BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27900.1
Length=3852
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481716 jgi|Araly1|481716|fgenesh2_kg.4__776__AT2G27900.2 5830 0.0
Ahg343860 jgi|Araly1|343860|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000202 1134 0.0
Ahg359646 jgi|Araly1|359646|fgenesh1_pg.C_scaffold_580000001 789 0.0
> Ahg481716 jgi|Araly1|481716|fgenesh2_kg.4__776__AT2G27900.2
Length=3705
Score = 5830 bits (3157), Expect = 0.0
Identities = 3456/3598 (96%), Gaps = 30/3598 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 CACACCATTGTCGAAACAAATCAAAAGGCTCAACAAAAGtcttcttcttcttctagatct 104
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |
Sbjct 4 CACACCATTGTCGAAACAAATCAAAAGACTCAACAAAAGTC-TC--CTTCTTCTAGA--T 58
Query 105 ctcttcCCGATCCGATTTGTGACTCGCCGGAAAGAAATAACACACAGACAGACATTTTCT 164
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | | | |||||||||||||
Sbjct 59 CTCTTCCCGATCCGATTTGTGACTCGCCGG--A-AAATAA-A-AAACACAGACATTTTCT 113
Query 165 CCGATCGTGAAATTAGATGGATCAATAATTGATCTTACTGGTATAAAGAAGAGATGAGAG 224
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 114 CCGATCGTGAAATTGGATGGATCAATTATTGATCTTACTGGTATAAAGAAGAGATGAGAG 173
Query 225 ATGCAGCCTAATCTCTTCTTCCCATTCGGTTCAGTTTTGGGTAATCCATTTCTCTTCAAT 284
|||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 ATGCAGCC-AA-ATC-TCTTCCCATTCGGTTCAGTTTTGGGTAATCCATTTCTCTTCAAT 230
Query 285 GGCGGTGGAGATCTAAACGAACTTGGTTCTGGTGCTGCTTTCGAGAGCTCTAGGGTTTTC 344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 231 GGCGGTGGAGATCTAAACGAACTTGGTTCTGGTGCTGGATTCGAAAGCTCTAGGGTTTTC 290
Query 345 TTCTTACTTCCTTTCTTATTATCCCAAGGCACTGGTGTCATGGATTTATCTAAAGTTGGT 404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 TTCTTACTTCCTTTCTTATTATCCCAAGGCACTGGTGTCATGGATTTATCTAAAGTTGGT 350
Query 405 GAAAAATTCCTCAGCTCTGTTAAATCCGCTACTTCTCTTGGTCTCTTACCTTCTCCTTCT 464
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 351 GAAAAATTCCTCAGCTCTGTAAAATCCGCTACTTCTCTTGGTCTCTTACCTTCACCTTCT 410
Query 465 ATCTCCGATCGTCCTGAGATTCCAGCACGTGCTGCGGCAGCTGCTGCGGTTGCTCGTGCT 524
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 ATCTCTGATCGTCCTGAGATTCCGGCACGTGCTGCGGCAGCTGCTGCGGTTGCTCGTGCT 470
Query 525 TTGGCGGGACTTCCTTCTGATCAGAGATTGAGTATATCTTCTACTGCTACTGAGCTTAAC 584
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 TTGGCGGGACTTCCTTCTGATCAGAGGTTGAGTATATCTTCTACTGCTACTGAGCTTAAC 530
Query 585 TCAATTTATGGAAACAGACCTCTTCCTCAACAAGTTGAAGAGCTTGAAGAAGG-TTTCTA 643
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||
Sbjct 531 TCAATTTATGGAAATAGACCTCTTCCTCAACAAGTTGAAGAGCTTGAAGAGGGATTT-TA 589
Query 644 TGAAGAGGATTTTGATCCGGTAAGGCATATTTTGGAGAATGTGCCGGATGATGAAAGTGA 703
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 590 TGAAGAGGATTTTGATCCGGTAAGGCATATTTTGGAGAATGTGCCGGAAGATGAAAGTGA 649
Query 704 GTTAGCTTATTTTGAGAAGCAGGCTACCTTGAGGTTGGTACAGCTGGATAAAGTGGCAGA 763
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 650 GTTAGCTTATTTTGAGAAGCAGGCTACCTTGAGGTTGGTACAGCTGGATAGAGTGGCGGA 709
Query 764 AACTCTGTCTCACCATGTTATGGAGCATCATGAAGTAATGGTGAAGGGGATGAATTTGGT 823
