BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G28880.1
Length=3084
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481803 jgi|Araly1|481803|fgenesh2_kg.4__863__AT2G28880.1 4434 0.0
> Ahg481803 jgi|Araly1|481803|fgenesh2_kg.4__863__AT2G28880.1
Length=3029
Score = 4434 bits (2401), Expect = 0.0
Identities = 2750/2917 (94%), Gaps = 30/2917 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTTCTCTTCCTCCCTCTTCCTCACCATTGATTCCTCTCAGAGCTAAAGCAAAAGCTTCTT 62
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Sbjct 1 TTTCTCTTCCTCCTTC-TCTTCACCATTGATTCCTCTCAGAGC---A--AAAAGCTTCTT 54
Query 63 CCATTGTCTTACTTTATACGATTCGTTGCTTTTGAATCTCTTC-TCACTTGGCTTCGTTT 121
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Sbjct 55 CCATTTTCTT-CTTCATACGATTCGTTGCTTTTGAATCTC--CATCACTTGGTTTCGTTT 111
Query 122 CTAAACG--AGTTATGAACATGAATTTTTCGTTTTGTTCAACATCTTCTGAG-TTATCAT 178
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Sbjct 112 CTAAACGTAAGTCATGAACATGTATTTTTCGTTTTGTTCAACTTCTTCTGAGCTT-TCAT 170
Query 179 ATCCAAGTGAGAATGTTCTGAGATTTTCTGTTGCAAGTCGGCTGTTTTCTCCTAAATGGA 238
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Sbjct 171 ATCCAAGTGAAAATGTTCTGAGATTTTCGGTTGCGAGGCGGTTGTTCTCTCCTAAATGGA 230
Query 239 AGAAAAGTTTCATTAGTTTACCTTGTCGTAGTAAAACTACGAGGAAGGTT-TTGGCGTCA 297
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Sbjct 231 AGAATGGTTTCATTAGTTTACCTCATCGT-G-----GTACGAGGAAGGTTCTT-GCGGCA 283
Query 298 AGCCGTTATGTGCCAGGGAAATTGGAAGATTTGTCGGTTGTTAAGAAGAGTTTACCGAGA 357
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Sbjct 284 AGCCGTTTTGTGCCAGGGAAATTGGAAGATTCGGCGGTTGTTAAGAAGAGTTTACCGATA 343
Query 358 AGAGAACCTGTGGAGAAGCTTGGTTTTGTGAGGACTTTGTTGATTGATAATTATGATAGT 417
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Sbjct 344 AGAGAACCTGTAGAGAGGATTGGTGTTGTGAGGACTTTGTTGATTGATAATTATGATAGT 403
Query 418 TATACATTCAATATATATCAGGCTCTGAGTACTATTAATGGAGTGCCTCCTGTCGTTATT 477
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Sbjct 404 TATACATTCAATATATATCAGGCACTGAGTACTATTAATGGAGTGCCTCCTGTGGTTATT 463
Query 478 CGGAATGATGAGTGGACGTGGGAAGAAGCTTACCATTACTTATATGAAGATGTTGCTTTT 537
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Sbjct 464 CGAAATGATGAGTGGACGTGGGAAGAAGCTTACCATTACTTATATGAAGATGTTGCTTTC 523
Query 538 GATAATATTGTTATATCGCCTGGACCTGGTTCGCCTATGTGTCCAGCTGATATAGGAATA 597
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Sbjct 524 GATAATATTGTCATATCGCCCGGACCTGGTTCGCCGATGTGTCCAGCTGATATAGGAATA 583
Query 598 TGTCTTCGTCTTTTGCTTGAATGCCGTGATATCCCAATTCTAGGCGTCTGCCTTGGCCAC 657
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Sbjct 584 TGTCTTCGTCTTTTGCTTGAATGTCGTGATATTCCAATTCTAGGCGTCTGCCTTGGCCAC 643
Query 658 CAGGCACTAGGTTATGTCCATGGAGCTCATGTGGTGCATGCCCCGGAACCAGTCCATGGA 717
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Sbjct 644 CAGGCACTGGGTTATGTCCATGGAGCTCATGTGGTGCATGCCCCGGAACCAGTCCATGGA 703
