCGAATGCTTAACCGGCC 1140
Query 1167 GTATGCATTCAATTGTGTCTTGAGATTGAGGACGTCAACTGAATTCAAACCTGGCAACTC 1226
|||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GTATGCATTCAATTGTGTCTTGCGATTGAGGACATCAACTGAATTCAAACCTGGCAACTC 1200
Query 1227 TTTTGGTCACTTCTTTCCAGATCCACAGTACGAGAACCTTCAGCATATCATCTGCTGTGA 1286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1201 TTTTGGTCACTTCTTTCCAGATCCACAGTACGAGAACCTTCAGCATATTATCTGCTGTGA 1260
Query 1287 TTCATATGCAACATATGCATATGACTTTGAATTTGCAGATAACACTGGATTTTCCAGGCA 1346
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTCATATGCAACATATGCATATGACTTTGATTTTGCAGATAATTCTGGATTTTCCAGGCA 1320
Query 1347 TTCTGGAGAGCAACCAGTGGTGCAAATTGCATTTCAGTACACAGTTGTTGTACCTCCCGA 1406
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TTCTGGAGAGCAACCAGTGGTGCAAATTGCATTTCAGTACTCAGTTGTTGTACCTCCCGA 1380
Query 1407 GGGACTGTCAAATTCAGAAATGTCATCTTCAAGTAGAGGCAAGCACACACTTCAGAGACG 1466
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1381 GGGACTGTCAAATTCAGAAATGTCATCTTCAAGTAGAGGCAAACACACACTTCAGAGACG 1440
Query 1467 ATTAAGGATCAGAACCATGCAATTTGGAACTGCCCACAATATCAATGAAATTTACGACAG 1526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1441 ATTAAGGATCAGAACCATGCAATTTGGAACTGCCCACAACATCAATGAAATTTATGACAG 1500
Query 1527 TGTGGATCATGAAGTTGTTCTCTCATTGCTCGTTCACAAGGTAATTTTAGCCTCTCTGGA 1586
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGTGGATCATGAAGTAGTTCTCTCATTGCTCGTTCACAAGGTAATTTTAGCCTCTCTGGA 1560
Query 1587 AGATGGAGTCAGAGAAGGGAGGGCATTGCTGCATGATTGGCTAGTAATTCTAACAGCACA 1646
|||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AGATGGAGTCCGTGAAGGGAGGGCATTACTCCATGATTGGCTAGTAATTCTAACAGCACA 1620
Query 1647 ATACAACGATGCCTTTAACCTTGTCCAATACAAAAACGGAAATAAGTCAATGAGTTCTCA 1706
||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 1621 ATACAACGATGCCTTCAATCTCGTTCAATACAAAAACGGAAACAATTCGATGAGTTCTCA 1680
Query 1707 GATTGATATCACGTTTTCACAATGTCCTCAACTTGAGCCTTTGCCTCGTTTAGTCTTTGC 1766
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GATTGATATCACTTTTTCACAATGTCCTCAACTTGAGCCTTTGCCTCGTTTAGTCTTTGC 1740
Query 1767 CTTACTCCGTAATCCCCTTCTCCGGTTTCATGAAGAAGGTGTTCATCCTGATTACAGAAT 1826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CTTACTCCGTAATCCCCTTCTCCGGTTTCATGAAGAAGGTGTTCATCCTGATTACAGAAT 1800
Query 1827 CTACTTGCAATGCCTTTTCAGTGTGTTGGACCCGAGCTCTCTTCATTGCGGCATTTACCC 1886
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1801 CTACTTGCAATGCCTTTTCAGCGTGTTGGACCCGAGCTCTCTTCATTGCGGGATTTACCC 1860
Query 1887 AGCACTAATGTCATATTCAACACCGGATACACTGGCATATCCGCGTCATTCGTTGAGCCG 1946
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1861 AGCACTAATGTCATATTCAACACCAGATACACTGGCATATCCGCGTCATTCATTGAGCCG 1920
Query 1947 TGCAGCATTGATAACAAGTGGTAGTCCGATATTTTTCCTAGATGCATATACCACTTTGAT 2006
|| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CGCGGCTTTGATTACAAGTGGTAGTCCAATATTTTTCCTAGATGCATATACCACTTTGAT 1980
Query 2007 AGTCTTCTACTCATCAACAGCAGACCCGTCAATACCTTTCCCTCCACCTCAAGACTGTTT 2066
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AGTCTTCTACTCATCAACTGCAGACCCGTCGATACCTTTCCCTCCACCTCAAGACTGTTT 2040
Query 2067 ATTGAGGCAGACCATAAATAAAGTGAAGCAAGAAAGGAGCATCACACCAAAACT-AGTGT 2125
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2041 ATTGAGGCAGACCATAAATAAGGTGAAGCAAGAAAGGAGCATCACACCAAAACTGA-TGT 2099
Query 2126 TTATCCGAGGAGGACGAGACGATGCTACTGTCTTTGAGAACTATCTTATAGAAGAACAAG 2185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TTATCCGAGGAGGACGAGACGATGCTACTGTCTTTGAGAACTATCTTATAGAAGAACAAG 2159
Query 2186 ATGTGGACGGTAATGGTTTTGCTAGCGCCATGGGTTTCGTGTCTTTCCTCGATGATATTT 2245
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ATGTGGACGGTATTGGTTTTGCTAGCGCCATGGGTTTCGTGTCTTTCCTCGATGATATTT 2219
Query 2246 CGCAGCGTGTCACTGAATACATGAAGTGAAAGCCAAATGACCCTCTAGTTTATT-ATACA 2304
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||
Sbjct 2220 CGCAGCGTGTCACTGAATACATGAAGTGAAAGCCAAATGACCCTTTAGTTTTTTTATACA 2279
Query 2305 TCCAAACTCAAAATTTTCAACTGTGTCAGAGTTTTACTCTTCTTGTTGTAACATTTGCTT 2364
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2280 TCCAAACTTAAAAATTTCAACTGTGTCAGAGTTTTACTCTTCTTGTTGTAACGTTTGCTT 2339
Query 2365 TAGACTAGCATCCCAACTTTTTTGCTCTCTTAATCAAAATGAATAATTAAG 2415
||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||
Sbjct 2340 -AGACTAGCATCCCAACTTTTTTGATCTATAAATCAGAATGAATAAT-AAG 2388
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91111866040
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5