BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G28470.1
Length=3068
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481656 jgi|Araly1|481656|fgenesh2_kg.4__716__AT2G28470.1 3903 0.0
Ahg333310 jgi|Araly1|333310|fgenesh1_pm.C_scaffold_383000001 2466 0.0
> Ahg481656 jgi|Araly1|481656|fgenesh2_kg.4__716__AT2G28470.1
Length=2779
Score = 3903 bits (2113), Expect = 0.0
Identities = 2403/2547 (94%), Gaps = 4/2547 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 318 AAAATGGTTAAAGTAAGGAAGATGGAGATGATTTTATTACTAATTCTTGTGATTGTGGTG 377
||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || ||| ||| || ||
Sbjct 210 AAAATGGTTAAAGGAAGGAAGATGGAGATGATATTGTTACTTATACTTCAGATAATGATG 269
Query 378 GCGGCGACGGCGGCGAATGTGACTTATGACCACCGTGCATTAGTAATCGACGGGAAACGG 437
||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 270 GCGGCGACGGCGGTGAATGTGACGTACGACCACCGTGCTTTAGTAATCGACGGGAAACGG 329
Query 438 AAAGTTCTAATCTCTGGTTCTATTCATTATCCTCGGAGTACTCCTGAGATGTGGCCAGAG 497
|||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 AAAGTTCTGATTTCAGGCTCTATTCATTATCCTCGGAGTACTCCTGAGATGTGGCCAGAC 389
Query 498 CTTATACAGAAATCTAAAGACGGTGGTTTAGATGTTATAGAGACGTATGTGTTTTGGAGT 557
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 CTTATAAAGAAATCTAAAGACGGTGGTTTAGATGTTATAGAGACGTATGTGTTTTGGAGT 449
Query 558 GGTCACGAACCGGAGAAAAATAAGTATAATTTTGAAGGAAGATATGATTTAGTGAAATTT 617
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 GGTCACGAACCGGAGAAGAATAAGTATAATTTTGAAGGAAGATATGATTTAGTGAAATTT 509
Query 618 GTGAAGCTTGCGGCTAAAGCTGGTCTCTATGTTCATTTAAGAATTGGTCCTTACGTCTGT 677
|||||||||| || | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||
Sbjct 510 GTGAAGCTTGTGGAGGAGGCTGGTCTTTATGTTCATCTAAGAATTGGTCCTTATGTTTGT 569
Query 678 GCTGAATGGAATTACGGTGGTTTCCCAGTGTGGTTGCATTTTGTTCCAGGAATTAAGTTT 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 570 GCTGAATGGAATTACGGTGGTTTCCCAGTGTGGTTGCATTTTGTTCCTGGAATTAAGTTT 629
Query 738 CGAACTGATAATGAGCCATTTAAGGAAGAAATGCAGAGATTTACCACAAAGATTGTTGAT 797
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 CGAACTGATAATGAACCGTTTAAGGAGGAAATGCAGAGATTTACCACAAAGATTGTTGAT 689
Query 798 TTGATGAAGCAAGAAAAGCTTTATGCATCACAAGGAGGTCCAATCATTCTCTCGCAGATT 857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 690 TTGATGAAGCAAGAAAAGCTTTATGCATCACAAGGAGGGCCAATTATTCTCTCACAGATT 749
Query 858 GAGAATGAATATGGAAATATTGACTCAGCTTATGGTGCGGCTGCTAAAAGTTATATCAAG 917
||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || || || |||||||||||||||
Sbjct 750 GAGAATGAATACGGAAATGTTGATTCAGCTTATGGCGCCGCGGCGAAAAGTTATATCAAG 809
Query 918 TGGTCTGCTTCTATGGCTCTTTCGTTAGATACTGGAGTACCATGGAATATGTGTCAACAA 977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 810 TGGTCTGCTTCTATGGCTCTTTCGTTAGATACTGGAGTACCATGGAACATGTGTCAACAA 869