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 AAATCTGTCACACCATGTTATGGAGCATCATGAAGTAATGGTGAAGGGGATGAATTTGGT 769
Query 824 AAGAGAATTGGAGAAAGATTTGAAGATTGCAAATGTCATCTGCAAGAATGGAAGACGAAA 883
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 AAGAGAATTGGAAAAAGATTTGAAGATTGCAAATGTCATCTGCAAGAATGGAAGACGAAA 829
Query 884 TTTGACTTCTTCTATGAATGAGGCTTCAAGAGATCTTATTGTACACACTCATTCCAAAAA 943
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 TTTGACCTCTTCTATGAATGAGGCTTCAAGAGATCTTATTGTACACACTCATTCCAAAAA 889
Query 944 GAAACAAGCTCTTCTGGATATGCTTCCTATACTAACTGACCTCCGCCATGCAAGAGTAAT 1003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 GAAACAAGCTCTTCTGGATATGCTTCCTATACTAACTGACCTCCGCCATGCAAGAGTAAT 949
Query 1004 GCAGTCAAATCTTGAAGACCTTGTTGAAGATGGAAACTATTGCAAGGCATTTCAAGTCCT 1063
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 950 GCAGTCAACTCTTGAAGACCTTGTTGAAGAAGGAAACTATTGCAAGGCATTTCAAGTTCT 1009
Query 1064 ATCAGAGTATTTGCAGCTGCTTGACAGTCTATCTGAGTTCTCAGCAGCCCAAGAGATGAC 1123
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 ATCTGAGTATTTGCAGCTGCTTGACAGTCTATCTGAGTTCTCAGCAGCCCAAGAGATGAC 1069
Query 1124 CCGTGGTGTTGAGGTTTGGTTAGGAAGAACTCTTCATAAGCTGGATTCACTGTTGTTGGG 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1070 CCGTGGTGTTGAGGTTTGGTTAGGAAGAACTCTTCATAAGCTGGATTCACTTTTGTTGGG 1129
Query 1184 CGTTTGCCAGGAATTCAAAGAAGATAGTTATGTAATGGTCCTCGACGCTTATGCACTGAT 1243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 CGTTTGCCAGGAATTCAAAGAAGATAGTTATGTAATGGTCCTCGACGCTTATGCACTGAT 1189
Query 1244 CGGTGATGTCTCTGGTCTCGCAGAAAAGATACAAAGTTTCTTTATGCAAGAAGTTATCTC 1303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1190 CGGTGATGTCTCTGGTCTCGCAGAAAAGATACAAAGCTTCTTTATGCAGGAAGTTATCTC 1249
Query 1304 AGAAACCCACTCAGTGCTAAAGAGCATTGTTGGGGAGGATAACAGTGCTGCCACCCAATA 1363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 AGAAACCCACTCAGTGCTAAAGAGCATTGTTGGGGAGGATAACAGTGCTGCCACCCAATA 1309
Query 1364 TAGTAGACTTACCTACAGCGATCTATGCCTTCAAACACCAGAATCCAAGTTTAGGCAATG 1423
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 TAGTAGACTTACCTACAGCGATCTATGCCTTCAGACACCAGAATCCAAGTTTAGGCAATG 1369
Query 1424 TCTTTTGAGAACACTAGCTGTGCTTTTTCAGTTAATATATTCATACCATGAGATAATGAG 1483
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 TCTTTTGAGAACACTAGCTGTGCTCTTTCAGTTAATATATTCATACCATGAGATAATGAG 1429
Query 1484 TTTCACGCCAGAAAAGGAGGCAGAAATTTTGGTCTCACCCAGTCTTGCAACAACTCAAAT 1543
|||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1430 TTTCACGCCAGAAAAGAAGGTAGAAAGTTTGATCTCACCAAGTCCTGCAACAACTCAAAA 1489
Query 1544 GGTTGATTCAGTGACCGGAAGTTCATGTGACCCACAGGATGGTGGTCTATTGCCGGGAAG 1603
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||
Sbjct 1490 GGTTGATTCAGTGACCGAAAGTTCATGCAACCCACAGGATGGTGGTCTCTTTTCAGGAAG 1549
Query 1604 CATACCTCCTTGTACCATTTCCGCTGAAGAGTCGGATGGAAGTGGAACATCCAGTTCAGT 1663
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 CATACCTCCTTGTACCATTTCTGCTGAAGAGTCTGATGGAAGTGGAACATCCAGTTCAGT 1609
Query 1664 GCAGC-TGGCGTCTAATATTGCAATAGATGAGTCTAGGAATTCTGAAGATAGAGTATCAA 1722
||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1610 GCAACAT-GCGTCTGATATTGCAATAGATGAGTCTAGGAATTCTGGAGATACAGTATCAA 1668