Query 718 CGGTTGAGTGGGATTGAACATGATGGGAACATATTGTTTTCTGATATTCCATCCGGGAGA 777
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Sbjct 704 CGGTTGAGTGGGATTGAACATGATGGGAACATACTGTTTTCTGATATTCCATCTGGGAGA 763
Query 778 AACTCTGATTTTAAGGTTGTTAGATACCATTCACTGATCATAGATAAGGAATCACTACCA 837
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Sbjct 764 AACTCTGATTTCAAGGTTGTTAGATACCATTCGCTGATCATAGATAAGGAATCACTACCA 823
Query 838 AAGGAACTTGTACCAATAGCGTGGACGATTTATGATGACACTGGCTCTTTCTCTGAGAAG 897
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Sbjct 824 AAGGAACTTGTACCAATAGCGTGGACGATTTATGATGACACTGGCTCTTTCTCTGAGAAG 883
Query 898 AA-TTCCTGTGTTCCTGTGAATAACACTGGGAGCCCACTTGGGAACGGATCTGTCATTCC 956
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Sbjct 884 AAGTTG-TGTGTTCCTGTGAAGAACACTGGGAGCCCACT-G--AATGGATCTGTCATTCC 939
Query 957 TGTTTCAGAAAAGTTAGAAAATCGAAGTCATTGGCCTTCGTCCCATGTTAATGGGAAACA 1016
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Sbjct 940 TGTTTCAGAAAAGTTGGAAAATGGAAGCCATTGGCCTTCGTCCCATGTTGATGAGAAACA 999
Query 1017 AGATAGACACATTCTCATGGGCATCATGCATTCTTCTTTTCCCCATTATGGTTTACAGTT 1076
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Sbjct 1000 AGATAGACACATTCTCATGGGCATCATGCATTCTTCTTTTCCCCATTATGGTTTACAGTT 1059
Query 1077 TCATCCAGAAAGTATTGCTACTACCTATGGTAGTCAGTTATTTAAAAATTTCAAGGACAT 1136
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Sbjct 1060 TCATCCAGAGAGTATTGCTACTACCTATGGTAGTCAGTTATTTAAAAATTTCAAAGATAT 1119
Query 1137 AACTGTGAATTATTGGAGTCGGTGCAAATCTACATCCCTGCGTCGAAGAAACATAAATGA 1196
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Sbjct 1120 AACTGTGGATTACTGGAGTCGGTGCAAATCTACATCCCTGCGTCGAAGAAACATAAATGA 1179
Query 1197 CACTGCAAACATGCAGGTGCCTGATGCTACTCAATTGCTGAAAGAACTTTCTAGAACTAG 1256
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Sbjct 1180 CACTGCAAACATGCAGGTGCCTGGTGCTACTCAATTGCTGAAAGAACTTTCCAGAACTAG 1239
Query 1257 ATGTACAGGAAATGGTTCTAGCTATTTTGGGAACCCTAAG---TCTCTGTTTTCTGCCAA 1313
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Sbjct 1240 ATTTACAGGAAATGGTTCTAGCTATTATGGGAACACTAAGAAGTCTCTGTTTGCTGCCAA 1299
Query 1314 GACAAATGGTGTAGACGTCTTTGATATGGTGGATTCATCATATCCAAAACCACATACAAA 1373
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Sbjct 1300 GACAAATGGTGTAGACGTCTTCGATCTGGCGGATTTATCATATCCAAAACCTCATGCAAA 1359
Query 1374 ATTGCTGAGGTTGAAATGGAAGAAGCATGAACGTCTTGCGCATAAAGTTGGTGGAGTAAG 1433
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Sbjct 1360 ATTGCTGAGGTTGAAATGGAAGAAGCATGAACGTCTTGCACATAAAGTTGGTGGAGCAAA 1419
Query 1434 AAATATATTTATGGAACTCTTTGGCAAGAATAGAGGAAATGATACTTTTTGGCTGGATAC 1493
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Sbjct 1420 AAATGTATTCATGGAACTCTTTGGCAAGAATAAAGGGAATGATACGTTTTGGCTGGATAC 1479
