BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G28620.1
Length=3129
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481773 jgi|Araly1|481773|fgenesh2_kg.4__833__AT2G28620.1 5036 0.0
> Ahg481773 jgi|Araly1|481773|fgenesh2_kg.4__833__AT2G28620.1
Length=3129
Score = 5036 bits (2727), Expect = 0.0
Identities = 2999/3133 (96%), Gaps = 8/3133 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATTCTAACAATTCGAAAAAAGGAAGTTCGGTGAAATCTCCATGTCAAACTCCACGT 60
||||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTCTAATAATGCGAAAAAAGGAAGTTCAGCGAAATCTCCATGTCAAACTCCACGG 60
Query 61 TCGACTGAGAAGTCAAATCGAGATTTTCGAGTTGACTCAAACTCAAACTCGAATCCAGTT 120
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 TCAACTGACAAGTCAAATCGAGATTTTCGAGTTGACTCAAACTCAAACTCGAATCCTGTT 120
Query 121 AGCAAGAATGAGAAAGAAAAGGGTGTGAATATACAAGTTATTGTTCGTTGCAGACCGTTT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCAAGAATGAGAAAGAAAAGGGTGTGAATATACAAGTTATTGTTCGTTGCAGACCGTTT 180
Query 181 AATTCAGAGGAGACGAGGTTACAAACACCGGCTGTTCTTACCTGTAATGACCGGAAAAAG 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 AATTCAGAGGAGACGAGGTTACAAACACCGGCGGTTCTTACCTGCAATGACCGGAAAAAG 240
Query 241 GAAGTAGCGGTAGCACAAAATATAGCTGGGAAGCAGATTGATAAAACGTTTTTGTTTGAC 300
||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAAGTGGCGGTAGCTCAGAATATAGCTGGGAAACAGATTGATAAAACGTTTTTGTTTGAT 300
Query 301 AAGGTTTTTGGCCCAACATCCCAGCAAAAGGATC-TGTATCATCAAGCAGTTTCTCCAAT 359
||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGGTTTTTGGCCCAACATCCCAGCAAAAAGA-CTTGTACCATCAAGCAGTTTCTCCAAT 359
Query 360 TGTCTTTGAGGTTCTTGATGGGTATAACTGCACCATCTTTGCATATGGGCAAACAGGAAC 419
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 TGTCTTTGAGGTTCTTGATGGGTATAATTGCACCATCTTTGCATATGGGCAAACTGGAAC 419
Query 420 TGGTAAGACATACACAATGGAAGGAGGAGCAAGAAAAAAGAATGGTGAAATTCCGAGTGA 479
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 TGGTAAGACATATACAATGGAAGGAGGAGCAAGAAAAAAGAACGGTGAAATTCCGAGTGA 479
Query 480 TGCAGGTGTTATCCCTAGAGCAGTTAAACAGATATTTGATATACTGGAAGCACAAAGTGC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 TGCAGGTGTTATCCCTAGAGCAGTTAAACAGATATTTGATATACTGGAAGCACAAAGCGC 539
Query 540 TGCTGAATACAGTTTGAAAGTTTCATTTCTTGAGCTCTACAATGAAGAACTGACAGACCT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGCTGAATACAGTTTGAAAGTTTCATTTCTTGAGCTCTACAATGAAGAACTGACAGACCT 599
Query 600 TTTAGCTCCGGAAGAAACAAAATTCGCTGATGATAAATCAAAGAAACCTCTGGCTCTTAT 659
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 TTTAGCCCCGGAAGAAACAAAATTCACTGATGATAAATCAAAGAAACCTCTGGCTCTAAT 659
Query 660 GGAAGATGGCAAAGGTGGTGTTTTTGTCCGCGGATTGGAAGAAGAGATTGTGTCTACTGC 719
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 660 GGAAGATGGAAAAGGTGGTGTTTTTGTCCGAGGATTGGAAGAAGAAATAGTGTCTACTGC 719