Query 1723 GTAGCGAGTCACCATGGTACTATTTACGAAAAGAAAGTGCAGCTTTTGTTTCAGAAACTC 1782
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 GTAGCGAGTCGCCATGGTACTATCTACGAAAAGAAAGTGCAGCTTTTGTTTCAGAAACTC 1728
Query 1783 TTCAGAGAGGACGCAGAAATCTTTGGCAACTTACAACAAGCCGTGTGTCAGTTTTGCTCT 1842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1729 TTCAGAGAGGACGCAGAAATCTTTGGCAACTTACAACAAGTCGTGTGTCAGTTTTGCTCT 1788
Query 1843 CTTCCCCAGGTGCTTCTTCAACAAGTATACATCAGTTCCTAAAAAATTATGAAGACCTGA 1902
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 CTTCCCCAGGTGCTTCTTCGACAAGTATACATCAGTTCCTAAAAAATTATGAAGACCTGA 1848
Query 1903 GCATCTTTATCCTTGCTGGGGAAGCGTTCTGTGGATTTGAAGTTGTTGATTTTAGGGAGA 1962
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 GCATCTTTATCCTTGCTGGGGAAGCTTTCTGTGGATTTGAAGTTGTTGATTTTAGGGAGA 1908
Query 1963 AGCTAAAGGGTGTATGCGAAAATTATTTCACTGCATTTCATAGGCAAAGCATGCATGCGC 2022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 AGCTAAAGGGTGTATGCGAAAATTATTTCACTGCATTTCATAGGCAAAGCATGCATGCGC 1968
Query 2023 TTAAAATGGTCCTGGAGAAGGAGACATGGACGAAATTGTCACCAGATACTGTGCAAGCTA 2082
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 TTAAAATGGTCCTGGAGAAGGAGACATGGACGAAACTGTCACCAGATACTGTGCAAGCTA 2028
Query 2083 TTAATTTTGCTGGTCTTGTGGGGGATGGGGCTCCCCTAATTATTTCTTCCCGCAGTGCCT 2142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 TTAATTTTGCTGGTCTTGTGGGGGATGGGGCTCCCCTAATTATTTCTTCCCGCAGTGCCT 2088
Query 2143 CAGGTTCTTCCAGATTCCCTCACTCTGATAAGCCAAGTAACTCAATTGATCCAAGTGGCA 2202
| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 CGGGTTCTTCCAGATTCCCTCACTCTAATAAGTCAAATGACTCAATTGATCCAAGTGGCA 2148
Query 2203 ACAGGAGTGGATTTTCATATTGGCTGAAAAGTGGGAACCCGTTCTCAGCAAAGTTAACTC 2262
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2149 ACAGGAGTGGATTTTCATATTGGCTGAAAAGTGGAAACCCCTTCTCAGCAAAGTTAACTC 2208
Query 2263 ACTATAGAGAAGATCAAGACTACTCCTCGATCAATGGAGAAGATCATGAAGGGAATGATA 2322
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 2209 ACTATAGAGAAGATCAAGACTACTCCTCGGTCAATGGAGGAGATCATGAAGGTAATGATA 2268
Query 2323 GTATTCATGATGATGTTGTGAATCCCAAGATAAGAGACATAAAA-CGCATCAACGGAGGT 2381
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||
Sbjct 2269 GTATTCACGATGATGTTGTGAATCCCAAGATAACAGACA-AAAACCACATCAACGGAGGT 2327
Query 2382 AGTCCTGTTTCAGAAGATGAAAACGAAGACCTTCTTGCTGACTTTATTGATGAGGATAGC 2441
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 AGTCCTGTTTCTGAAGATGAAAACGAAGACCTTCTTGCTGACTTTATTGATGAGGATAGT 2387
Query 2442 CAGCTTCCAAGACGAAGTTTTACACGTAGTCAATCAAGGACTTCTTCTTCACATTTTAGT 2501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | |
Sbjct 2388 CAGCTTCCAAGACGAAGTTTTACACGTAGTCAATCAAGGAGTTCTTCTTCATATTTCAAT 2447
Query 2502 ACTAATGATGATTTGACAGCTCAAACAGGATCATCCCTTTGTCTTCTAAGATCTATGGAT 2561
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2448 ACTAATGATGATTTGACAGCTCAAACAGGATCGTCCCTTTGTCTTCTAAGATCCATGGAT 2507
Query 2562 AAGTACGCGAGGCTTATGCAGAAGCTAGAAATTGTTAATGCTGAATTCTTTAAGGGAATA 2621
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2508 AAGTACGCGAGGCTTATGCAGAAACTAGAAATTGTTAATGTTGAATTCTTTAAGGGAATA 2567
