BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G27980.1
Length=3540
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481710 jgi|Araly1|481710|fgenesh2_kg.4__770__AT2G27980.1 2625 0.0
> Ahg481710 jgi|Araly1|481710|fgenesh2_kg.4__770__AT2G27980.1
Length=3327
Score = 2625 bits (1421), Expect = 0.0
Identities = 1704/1838 (93%), Gaps = 29/1838 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 GGTTCGTACTGGGTGTAAAAGAGAATTGCAATTTGTTTTGAAATCTCAGTCTGAGATCTG 104
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 33 GGTTCGTACTGGGTGTAAAAGAGAGTTGCAATTTGTTTTGAAATCTCAGTCTGAGATCTG 92
Query 105 TGGTGGTGAGTCTTTAGGTCGGACTAGGGGAAGTAGAAACTTGAATGGTGAGTCTAGAAG 164
|||||||||||| |||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 93 TGGTGGTGAGTCATTAGGTCGGACTCGTGGAAGCAGGAACTTGAATGGTGAGTCTAGAAG 152
Query 165 TGTGGAGGTTAAGAAATCGATTCGCGCGTCTGGTTT-AAAGAGTGGGATTAAGAAGATGC 223
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 153 TGTGGAGGTTAAGAAATCGATTCGTGGGTCTGGTTTGAAA-AGTGGGATTAAGAAGATGC 211
Query 224 GTTTTAGTAAAGATGAGGAAGTTGGTGAAGTTGTAATGTCTGATACTGTTGGTGTTGGTT 283
|||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 GTTTTAGTAAAGATGAGGAA----GT----TT-TAATGTCTGATACTGTTGGTGTTGGTT 262
Query 284 TGGAGGAAGAAGAAGTTAAGAGTGATGTTATTGATGTTGACTCTG-C-TTTGGTTGAATC 341
|||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| | | |||| |
Sbjct 263 TGGAGGAAGATGAAGGTAAGAGTGATGTTGTTGATGTTGA-AGAGACAAAGGGTT--TTG 319
Query 342 TATGAGTGAAGATAAAGGACTAGAAGAGAAGAATGATGTTGAGATTGAGAATGGGGATGA 401
| | || || | | |||| || | || |||||| || ||||||| ||||||||||||
Sbjct 320 T-TAAG-GACG---AGGGACAAG-A-AG-AGAATG-TG--GAGATTGGGAATGGGGATGA 368
Query 402 TAATGTGGTGATGAATGAGGATCACTTACTTGAGCAAACTGAGAAGGTTTCAGAGAAGGT 461
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||| ||| ||
Sbjct 369 TAATGTGGTGATGAATGAGGATCATTTACTGGAGCAACCTGAGAAGGGTTCACTGAAAGT 428
Query 462 TATAGAGGCTGAGAAGGTATGTTCGATTGGAGGAGACAGTGTTATTGATAGAGAAATAGT 521
|| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 429 TACAGAGGCTGAGAAGGTATGTGCGATTGGGGGAGACAGTGTGATTGACAGAGAGATAGT 488
Query 522 TGTGGCATGTCCTGCAGGTCTTAGTGTGATGGAAAAAATGGCTTCTAGATCTTGTAAGGT 581
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 489 TGTGGCATGTCCTGCAGGTCTTAGTGTGTTGGAGAAAATGGCTTCTAGATCTTGCAAGGT 548
Query 582 TAAGTTGGAAAGAGGTTTGGTCTATGCGAAACCCTGTAAAAGGTTGACACGGTCGATGCT 641
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 549 TAAGTTGGAAAGAGGTTTGGTTTATGCGAAACCCTGTAAAAGGTTGACACGGTCGATGTT 608
Query 642 GAAGGTTGAGGGTATCAAGTCTGAGGTTAATGCTGATGATGATCATGTAAATCCAGAAAA 701
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 609 GAAGGTTGAGGGTATTAAGTCTGAGGTTAATGTTGATGAAGATCATGTAAATCCAGAAAA 668
Query 702 GGATGCTATAGGTAGTGAAGATAATTGTGTTGATGTTTCTGGTTCAGTGGCATATGTGGT 761
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || | |
Sbjct 669 GGATGCTATAGATAGTGAAGATAATTGTGTTGGTGTTTCTAGTTCAGTGGCATGTGAGAT 728
Query 762 GGAGGAGGAGCTTCTTGAGCAAAATAATGTGGAGATATGCCTTGGGCTTCCAAGTAGATC 821