Query 1494 TTCTTCTAGTGACAAGGCTAGAGGACGATTTTCTTTCATGGGCGGTAAAGGTGGATCTCT 1553
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Sbjct 1480 TTCTTCTACTGACAAGGCTAGAGGACGATTTTCTTTCATGGGCGGTAAAGGTGGATCTCT 1539
Query 1554 CTGGAAGCAATTGACATTTAGTTTATCTGATCAAAGTGAGGTTACATCAAAACATGCGGG 1613
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Sbjct 1540 CTGGAAGCAATTGACATTTAGTTTATCTGATCAAAGCGAGGGTATATCAAAACATGCGGG 1599
Query 1614 ACATCTTCTGATTGAAGATTCTCAGAGTTCTACTGAGAAACAATTCTTGGAAGAAGGCTT 1673
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Sbjct 1600 ACATCTTCTGATTGAAGATTCTCAGAGTTCTACTGAGAAAGGATTCTTGGAAGAAGGCTT 1659
Query 1674 TCTTGATTTTCTCCGTAAGGAGCTTTCATCTATCTCTTATGATGAGAAGGACTTCGAAGA 1733
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Sbjct 1660 TCTTGATTTTCTCCGTAAGGAGCTTTCATCTATCTCTTATGATGAGAAGGACTTCGCAGG 1719
Query 1734 GTTGCCTTTTGATTTTTGCGGTGGATACGTAGGTTGTATTGGGTATGATATTAAAGTGGA 1793
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Sbjct 1720 GTTGCCTTTTGATTTTTGCGGTGGATACGTAGGTTGTATTGGGTATGATATTAAAGTCGA 1779
Query 1794 ATGTGGAATGCCAATTAATCGTCACAAATCCAACGCTCCAGATGCATGTTTCTTCTTTGC 1853
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Sbjct 1780 ATGTGGAATGCCAATTAATCGTCACAAATCCAACGCTCCAGATGCATGTTTCTTCTTTGC 1839
Query 1854 GGATAATGTTGTCGCCATTGATCATCAACTCGATGACGTTTATATATTATCGCTTTACGA 1913
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Sbjct 1840 AGATAATGTTGTTGCCATTGATCATCAACTTGATGATGTATATGTATTATCGCTTTACGA 1899
Query 1914 AGAGGGAACTGCAGAAACCTCTTTCCTGAATGATACTGAAGAGAAGCTCATTAGCTTGAT 1973
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Sbjct 1900 AGAGGGAACCGCAGAAACCTCTTTCCTGAAGGATACTGAAGAGAAGCTCATTAGCCTGAT 1959
Query 1974 GGGTTTGTCCACAAGAAAGTTGGAGGATCAAACTCTTCCAGTTATAGATTCATCTCAATC 2033
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Sbjct 1960 GGGTTCGTCCACAAGAAAGTTTGAGGATCAGACTCTTCCAGTTATAGATTCATCTCAATG 2019
Query 2034 CAAAACAAGTTTTGTTCCTGACAAATCCCGAGAGCAGTATATCAACGATGTTCAGAGCTG 2093
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Sbjct 2020 CAAAACAAGTTTTGTTCCTGACAAATCCCGAGAACAGTATATAAACGATGTTCAGAGCTG 2079
Query 2094 TATGAAGTATATCAAAGACGGGGAGAGCTACGAGCTTTGTCTCACTACTCAAAACAGAAG 2153
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Sbjct 2080 TATGAAGTATATCAAAGACGGGGAAAGCTACGAGCTTTGTCTCACTACTCAGAACAGAAG 2139
Query 2154 GAAAATAGGAAATGCTGATCCTTTGGGACTTTATCTCCACCTGAGAGAGAGGAATCCAGC 2213
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Sbjct 2140 GAAAATAGGCAATGCTGATCCTTTGGGACTTTATCTCCACCTGAGAGAGAGGAATCCAGC 2199
Query 2214 ACCATATGCAGCATTTCTCAACTTCTCAAATGCAAATCTGTCTTTATGCTCTTCGTCCCC 2273
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Sbjct 2200 ACCATATGCAGCCTTTCTCAACTTCTCAAATGCAAATTTGTCTTTATGCTCTTCGTCCCC 2259
Query 2274 TGAAAGGTTTCTTAAGCTGGACAGAAATGGAATGCTTGAAGCAAAGCCGATTAAGGGTAC 2333