Query 2622 TGCCAATTGTTTGGAGTCTTTTTCTATTTCGTGTTTCAAGTATTTGGTCAAGAAAATACT 2681
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2568 TGCCAATTGTTTGGGGTCTTTTTCTATTTCGTTTTTCAAGTATTTGGTCAAGAAAATACT 2627
Query 2682 AATTCAGGTGGAAAAGGAGTTTCCGACTCTTTCAATCATCGTTTGAAAAGCTGCTTATCA 2741
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 AATTCAGGTGGAAAAGGAGTTGCCGACTCTTTCAATCCTCGTTTGAAAAGCTGCTTATCC 2687
Query 2742 CGGATATCACAAGAGTGTGAGCAATGGATAAAACCTCACGTTTCATCATCACCATCTTCT 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2688 CGGATATCACAAGAGTGTGAGCAATGGATAAAACCTCACCTTTCATCATCACCATCTTCT 2747
Query 2802 TCACTTGCCTTTCCCAACACTGTTCATAGTCTTGCGGATGTGACTCCAGCAAGTCCCTTA 2861
|||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2748 TCACTTGCCTTTCCCAACACAG-T--TAGTCTTGCGGATGTGACTCCAGCAAGTCCCTTA 2804
Query 2862 AATACTTCTGGTCACTTATCAGGCGTATCTTTTAGTCTCAAGGAAAGATGTGCTGCTGTG 2921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 AATACTTCTGGTCACTTATCAGGCGTATCTTTTAGTCTCAAGGAAAGATGTGCTGCTGTG 2864
Query 2922 GACACAGTATCTCTTGTGGCTCGGGTATTGCATAAATCAAAGGCTCATCTCCAATCAATG 2981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 GACACAGTATCTCTTGTGGCTCGGGTATTGCATAAATCAAAGGCTCATCTCCAATCAATG 2924
Query 2982 CTTA-TGTCAAGAAATGGGTCTCTGGTTGAAGACTTCTTTGGTCAACTGGTTGGTTCCGT 3040
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2925 -TTAATGTCAAGAAATGGCTCTCTGGTTGAAGACTTCTTTGATCAACTGGTTGGTTCCGT 2983
Query 3041 ACCTGATCTGACAGAGCACTTACATAGGACAACTGCGAGGATACTGCTGCATGTTAATGG 3100
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 ACCTGATCTGACAAAGCACTTACATAGGACAACTGCGAGGATACTGCTGCATGTTAATGG 3043
Query 3101 ATATGTCGATCGGATAGCTAATTCTAAATGGGAAATCAAGGAGCTTGGAATGGAGCATAA 3160
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 ATATGTTGACCGGATAGCTAATTCTAAATGGGAAATCAAGGAGCTTGGAATGGAGCATAA 3103
Query 3161 TGGGTATGTTGATTTGATGCTCGGGGAATTCAAACACTACAAAACAAGGCTTGCTCATGG 3220
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3104 TGGGTATGTTGATCTGATGCTCGGGGAATTCAAACACTACAAAACAAGGCTTGCTCATGG 3163
Query 3221 AGGCATTCCACAGGAGGTCCAAAACCTCCTACTTGAA-TATGGAGTTGAAATATTTGCGG 3279
||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3164 AGGCATTCCACAGAAGGTCCAAAACCGCCTACT-GAAATATGGAGTTGAAATATTTGCGG 3222
Query 3280 AGATGCTGGTTGAAGGCTTATCTCGAATAAAAAGATGTACTGATGAAGGACGTGTTCTCA 3339
|||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3223 AGATACTTGTTGAAGGCATATCTCGAATAAAAAGATGTACTGATGAAGGACGTGTTCTCA 3282
Query 3340 TGTCATTAGATCTTCAGGTTCTAATAAATGGGTTACAGCACTTTGTGCCAACAAAAGTGA 3399
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3283 TGTCATTAGATCTTCAGGTTCTAATAAACGGGCTACAGCACTTTGTGCCAACAGATGTGA 3342
Query 3400 AGCCAAAGTTACAGATAGTCGAAACATTTATCAAGGCGTACTATCTGCCAGAGACGGAAT 3459
|| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3343 AGGAAAAGTTAAAGATAGTCGTAACATTTATCAAGGCGTACTATCTGCCAGAGACGGAAC 3402
Query 3460 ATGTTCACTGGGCAAGGGCTCATCCGGAATATACAAAAGCACAGGTCGTTGGACTGGTGA 3519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3403 ATGTTCACTGGGCAAGGGCTCATCCGGAATATACAAAAGCACAGGTCCTTGGACTGGTGA 3462