Query 978 ACAGATGCTCCTGATCCCATGATCAACACATGCAATGGTTTCTACTGTGACCAGTTTACA 1037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 GCAGATGCTCCTGATCCCATGATCAACACATGCAATGGTTTCTACTGTGACCAGTTTACT 929
Query 1038 CCTAACTCAAATAATAAACCAAAGATGTGGACCGAGAACTGGAGTGGATGGTTCCTTGGT 1097
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 CCTAACTCAAACAATAAACCAAAGATGTGGACAGAGAACTGGAGTGGATGGTTCCTTGGT 989
Query 1098 TTTGGAGATCCTTCTCCTTACAGACCAGTTGAAGATCTTGCATTTGCGGTCGCGCGGTTT 1157
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 990 TTTGGAGATCCTTCTCCTTACAGGCCAGTTCAAGATCTTGCATTTGCAGTCGCACGGTTT 1049
Query 1158 TACCAACGAGGTGGAACGTTCCAGAACTATTACATGTATCACGGTGGAACAAACTTTGAT 1217
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 TACCAACGAGGTGGAACTTTCCAGAACTATTACATGTATCACGGTGGAACAAACTTTGAT 1109
Query 1218 AGAACAAGTGGAGGACCATTAATCTCTACTAGTTATGATTATGATGCTCCAATTGATGAG 1277
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 AGAACAAGTGGAGGACCTTTAATCTCTACTAGTTATGATTATGATGCTCCAATTGATGAG 1169
Query 1278 TATGGACTACTTAGACAACCAAAATGGGGACACTTACGAGATCTACACAAGGCTATCAAG 1337
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 TATGGACTTCTTAGACAACCAAAATGGGGACACTTGCGAGATCTACACAAGGCTATCAAG 1229
Query 1338 CTTTGTGAAGATGCATTGATTGCCACAGATCCAACAATTACTTCTCTAGGTTCAAATTTG 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||
Sbjct 1230 CTTTGTGAAGATGCATTGATTGCCACAGATCCAACAATTTCTTCTTTGGGTTCAAATTTG 1289
Query 1398 GAGGCTGCTGTATATAAAACAGAATCTGGATCATGTGCTGCTTTTCTTGCAAATGTTGAC 1457
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1290 GAGGCTGCTGTATATAAGACAGCATCTGGATCATGTGCTGCTTTTCTTGCAAATGTTGGC 1349
Query 1458 ACGAAGTCTGATGCAACTGTGACTTTCAATGGAAAATCATATAACTTGCCTGCATGGTCC 1517
||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1350 ACGAAATCTGATGCAACTGTGAGTTTCAATGGAGAATCATATCACTTGCCTGCATGGTCC 1409
Query 1518 GTAAGCATCTTGCCGGATTGCAAAAATGTAGCTTTCAATACCGCAAAGATAAATTCTGCA 1577
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1410 GTAAGCATCTTGCCGGATTGCAAAAATGTAGCCTTCAACACCGCAAAGATAAACTCTGCA 1469
Query 1578 ACTGAGTCTACCGCATTTGCTCGTCAATCATTAAAGCCCGATGGTGGTTCGTCTGCGGAG 1637
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1470 ACTGAGCCTACCGCATTTGCTCGTCAATCATTGAAGCCTGATGGTGGTTCATCTGCGGAG 1529
Query 1638 TTAGGTTCACAATGGAGTTACATTAAAGAACCTATTGGAATTTCCAAAGCTGATGCATTC 1697
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1530 TTAGGTTCAGAATGGAGTTACATTAAAGAACCTATTGGAATTTCCAAGGCTGATGCATTC 1589
Query 1698 TTGAAACCTGGATTGCTAGAGCAGATTAACACAACAGCTGATAAAAGCGATTACTTGTGG 1757
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1590 TTGAAACCTGGATTGCTAGAGCAGATAAACACAACAGCTGATAAAAGTGATTACTTGTGG 1649
