BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G28520.1
Length=2947
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933310 jgi|Araly1|933310|scaffold_401298.1 4287 0.0
> Ahg933310 jgi|Araly1|933310|scaffold_401298.1
Length=2509
Score = 4287 bits (2321), Expect = 0.0
Identities = 2446/2508 (98%), Gaps = 1/2508 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 CAAGGAAGGAAGAGGAAAAATGGAGGAATTCTTAGATAAGTTGCCGCAGATGGATCTGAT 171
||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3 CAAGGAA-GAAGAAGAAAAATGGAGGAGTTCTTAGATAAGTTACCGCAGATGGATCTGAT 61
Query 172 GCGTTCGGAGAAGATGACGCTTGTTCAGCTTATCATCCCTGTTGAATCCGCTCATCGTTC 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 GCGTTCGGAGAAGATGACGCTTGTTCAGCTTATCATCCCTGTTGAATCCGCTCATCGTTC 121
Query 232 CATCACTTATCTCGGCGAGCTCGGACTCTTGCAGTTTCGCGACTTAAATGCTGATAAGAG 291
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 122 CATCACTTATCTCGGCGAACTCGGACTCTTGCAGTTTCGCGACTTAAATGCTGATAAAAG 181
Query 292 TCCCTTTCAACGGACATTTGCAAATCAGGTAAAACGATGTGGTGAGATGTCAAGAAAGCT 351
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 TCCATTTCAACGGACATTTGCTAATCAGGTAAAACGATGTGGTGAGATGTCAAGAAAGCT 241
Query 352 GCGGTTTTTTAAAGATCAAATTGACAAAGCTGGTCTAAGATGTTCACCACGCCTTGAAAT 411
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 242 GCGGTTTTTTAAAGATCAAATTGATAAAGCTGGTCTAAGATGTTCACCACGCCATGAAAT 301
Query 412 AGAACCAGATATTGCACTTGGAGATTTAGAGAGACAACTTGCTGATCACGAGCATGAAGT 471
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 AGAACCAGATATTGAACTTGGAGATTTAGAGAGACAACTTGCTGATCACGAGCATGAAGT 361
Query 472 ACTTGAAATGAATTCAAACAGTGAAAAGCTTCGGCAGACATATAACGAACTTCTAGAATT 531
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 362 ACTGGAAATGAATTCAAACAGTGAAAAGCTTCGGCAGACATATAACGAACTTCTTGAATT 421
Query 532 CAAGATAGTTCTTGAAAAGGCAAGTGGTTTCCTTGTCTCAAGTAATACTCATGCAATTGG 591
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 422 CAAGATAGTTCTTGAAAAGGCAAGTGGTTTCCTTGTCTCAAGTAATGCTCATGCAATTGG 481
Query 592 AGAAGAAATTGAACTACATGAAAGCACCTACTCGAATAACGGTTTTATTGAGACTGCCTC 651
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 482 AGAAGAAACAGAACTACATGAAAGCACCTACTCGAATAATGGTTTTATTGAGACTGCCTC 541
Query 652 TTTACTTGAGCAGGAAATGAATCCTGGACACTCTAATCAATCAGGATTGAGATTTATTAG 711
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 TTTACTTGAGCAGGAAATGAATCCTGGACCCTCCAATCAATCAGGATTGAGATTTATTAG 601
Query 712 TGGAATCATCAACAAAGACAAACTTCTTAAGTTTGAAAGAATGTTGTTTCGTGCAACACG 771
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 602 TGGAATCATCAACAAAGACAAACTTCTTAGGTTTGAAAGAATGTTGTTTCGTGCAACAAG 661
Query 772 AGGCAATATGCTTTTCAACCAAACAACCTCTGATGAGGAAATCATGGATCCTTCAACATC 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 AGGCAATATGCTTTTCAACCAAACAACCTCTGATGAGGAAATCATGGATCCTTCAACATC 721
Query 832 AGAAATGGTGGAGAAAGTTGTATTTGTGGTATTCTTCTCTGGGGAGCAAGCAAGAACAAA 891
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 722 AGAAATGGTAGAGAAAGTTGTATTTGTGGTATTCTTTTCTGGGGAGCAAGCAAGGACAAA 781