Query 3520 ATTTAGTAGCCACCATGAAAGGTTGGAAAAGGAAAACGCGGCTGGAAGTTATCGAGAAGA 3579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3463 ATTTAGTAGCCACCATGAAAGGTTGGAAAAGGAAAACGCGGCTGGAAGTTATCGAGAAGA 3522
Query 3580 TCGAATCAGCGTCTA-TGTAGATCAATCTTAGAAGCTTCTGGCAGCTTCGCGACATCA 3636
|||||||||| || | |||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 3523 TCGAATCAGCTTC-ACTGTAGATCAA-CT-AGAAGCATCTGGCAGCTTCACGACATCA 3577
> Ahg343860 jgi|Araly1|343860|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000202
Length=2760
Score = 1134 bits (614), Expect = 0.0
Identities = 728/782 (93%), Gaps = 11/782 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1777 AAACTCTTCAGAGAGGACGCAGAAATCTTTGGCAACTTACAACAAGCCGTGTGTCAGTTT 1836
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1577 AAATTCTTCAGAGAGGACGCAGAAATCTTTGGCAACTTACAACAAGCCGCGTGTCAGTTT 1636
Query 1837 TGCTCTCTTCCCCAGGTGCTTCTTCAACAAGTATACATCAGTTCCTAAAAAATTATGAAG 1896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1637 TGCTCTCTTCCCCAGGTGCTTCTTCAACAAGTATACATCAGTTCCTAAAGAATTATGAAG 1696
Query 1897 ACCTGAGCATCTTTATCCTTGCTGGGGAAGCGTTCTGTGGATTTGAAGTTGTTGATTTTA 1956
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 ACCTGAGCGTCTTTATCCTTGCTAGGGAAGCGTTCTGTGGATTTGAAGTTGTTGATTTTA 1756
Query 1957 GGGAGAAGCTAAAGGGTGTATGCGAAAATTATTTCACTGCATTTCATAGGCAAAGCATGC 2016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1757 GGGAGAAGCTAAAGGGTGTATGCGAAAATTATTTCACTGCATTTCATAGACAAAGCATGC 1816
Query 2017 ATGCGCTTAAAATGGTCCTGGAGAAGGAGACATGGACGAAATTGTCACCAGATACTGTGC 2076
|||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||| || ||||||||||
Sbjct 1817 ATGCGCTTAAAATGGTTCTGGAGAAGGAAAGATGGACAAAATTGTCTCCTGATACTGTGC 1876
Query 2077 AAGCTATTAATTTTGCTGGTCTTGTGGGGGATGGGGCTCCCCTAATTATTTCTTCCCGCA 2136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1877 AAGCTATTAATTTTGCTGGTCTTGTGGGGGATGGGGCTCCCCTAATTATTTCTTCCTGCA 1936
Query 2137 GTGCCTCAGGTTCTTCCAGATTCCCTCACTCTGATAAGCCAAGTAACTCAATTGATCCAA 2196
||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1937 GTGCCACTGGTTCTTCCAGATTCTCTCACTCTAATAAGTCAAATAACTCAATTGATGCAA 1996
Query 2197 GTGGCAACAGGAGTGGATTTTCATATTGGCTGAAAAGTGGGAACCCGTTCTCAGCAAAGT 2256
|| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1997 GTTGTAACAGGAGTGGATTTTCATATTGGCTGAAAGGTGGTAACCCCTTCTCAGCAAAGT 2056
Query 2257 TAACTCACTATAGAGAAGATCAAGACTACTCCTCGATCAATGGAGA-A-----G-A--TC 2307
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | | | |
Sbjct 2057 TAACTCACTATAGAGAAGATCAAGACTACTCCTTGGTCAATGGAGATATCTCTGGAGATT 2116
Query 2308 ATGAAGGGAATGATAGTATTCATGATGATGTTGTGAATCCCAAGATAAGAGACATAAAAC 2367
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||
Sbjct 2117 ATGAAGGGAATGACAGTATTCACGATGATGTTGTGAATTCCAAGATAAGAGAGAAAAAAC 2176
Query 2368 GCA-TCAACGGAGGTAGTCCTGTTTCAGAAGATGAAAACGAAGACCTTCTTGCTGACTTT 2426
||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2177 GCACT-AACGGGGGTAGTCCTGTTTCAGAAGATGAAAAGGAAGACCTTCTTGCTGACTTT 2235
Query 2427 ATTGATGAGGATAGCCAGCTTCCAAGACGAAGTTTTACACGTAGTCAATCAAGGACTTCT 2486
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2236 ATTGATGAGGATAGTCAGCTTCCAAGACGAAGTTTCACACGTAGTCATTCAAGGACTTCT 2295
