BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G29560.1
Length=1715
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg900724 jgi|Araly1|900724|Al_scaffold_0004_1374 2449 0.0
> Ahg900724 jgi|Araly1|900724|Al_scaffold_0004_1374
Length=1428
Score = 2449 bits (1326), Expect = 0.0
Identities = 1394/1428 (98%), Gaps = 0/1428 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 ATGTCTGTGCAAGAGTATTTAGACAAGCATATGCTTTCTCGGAAAATCGAAGACGCCGTT 135
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTGTGCAAGAGTATTTAGACAAGCACATGCTTTCTCGGAAAATCGAAGACGCCGTT 60
Query 136 AATGCCGCCGTAAGGGCTAAAACCTCAGATCCCGTTCTCTTCATCGCTAATCATCTGAAG 195
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 61 AATGCCGCCGTTAGGGCTAAAACCTCAGATCCCGTTCTCTTCATCGCGAATCATATGAAG 120
Query 196 AAAGCTGTATCATCTGTGATAACGAAGGTTAAAGCACGACAGATCCTTGACAGCAGAGGA 255
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 AAAGCTGTATCATCGGTGATAACGAAGGTTAAAGCACGACAGATCCTTGATAGCAGAGGA 180
Query 256 ATTCCAACAGTTGAAGTTGATCTGCACACGAACAAAGGCGTTTTTCGTGCTTCTGTTCCC 315
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTCCAACAGTTGAAGTTGATCTTCACACTAACAAAGGCGTTTTTCGTGCTTCTGTTCCC 240
Query 316 AGTGGTGATTCTTCTGGAACGTATGAAGCTATTGAGCTACGTGATGGAGACAAAGGAATG 375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGTGGTGATTCTTCTGGAACGTATGAAGCTATTGAGCTACGTGATGGAGACAAAGGAATG 300
Query 376 TATCTTGGAAACAGTGTGGCTAAAGCTGTTAAGAACATAAATGAAAAAATTTCTGAGGCG 435
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 301 TATCTTGGAAATAGTGTGGCGAAAGCTGTTAAGAACATAAATGATAAAATCTCAGAGGCG 360
Query 436 TTGATTGGTATGGACCCAAAACTTCAGGGTCAGATAGATCAGGCTATGATAGATTTGGAT 495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGATTGGTATGGACCCAAAACTTCAGGGTCAGATAGATCAGGCTATGATAGATTTGGAT 420
Query 496 AAAACTGAAAAGAAGAGTGAACTTGGTGCTAATGCTATACTTGCTGTGTCAATTGCGGCA 555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAAACTGAAAAGAAGAGTGAACTTGGTGCTAATGCTATACTTGCTGTGTCAATTGCGGCA 480
Query 556 TGCAAGGCTGGAGCTGCTGAGAAAGAGGTCCCTTTGTGCAAGCATCTTTCTGATCTTAGT 615
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 481 TGCAAGGCTGGAGCTGCTGAGAAAGAAGTCCCTCTGTGCAAGCACCTTTCTGATCTCAGT 540
Query 616 GGCAGAGCAAACATGGTGTTACCTGTACCTGCGTTCACTGTTTTGAGTGGTGGGAAGCAT 675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 GGCAGAGCAAACATGGTGTTACCTGTACCTGCGTTCACTGTTTTGAGTGGCGGGAAGCAT 600
Query 676 GCTTCGAATACTTTTGCCATTCAGGAAATTATGATTCTCCCAATTGGAGCAAGTAGATTT 735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTTCGAATACTTTTGCCATTCAGGAAATTATGATTCTCCCAATTGGAGCAAGTAGATTT 660
Query 736 GAGGAGGCCCTGCAATGGGGATCTGAGACATATCATCATTTAAAGGCTGTCATTTCAGAA 795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 661 GAGGAGGCCCTGCAATGGGGATCTGAGACATATCATCATTTAAAGGCTGTTATTGCAGAA 720
Query 796 AAGAATGGTGGTTTGGGATGTAATGTTGGTGAAGATGGTGGTCTTGCTCCAGATATCTCG 855
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAGAATGGTGGTTTGGGGTGTAATGTTGGTGAAGATGGTGGCCTTGCTCCAGATATCTCG 780
Query 856 AGCCTCAAGGAAGGTTTGGAGCTTGTAAAAGAAGCTATCAACCGAACAGGGTACAATGAT 915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGCCTCAAGGAAGGTTTGGAGCTTGTAAAAGAAGCTATCAACCGAACAGGGTACAATGAT 840
Query 916 AAGATAAAGATAGCCATTGATATTGCCGCCACTAATTTTTGTTTAGGTACCAAGTATGAT 975
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AAGATAAAGATAGCCATTGATGTTGCCGCCACTAATTTTTGTTTAGGTACCAAGTATGAT 900
Query 976 TTAGATATCAAGTCTCCAAATAAATCTGGGCAAAATTTCAAGTCAGCGGAAGATATGATA 1035
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 901 CTAGATGTCAAGTCTCCAAATAAATCTGGGCAAAATTTCAAGTCAGCGGACGATATGATA 960
Query 1036 GATATGTACAAAGAAATTTGTAATGATTATCCAATTGTGTCTATAGAAGACCCTTTTGAC 1095
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 961 GATATGTACAAAGAAATTTGTAATGAGTATCCAATTGTGTCTATCGAAGACCCTTTTGAC 1020
Query 1096 AAGGAGGACTGGGAACACACCAAGTATTTTTCGAGTCTTGGAATATGTCAGGTGGTAGGT 1155
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAAGAGGACTGGGAACACACCAAGTATTTTTCCAGTCTTGGAATATGTCAGGTGGTAGGT 1080
Query 1156 GACGATTTGTTGATGTCAAATTCAAAACGAGTTGAGCGTGCCATACAGGAGTCTTCTTGT 1215
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GACGATTTGTTGATGTCAAATTCAAAACGTGTTGAGCGTGCCATACAGGAGTCTTCTTGT 1140
Query 1216 AATGCTCTTCTTCTCAAGGTGAATCAGATTGGTACAGTAACAGAAGCCATTGAAGTAGTG 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AATGCTCTTCTTCTCAAGGTGAATCAGATTGGTACAGTAACAGAAGCCATTGAAGTAGTG 1200
Query 1276 AAAATGGCAAGGGATGCCCAGTGGGGTGTGGTGACATCTCATAGATGTGGAGAAACAGAG 1335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAAATGGCAAGGGATGCCCAGTGGGGTGTGGTGACATCTCATAGATGTGGAGAAACAGAG 1260
Query 1336 GACTCTTTCATCTCTGACTTATCTGTGGGTCTCGCAACAGGTGTGATTAAAGCTGGTGCT 1395
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1261 GACTCTTTCATCTCTGACTTATCCGTGGGTCTCGCAACAGGTGTGATAAAAGCTGGTGCT 1320
Query 1396 CCTTGCAGAGGAGAACGTACTATGAAGTATAACCAGTTGCTACGGATAGAGGAAGAGCTT 1455
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CCTTGCAGAGGAGAACGTACTATGAAGTATAACCAGTTGCTACGGATAGAGGAAGAGCTC 1380
Query 1456 GGGGATCAAGCAGTGTATGCTGGAGAAGATTGGAAGCTATCTCTCTAA 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GGGGATCAAGCAGTGTATGCTGGAGAAGATTGGAAGCTATCTCTCTAA 1428
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64334423805
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5