BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G28320.1
Length=2849
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933190 jgi|Araly1|933190|scaffold_401178.1 3747 0.0
> Ahg933190 jgi|Araly1|933190|scaffold_401178.1
Length=2261
Score = 3747 bits (2029), Expect = 0.0
Identities = 2183/2259 (97%), Gaps = 3/2259 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 389 TTCTAGGACTTTGGTTTTGGAGTTGTAATGGCTTTTGGGTCTGAAAATGAGAGCGAGACG 448
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1 TTCTAGGGCTTTGGTTTTGGAGTTGTAATGGCTTTTGGGTCTGAAAACGAGAGCGAAACG 60
Query 449 AAGATGGAAGGTTGGTTGTATATAATACGATCTAATCGATTTGGATTGCATTTCTCTAGA 508
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGATGGAAGGTTGGTTGTATATAATTCGATCTAATCGATTTGGATTGCATTTCTCTAGA 120
Query 509 AAACGTTACTTTGTCCTTGGAGATCATCTTCTCAAGAGTTTCAAGTCTATCTCCGATTCT 568
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 AAACGTTACTTTGTTCTTAGAGATCATCTTCTCAAGAGTTTCAAGTCCATCTCCGATTCT 180
Query 569 AAAACCAAGAATGCTGGACGAAGTGCGGTGATAGATTCGTGTATCCGTGTTACTGACAAT 628
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 181 AAAACCAAGGATGCTGGAAGAAGTGCGGTGATAGATTCGTGTATTCGGGTTACTGACAAT 240
Query 629 GGGAGAGAAAATGTTCATAGAAAAGCATTCTTCATATTTACACTATACAATACATCAAAT 688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 241 GGGAGAGAAAATGTTCATAGAAAAGCATTCTTCATATTTACACTATACAATACCTCGAAT 300
Query 689 CACAATGATCAGCTCAAGTTAGGAGCAAGCAGTCCTGAGGATGCAGCAAGGTGGATTAAT 748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 301 CACAATGATCAGCTCAAGTTAGGAGCAAGCAGTCCTGAGGATGCAGCTAGGTGGATCAAT 360
Query 749 TTGATTAAAGAGGCGGCTTTAAAGGGTGCCCCTTTTCCTGGAGATGTTTTTAATTGTTCC 808
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTAATTAAGGAGGCGGCTTTAAAGGGTGCCCCTTTTCCAGGAGATGTTTTTAATTGTTCG 420
Query 809 AGGAGTCGATGGGACTCTTTGAGATTGAGTAGCTCAGTGCGGGACCATCACTCAAACTCT 868
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 AGGAGCCGATGGGACTCTTTGAGATTGAGTAGCTCAGTTCGGGACCATCACTCAAATTCT 480
Query 869 ATTGACTGGACACTTCGGTCGTCTGCACGAGTTGATCCTGTTACAACTGATGTTGTTGCG 928
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATTGACTGGACACTTCGGTCGTCTGCACGAGTAGATCCTGTTACAACTGATGTTGTTGCG 540
Query 929 CCTTCTCCCTGGACAATATTCGGTTGTCAGAATGGTCTTCGGCTTTTTAAAGAGGCAAAA 988
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 CCTTCTCCGTGGACAATATTCGGTTGTCAAAATGGTCTTCGGCTTTTCAAAGAGGCAAAA 600
Query 989 GAGAGAGATTCTCTCGGAAGGTGGGATGATCATCCGGCTATTATGGCTGTTGGTGTTGTT 1048
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAGAGAGATTCTCTTGGAAGGTGGGATGATCATCCGGCTATTATGGCTGTTGGTGTTGTT 660
Query 1049 GATGGAACCTCAGAAACTATTTTCCAAACGCTTCTTTCTCTTGGACCCTCAAGATCAGAA 1108
