BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27950.1
Length=3144
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933239 jgi|Araly1|933239|scaffold_401227.1 3720 0.0
> Ahg933239 jgi|Araly1|933239|scaffold_401227.1
Length=2565
Score = 3720 bits (2014), Expect = 0.0
Identities = 2400/2580 (93%), Gaps = 51/2580 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 392 GTTAAAGATTGATCAAATGGCTATCGCTGGTCTGCAAAATATTTTGGTGATCGATTCATC 451
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 7 GTTAAAGATTGATCAAATGGCTATTGCTGGTCTGCAAAATATTTTGGCGATCGATTCCTC 66
Query 452 TTTCCGTCGGGACTCTGAGGTTCAGGCGA-CTAGACAAAGGGAAAATGAGGGAAGGTCAA 510
||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||
Sbjct 67 TTTCCGTCGGGACTCTGAGGTTC-GGCCATCTAGACAGAGGGAAAATGAAGGAAGGCCAA 125
Query 511 GCGTCCGGGCATCCTCACTCCTACAGATGTGGAGGGAACTTGAGGATGATCATGTGATGG 570
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 126 GCGTCCGGGCATCCTCACTCCTACAGATGTGGAGGGAACTTGAGGATGATCACGTGATGG 185
Query 571 GTCATGCTCGTGAGAGAGATGGTGAGAGGAGGAGTGTTTCTTCACCATCTAATACTATGA 630
||||||||||| |||| | ||||| | | | |||||| || |||| | || |||
Sbjct 186 GTCATGCTCGT----GAGA----G-GAGGA-GCG-G-TTCTTCTCCTTCTAGTGCTTTGA 233
Query 631 GGGGAAATGGTTGTGACAGTAATATTAGTGCACATGATATTGTTAGAGATAGTGTTAATC 690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 234 GGGGAAATGGTTGTGACAGTAATATTAGTGCACATGATATTGTTAGAGATAGTGTAAATC 293
Query 691 TGGGTGAGAATGAACTTGGTGGATGGTCTCCCACCCAGAGTCATGTTGGGTCACATAACT 750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 TGGGTGAGAATGAACTTGGTGGATGGTCTCCCACCCAGAGTCATGTTGGGTCACATAACT 353
Query 751 CGAGTGAGGATCTCGGCCCTTTTCAGAGCGAGCATTTTTCTGATCTGGGGATGGGTGAAA 810
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 CGAGTGAGGATCTCGGCCCTTTTCATAGCGAGCATTTTTCTGATCTGGGGATGGGTGAAA 413
Query 811 GGGAAAGAGTTAGACAGATTTTTCGTGAGTGGACGAGCTCTGGGACAGGTCAGCATACTG 870
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 GGGAAAGAGTTAGACAAATTTTTCGTGAGTGGACGAGCTCTGGGACAGGTCAGCATACTG 473
Query 871 ATTCTGCTTCCCAAGCAACCAACAGCTCAAGAGCAGAATGGCTTGGTGAAACTGAACAAG 930
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 474 ATTCTGCTTCCCACGCAACCAACAGCTCAAGAGCAGAATGGCTTGGTGAAACTGAACAGG 533
Query 931 AAAGGGTGAGGATCATAAGGGAGATGGTTCAGATGAATAGCCAGCAGAGGCCTGCTCTTG 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 AAAGGGTGAGGATCATAAGGGAGATGGTTCAGATGAATAGCCAGCAGAGGCCTGCTCTTG 593
Query 991 GTGATCTCAGGGAAGAACAACCTATTGAAGGTGCTAATCAGATTGAAAGAGTACTTGATG 1050
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GTGATCAAAGGGAAGAACAACCTATTGAAGGTACTAATCAGATTGAAAGAGTACTTGATG 653
Query 1051 GAATA-GTTGTTAATCCAAACAGCATCCAGAATGAACATGCTAGAAGAGGCATACGCAAG 1109
| | | |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 G-ACAGGTTGAAAATGCAAACTGCATCCAGAATGAACATGCTAGAAGAGGCATACGCAAG 712
Query 1110 TTGTGTGGTAGGCAAGTGTGGGTGGATATGTTAAAAATGGCTGAGATG-GAAAGGCAAAG 1168
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 713 TTGTGTGGTAGGCAAGTGTGGGTAGATATGTTAAAAATGGCTGAGA-GAGAAAGGCAAAG 771
Query 1169 AGAGCTGGAGGGATTGATGCAGCATCATGCAGTATCAAACTTCGCTCATCGCAACCGCAT 1228
