BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27610.1
Length=2607
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg320627 jgi|Araly1|320627|fgenesh1_pm.C_scaffold_4000684 4106 0.0
Ahg481753 jgi|Araly1|481753|fgenesh2_kg.4__813__AT2G27600.1 122 9e-27
> Ahg320627 jgi|Araly1|320627|fgenesh1_pm.C_scaffold_4000684
Length=2619
Score = 4106 bits (2223), Expect = 0.0
Identities = 2491/2621 (95%), Gaps = 16/2621 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGATTCACAACGACAATATGGCGACCTCCATCTTTGGAAAATTTCAAACCCAAGTTT 60
||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGCGATTCACAAGGACAGTATGGAGACCTCAATCTTTGGAAAATTTCAAACTTAAGTTT 60
Query 61 CGTATATACGCAAATG-----GCG---TTG---CCCAA-GTTCGAATCTATTGCTTTGGT 108
||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 61 TGTATATACGCAAATGAACTTGGGAATTTGAAACCCAATTTTCGAATTTATTGCTTTGGC 120
Query 109 ACTG-TATCATCCTCTCGTTTATATAATGCACACAACCTGTTCGACAAAAGTCCTGGCCG 167
||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GCTGCT-TCCTCCTCTCGTTTATATTATGCACACAACCTGTTCGACAAAAGTCCTGACCG 179
Query 168 AGATAGGGAAAGTTATATAAGCTTGCTTTTTGGGTTTTCTCGTGATGGACGAACTCAGGA 227
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 180 AGATCGGGAAAGTTATACAAGCTTGCTTTTTGGGTTCTCTCGTGATGGACGAACTCAAGA 239
Query 228 AGCAAAGAGACTCTTCTTGAATATTCATCGTTTGGGGATGGAGATGGACTGTTCTATCTT 287
||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 240 AGCAACGAGACTCTTCTTGAATATCCAACATTTGGGGATGGAGATGGACTGTTCAATTTT 299
Query 288 TTCCTCTGTTTTAAAGGTTTCTGCTACTTTATGTGATGAGCTTTTTGGTAGACAGTTGCA 347
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TTCCTCTGTTTTAAAAGTTTCTGCTACTTTGTGTGATGAGCTTTTTGGTAGACAGTTGCA 359
Query 348 TTGCCAGTGTATAAAGTTTGGGTTTTTAGATGATGTAAGTGTGGGAACATCGCTGGTTGA 407
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTGCCAGTGTATAAAGTTTGGGTTTTTAGATGATGTGAGTGTGGGAACATCGCTGGTTGA 419
Query 408 TACGTATATGAAAGGTAGTAACTTTAAGGACGGAAGGAAAGTTTTTGATGAAATGAAAGA 467
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TACGTATATGAAAGGTAGTAACTTTAAGGATGGAAGGAATGTTTTTGATGAAATGAAAGA 479
Query 468 GAGGAATGTTGTTACTTGGACTACATTGATAAGCGGGTATGCTCGGAATTCGATGAATGA 527
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 480 GAGGAATGTTGTTACTTGGACTACGTTGATAAGCGGGTATGCGAGGAATTCGTTGAATGA 539
Query 528 TGAAGTTTTGACATTGTTTATGAGAATGCAGAACGAAGGGACTCAGCCGAACTCATTTAC 587
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 GGAAGTTTTGACATTGTTTATGAGAATGCAGGACGAAGGGACTCAGCCGAACTCGTTTAC 599
Query 588 TTTTGCAGCTGCTCTTGGAGTTTTGGCTGAAGAAGGAGTGGGTGGGAGGGGACTTCAGGT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTTTGCAGCTGCTCTTGGAGTTTTGGCTGAAGAAGGAGTGGGTGGGAGGGGACTTCAGGT 659
Query 648 ACATACAGTTGTTGTAAAGAACGGTTTAGATAAAACGATTCCGGTTTCTAATTCTCTGAT 707
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ACACACAGTTGTTGTAAAGAATGGTTTAGATAAAACGATTCCGGTTTCTAATTCTCTGAT 719
Query 708 TAATCTGTATCTCAAGTGTGGGAATGTTAGGAAAGCTAGAATTTTGTTTGATAAAACAGA 767
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 720 TAATCTGTATCTCAAGTGTGGGAATGTTAGGAAAGCTAGAATATTGTTTGATAAAACAGA 779
Query 768 AGTAAAGAGTGTGGTTACTTGGAATAGTATGATTTCGGGATATGCAGCGAACGGGCTTGA 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 780 AGTAAAGAGTGTGGTTACTTGGAATAGTATGATTTCGGGATATGCAGCTAACGGGCTTGA 839