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 729 GGAGGAGGAGCTTCATGAGCAAAATAATGTGGAGATATGCCTCGGGCTTCCAAGTAGATC 788
Query 822 ATCCCAGATGAATGGTCATTCTCTATGCCTCGGGCTTCCAAGTAGATCATTCCAGATGAG 881
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 ATCCCAGATGAGTGGTCATTCTCTATGCCTTGGGCTTCCAAGTAGATCATTCCAGATGAG 848
Query 882 TGGTCATTCTCAAGGTGTTGATAAGAAGGCAGTGAATGATACAGTAGATAAGCCATTGAG 941
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||
Sbjct 849 TGGTCTTTCTCAACGTGTTGATAAGAAGGCAGTGAATGATATAGTAGCTAAGCCGTTGAG 908
Query 942 GAGGTTTACTAGGTCATTGGTCAAACAAGAAAGTGATTCAGACAATCCTAATTTGGGAAA 1001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 909 GAGGTTTACTAGGTCATTGGTCAAACAAGAAAGTGATTCAGACAATCTTAATTTGGGAAA 968
Query 1002 TACTACCGAACCAGCAGACTTGGTCGATGTAGATATGCATGCCAATGATGTTGAAATGGA 1061
|| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 TAATACTGAACCAGCAGACTTGGGCGAGGTAGATATGCATGCCAATGATGTTGAAATGGA 1028
Query 1062 TGGTTTTCAAAGTCCTTCAGTTACTACTCCCAACAAGCGTGGCAGACCCAAGAAATTTCT 1121
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1029 TGATTTTCAAAGTCCTTCAGTTACTACTCACAACAGGCGTGGTAGGCCCAAGAAATTTCT 1088
Query 1122 AAGGAATTTCCCAGCAAAGCTGAAAGATATTTTTGATTGTGGAATACTTGAGGGACTAAT 1181
||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 AAGGAATTTCCCAGCAAAGCTGAAAGAAATTCTTAATTGTGGAATACTTGAGGGACTAAC 1148
Query 1182 TGTGTACTATGTTCGAGGAGCAAAGGTGAGAGAGGCGGGGACTAGAGGGCTTAAAGGAGT 1241
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 TGTGTACTATCTTCGAGGAGCAAAGGTGAGAGAGGCGGGGACTAGAGGGCTTAAAGGAGT 1208
Query 1242 GATAAAAGGATCAGGCGTTTTGTGCTTTTGTAGTGCCTGCATAGGAATACAGGTGGTGAG 1301
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||
Sbjct 1209 GATAAAGGGATCAGGCGTTTTGTGCTTTTGTTGTGCCTGCAAAGGAATGCAAGTGGTGAG 1268
Query 1302 CCCTGCCATGTTCGAGTTGCATGCTTCTAGC-AATAACAAACGCCCACCTGAATATATCT 1360
| ||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1269 CACTGCCATGTACGAGGTGCATGCTTCTAGCGCA-AACAAGCGCCCTCCTGAATATATCT 1327
Query 1361 TACTGGAGTCTGGATTCACACTTCGTGATGTCATGAATGCATGCAAGGAAAATCCTTTGG 1420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1328 TACTGGAGTCTGGATTCACACTTCGTGATGTCATGAATGCATGCAAGGAAACTCCCTTGG 1387
Query 1421 CTACACTAGAAGAGAAACTTCGTGTGGTAGTTGGACCAATTTTAAAGAAATCTAGCCTGT 1480
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 CTACACTAGAAGAAAAACTTCGTGTGGTAGTTGGACCAAATTTAAAGAAATCTAGCCTGT 1447
Query 1481 GTTTGAGTTGCCAAGGTCCAATGATTGAGCCTTGTGATACAAAATCATTAGTTGTGTGCA 1540
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 GTTTGAATTGCCAAGGTCCAATGATTGAACCTTGTGATACAAAATCATTAGTTGTGTGCA 1507
Query 1541 AATCGTGTTTGGAGAGTAAGGAGCCAGAATTCCATAACAGTCCGTCTAAAGCAAATGATG 1600
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||
Sbjct 1508 AATCATGTTTGGAGAGTAAGGAGCCAGAATTCCACAACAGTCCTTCTAAAGGAAATGGTG 1567
Query 1601 CTCTTAACGGTTCGTCTAGGCCAAGTGTGGATCCAAAATCTATCCTTAGAAGGTCAAAAT 1660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1568 CTCTTAACGGTTCGTCTAGGCCAAGTGTGGATCCAAAATCTATCCTTAGTAGGTCAAAAT 1627
Query 1661 CCAGTCCTCGCCAAAGTAACAGGCGAGAACAACCAACCAGAAAGTCAACTGAGCCAGGTG 1720
