BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G29710.1
Length=1671
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481887 jgi|Araly1|481887|fgenesh2_kg.4__947__AT2G29710.1 2348 0.0
Ahg933458 jgi|Araly1|933458|scaffold_401446.1 1729 0.0
Ahg887717 jgi|Araly1|887717|Al_scaffold_0278_2 1585 0.0
> Ahg481887 jgi|Araly1|481887|fgenesh2_kg.4__947__AT2G29710.1
Length=1527
Score = 2348 bits (1271), Expect = 0.0
Identities = 1447/1532 (94%), Gaps = 12/1532 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 ACGAGGCTGTGGAGAAAAGAACCAAAGGTGACTGTTGTTAGAGATGAGGAATGCAGAGCT 61
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ACGAGGCTGTGGAGGAAAGAACCAAAGGTGTCTGTTGTTAGAGATGAGGAATGCAGAGCT 60
Query 62 CATCTTCATCCCAACACCAACTGTTGGTCATCTTGTTCCGTTTCTTGAATTTGCTAGGCG 121
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CATCTTCATCCCTACACCGACTGTTGGTCATCTTGTTCCGTTTCTTGAATTTGCTAGGCG 120
Query 122 TCTCATTGAGCAGGATGATAGAATCCGTATCACCTTCCTCTTGATGAAGCAACAAGGTCA 181
||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTGATTGACCAGGATGATAGAATCCGTATCACCATCCTCAAGATGAAGCAACAAGGTCA 180
Query 182 GTCTCATCTGGATTCCTATGTTAAGA-CAATTTCCTCGTCTCTGCCGTTTGTTAGATTTA 240
|||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||| ||| ||||||||||| |
Sbjct 181 GTCTCATCTGGATTCCTATGTTAA-ATCAATTGCCTCTTCTCAGCCCTTTGTTAGATTCA 239
Query 241 TTGATGTCCCTGAGTTAGAGGAGAAACCAACACTTGGTACACAGTCTGTGGAAGCCTATG 300
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 240 TTGATGTTCCTGAGTTAGAGGAGAAACCTACACTTGGTACACAGTCTGTAGAAGCTTATG 299
Query 301 TGTACGATTTTATTGAAACAAATGTCCCTCTTGTGCA-AAATATAATCATGGGTATCCTA 359
| |||||||||||||||| |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 300 TATACGATTTTATTGAAAAAAATATTCCTCTTGTG-AGAAATATAATCATGGGTATCTTA 358
Query 360 TCTTCTCCTGCATTTGATGGAGTTACGGTCAAGGGATTCGTTGCTGATTTTTTCTGTCTC 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCTTCTCCTGCATTTGATGGAGTTACGGTCAAGGGATTCGTTGCTGATTTTTTCTGTCTC 418
Query 420 CCGATGATTGATGTTGCAAAAGATGCAAGTCTTCCTTTTTATGTGTTCTTGACTTCAAAT 479
|| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 419 CCAATGATTGACGTTGCAAAAGATGTAAGTCTCCCTTTTTATGTGTTCTTGACTACGAAT 478
Query 480 TCCGGATTCCTAGCTATGATGCAGTATCTGGCA-TATGGACATAAGAAAGATACCTCAGT 538
|| || ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TCGGGGTTCCTAGCTATGATGCAGTATCTGGCAGT-TCGACATAAGAAAGATACCTCAGT 537
Query 539 TTTTGCAAGAAACTCTGAAGAAATGTTGTCAATTCCTGGATTTGTAAACCCTGTCCCAGC 598
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 538 TTTTGCAAGAAACTCTGAAGAAATGTTGTCGATTCCTGGATTTGAAAACCCTGTCCCAGC 597
Query 599 CAAAGTACTGCCGTCAGCTCTGTTTATTGAGGATGGTTATGATGCTGACGTTAAACTGGC 658
|||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CAAAGTTCTGCCGTCAGCTCTGTTTGTTGAAGATGGTTATGATGCTGACGTTAAACTGGC 657
Query 659 TATATTGTTTACAAAGGCTAATGGAATCCTAGTGAATACCTCCTTTGATATTGAGCCTAC 718
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TACATTGTTTACAAAGGCCAATGGAATCCTAGTGAATACCTCCTTTGATATTGAGCCTAC 717