Query 828 TTTAGAAGCGTTGGGAATGTTTTACTCTATGAGGCTTAATTATGTGCGGTTATCTGAATC 887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTTAGAAGCGTTGGGAATGTTTTACTCTATGAGGCTTAATCATGTGCGGTTATCTGAATC 899
Query 888 GAGCTTTGCTTCCGTTATCAAGCTCTGCGCTAACCTCAAAGAACTGAGGTTTACAGAACA 947
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 900 GAGCTTTGCCTCCATTATCAAGCTCTGCGCTAACCTCAAAGAATTGAGGTTTACGGAACA 959
Query 948 GCTCCATTGCAGTGTTGTAAAATACGGGTTTTTGTTTGATCAGAATATAAGGACGGCTCT 1007
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTCCATTGCAGTGTTGTAAAATACGGGTTTGTGTTTGATCAAAATATAAGGACGGCTCT 1019
Query 1008 AATGGTAGCGTATAGTAAATGTACGGCGATGCTTGATGCTCTTAGGCTGTTCAAAGAGAT 1067
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AATGGTAGCGTACAGTAAATGTATGGCGATGCTTGATGCTCTTAGGCTGTTCAAAGAGAC 1079
Query 1068 AGGATGCGTAGGAAATGTTGTGTCGTGGACAGCGATGATTAGTGGTTTCTTGCAGAATGA 1127
||||| | | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGGATTCCTTGGGAATGTTGTGTCGTGGACTGCGATGATTAGTGGTTTCTTGCAGAATGA 1139
Query 1128 TGGGAAAGAGGAAGCAGTAGATTTATTTTCTGAAATGAAGAGGAAAGGTGTTAGACCAAA 1187
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGGGAAAGAGGAAGCAGTAGGTTTATTTTCGGAAATGAAGAGGAAAGGTGTTAGACCAAA 1199
Query 1188 CGAATTCACTTATTCTGTCATTCTCACAGCTCTTCCTGTGATTTCTCCATCAGAGGTCCA 1247
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGAATTTACTTATTCTGTCATTCTCACAGCTCTTCCTGTAATTTCTCCATCAGAGGTCCA 1259
Query 1248 CGCACAGGTTGTAAAGACTAACTACGAGAGATCTTCAACTGTTGGAACTGCTCTTTTAGA 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||
Sbjct 1260 CGCACAGGTTGTAAAGACTAACTACGAGAGATCTTCAACCGTTGGAACCGCTCTTCTAGA 1319
Query 1308 TGCTTATGTGAAGTTAGGCAAAGTAGAAGAGGCTGCAAAAGTTTTTAGCGGTATTGATGA 1367
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGCTTATGTGAAGTTAGGTAAAGTAGATGAGGCTGCAAAAGTTTTTAGCGGTATTGATGA 1379
Query 1368 TAAAGACATTGTGGCTTGGTCAGCGATGCTTGCAGGATATGCTCAGACCGGAGAGACAGA 1427
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||
Sbjct 1380 TAAAGATATTGTGGCATGGTCAGCGATGCTTGCAGGATTTGCTCAGGCTGGGGAGACAGA 1439
Query 1428 GGCAGCTATAAAGATGTTTGGTGAGCTAACAAAAGGAGGGATAAAACCGAACGAGTTCAC 1487
||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GGCAGCTATAAAGATATTTAGCGAGCTCACAAAAGGAGGGGTAAAACCGAACGAGTTCAC 1499
Query 1488 ATTCTCTAGCATCCTTAACGTGTGTGCGGCTACTAATGCGTCTATGGGACAGGGAAAGCA 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ATTCTCTAGCATCCTTAACGTGTGTGCGGCTACCACTGCGTCTATGGGACAGGGAAAGCA 1559
Query 1548 ATTCCACGGGTTCGCTATAAAATCAAGACTCGATAGTTCTCTGTGTGTTAGTAGTGCTCT 1607
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ATTCCACGGGTTCGCTATAAAATCAAGACTCGATAGCTCTCTGTGTGTTAGTAGTGCTCT 1619
Query 1608 TCTAACCATGTATGCAAAGAAAGGCAACATCGAGAGTGCGGAAGAAGTCTTTAAAAGGCA 1667
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCTAACCATGTATGCAAAGAAAGGCCACATTGAGAGTGCGGAAGAAGTCTTTAAAAGGCA 1679
Query 1668 GAGAGAGAAAGATCTAGTATCATGGAATTCGATGATCTCTGGGTATGCACAACACGGGCA 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GAGAGAGAAAGATCTAGTATCATGGAATTCGATGATCTCTGGGTATGCACAACACGGGCA 1739
Query 1728 AGCTATGAAGGCTCTCGATGTTTTCAAGGAGATGAAGAAGAGAAAGGTGAAAATGGATGG 1787
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1740 AGCTATGAAGGCTCTCGATGTTTTCAAGGAGATGAAGAAGAGAAAGGTGAAAATGGATAG 1799
Query 1788 TGTAACATTCATCGGAGTATTTGCTGCTTGTACACATGCGGGGTTAGTAGAAGAAGGCGA 1847