Query 2487 TCTTCACATTTTAGTACTAATGATGATTTGACAGCTCAAACAGGATCATCCCTTTGTCTT 2546
|||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2296 TCTTCATATCTCAGTACTAATGATGATTTGACAGCTCAAACGGGATCGTCCCTTTGTCTT 2355
Query 2547 CT 2548
||
Sbjct 2356 CT 2357
Score = 560 bits (303), Expect = 2e-158
Identities = 344/364 (95%), Gaps = 2/364 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2668 GTCAAGAAAATACTAATTCAGGTGGAAAAGGAGTTTCCGACTCTTTCAATCATCGTTTGA 2727
||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2360 GTCAAGAAAATACTAATTCAGGTGGAAAAGGAGGTGCTGACTCTTTCAACCATCGTTTGA 2419
Query 2728 AAAGCTGCTTATCAC-GGATATCACAAGAGTGTGAGCAATGGATAAAACCTCACGTTTCA 2786
||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2420 AAAGCAGCTTATC-CGGGATATCACAAGAATGTGAGCAATGGATAAAACCTCACGTTTCA 2478
Query 2787 TCATCACCATCTTCTTCACTTGCCTTTCCCAACACTGTTCATAGTCTTGCGGATGTGACT 2846
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2479 TCATCACCATCTTCTTCACTTGCCTTTCCCAACACAGTTCATAGTCTTGCGGACGTGACT 2538
Query 2847 CCAGCAAGTCCCTTAAATACTTCTGGTCACTTATCAGGCGTATCTTTTAGTCTCAAGGAA 2906
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2539 CCAGCAAGTCCCTTAAATACTTCTGGTCACTTATCAGGCGTATCCTTTAGTCTCAAGGAA 2598
Query 2907 AGATGTGCTGCTGTGGACACAGTATCTCTTGTGGCTCGGGTATTGCATAAATCAAAGGCT 2966
||||||||||| |||||||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||||||
Sbjct 2599 AGATGTGCTGCAGTGGACACTGTTTCTCTTGTGGCTAGGATATTACATAAATCAAAGGCT 2658
Query 2967 CATCTCCAATCAATGCTTATGTCAAGAAATGGGTCTCTGGTTGAAGACTTCTTTGGTCAA 3026
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2659 CATCTCCAATCAATGCTTATGTCAAGAAATGGCTCTCTAGTTGAAGACTTCTTTGGTCTA 2718
Query 3027 CTGG 3030
||||
Sbjct 2719 CTGG 2722
Score = 531 bits (287), Expect = 2e-149
Identities = 321/338 (95%), Gaps = 0/338 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1007 GTCAAATCTTGAAGACCTTGTTGAAGATGGAAACTATTGCAAGGCATTTCAAGTCCTATC 1066
||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 798 GTCAACTCTTGAAGACCTTGTTGAAGAAGGAAAGTATTGCAAGGCATTTCAAGTTCTATC 857
Query 1067 AGAGTATTTGCAGCTGCTTGACAGTCTATCTGAGTTCTCAGCAGCCCAAGAGATGACCCG 1126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 858 TGAGTATTTGCAGCTGCTTGACAGTCTATCTGAGTTCTCAGCAGCCCAAGAGATGACCCG 917
Query 1127 TGGTGTTGAGGTTTGGTTAGGAAGAACTCTTCATAAGCTGGATTCACTGTTGTTGGGCGT 1186
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 918 TAGTGTTGAGGTTTGGTTAGGAAGAACTCTTCATAAGCTGGATTCACTTTTGTTGGGCGT 977
Query 1187 TTGCCAGGAATTCAAAGAAGATAGTTATGTAATGGTCCTCGACGCTTATGCACTGATCGG 1246
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 978 TTGCCAGGAGTTCAAAGAAGATAGATATGTAATGGTCCTTGACGCCTATGCACTGATCGG 1037
Query 1247 TGATGTCTCTGGTCTCGCAGAAAAGATACAAAGTTTCTTTATGCAAGAAGTTATCTCAGA 1306
||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1038 TGATGTCTCTGGTCTTGCCGAAAAGATACAGAGCTTCTTTATGCAGGAAGTTATCTCAGA 1097
Query 1307 AACCCACTCAGTGCTAAAGAGCATTGTTGGGGAGGATA 1344
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1098 AACCCACTCAGTGCTAAAGACCATTGTTGGGGAGGATA 1135
Score = 496 bits (268), Expect = 7e-139