Query 720 TGATGAAATTTACAAAGTCTTGGAGAAAGGTTCAGCTAAGAGACGCACAGCAGAGACTCT 779
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGATGAGATTTACAAAGTCTTGGAGAAAGGGTCAGCTAAGAGACGCACAGCAGAGACTCT 779
Query 780 TCTCAACAAACAAAGTAGTAGATCTCATTCAATATTTTCGGTTACAATCCATATTAAGGA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 780 TCTCAACAAACAAAGTAGTAGATCTCATTCAATATTTTCGGTTACAATCCACATTAAGGA 839
Query 840 ATGTACTCCAGAAGGGGAAGAGATTGTCAAAAGTGGAAAGCTGAATCTAGTTGATCTTGC 899
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 840 ATGTACTCCTGAAGGGGAAGAGATTGTCAAAAGTGGAAAGCTAAATCTGGTTGATCTTGC 899
Query 900 TGGTTCAGAGAATATTTCACGGTCTGGTGCTCGAGAGGGTAGAGCCAGGGAAGCTGGTGA 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGGTTCAGAGAATATTTCACGGTCTGGTGCTCGAGAGGGTAGAGCCAGGGAAGCTGGTGA 959
Query 960 GATCAACAAAAGTTTGCTCACACTTGGACGTGTCATAAATGCTTTGGTTGAACACTCTGG 1019
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GATCAACAAAAGTTTGCTCACACTGGGACGTGTCATAAATGCTTTGGTTGAACACTCTGG 1019
Query 1020 TCACATTCCATATAGAGAAAGCAAGTTGACAAGATTATTGAGAGACTCTTTGGGAGGAAA 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1020 CCACATTCCATATAGAGAAAGCAAGTTGACAAGATTATTGAGAGACTCTTTAGGAGGAAA 1079
Query 1080 AACAAAAACATGTGTAATTGCTACAGTTTCACCCTCTGTTCATTGCCTGGAAGAAACACT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AACAAAAACATGTGTAATTGCTACAGTTTCACCCTCTGTTCATTGCCTGGAAGAAACACT 1139
Query 1140 CAGCACACTTGATTATGCACACCGTGCGAAACACATCAAAAATAAACCAGAGGTTAACCA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CAGCACACTTGATTATGCACACCGTGCGAAACACATCAAAAATAAACCAGAGGTTAACCA 1199
Query 1200 GAAGATGATGAAATCAGCTATTATGAAAGATTTGTATTCTGAAATTGAACGTCTGAAGCA 1259
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AAAGATGATGAAATCAGCTATCATGAAAGATTTGTATTCTGAAATTGAACGTCTGAAGCA 1259
Query 1260 AGAGGTCTATGCTGCTAGGGAGAAAAATGGAATTTATATTCCAAAGGAGAGGTATACTCA 1319
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1260 AGAGGTCTATGCTGCAAGGGAGAAAAATGGAATTTATATTCCAAAGGAGAGGTATATTCA 1319
Query 1320 AGAAGAAGCTGAGAAAAAGGCTATGGCTGATAAGATAGAGCAAATGGAAGTAGAGGGTGA 1379
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AGAAGAAGCTGAGAAAAAGGCAATGGCTGAAAAGATTGAGCAAATGGAAGTAGAGGGTGA 1379
Query 1380 AGCAAAAGACAAGCAAATTATTGATCTTCAAGAGCTGTACAACTCGGAACAGCTTGTAAC 1439
||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AGCTAAAGACAAGCAAATTGTTGACCTTCAAGAGCTGTACAACTCGGAACAGCTTGTAAC 1439
Query 1440 TGCTGGATTGAGAGAAAAGCTTGACAAGACAGAGAAAAAGCTCTATGAAACTGAACAAGC 1499
||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGCTGGACTGAGAGAGAAGCTTGACAAGACTGAGAAAAAGCTCTATGAAACTGAACAAGC 1499
Query 1500 ATTGCTAGATCTCGAAGAGAAACATAGACAAGCAGTTGCAACAATTAAAGAAAAGGAGTA 1559
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ATTGTTAGATCTCGAAGAGAAACATAGACAAGCAGTTGCAACAATTAAAGAAAAGGAGTA 1559