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CGTAACATTCATCGGAGTATTTGCTGCTTGTACACATGCAGGGTTAGTAGAAGAAGGCGA 1859
Query 1848 AAAATATTTCGATATAATGGTGAGAGACTGCAAGATAGCACCTACAAAGGAGCATAATAG 1907
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AAAGTATTTTGATATAATGGTGAGAGACTGCAAGATTGCACCTACAAAGGAGCATAATAG 1919
Query 1908 TTGTATGGTGGATCTATACAGCCGAGCTGGGCAACTTGAAAAGGCTATGAAGGTCATAGA 1967
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTGTATGGTGGATCTATACAGCCGAGCCGGGCAACTTGAAAAGGCTATGAAGGTCATAGA 1979
Query 1968 AAACATGCCAAATCC-GGCTGGTTCCACCATTTGGAGAACAATTCTAGCTGCATGCCGTG 2026
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1980 CAACATGCCAAA-CCTGGCTGGTTCCACCATTTGGAGAACAATTCTAGCTGCATGCCGAG 2038
Query 2027 TGCACAAGAAAACAGAGCTAGGGAGATTAGCTGCAGAGAAGATCATTGCGATGAAGCCAG 2086
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2039 TGTACAAGAAAACAGAGCTAGGGAGATTAGCTGCAGAGAAGATCATTGCGATGAAACCTG 2098
Query 2087 AAGATTCAGCGGCATATGTATTATTGTCTAACATGTATGCAGAGTCAGGAGATTGGCAAG 2146
| |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGGATTCAGCTGCATACGTGTTGTTGTCTAACATGTATGCAGAGTCAGGAGATTGGCAAG 2158
Query 2147 AGAGAGCCAAAGTAAGGAAGCTGATGAATGAGAGGAACGTGAAGAAAGAACCTGGTTATA 2206
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2159 AGAGGGCCAAAGTAAGGAAGCTGATGAATGAGAGAAACGTGAAGAAAGAACCTGGTTACA 2218
Query 2207 GTTGGATTGAGGTCAAGAACAAGACTTACTCGTTCTTGGCGGGTGATCGGTCTCATCCTC 2266
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2219 GTTGGATTGAGGTCAAGAACAAGACTTACGCATTCTTGGCTGGTGATCGGTCTCATCCTC 2278
Query 2267 TCAAAGATCAAATCTATATGAAGCTAGAAGATTTAAGTACACGGCTGAAGGATTTAGGGT 2326
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TCAAAGATCAGATCTATATGAAGCTGGAAGATTTAAGTACACGGCTGAAGGATTTAGGGT 2338
Query 2327 ATGAGCCAGATACAAGTTATGTGCTTCAAGATATTGATGATGAGCATAAAGAAGCAGTTC 2386
||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2339 ATGAGCCGGATACTAGTTATGTGCTTCAAGACATTGATGATGAGCATAAAGAAGCTGTTC 2398
Query 2387 TTGCTCAGCATAGTGAGAGATTAGCTATTGCTTTCGGGTTGATAGCTACACCAAAGGGAA 2446
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2399 TTGCTCAACATAGTGAGAGATTAGCTATTGCTTTCGGGTTGATCGCTACACCAAAGGGAA 2458
Query 2447 GCCCTCTTTTGATCATTAAGAACCTTAGGGTTTGTGGAGATTGTCATTTAGTGATCAAAT 2506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2459 GCCCTCTTTTGATCATTAAGAACCTTAGGGTTTGTGGAGATTGTCATGTAGTGATCAAAT 2518
Query 2507 TAATTGCAAAGATTGAAGAAAGAGAGATCGTAGTTAGAGATTCAAATCGGTTTCATCACT 2566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TAATTGCAAAGATTGAAGAAAGAGAGATCGTAGTTAGAGATTCAAATCGGTTTCATCACT 2578
Query 2567 TTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTTTGGTGA 2607
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTTTGGTGA 2619
> Ahg481753 jgi|Araly1|481753|fgenesh2_kg.4__813__AT2G27600.1
Length=1754
Score = 122 bits (66), Expect = 9e-27
Identities = 66/66 (100%), Gaps = 0/66 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2542 AGAGATTCAAATCGGTTTCATCACTTTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTT 2601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 AGAGATTCAAATCGGTTTCATCACTTTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTT 1695
Query 2602 TGGTGA 2607
||||||
Sbjct 1694 TGGTGA 1689
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98310922345
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5