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1628 CCAGTCCTCGCCAAAGTATCAGGCGAGAACAACCAACCAGAAAGTCAACTGAGCCAGGCG 1687
Query 1721 TGGTTCCAGGAACTATTCTGAGCGAGTCAAAAAACAGCTCAATCAAAAGCAACAGCCATG 1780
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1688 TGGTTCCAGGAACTATTCTGAGCGAGTCAAAATCCAGCTCAATCAAAAGCAACAGCCAAG 1747
Query 1781 GGAAACTAACCAGAAAGGATTTGCGGCTGCACAAACTTGTTTTTGAGGATGATATACTGC 1840
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 GGAAACTAACCAGAAAGGATGTGCGGCTGCACAAACTTGTTTTTGAGGATGATATACTGC 1807
Query 1841 CAGATGGGACTGAAGTAGGTTATTTCGTTGCTGGAGAG 1878
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1808 CAGATGGGACTGAAGTGGGTTATTTCGTTGCTGGAGAG 1845
Score = 1886 bits (1021), Expect = 0.0
Identities = 1175/1249 (94%), Gaps = 11/1249 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2158 GTATGTGCTTCTCTACCAAGCCTTCCGAGTGAGAGGTGGTCCTGCAAATATTGTGTGAAT 2217
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 GTATGTGCTTCTCTATCAAGCCTTCCGAGTGAGAGGTGGTCCTGCAAATATTGTGTGAAT 2079
Query 2218 ATGGTTGAGAGAGAGAAGTTCGTGGATAGCAATCTCAACGCCATTGCAGCTGGGAGAGTT 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080 ATGGTTGAGAGAGAGAAGTTCGTGGATAGCAATCTCAACGCCATTGCAGCTGGGAGAGTT 2139
Query 2278 CAGGGAGTTGATGCAATTGCTGAGATAACCAATAGATGCATTCGAATTGTCAGCTCTTTT 2337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||
Sbjct 2140 CAGGGAGTTGATGCAATTGCTGAGATAACCAATAGATGTATTCGAGTTGTCAGCTCCTTT 2199
Query 2338 GTGACCGAGCTCCCAAGTGTATGCGTGTTATGCAGAGGTCATAGTTTTTGCAGGTTGGGC 2397
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2200 GGGACCGAGCTCCCAAGTGTATGCGTGTTATGCAGAGGTCATAGTTTTTGCAGGTTGGGC 2259
Query 2398 TTTAATGCTCGCACTGTGATTATCTGTGATCAGTGTGAAAAGGAATTCCATGTTGGCTGT 2457
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2260 TTTAATTCTCGCACTGTGATTATCTGTGATCAGTGTGAAAAGGAATTCCATGTTGGCTGT 2319
Query 2458 TTGAAAGAACGTGACATTGCTGATCTCAAGGAGCTACCTGAAGAAAAATGGTTCTGTTCC 2517
||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2320 TTGAAGGAACATAACATTGCTGATCTCAAGGAGCTACCTGAAGAAAAATGGTTCTGTTCT 2379
Query 2518 CTCGGGTGCGAAGAGATCAACACTACATTGGGCAATCTGATAGTTCGCGGAGAAGAGAAG 2577
||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2380 GTCGACTGTGAAAAGATCAACACTACATTGGGCAATCTGATAGTTCGCGGAGAAGAGAAG 2439
Query 2578 CTAAGTAACAATATTCTGAATTTTTTAAGGAAGAAGGAACAACCTAATGAAGAAAACTGT 2637
|| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2440 CTTAGTAACAACATTCTGAATTTTATAAGGAAGAAGGAACAACCTAATGAAGAAAGCTGT 2499
Query 2638 CCAGATTATAAAACCACTCCTGACATAAGATGGAGGGTCCTTAGTGGGAAGTTGACCTCT 2697
|||||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2500 CCAGATGACAACACCACCCCCGACATAAGATGGAGGGTCCTTAGTGGGAAGTTGACCTCT 2559
Query 2698 TCAGATGATACCAAAATATTGCTTGCAAAGGCACTTTCCATTCTTCATGAACGGTTTGAT 2757
|| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2560 TCGGATGAAACAAAAATATTGCTTGCAAAGGCAGTTTCCATTCTTCATGAGCGGTTTGAT 2619
Query 2758 CCTATCAGTGAATCTGGGACCAAGGGAGATTTGATACCAGCCATGGTGTATGGAAGGCAA 2817