|||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GATGGAACTTCAGAAACCATTTTCCAAACTCTTCTTTCTCTTGGACCCTCAAGATCAGAA 720
Query 1109 TGGGATTTCTGTTTTTATCAAGGCAGTGTGGTCGAACATCTTGATGGTCACACTGATATA 1168
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGGGATTTCTGTTTCTACCAAGGCAGTGTGGTCGAACATCTTGATGGTCACACTGATATA 780
Query 1169 ATCCACAAACAGCTATACAGCGATTGGTTACCTTGGGGGATGAAGAGAAGAGATTTTTCG 1228
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATTCACAAACAGCTATACAGCGACTGGTTACCTTGGGGGATGAAGAGAAGAGATTTTTCG 840
Query 1229 CTACGGCGTTACTGGAGAAGGGAAGACGATGGCACATATGTTATTCTCTATCATTCTGTA 1288
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 CTGCGGCGTTACTGGAGAAGGGAAGATGATGGCACATATGTTATTCTTTATCATTCTGTA 900
Query 1289 TTTCACAAGAAGTGTCCACCTCAGAAAGGCTATGTCCGTGCGTGCCTTAAAAGTGGCGGT 1348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTTCACAAGAAGTGTCCACCTCAGAAAGGCTATGTCCGTGCGTGCCTTAAAAGTGGCGGT 960
Query 1349 TATGTGATTTCTCCCATAGACAACGGAAAACAATCAGTTGTGAAGCACATGCTTGCTGTT 1408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TATGTGATTTCTCCCATAGACAACGGAAAACAATCAGTTGTGAAGCACATGCTTGCTGTT 1020
Query 1409 GATTGGAAGTCCTGGAGATCTTATGTGAAGCCGTCCTTAGCTAGATCTATTACCGTGAAA 1468
|||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GATTGGAAGTCCTGGAGATCTTATGTAAAACCATCCCTAGCTAGATCTATTACCGTGAAA 1080
Query 1469 ATGCTTGGAAGAATTTCTGCCCTGAGAGAGCTTTTTAGGGCAAAGCACGGAAGCTTTCCT 1528
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 ATGCTTGGAAGAATTTCTGCCCTGAGAGAGCTTTTCAGGGCAAAGCATGGAAGCTTTCCT 1140
Query 1529 CCTAATCTGTCGTCAGGGGAGTTGTCAAGAAGTGCAAGATTGACTCAGAACGAAGATGGT 1588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CCTAATCTGTCGTCAGGGGAGTTGTCAAGAAGTGCAAGATTGACTCAGAACGAAGATGGT 1200
Query 1589 GTGTTTGGTGATTCTTCCCTGAGGGAAAACGAAATGTTTAAGGACACTGCAAATGAAGAG 1648
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GTGTTTGGTGATTCTTCCCTGAGGGAAAGCGAAATGTTTAAGGACACTGCAAATGAAGAG 1260
Query 1649 AGAGACAAATTTCCCTCAGAGCGCTCTAGCCTTGTAGACTTGGATGAGTTTTTCGACGTT 1708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AGAGACAAATTTCCCTCAGAGCGCTCTAGCCTTGTAGACTTGGATGAGTTTTTCGACGTA 1320
Query 1709 CCAGAACCATCAGATAATGACAATTTGGATGACAGCTGGACCTCAGATTTTGATTTGGAT 1768
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CCAGAACCATCAGATAATGACCATTTGGATGACAGCTGGACCTCAGATTTTGATTTGGAT 1380
Query 1769 ACATGCTGTCAGGAATCCCGCCAGCCAAAACTAAATAGCGCTACGAGCTTAGTGAAAAAA 1828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1381 ACATGCTGTCAGGAATCCCGCCAGCCAAAACTAAATAGCGCTACGAGTTTGGTGAAAAAA 1440
Query 1829 TTACACGATCTTGCAGTTCAAAAGAGGGGTTATGTTGACCTGCATGAGAGGGCGAAGGAA 1888
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1441 TTACACGATCTTGCAGTTCAAAAGAGGGGTTACGTTGACCTGCATGAGAGGGCGAGGGAT 1500