Query 719 CTCTCTGAATCATTTTCTTGGAGAAGAGAATTACCCTTCTGTTTATGCTGTTGGCCCCAT 778
|||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 718 CTCTCTGAATCATTTTCTTGAAGAACAAAATTACCCTTCTATTTATGCTGTTGGCCCCAT 777
Query 779 ATTTAACCCGAAGGCCCATCCTCATCCAGATCAAGACCTCGCCTGTTGTGACGAGTCGAT 838
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 778 ATTTAACCCGAAGGCCCATCCTCATCCAGATCAGGACCTCGCCCGTTGTGACGAGTCGAA 837
Query 839 GAAATGGCTTGATGCTCAACCCGAGGCATCAGTTGTATTCCTTTGTTTTGGGAGTATGGG 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GAAATGGCTTGATGCTCAACCCGAGGCATCAGTTGTATTCCTTTGTTTTGGGAGTATGGG 897
Query 899 TAGCTTAAGAGGTCCTCTAGTGAAGGAAATAGCACATGGACTTGAGCTATGTCAGTATAG 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 898 CAGCTTAAGAGGTCCTCTAGTGAAGGAAATAGCACATGGACTTGAGCTATGTCAGTACAG 957
Query 959 ATTCCTCTGGTCACTCCGCACAGAAGAAGTGACAAATGATGATCTTTTGCCAGAGGGATT 1018
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ATTCCTCTGGTCACTCCGCGCAGAAGAAGTGACAAACGATGATCTTTTGCCAGAGGGATT 1017
Query 1019 CATGGACCGTGTCAGTGGACGGGGAATGATATGCGGTTGGTCTCCTCAGGTGGAAATACT 1078
||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1018 CATTGACCGTGTCGGTGGACGGGGAATGATATGCAGTTGGTCCCCTCAGGTGGAAATACT 1077
Query 1079 GGCCCATAAAGCAGTGGGAGGTTTTGTTTCTCATTGTGGATGGAACTCAATAGTAGAGAG 1138
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGCCCATAAAGCAGTTGGAGGTTTTGTGTCTCATTGTGGATGGAACTCAATAGTAGAGAG 1137
Query 1139 TTTATGGTTTGGTGTGCCAATTGTGACATGGCCAATGTATGCAGAGCAACAGCTCAATGC 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TTTATGGTTTGGTGTGCCAATTGTGACATGGCCAATGTATGCAGAGCAACAGCTCAATGC 1197
Query 1199 GTTTCTGATGGTGAAGGAACTGAAGCTCGCAGTGGAGCTGAAACTCGATTATAGTGTACA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1198 GTTTCTGATGGTGAAGGAACTGAAGCTCGCAGTGGAGATGAAACTCGATTACAGTGTACA 1257
Query 1259 TAGTGGTGAGATTGTAAGTGCAAACGAGATAGAGACAGCGATTTC-TTGTGTAATGAACA 1317
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||
Sbjct 1258 TAGTGGTGAGCTTGTAAGTGCAAACGAGATAGAGACTGCTATT-CGTTGTGTAATGAACA 1316
Query 1318 AGGATAATAATGTTGTGAGGAA-ACGAGTGATGGATATCTCGCAGATGATCCAGAGAGCT 1376
|||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1317 AGGATAATAATGTTGTTAGGAAGA-GAGTGATGGGTATCTCTCAGATGGTCCAGAGAGCT 1375
Query 1377 ACGAAGAATGGTGGATCTTCGTTTGCCGCAATTGAGAAATTCATACATGACGTGATAGGA 1436
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1376 ACGAAGAATGGCGGATCTTCGTTTGCCGCTATTGAGAAATTCATACATTACGTGATAGGA 1435
Query 1437 ACCAGGACTTAGCCTTT-CTTATCGGATTCTCCATAAACTGTAACCT-GATTATGCAACA 1494
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1436 GCCAGGACTTAGCCTTTTCTTATCGGTTTCTCCATAAACTGTAACCTTGATTATGCTACA 1495
Query 1495 GTCCTTTGAATCTGCTTTGTTTCTAATAtttt 1526
|||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1496 GTCCTTTGAATCTGCTTTGTCTCTATTATTTT 1527
> Ahg933458 jgi|Araly1|933458|scaffold_401446.1
Length=1468
Score = 1729 bits (936), Expect = 0.0
Identities = 1266/1423 (89%), Gaps = 32/1423 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 TGTTGTTAGAGATGAGGAATGCAGAGCTCATCTTCATCCCAACACCAACTGTTGGTCATC 93