Query 1560 CTTAATATCCAATCTCCTTAAATCTGAGAAAACACTTGTTGACCGGGCTGTCGAGCTTCA 1619
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1560 CTTGATATCCAATCTCCTTAAATCTGAGAAAACACTTGTTGACCGTGCTGTAGAGCTTCA 1619
Query 1620 GGCAGAATTGGCAAATGCAGCATCCGATGTTTCAAACTTGTTCGCCAAAATTG-GTAGGA 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||
Sbjct 1620 GGCAGAATTGGCAAATGCAGCATCCGATGTTTCAAACTTGTTTGCCAAAATTGAGC-GGA 1678
Query 1679 AGGACAAGATTGAAGACAGTAATAGATCGCTCATCCAAGATTTCCAGTCACAATTGCTAC 1738
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AGGACAAAATTGAAGACAGTAATAGATCGCTCATCCAAGAGTTCCAGTCACAATTGCTAC 1738
Query 1739 GACAACTTGAACTCTTGAACAACAGTGTTGCCGGTTCAGTAAGCCAGCAGGAAAAACAAT 1798
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1739 GGCAACTTGAACTCTTGAACAACAGTGTTGCCGGTTCAGTGAGCCAACAGGAAAAACAAT 1798
Query 1799 TGCAAGACATGGAAAATGTTA-TGGTTTCTTTCGTATCTGCAAAGACAAAGGCTACTGAA 1857
|||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1799 TGCAAGACATGGAAAAA-TTAATGGCATCTTTCGTATCTGCAAAGACAGAGGCTACTGAA 1857
Query 1858 ACACTACGAGGAAGTTTAGCACAGTTGAAGGAAAAATACAATACAGGCATCAAGTCTTTA 1917
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1858 GCACTACGGGGAAGTTTAGCACAGTTGAAGGAAAAATACAATTCAGGCATCAAGTCTTTA 1917
Query 1918 GATGATATAGCTGGGAATCTGGATAAAGATAGCCAATCAACTTTGAATGACTTGAACTCG 1977
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GATAATATAGCTGGGAATCTGGATAAAGACAGCCAATCAACTTTGAATGACTTGAACTCG 1977
Query 1978 GAAGTGACAAAACATTCTTGTGCACTGGAAGATATGTTTAAAGGATTTACATCAGAAGCT 2037
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GAAGTGACAAAACATTCTTGTGCATTGGAAGATATGTTTAAAGGATTTACATCAGAAGCT 2037
Query 2038 TACACGCTACTTGAAGGGCTTCAAGGTAGCCTCCACAATCAAGAGGAGAAGCTCTCTGCA 2097
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TACACGCTACTTGAAGGGCTTCAAGGTCGCCTTCACAATCAAGAGGAGAAGCTCTCTGCA 2097
Query 2098 TTCACACAGCAACAGAGAGACTTGCATTCCCGATCAATGGATTCTGCTAAGTCCGTCTCC 2157
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2098 TTCACACAGCAACAGCGCGACTTGCATTCCCGATCAATGGATTCTGCTAAGTGCGTCTCC 2157
Query 2158 ACGGTGATGTTAGACTTCTTCAAGACTCTAGACACACATGCCAATAAGCTAACAAAGCTA 2217
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2158 ACTGTGATGTTAGACTTCTTCAAAACTCTAGACACCCATGCCACTAAGCTAACAAAGCTA 2217
Query 2218 GCAGAAGATGCTCAAAATGTCAACGAGCAGAAATTATCTGCATTCACTAAGAAATTCGAG 2277
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GCAGAAGACGCTCAAAACGTCAACGAGCAGAAATTATCTGCATTCACTAAGAAATTCGAG 2277
Query 2278 GAATCCATTGCAAATGAAGAAAAACAAATGCTCGAAAAAGTGGCGGAATTACTAGCGAGT 2337
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2278 GAATCCATTGCAAATGAAGAAAAACAAATGCTTGAAAAAGTGGCGGAATTACTAGCAAGT 2337
Query 2338 TCAAACGCTAGGAAGAAAGAATTGGTTCAGATAGCTGTGCAAGATATACGCCAAGGATCA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||