Query 892 AATATTGAAAATATGTGAAGCATTTGGTGCAAATTGCTATCCTGTCCCCGAGGATACAAC 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 AATATTGAAAATATGTGAAGCATTTGGTGCAAATTGCTATCCTGTCCCCGAGGATACAAC 841
Query 952 TAAGCAGAGGCAGCTTACTAGAGAAGTTTTATCCCGACTCTCTGATCTGGAAGCCACATT 1011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 AAAGCAGAGGCAGCTTACTAGAGAAGTTTTATCCCGACTCTCTGATCTGGAAGCCACATT 901
Query 1012 AGATGCTGGAACTCGCCATCGGAATAATGCCCTTAATTCTGTTGGCTATAGCTTAACTAA 1071
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 902 AGATGCTGGAACCCGCCATCGGAATAATGCCCTTAATTCGGTTGGCTATAGCTTGACTAA 961
Query 1072 CTGGATCACCACGGTTCGGAGAGAAAAAGCTGTTTATGATACTCTGAATATGCTAAATTT 1131
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 CTGGATGACCACGGTTCGGAGAGAAAAAGCTGTTTATGATACTCTGAATATGCTAAATTT 1021
Query 1132 TGATGTAACCAAGAAATGCCTTGTTGGCGAAGGTTGGTGCCCCACATTTGCTAAGACCCA 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TGATGTAACCAAGAAATGCCTTGTTGGCGAAGGTTGGTGCCCCACATTTGCTAAGACCCA 1081
Query 1192 GATTCATGAGGTCCTGCAGCGAGCAACTTTCGACAGCAGTTCACAGGTGGGCGTTATATT 1251
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 GATTCATGAGGTCCTGCAGCGAGCCACTTTCGACAGCAATTCACAGGTGGGCGTTATATT 1141
Query 1252 TCATGTAATGCAAGCAGTAGAATCACCTCCCACCTATTTCAGAACGAACAAACTTACAAA 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TCATGTAATGCAAGCAGTAGAATCACCTCCCACCTATTTCAGAACGAACAAACTTACAAA 1201
Query 1312 TGCCTTCCAGGAGATTATTGATGCTTACGGTGTTGCGAGATATCAAGAGGCAAACCCTGC 1371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 TGCCTTCCAGGAGATTATTGATGCTTACGGTGTTGCGAGATATCAAGAGGCAAACCCTGC 1261
Query 1372 TGTTTATTCAGTTGTCACATATCCCTTTTTGTTTGCTGTTATGTTTGGTGATTGGGGTCA 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 AGTTTATTCAGTTGTCACATATCCCTTTTTGTTTGCTGTTATGTTTGGTGATTGGGGTCA 1321
Query 1432 TGGTCTATGCTTGCTGCTAGGAGCGTTGTATCTTCTTGCTCGTGAAAGAAAGTTGAGTAC 1491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1322 TGGTCTATGCTTGCTGCTAGGAGCGTTGTATCTTCTTGCTCGTGAAAGAAAGCTGAGTAC 1381
Query 1492 GCAGAAACTTGGAAGCTTTATGGAGATGCTTTTTGGAGGCCGCTATGTAATCTTACTAAT 1551
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1382 GCAGAAACTTGGAAGCTTTATGGAGATGCTTTTTGGAGGCCGCTATGTAATCCTACTAAT 1441
Query 1552 GGCACTTTTTTCAATATATTGTGGGCTTATCTACAATGAGTTCTTCTCTGTTCCTTTCCA 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 GGCACTTTTTTCAATATATTGTGGGCTTATCTACAATGAGTTCTTCTCTGTTCCTTTCCA 1501
Query 1612 CATCTTTGGTGGTTCAGCTTACAAATGCAGAGATACAACTTGTAGCGATGCTTACACGGT 1671
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1502 TATCTTCGGTGGTTCAGCTTACAAATGCAGAGATACTACTTGTAGTGATGCTTACACGGT 1561
Query 1672 TGGTTTAATCAAGTACCGTGATCCATACCCTTTTGGCGTAGATCCTAGTTGGCGTGGCAG 1731
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1562 TGGTTTAGTCAAGTACCGTGATCCATACCCGTTTGGCGTAGATCCTAGTTGGCGTGGAAG 1621
Query 1732 TCGTACAGAACTGCCTTACCTAAACTCTCTTAAGATGAAGATGTCTATTCTGCTGGGAAT 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 TCGTACAGAACTGCCTTACCTAAACTCTCTTAAGATGAAGATGTCTATTCTGCTGGGAAT 1681