Query 1758 TACTCACTAAGGACGGATATAAAAGGCGATGAGACTTTCCTTGACGAGGGATCTAAAGCC 1817
||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1650 TACTCGCTAAGGATGGATATTAAAGGCGATGAGACTTTCCTTGACGAAGGATCTAAAGCC 1709
Query 1818 GTCCTTCACATTGAATCTCTTGGTCAAGTGGTCTATGCTTTTATAAATGGAAAACTTGCA 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 GTCCTTCACATTGAATCTCTTGGTCAAGTGGTCTATGCTTTTATAAATGGAAAACTTGCA 1769
Query 1878 GGAAGCGGACATGGCAAACAGAAGATTTCTTTGGATATACCGATTAATCTTG-TAACCGG 1936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||
Sbjct 1770 GGAAGCGGACATGGCAAACAGAAGATTTCTTTGGATATCCCGATTAATCTTGCTG-CCGG 1828
Query 1937 GACGAACACAATCGATCTCCTTAGTGTTACCGTAGGGCTTGCGAATTATGGAGCTTTCTT 1996
|| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1829 GAAGAACACAGTTGATCTCCTTAGTGTGACCGTAGGGCTTGCGAATTATGGAGCTTTCTT 1888
Query 1997 TGACTTAGTGGGAGCAGGAATAACCGGACCTGTGACACTTAAAAGCGCTAAAGGTGGTAG 2056
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889 TGACTTAGTGGGAGCAGGAATAACCGGTCCTGTGACACTTAAAAGCGCTAAAGGTGGTAG 1948
Query 2057 CTCAATTGATTTGGCTTCACAGCAATGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGGAGAAGACAC 2116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1949 CTCAATTGATTTGGCTTCACAGCAATGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGGGGAAGACAC 2008
Query 2117 AGGTTTGGCAACTGTAGATTCTTCTGAATGGGTTTCAAAGTCTCCTTTGCCTACTAAACA 2176
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2009 AGATTTGGCAACTGTAGATTCTTCTGAATGGGTTTCAAAGTCTCCTCTGCCCACTAAACA 2068
Query 2177 ACCACTTATTTGGTACAAGACGACATTTGATGCTCCTTCTGGGAGCGAGCCAGTAGCTAT 2236
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2069 GCCACTGATTTGGTACAAGACAACATTTGATGCTCCTTCTGGGAGGGAGCCAGTAGCGAT 2128
Query 2237 AGACTTCACGGGTACAGGAAAGGGTATTGCATGGGTGAATGGACAGAGCATAGGTAGGTA 2296
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 AGACTTCACGGGTACAGGAAAGGGCATTGCATGGGTGAATGGACAGAGCATAGGTAGGTA 2188
Query 2297 CTGGCCAACTAGTATCGCTGGAAATGGCGGTTGTACAGAATCATGCGACTATAGAGGTTC 2356
||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2189 CTGGCCAACCAGTATTGCTGGAAACGGCGGTTGCACAGATTCATGCGACTATAGAGGATC 2248
Query 2357 TTACCGTGCAAACAAATGCCTCAAGAACTGTGGAAAACCTTCACAGACATTGTATCATGT 2416
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2249 TTACCGCGCAAACAAATGCCTCAAGAACTGCGGAAAACCTTCACAAACATTGTATCACGT 2308
Query 2417 ACCTCGCTCGTGGCTAAAACCGAGCGGGAACATACTTGTTCTGTTTGAGGAGATGGGAGG 2476
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 GCCTCGCTCGTGGCTAAAACCGAGTGGGAACACACTTGTTCTGTTTGAGGAGATGGGAGG 2368
Query 2477 AGATCCAACACAAATATCATTTGCG-ACAAAACAAACAGGAAGCAATCTTTGTCTAACGG 2535