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Sbjct 2260 TGAAAGGTTTCTTAAGCTGGACAGAAATGGAATGCTAGAAGCAAAGCCGATTAAGGGTAC 2319
Query 2334 TATAGCTCGTGGCTCCACGCCTGAAGAAGATGAATTTCTTAAATTGCAATTGAAACTCAG 2393
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Sbjct 2320 TATAGCTCGTGGCTCCACGCCTGAAGAAGATGAACTTCTTAAATTGCAATTGAAACTCAG 2379
Query 2394 TGAGAAGAATCAAGCCGAGAATCTGATGATTGTTGACCTTCTAAGGAATGATCTCGGTCG 2453
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Sbjct 2380 TGAGAAGAATCAAGCCGAGAATCTAATGATTGTCGACCTTCTACGGAATGATCTCGGTCG 2439
Query 2454 TGTCTGTGAGCCTGGCTCAGTCCATGTACCTAACCTCATGGATGTAGAATCATACACAAC 2513
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Sbjct 2440 TGTCTGTGAGCCAGGCTCAGTCCATGTACCTAACCTCATGGACGTGGAATCATACACAAC 2499
Query 2514 AGTACATACAATGGTGAGCACGATCCGTGGACTGaaaaaaaCAGATATTAGTCCAGTGGA 2573
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Sbjct 2500 AGTACACACTATGGTGAGCACGATCCGCGGATTGAAAAAACCAGATATTAGTCCAGTGGA 2559
Query 2574 ATGTGTAAGAGCTGCTTTCCCTGGCGGTTCAATGACTGGTGCCCCAAAACTAAGATCTGT 2633
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Sbjct 2560 GTGTGTAAGAGCAGCTTTCCCTGGCGGTTCAATGACCGGTGCCCCAAAACTAAGATCCGT 2619
Query 2634 TGAGATTCTCGATTCTCTAGAGAACTGTTCGAGAGGCCTTTACTCTGGCTCAATCGGGTA 2693
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Sbjct 2620 TGAGATTCTCGATTCTCTAGAGAACTGTTCAAGAGGGCTTTACTCTGGCTCAATCGGGTA 2679
Query 2694 TTTCTCGTATAATGGTACGTTTGATCTGAATATTGTGATAAGAACAGTAATAATACATGA 2753
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Sbjct 2680 TTTCTCGTATAACGGTACATTTGATCTGAACATTGTTATAAGAACAGTAGTGATACATGA 2739
Query 2754 AGATGAAGCTTCCATTGGAGCAGGAGGAGCTATTGTTGCATTATCAAGTCCAGAAGATGA 2813
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Sbjct 2740 GGATGAAGCTTCCATTGGAGCAGGAGGAGCAATAGTTGCATTATCAAACCCAGAAGATGA 2799
Query 2814 GTTTGAGGAAATGATTCTTAAGACTAGAGCTCCTGCTAATGCAGTCATGGAGTTTTGTAG 2873
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Sbjct 2800 GTTTGAGGAAATGATTCTTAAGACTAAAGCTCCTGCTAATGCAGTTATGGAGTTTTGTAG 2859
Query 2874 TGATCAGAGGAGACAATAGTTTTGTCTCTTCAAAGTT 2910
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Sbjct 2860 TGATCAGAGGAGACAATAGTTTTGTTTCTTCAAAGTT 2896
Score = 171 bits (92), Expect = 4e-41
Identities = 108/115 (94%), Gaps = 3/115 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2972 ttttttATAG-GAAAAGAGTGATTTATCTCAAATTCAAAAACTACA-TATAGTTGTAAGA 3029
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Sbjct 2916 TTTTTTATAGAGAAAAGAGTGATTTACCTCAAATTCAAAAACTA-ATTGTTGTTGTAAGA 2974
Query 3030 TTATTTTTTAAAGATAGTTATTTGATTGAAGTCTCTTTAATAAAAGATAGTTTTT 3084
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Sbjct 2975 TTATTTTTTAAAGATAGTTATTTGATTGATGTCTCTTTAATAAAAGATAGTTTTT 3029
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116479969210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5