Query 1792 TGCTCAGATGAATCTGGGACTAATATTAAGTTTCTTTAATGCCCGCTTTTTCGGCTCATC 1851
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1682 TGCTCAGATGAATCTGGGACTAATATTAAGTTTCTTTAATGCTCGCTTTTTCGGCTCTTC 1741
Query 1852 ATTGGACATAAGGTATCAGTTTATACCTCAGATGATATTTCTGAACAGCTTATTTGGTTA 1911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1742 ATTGGACATAAGGTATCAGTTTATACCTCAGATGATATTTCTGAACAGCCTATTCGGTTA 1801
Query 1912 CCTTTCACTGCTCATCATCATCAAGTGGTGCACTGGATCTCAAGCAGACTTGTATCATGT 1971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TCTTTCACTGCTCATCATCATCAAGTGGTGCACTGGATCTCAAGCAGACTTGTATCATGT 1861
Query 1972 AATGATCTACATGTTTCTGAGTCCCACCGAAGAACTTGGAGAAAACGAGTTGTTCTGGGG 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1862 AATGATCTACATGTTTCTGAGTCCCACCGAAGAACTTGGAGAAAATGAGTTGTTCTGGGG 1921
Query 2032 CCAGCGTCCACTTCAGATTGTGTTATTGCTTCTGGCATTCATCGCTGTCCCATGGATGCT 2091
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 CCAGCGTCCGCTTCAGATTATGTTATTGCTTCTGGCATTCATCGCTGTCCCATGGATGCT 1981
Query 2092 TTTTCCGAAACCTTTTGCCCTCAGGAAAATTCACATGGAGAGGTTTCAAGGTCGCACGTA 2151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1982 TTTTCCGAAACCTTTTGCCCTCAGGAAAATTCACATGGAGAGGTTTCAAGGTCGCACTTA 2041
Query 2152 CGGGGTTCTTGTTTCTTCTGAGGTGGATCTTGATGTAGAACCAGACTCCGCAAGAGGAGG 2211
||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2042 CGGGGTTCTCGGTACTTCTGAGGTGGATCTCGATGTAGAACCAGACTCCGCTAGAGGAGG 2101
Query 2212 AGGCCATCACGAAGAAGAGTTTAACTTCAGCGAGATTTTTGTACATCAATTGATTCACTC 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 AGGCCATCACGAAGAAGAGTTTAACTTCAGCGAGATTTTTGTACATCAATTGATTCACTC 2161
Query 2272 CATAGAATTTGTTCTAGGTTCAGTTTCTAACACAGCATCTTACCTTCGTCTTTGGGCTCT 2331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 CATAGAATTTGTTCTAGGTTCAGTTTCTAACACAGCATCTTACCTTCGTCTTTGGGCTCT 2221
Query 2332 TAGTTTGGCTCATTCGGAATTGTCAACAGTCTTCTATGAGAAAGTTCTTCTTCTTGCCTG 2391
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2222 TAGTTTGGCTCATTCGGAATTGTCGACAGTCTTCTATGAGAAAGTTCTTCTTCTTGCCTG 2281
Query 2392 GGGGTATGAAAACATTTTGATCCGGTTAATCGGAGTAGCGGTGTTTGCGTTTGCAACGGC 2451
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2282 GGGGTACGAAAACATTTTGATCCGGTTAATTGGAGTAGCGGTGTTTGCGTTTGCAACAGC 2341
Query 2452 GTTTATACTTCTGATGATGGAAACACTAAGTGCATTTCTCCATGCTCTGCGTCTTCACTG 2511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2342 GTTTATACTTCTGATGATGGAAACACTAAGTGCATTTCTCCATGCTCTGCGTCTTCACTG 2401
Query 2512 GGTAGAATTCATGGGGAAGTTCTTCAATGGAGATGGTTACAAGTTCAAGCCTTTCTCTTT 2571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2402 GGTAGAATTCATGGGGAAGTTCTTCAATGGAGATGGTTACAAGTTCAAGCCATTCTCTTT 2461
Query 2572 CGCTTTAATCTGAGATGACGATGAATAAACACCGTAAAATCCTCAGCC 2619
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2462 CGCTTTAATCTCAGATGACGATGAATAAAAACCGTAAAATCCTCAGCC 2509
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111261605645
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5