||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2369 AGATCCAACACAAATATCATTCG-GTACAAAACAAACAGGAAGCAATCTTTGTCTAATGG 2427
Query 2536 TGTCACAGTCTCATCCACCACCGGTGGACACATGGACTTCCGACTCAAAGATCTCAAACA 2595
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2428 TGTCACAGTCTCATCCACCGCCCGTGGACACATGGACTTCCGACTCAAAAATCTCTAACA 2487
Query 2596 GAAACAGAACCAGGCCGGTTCTTTCGTTGAAATGCCCTATCTCTACTCAGGTGATATTTT 2655
||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| |||| ||||| ||||||| ||
Sbjct 2488 GAAACAGAACCAGACCGGTTCTTTCCTTAAAATGTCCTGTCTCCACTCAAGTGATATCTT 2547
Query 2656 CTATAAAATTTGCAAGCTTTGGTACACCCAAAGGTACTTGCGGTAGCTTCACACAAGGCC 2715
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2548 CTATAAAATTTGCAAGCTTTGGTACACCCCAAGGTACTTGCGGTAGCTTCACACACGGCC 2607
Query 2716 ATTGCAATAGCTCTCGATCTCTCTCCCTCGTCCAAAAGGCATGTATTGGATTGAGGAGTT 2775
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2608 ATTGCAACAGCTCTCGATCTCTCTCGGTCGTCCAAAAGGCATGTATTGGATCGAGGAGTT 2667
Query 2776 GCAACGTTGAAGTATCGACTAGAGTGTTCGGGGAACCTTGTCGTGGCGTCGTCAAGAGCT 2835
||||||||||||| ||||||| ||| || || || ||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2668 GCAACGTTGAAGTCTCGACTAAAGTCTTTGGAGACCCTTGTCGTGGTGTCATCAAGAGCT 2727
Query 2836 TAGCTGTTGAAGCTTCTTGTTCATGAG 2862
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2728 TAGCTGTTGAAGCTTCTTGTTCATGAG 2754
Score = 257 bits (139), Expect = 3e-67
Identities = 189/212 (89%), Gaps = 8/212 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TACTATACCCGCGTCTTCATCACTCTACAAAAACTTAATCAAACTGATTAACACTAATCC 60
|||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 TACTATACCCGCGTCTTCGTCACTCTACGAAATCTTAATCAAAC-CATTAACACTAATCC 59
Query 61 TTTCTCTTAATCTTCTTCTCCCCCGCCATTCTTCTTAAATCCGAGACCAAGA--A-GACG 117
||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| | ||||
Sbjct 60 TTTCTCTTAATCTTCTTCTTCCCCGCCATTATTCTTAAATCCAAGAACAAGACGACGACG 119
Query 118 ACGACGATGATGCAATTGCAATGCGTATACGCCTGACCAAAATAAAAAGCG--GTGTGAT 175
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| | | ||||||
Sbjct 120 ACGACGATGATGCAATTGCAATGCGTATACGCATAACCAAAA-AAAT-GTGATGTGTGAG 177
Query 176 AAAATGCAGTAACACAAAACGGTGAAGCAACA 207
|||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 178 AAAATGCAGTAACACAAAGCCGTGAAGCAACA 209
> Ahg333310 jgi|Araly1|333310|fgenesh1_pm.C_scaffold_383000001
Length=1605
Score = 2466 bits (1335), Expect = 0.0
Identities = 1502/1584 (95%), Gaps = 6/1584 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1281 GGACTACTTAGACAACCAAAATGGGGACACTTACGAGATCTACACAAGGCTATCAAGCTT 1340
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 25 GGACTTCTTAGACAACCAAAATGGGGACACTTGCGAGATCTACACAAGGCTATCAAGCTT 84
Query 1341 TGTGAAGATGCATTGATTGCCACAGATCCAACAATTACTTCTCTAGGTTCAAATTTGGAG 1400