Sbjct 2338 TCAAACGCTAGGAAGAAAGAATTGGTTCAGATAGCTGTGCAGGACATACGCGAAGGATCA 2397
Query 2398 TCTTCCCAAACAGGTGCATTGCAGCAAGAAATGTCTGCAATGCAAGATTCTGCTTCTTCC 2457
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2398 TCTTCCCAAACCGGTGCATTGCAGCAAGAAATGTCTGCAATGCAAGATTCTGCTTCGTCG 2457
Query 2458 ATTAAAGTCCAGTGGAACTCTCACATAGTCCAAGCGGAATCTCATCATCTCGATAACATA 2517
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 GTTAAAGTCCAGTGGAACGCTCACATGGTCCAAGCGGAATCTCATCATCTCGATAACATT 2517
Query 2518 TCCGCAGTTGAGGTTGCAAAGGAAGATATGCAGAAAATGCATCTAAAATGTCTGGAGAAT 2577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2518 TCCGCAGTTGAGGTTGCAAAGGAAGATATGCAGAAAATGCTTCTAAAATGCCTGGAGAAT 2577
Query 2578 TCAAAAACCGGAACCCAACAATGGAAGACTGCTCAAGAATCATTAGTTGATCTCGAAAAA 2637
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||| |
Sbjct 2578 TCAAAAACCGGAACCCAACAATGGAAGACCGCTCAAGAATCATTAGTCGACCTAGAAAGA 2637
Query 2638 AGGAATGTTGCAACCGCGGATTCTATTATTCGGGGAGCCATAGAAAACAATGAGAAACTA 2697
||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2638 AGGAATGTTGCAACCGCAGACTCTATTATCCGAGGAGCCATAGAAAACAATGAGAAGCTA 2697
Query 2698 CGAACGCAGTTTTCTTCCGCGGTCTCAACCACTTTAAGCGATGTCGATTCTTCAAACAGA 2757
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2698 CGAGCGCAGTTTTCTTCCGCGGTCTCAACCACTTTAAGCGATGTTGATTCTGCAAACAGC 2757
Query 2758 GAAATCATCTCATCCATTGACAACTCGTTACAACTCGATAAAGACGCATCAACGGATGTT 2817
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2758 GATATCCTCTCATCCATTGACAACTCGTTACAACTCGATAAAGACGCATCCACGGATGTT 2817
Query 2818 AATTCCACAATCGTTCCTTGCTCTGAAAACTTGAAAGAACTAAGAACACACCATGATGAC 2877
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 2818 AATTCCACAATCGTTCCTTGCTCTGAAAGCTTGAAAGAACTAAGAACTCACCACGACGAC 2877
Query 2878 AACGTTGTCGAAATCAAACAGAACACAGGAAAATGTCTTGGTCACGAGTACAAGGTGGAT 2937
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2878 AACGTCATCGAAATCAAACAGAACACAGGAAAATGTCTTGGTCATGAGTACAAGGTGGAT 2937
Query 2938 GAAGCAACAAGCTCAACACCGAGGAAGAGAGAGTACAACATTCCAACTGTTGGATCAATA 2997
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2938 GAAGCAACAAGCTCGACACCGAGGAAGAGAGAGTACAACATTCCAACGGTTGGATCAATA 2997
Query 2998 GAAGAACTTAAAACGCCGTCGTTTGAGGAATTGTTGAAGGCGTTTCACGATT-GTAAGTC 3056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||
Sbjct 2998 GAAGAACTTAAAACGCCGTCGTTTGAGGAATTGTTGAAAGCGTTTCACGATTCG-AAGTC 3056
Query 3057 ACCAAAACAAATGCAGAACGGAGAAGCTAAACACGTTAGTAACGGTCGACCTCCGTTAAC 3116
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 ACCGAAACAAATGCAGAACGGAGAAGCTAAACACGTTAGTAACGGTCGACCTCCGTTAAC 3116
Query 3117 GGCCATTAACTGA 3129
|||||| ||||||
Sbjct 3117 GGCCATCAACTGA 3129
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118194030235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5