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 772 AGAGCTGGAGGGTTTGATGCAGCATCATGCTGTATCAAACTTCGCTCATCGTAACCGCAT 831
Query 1229 TCAGGCATTGCTAAGGGGGAGATTCTTGCGAAATGGTGACAACGATGATAAAGAGAAACC 1288
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 TCAGGCATTGCTAAGGGGGAGATTCTTGCGAAATGGGGACAACGATGATAAAGAGAAACC 891
Query 1289 AACATCATCTGCAGCCACTGAGTTGGGCTTTCTAAGAGAGAGGCACACTGTATCTGAGCT 1348
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 AACATCATCCGCAGCTACTGAGTTGGGCTTTCTAAGAGAGAGGCACACTGTATCTGAGCT 951
Query 1349 GAGGGAGGAATTTATATCCAGACTGGACCGGTCTGCCTCTGGTCAAGCGAGCAGTAGTCA 1408
||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 GAGGGAGGAGTTTATATCTAGATTGGACCGGTCTGTCTCTGGTCAAGCGAGCAGTAGTCA 1011
Query 1409 CTCTGAGACCTCATCAAATGCTGAAACTGATCATAATAGAGGTGAACAAAACGACCTGAA 1468
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1012 TTCTGAGACCTCATCAAATGCTGAAACCGATGATATTAGAGGTGAACAAAACGAACTGAA 1071
Query 1469 TTGTCTAGATAGCATCAATGATGCAGACGGTGGTTCAGATCAAAATGGCCGAGAGGCTGA 1528
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1072 TTGTCTCGATAGCATCAATGGTGCAGACGGTGGTTCAGGTCAAAATGGCAGAGAGGCTGA 1131
Query 1529 CAACCAAAGTTCACTGGATGAGATAACTAACTCTGGACGGTGTTGTAGCCGGAGCACAAG 1588
|||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || | || || |||||||||||
Sbjct 1132 CAACCAAATTTCGCTGGATGAGATAACTAATTCTGAACACTTTTATAATCGGAGCACAAG 1191
Query 1589 TTTGGAAGAAAGGACTGCACGTGTAGAAGGCTGGCAACGGTCAGAAATTGATGATTTTTC 1648
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TTTGGAGGAAAGGACTGCACGTGTAGAAGGCTGGCAACGGTCAGAAATTGATGATTTTTC 1251
Query 1649 TCAAAGAAGAAATGATACGGAAGT-G----G---A-CC-T------GA--ATGCTACTGG 1690
|||||||||||||||| | ||||| | | | || | || ||||||||||
Sbjct 1252 TCAAAGAAGAAATGATGCTGAAGTGGACATGAATAGCCATCAAAGAGAGGATGCTACTGG 1311
Query 1691 GTGTTCATCCTCTTCAATTCATGGAGATGAGATCAGATACGGTTGTCAATTACGAGAAAC 1750
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |
Sbjct 1312 GTGTTCATCCTCTTCAATTCATGGAGACAAGATCAGATACGGCTGTCAATTACGAGGACC 1371
Query 1751 TATCGAGATACCCTATGAACAGTCTCTGCAAATTTCTGAAGAAATTGCCACCATGGGACC 1810
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 TATCGAGATACCTTATGAACAGTCTCTGCAAAGTTCCGAAGAAATTGCCACCATGGGACC 1431
Query 1811 GATAAACCGGACAA-CAAATTTCCAGGAGAATCTGGGCGAAAGCATTAACCTAACTGTCA 1869
||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||
Sbjct 1432 GATAAACAGGACAATC-AATTTCCAGGAGAATCTGGTTGAAAACATTATTCTAAATGTCA 1490
Query 1870 CTCTAGAGGAACAAACCGTGGAGCAG---ATGGAAAACGAAGAATCCGATTGGCAACTTA 1926
||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1491 CTCCAGAGGAACAACCCGAGGAGGAGACTATGGAAAACAAAGAATCCGGTTGGCAACTTA 1550
Query 1927 TCAATGGTGCAACCAGTGCATGGAGAGATGACGCTGAAGAGGAGGCAGATACAGATGTTC 1986
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1551 TCAATGGTGAAACCAGTGCATGGAGAGATGACGCTGAAGAGGAAGCAGATACAGATGTTC 1610
Query 1987 CTGAGAATTTTCCAAATCAGTTATCCCAGTTATCATCTGTGGACGAGGACAGAGAAGCCA 2046
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1611 CTGAGAATTTTCCAAATCAGTTATCCCAGATATCATCCGTGGACGAGGAGAGAGAAGCCC 1670
Query 2047 ACATACTCGGGGAACTCACAGAGATGCAGCCTGATGATGATGCTGCATCTCTTCAAAGCA 2106