Query 1889 GAGAGCAGCCCACATGCTA-CCTGCAACCCGCCTTGCTGCTATGGAACCACGCTTCCAAC 1947
||||| |||||||| || | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GAGAGTAGCCCACACGC-AGCCCGCAGCCCGCCTTGCTGCTATGGAACCACGCTTCCAAC 1559
Query 1948 TGATCCTAGTTGTGATTTGCCTTGTAGTTGGACAACAACGGACCCATCTACTTTTCTCAT 2007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1560 TGATCCTAGTTGTGATTTGCCTTGTAGTTGGACAACAACTGACCCATCTACTTTTCTTAT 1619
Query 2008 TCGAGGAAAAACTTATCTTGATGACCAGAAGAAGGTCAAGGCAAAGGGTACACTGATGGA 2067
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCGAGGAAAAACCTATCTTGATGACCAGAAGAAGGTCAAGGCAAAGGGTACACTGATGGA 1679
Query 2068 AATGGTAGCTGCAGACTGGCTAAAATCTGACAAGCGGGAAGATGATTTGGGGTCCCGTCC 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1680 AATGGTAGCTGCAGACTGGCTAAAATCTGACAAGCGGGAAGATGATTTGGGGTCCCGACC 1739
Query 2128 AGGAGGCATAGTTCAGAAATATGCAGCAAAAGGTGGACCAGAGTTCTTTTTCATCGTGAA 2187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AGGAGGCATAGTTCAGAAATATGCAGCAAAAGGTGGACCAGAGTTCTTTTTCATCGTGAA 1799
Query 2188 TATACAGGTTCCTGGATCAACAACGTACAGCCTTGTGCTTTATTACATGATGAGCACTCC 2247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TATACAGGTTCCTGGATCAACAACGTACAGCCTTGTGCTTTATTACATGATGAGCACTCC 1859
Query 2248 TATTGAAGAGCATCCTTTGCTAGTTAGCTTTGTTAATGGTGATGACGCATATAGGAATTC 2307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CATTGAAGAGCATCCTTTGCTAGTTAGCTTTGTTAATGGTGATGACGCATATAGGAATTC 1919
Query 2308 AAGGTTCAAGCTCATTCCCTACATATCCAAGGGCTCTTGGATAGTTAAGCAAAGTGTGGG 2367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1920 AAGGTTCAAGCTCATTCCCTACATATCCAAGGGCTCTTGGATAGTTAAGCAGAGTGTGGG 1979
Query 2368 AAAGAAAGCATGCCTTATTGGTCAAGCCCTGGAGATCAACTACTTCAGGGGAAAGAACTA 2427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AAAGAAAGCATGCCTTATTGGTCAAGCCCTGGAGATCAATTACTTCAGGGGAAAGAACTA 2039
Query 2428 TATTGAGCTGGGCGTTGATATTGGGTCATCAACTGTTGCAAGAGGAGTTGTGAGTCTTGT 2487
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TATTGAGCTGGGCGTTGATATTGGGTCATCAACGGTTGCAAGAGGAGTTGTGAGTCTTGT 2099
Query 2488 TCTTGGTTACCTCAACAAACTCGTGATTGAAATGGCCTTCTTAATACAGGCGAATACCGA 2547
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2100 TCTTGGTTACCTCAACAAACTTGTGATTGAAATGGCATTCTTGGTACAGGCGAATACCGA 2159
Query 2548 AGAGGAGCTCCCAGAATATCTTCTTGGAACATGTCGGTTTAACCATCTCGACGCTTCCAA 2607
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 2160 AGAGGAGCTCCCAGAATATCTTCTTGGAACCTGTCGGTTTAACCATTTAGACGCTTCCAA 2219
Query 2608 AGCAATTTCAATTATTCCATGAAAGACCAA-GCAAAGAT 2645
||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 2220 GGCAGTTTCAATTATTCCATAAAAGACCAAAGCAAAGAT 2258
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107528761635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5