Identities = 357/398 (90%), Gaps = 14/398 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1341 GATAACAGTGCTGCCACCCAATATAGTAGACTTACCTACAGCGATCTATGCCTTCAAACA 1400
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1180 GATAACAGTGCTGCCACCCAATATAGTAGACTTACCTACAGCGATCTATGCCTTCAGACA 1239
Query 1401 CCAGAATCCAAGTTTAGGCAATGTCTTTTGAGAACACTAGCTGTGCTTTTTCAGTTAATA 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1240 CCAGAATCCAAGTTTAGGCAATGTCTTTTGAGAACACTAGCTGTGCTGTTTCAGTTAATA 1299
Query 1461 TATTCATACCATGAGATAATGAGTTTCACGCCAGAAAAGGAGGCAGAAATTTTGGTCTCA 1520
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||| |||||
Sbjct 1300 TATTCATACCATGAGATAATGAGTTTCACGCCCGAAAAGAAGATAGAAAGTTTGATCTCA 1359
Query 1521 CCCAGTCTTGCAACAACTCAAATGGTTGATTCAGTGACCGGAAGTTCATGTGACCCACAG 1580
|| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |
Sbjct 1360 CCAAGTCCTGCAACAACTCAAAAGGTTGATTTAGTGACCGGAAGTTCATGCGACCTACTG 1419
Query 1581 GATGGTGGTCTAT-TGC--C---G-G---G--AAGCATACCTCCTTGTACCATTTCCGCT 1628
||||||||||| | | | | | | | |||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1420 GATGGTGGTCTCTCTTCTACCATGAGTTCGGGAAGCATACCTCCTTGTACAATTTCTGCC 1479
Query 1629 GAAGAGTCGGATGGAAGTGGAACATCCAGTTCAGTGCAGC-TGGCGTCTAATATTGCAAT 1687
|||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1480 GAAGAGTCTGATGTAAGTGGAACATCCAGTTCCGTGCAGCATGT-GTCTAATATTGCAAT 1538
Query 1688 AGATGAGTCTAGGAATTCTGAAGATAGAGTATCAAGTA 1725
|||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||
Sbjct 1539 AGATGAGTCTAGGAATTCTGGAGATACAGTATCCAGTA 1576
Score = 453 bits (245), Expect = 4e-126
Identities = 325/362 (90%), Gaps = 12/362 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 443 TGGTCTCTTACCTTCTCCTTCTATCTCCGATCGTCCTGAGATTCCAGCACGTGCTGCGGC 502
||||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 207 TGGTCTCTTACCTTCACCCTCTTTCTCTGATCGCCCTGAGATTCCGGCACGTGCTGCAGC 266
Query 503 AGCTGCTGCGGTTGCTCGTGCTTTGGCGGGACTTCCTTCTGATCAGAGATTGAGTATATC 562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 267 TGCTGCTGCGGTTGCTCGTGCTTTGGCGGGACTTCCTTCTGATCAGAGATTGAGTATATC 326
Query 563 TTCTACTGCTACTGAGCTTAACTCAATTTATGGAAACAGACCTCTTCCTCAACAAGTTGA 622
|||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 327 TTCTACTGCTACTGAGCTTAGTTCTATATATGGTAATAGACCTCTTCCTCAACAAGTTGA 386
Query 623 AGAGCTTGAAGAAGGTTTCTATGAAGAGGATTTTGATCCGGTAAGGCATATTTTGGAGAA 682
||||||||||| || | | || |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 387 GGAGCTTGAAGA-GG-----A-G--GA---TTTTGATCCGGTAAGGCATATTTTAGAGAA 434
Query 683 TGTGCCGGATGATGAAAGTGAGTTAGCTTATTTTGAGAAGCAGGCTACCTTGAGGTTGGT 742
|||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 435 TGTGCCAGATGATCAGAGTGAGCTAGCTTATTTTGAGAAGCAGGCCACCTTGAGGTTGTT 494
Query 743 ACAGCTGGATAAAGTGGCAGAAACTCTGTCTCACCATGTTATGGAGCATCATGAAGTAAT 802
|||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 ACAGTTGGATAGAGTGGCAGAAAATCTGTCTCACCATGTTATGGAGCATCATGAAGTAAT 554
Query 803 GG 804
||
Sbjct 555 GG 556
Score = 222 bits (120), Expect = 1e-56
Identities = 143/154 (93%), Gaps = 2/154 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 807 AAGGGGATGAATTTGGTAAGAGAATTGGAGAAAGATTTGAAGATTGCAAATGTCATCTGC 866