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||
Sbjct 85 TGTGAAGATGCATTGATTGCCACAGATCCAACAATTTCTTCTTTGGGTTCAAATTTGGAG 144
Query 1401 GCTGCTGTATATAAAACAGAATCTGGATCATGTGCTGCTTTTCTTGCAAATGTTGACACG 1460
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 145 GCTGCTGTATATAAGACAGCATCTGGATCATGTGCTGCTTTTCTTGCAAATGTTGGCACG 204
Query 1461 AAGTCTGATGCAACTGTGACTTTCAATGGAAAATCATATAACTTGCCTGCATGGTCCGTA 1520
|| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 205 AAATCTGATGCAACTGTGAGTTTCAATGGAGAATCATATCACTTGCCTGCATGGTCCGTA 264
Query 1521 AGCATCTTGCCGGATTGCAAAAATGTAGCTTTCAATACCGCAAAGATAAATTCTGCAACT 1580
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 265 AGCATCTTGCCGGATTGCAAAAATGTAGCCTTCAACACCGCAAAGATAAACTCTGCAACT 324
Query 1581 GAGTCTACCGCATTTGCTCGTCAATCATTAAAGCCCGATGGTGGTTCGTCTGCGGAGTTA 1640
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 325 GAGCCTACCGCATTTGCTCGTCAATCATTGAAGCCTGATGGTGGTTCATCTGCGGAGTTA 384
Query 1641 GGTTCACAATGGAGTTACATTAAAGAACCTATTGGAATTTCCAAAGCTGATGCATTCTTG 1700
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 385 GGTTCAGAATGGAGTTACATTAAAGAACCTATTGGAATTTCCAAGGCTGATGCATTCTTG 444
Query 1701 AAACCTGGATTGCTAGAGCAGATTAACACAACAGCTGATAAAAGCGATTACTTGTGGTAC 1760
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 445 AAACCTGGATTGCTAGAGCAGATAAACACAACAGCTGATAAAAGTGATTACTTGTGGTAC 504
Query 1761 TCACTAAGGACGGATATAAAAGGCGATGAGACTTTCCTTGACGAGGGATCTAAAGCCGTC 1820
|| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 505 TCGCTAAGGATGGATATTAAAGGCGATGAGACTTTCCTTGACGAAGGATCTAAAGCCGTC 564
Query 1821 CTTCACATTGAATCTCTTGGTCAAGTGGTCTATGCTTTTATAAATGGAAAACTTGCAGGA 1880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 CTTCACATTGAATCTCTTGGTCAAGTGGTCTATGCTTTTATAAATGGAAAACTTGCAGGA 624
Query 1881 AGCGGACATGGCAAACAGAAGATTTCTTTGGATATACCGATTAATCTTGTAACCGGGACG 1940
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 625 AGCGGACATGGCAAACAGAAGATTTCTTTGGATATCCCGATTAATCTTGTAGCCGGGAAG 684
Query 1941 AACACAATCGATCTCCTTAGTGTTACCGTAGGGCTTGCGAATTATGGAGCTTTCTTTGAC 2000
|||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 AACACAGTTGATCTCCTTAGTGTGACCGTAGGGCTTGCGAATTATGGAGCTTTCTTTGAC 744
Query 2001 TTAGTGGGAGCAGGAATAACCGGACCTGTGACACTTAAAAGCGCTAAAGGTGGTAGCTCA 2060
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 745 TTAGTGGGAGCAGGAATAACCGGTCCTGTGACACTTAAGAGCGCTAAAGGTGGTAGCTCA 804
Query 2061 ATTGATTTGGCTTCACAGCAATGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGGAGAAGACACAGGT 2120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 805 ATTGATTTGGCTTCACAGCAATGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGGGGAAGACACAGGT 864
Query 2121 TTGGCAACTGTAGATTCTTCTGAATGGGTTTCAAAGTCTCCTTTGCCTACTAAACAACCA 2180
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||
Sbjct 865 CTGGGAGCTGTAGATTCTTCTGAATGGGTTTCAAAGTCTCCTCTGCCCACTAAACAGCCA 924
Query 2181 CTTATTTGGTACAAGACGACATTTGATGCTCCTTCTGGGAGCGAGCCAGTAGCTATAGAC 2240
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 925 CTGATTTGGTACAAGACAACATTTGATGCTCCTTCTGGGAGCGAGCCCGTTGCGATAGAC 984
Query 2241 TTCACGGGTACAGGAAAGGGTATTGCATGGGTGAATGGACAGAGCATAGGTAGGTACTGG 2300
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 TTCACGGGTACAGGAAAGGGCATTGCATGGGTGAATGGACAGAGCATAGGTAGGTACTGG 1044
Query 2301 CCAACTAGTATCGCTGGAAATGGCGGTTGTACAGAATCATGCGACTATAGAGGTTCTTAC 2360
||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1045 CCAACCAGTATCGCTGGAAACGGCGGTTGCACAGATTCATGCGACTATAGAGGATCTTAC 1104
Query 2361 CGTGCAAACAAATGCCTCAAGAACTGTGGAAAACCTTCACAGACATTGTATCATGTACCT 2420
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 1105 CGCGCAAACAAATGCCTCAAGAACTGCGGAAAACCTTCACAAACATTGTATCACGTCCCT 1164
Query 2421 CGCTCGTGGCTAAAACCGAGCGGGAACATACTTGTTCTGTTTGAGGAGATGGGAGGAGAT 2480
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 CGCTCGTGGCTAAAACCGAGTGGGAACACACTTGTTCTGTTTGAGGAGATGGGAGGAGAT 1224
Query 2481 CCAACACAAATATCATTTGCGACAAAACAAACAGGAAGCAATCTTTGTCTAACGGTGTCA 2540
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 CCAACACAAATATCATTCGGGACAAAACAAACAGGAAGCAATCTTTGTCTAACGGTGTCA 1284
Query 2541 CAGTCTCATCCACCACCGGTGGACACATGGACTTCCGACTCAAAGATCTCAAACAGAAAC 2600
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 CAGTCTCATCCACCACCGGTGGACACATGGACTTCTGACTCAAAGATCTCAAACAGAAAC 1344
Query 2601 AGAACCAGGCCGGTTCTTTCGTTGA-AATGCCCTATCTCTACTCAGGTGATATTTTCTAT 2659
|||||||||||||||||||| || | |||||||| |||| |||||||| |||| ||||||
Sbjct 1345 AGAACCAGGCCGGTTCTTTCCTT-ACAATGCCCTGTCTCCACTCAGGTCATATCTTCTAT 1403
Query 2660 AAAATTTGCAAGCTTTGGTACACCCAAAGGTACTTGCGGTAGCTTCACACAA-GGCCA-T 2717
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |
Sbjct 1404 AAAATTTGCAAGCTTCGGTACACCCAAAGGTACTTGCGGTAGCTTCAC-CAGCGGC-AGT 1461
Query 2718 TGCAATAGCTCTCGATCTCTCTCCCTCGTCCAAAAGGCATGTATTGGATTGAGGAGTTGC 2777
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1462 TGCAACAGCTCTCGATCTCTCTCCCTCGTTCAAAAGGCATGTATTGGATCGAGGAGTTGC 1521
Query 2778 AACGTTGAAGTATCGACTAGAGTGTTCGGGGAACCTTGTCGTGGCGTCGTCAAGAGCTTA 2837
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1522 AACATTGAAGTCTCGACTAGAGTGTTCGGGGAACCTTGTCGTGGCGTCGTCAAGAGTTTA 1581
Query 2838 GCTGTTGAAGCTTCTTGTTCATGA 2861
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 GCTGTTGAAGCTTCTTGTTCATGA 1605
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115870525290
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5