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2620 CCTATCAGTGAAACTGGGACCAGGGGAGATTTGATACCTGCCATGGTGTACGGAAGGCAA 2679
Query 2818 ACAAAGGCCCAAGATTTTAGTGGCATGTACTGCACTATGTTGGCTGTGGACGAAGTGATT 2877
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2680 ACAAAGGGCCAAGATTTTAGTGGCATGTACTGCACCATGTTGGCTGTGGATGAAGTGATA 2739
Query 2878 GTTTCAGTGGGAATCTTTAGGGTTTTTGGGTCAGAACTTGCAGAACTCCCTCTGGTTGCT 2937
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2740 GTTTCAGTGGGAATCTTTAGGGTTTTCGGGTCAGAACTTGCAGAACTCCCTCTGGTTGCT 2799
Query 2938 ACCAGCAAAGATTGTCAAGGGCAGGGTTACTTCCAATGCCTGTTTGCTTGCATCGAGAGG 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2800 ACCAGCAAAGATTGTCAAGGGCAGGGTTACTTCCAATGCCTGTTTGCTTGCATCGAGAGG 2859
Query 2998 CTACTTGGGTTCCTAAACGTGAAACATATCGTGCTACCAGCAGCAGATGAAGCCAAATCC 3057
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2860 CTACTTGGGTTCCTAAACGTAAAACATATCGTGCTACCAGCAGCAGATGAAGCCAAATCC 2919
Query 3058 ATATGGACTGACAAATTTGGTTTCACCAAGATGACCGACGAAGAGGTGAAAGAATACAGA 3117
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2920 ATTTGGACTGACAAATTTGGTTTCACCAAGATGACCGACGAGGAGGTGAAAGAATACAGA 2979
Query 3118 AAAGACTACTCGGTGATGATCTTTCATGGAACATCTATGTTGAGAAAGAGTGTACCAGCA 3177
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 2980 AAAGACTACTCAGTGATGATCTTTCATGGAACATCTATGTTGAGAAAGAGCGTGCCTGCA 3039
Query 3178 CCGAGTGCCGTGAGTAAAACTGAGGCCAGTAAGGAGGAGTAAGCTCAAGGTTGTCtttgt 3237
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 3040 CCGAGTGCCCCAAGTAAAACTGAGGGCAGTAAGGAGGAGTAAGCTCAAGGCCGTCTTTAT 3099
Query 3238 tttttggtttttGGAAAGTTGGTGAAACGATTGGATGCTCTTTTTTAATCTAATTTCGGG 3297
||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3100 TTTTTGGTT-----A--GTCGATGAAACGATTGGATGCTCTTTTTTAATCTAATTCCGGG 3152
Query 3298 TAGTAGCCACGTTCTTGTACAGGTTTCTCCCCTAACGTGTCTTTCTTTGTAATGGAAACT 3357
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||| |||||
Sbjct 3153 TAGTAGCCACGTTCGTGTACAGGTTTTTCCCCTAATGTGTCTCTCTTTATAACGGAAAG- 3211
Query 3358 AGAGAG-AAAGATACACAAAAGGGTTAGAGAATTTGGTTTTGGTAGAGA 3405
|||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3212 AGAGTGGAAA-ATACACAAAAGGGT-AGAGAATTTGGTTTTGGTAGAGA 3258
Score = 287 bits (155), Expect = 4e-76
Identities = 169/176 (96%), Gaps = 0/176 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1938 GGTCAGTCCTTCAACGTTTGAGGCCCACGCTGGATGTGCAAGTCGCCGGAAGCCGTTTCA 1997
||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1845 GGTCAGTCCTTCATCGTTTGAGGCCCATGCTGGCTGTGCAAGTCGTCGGAAGCCGTTTCA 1904
Query 1998 GCACATTTATACAACCAATGGGGTTTCTCTTCATGAACTATCAGTAGCACTATCAATGGA 2057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 GCACATTTATACAACCAATGGGGTTTCTCTTCATGAGCTATCAGTAGCACTATCAATGGA 1964
Query 2058 CCAGAGGTTTTCCATCCATGAAAATGATGACCTTTGCAGTATATGTAGGGATGGGG 2113
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1965 CCAGAGGTTTTCCATCCATGAAAATGATGATCTTTGCAGTATTTGTAGGGATGGGG 2020
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133696253949
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5