| | ||| |||||| | |||||||| ||||||||| | ||| | |||||||||||
Sbjct 1671 ATGTTCTCACAGAACTCGCGGAGATGCAACCTGATGAT-A--CTG-A--TCTTCAAAGCA 1724
Query 2107 CAATACAAGACTGGTCAGAGGAACATTCTGATCAGGACACAGTTTCAATGGGAAGGGCTA 2166
|| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |
Sbjct 1725 CAGTACAAGACTGGTCGGAAGAACATTCTGATCAGGACACAGTTTCACTTGGAAGGGC-A 1783
Query 2167 -CCACATTCTTTCCTCCGGATGATGGTAATGAGAACAACATGGAACTCAGAGAACTCTCG 2225
|||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1784 GCCACGTTCTTTCCTCCGGATGATGATACTGAAAACAACATGGAACTCCGAGAACTCTCG 1843
Query 2226 AGCAGGAGACGTGTCTCAAATCTTCTGCAGAGCGGGTTTAGGGAAAATCTTAGCCAGTTG 2285
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1844 AGCAGGAGACGTGTCTCAAATCTTCTGCAGAGCGGGTTTAGGGAAAATCTTAACCAGTTG 1903
Query 2286 ATACAATCTTACATGGACAGACGAAGCCAAAATCCTGTCGACTGGGAAGAAGC-CGAGAC 2344
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1904 ATACAATCTTACATGGACAGACGAAGTCGAAATCCTGTCGACTGGGAAGAA-CACGAGAC 1962
Query 2345 TTATTCTGACCATACAATAGTAGGTGAAGATACCGAACAGCAGGATGATGCTCAGAGTGG 2404
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1963 TTATTCTGACCATACAATAGTAGGTGAAGATACAGAACAGCAGGATGATGCTCAGACTGG 2022
Query 2405 TGGTCAAGAACTTGATGCTGTTGAATCTCCTCCTTTGACTCTACCCTCCCCAGTCATCCC 2464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 2023 TGGTCAAGAACTTGATGCTGTTGAATCTCCTCCTTTGTCTCTACCCTCCCCAGTGATCCC 2082
Query 2465 TATTCAGCCACGGTGGGACCATGATCGATCCCATTCAAACTGGCCGGCACATGATTTGCA 2524
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 TATTCAGCCACGGTGGGACCATGATCGATCTCATTCAAACTGGCCGGCACATGATTTGCA 2142
Query 2525 TCAGGGCATTGGAATGGATTGGGATTCGATCAACGATTTGAGGGTTGACATGGGTAGAAT 2584
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 TCAGGGCATCGGAATGGATTGGGATTCGATCAACGATTTGAGGGTTGACATGGGTAGAAT 2202
Query 2585 ACAGCAAAGGATGGATAACCTGCAGAGGATGCTAGAGGCTTGCATGGAAATGCAACTCGA 2644
||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 ACAGCAAAGGATGGATAACTTGCAGAGAATGCTGGAGGCTTGCATGGAAATGCAACTCGA 2262
Query 2645 GTTACAACGGTCCATAAGACAAGAGGTCTCTGCTGCGATGCACCGCTCTACTGACCAACC 2704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2263 GTTACAACGGTCCATAAGACAAGAGGTCTCTGCTGCAATGCACCGCTCTACTGACCAATC 2322
Query 2705 AGGTCCATCCAAGGACACTGCGAGTTACGAGTCAAAATGGGAATATGTAAGGAAAGGGAT 2764
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 AGGTCCATCCAAGGACACTGAGAGTTACGAGTCAAAATGGGAATATGTAAGGAAAGGGAT 2382
Query 2765 CTGCTGCGTATGCTGCGAGAGCAATATTGACTCTTTATTGTATAGATGTGGACATATGAA 2824
|||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2383 CTGCTGCGTATGCTGCGAGAGCAACATCGATTCTTTATTGTATAGATGCGGACATATGAA 2442
Query 2825 CACCTGCGAGAAGTGTGCAAAGAAGCTAGTGGAAGCGGGAGGAAAATGTCCCATGTGTCA 2884
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2443 CACCTGCGAGAAGTGTGCAAAGAAGCTAGTCGAAGCAGGAGGAAAATGTCCCATGTGCCA 2502
Query 2885 AGCCCCTGTGATTGAGGTAGTTCGTGCTTACTCTATTCTTTGAAACTCTTGTGCTCTCCT 2944
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 AGCCCCAGTGATTGAGGTAGTTCGTGCTTACTCTATTCTTTGAAACTCTTGTGCTCTCCT 2562
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118765383910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5