||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 646 AAGGGGATGAATTTGGTTAGAGAACTGGAAAAAGATTTGAAGATTGCAAATGTTAGCTGC 705
Query 867 AAGAATGGAAGACGAAATTTGACTTCTTCTATGAATGAGGCTTCAAGAGATCTTATTGTA 926
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||
Sbjct 706 AAGAATGGAAGACGAAATTTGACTTCATCTATGAATGAAGCTTCAGGGGATCTTATTGTA 765
Query 927 CACACTCATTCCAAAAAGAAACAAGC-TCTTCTG 959
|||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 766 CACACTCATTCCAAAAAGAAACAAGCAT-TTCTG 798
> Ahg359646 jgi|Araly1|359646|fgenesh1_pg.C_scaffold_580000001
Length=609
Score = 789 bits (427), Expect = 0.0
Identities = 477/501 (95%), Gaps = 4/501 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 371 AGGCACTGGTGTCATGGATTTATCTAAAGTTGGTGAAAAATTCCT-CAGCTCTGTTAAAT 429
|||||| || | |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 111 AGGCACGGGGGGCATGGATTTATCGAAGGTTGGTGAAAAATTCCTCCA-CTCTGTTAAAT 169
Query 430 CCGCTACTTCTCTTGGTCTCTTACCTTCTCCTTCTATCTCCGATCGTCCTGAGATTCCAG 489
||||||||| ||||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 170 CCGCTACTTTTCTTGGTCTCTTACCATCACCATCGATCTCGGATCGTCCTGAGATTCCGG 229
Query 490 CACGTGCTGCGGCAGCTGCTGCGGTTGCTCGTGCTTTGGCGGGACTTCCTTCTGATCAGA 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 230 CACGTGCTGCGGCAGCTGCTGCGGTTGCTCGTGCTTTGGCGGGACTTCCTTCTGATCAGA 289
Query 550 GATTGAGTATATCTTCTACTGCTACTGAGCTTAACTCAATTTATGGAAACAGACCTCTTC 609
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 290 GGTTGAGTATATCTTCTACTGCTACTGAGCTTAACTCAATTTATGGAAATAGACCTCTTC 349
Query 610 CTCAACAAGTTGAAGAGCTTGAAGAAGG-TTTCTATGAAGAGGATTTTGATCCGGTAAGG 668
||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 CTCAACAAGTTGAAGAGCTTGAAGAGGGATTT-TATGAAGAGGATTTTGATCCGGTAAGG 408
Query 669 CATATTTTGGAGAATGTGCCGGATGATGAAAGTGAGTTAGCTTATTTTGAGAAGCAGGCT 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 CATATTTTGGAGAATGTGCCGGATGATGAAAGTGAGTTAGCTTATTTTGAGAAGCAGGCT 468
Query 729 ACCTTGAGGTTGGTACAGCTGGATAAAGTGGCAGAAACTCTGTCTCACCATGTTATGGAG 788
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 469 ACCTTGAGGTTGGTACAGCTGGATAGAGTGGCGGAAAATCTGTCACACCATGTTATGGAG 528
Query 789 CATCATGAAGTAATGGTGAAGGGGATGAATTTGGTAAGAGAATTGGAGAAAGATTTGAAG 848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 529 CATCATGAAGTAATGGTGAAGGGGATGAATTTGGTAAGAGAATTGGAAAAAGATTTGAAG 588
Query 849 ATTGCAAATGTCATCTGCAAG 869
|||||||||||||||||||||
Sbjct 589 ATTGCAAATGTCATCTGCAAG 609
Score = 158 bits (85), Expect = 4e-37
Identities = 106/115 (92%), Gaps = 6/115 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 225 ATGCAGCCTAATCTCTTCTTCCCATTCGGTTCAGTTTTGGGTAATCCATTTCTCTTCAAT 284
|||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCAGCC-AA-ATC-TCTTCCCATTCGGTTCAGTTTTGGGTAATCCATTTCTCTTCAAT 57
Query 285 GGCGGTGGAGATCTAAACGAACTTGGTTCTGGTGCTGCT-TTCGAGAGCTCTAGG 338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 58 GGCGGTGGAGATCTAAACGAACTTGGTTCTGGTGCTGGGATTC-A-AGCTCTAGG 110
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145570216725
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5