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 10 TGTTGTTAGAGATGAGGAATACAGAGCTCATCTTTATCCCAACACCAACCGTTGGTCATC 69
Query 94 TTGTTCCGTTTCTTGAATTTGCTAGGCGTCTCATTGAGCAGGATGATAGAATCCGTATCA 153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 70 TTGTTCCGTTTCTTGAATTTGCTAGGCGTCTCATTGAGCAAGATGATAGGATCCGTATCA 129
Query 154 CCTTCCTCTTGATGAAGCAACAAGGTCAGTCTCATCTGGATTCCTATGTTAAGA-CAATT 212
| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || | |||||||| | | |||
Sbjct 130 CAATCCTCTTGATGAAGCTACAAGGTCAGTCACATCTAGACACTTATGTTAA-ATCTATT 188
Query 213 TCCTCGTCTCTGCCGTTTGTTAGATTTATTGATGTCCCTGAGTTAGAGGAGAAACCAACA 272
|||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 189 GCCTCTTCTCAGCCCTTTGTTAGATTCATTGATGTCCCTGAGTTAGAGGAGAAACCTACA 248
Query 273 C-T--TGGTACACAGTCTGTGGAAGCCTATGTGTACGATTTTATTGA-AACAAATGTCCC 328
| | ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| || ||| ||||
Sbjct 249 CTTGGTGGTACACAGTCTGTGGAAGCTTATGTATATGATGTTATTGAGAA-GAATATCCC 307
Query 329 TCTTGTGCA-AAATATAATCATGGGTATCCTATCTTCTCCTGCATTTGATGGAGTTACGG 387
||||||| | ||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||
Sbjct 308 TCTTGTG-AGAAATATAGTCATGGATATTTTATCTTCTCTTGCATTGGATGGAGTTAAGG 366
Query 388 TCAAGGGATTCGTTGCTGATTTTTTCTGTCTCCCGATGATTGATGTTGCAAAAGA--T-G 444
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 367 TCAAGGGATTTGTTGCTGATTTTTTCTGTCTCCCCATGATTGACGTTGCAAAAGAGGTAA 426
Query 445 CAAGTCTTCCTTTTTATGTGTTCTTGACTTCAAATTCCGGATTCCTAGCTATGATGCAGT 504
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||| |||
Sbjct 427 TAAGTCTTCCTTTCTATGTGTTCTTGACTACAAATTCCGGGTTCTTAGCGATGATGAAGT 486
Query 505 ATCTGGCATATGGACATAAG-AAAGATACCTCAGTTTTTGCAAGAAACTCTGAAGAAATG 563
|||| ||| || ||||| || |||||||| || ||||||| ||||||||| || ||||||
Sbjct 487 ATCTAGCAGATCGACAT-AGTAAAGATACATCGGTTTTTGTAAGAAACTCCGAGGAAATG 545
Query 564 TTGTCAATTCCTGGATTTGTAAACCCTGTCCCAGCCAAAGTACTGCCGTCAGCTCTGTTT 623
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 546 TTGTCGATTCCTGGCTTTGTAAACCCTGTCCCAGCCAATGTTCTGCCATCAGCTCTGTTT 605
Query 624 ATTGAGGATGGTTATGATGCTGACGTTAAACTGGCTATATTGTTTACAAAGGCTAATGGA 683
|||| || |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 GTTGAAGACGGTTATGATGCTTACATTAAACTGGCTATATTGTTTACAAAGGCTAATGGA 665
Query 684 ATCCTAGTGAATACCTCCTTTGATATTGAGCC-TACCTCTCTGAATCATTTTCTTGGA-G 741
||| |||||||| | ||||||||||||||||| || |||| | ||||| |||||| || |
Sbjct 666 ATCTTAGTGAATTCTTCCTTTGATATTGAGCCTTA-CTCTGTCAATCACTTTCTT-GATG 723
Query 742 AA-GAGAATTACCCTTCTGTTTATGCTGTTGGCCCCATATTTAACCCGAAGGCCCATCCT 800
|| | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||
Sbjct 724 AACG-GAGTTACCCTTCTGTTTATGCTGTTGGCCCCGTATTTGACTTGAAGGCCCAGCCT 782
Query 801 CATCCAGATCAAGACCTCGCCTGTTGTGACGAGTCGATGAAATGGCTTGATGCTCAACCC 860
|||||||| || ||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 783 CATCCAGAGCAGGACCTGGCCCGTCGTGACGAGTTGATGAAATGGCTTGATGATCAGCCC 842
Query 861 GAGGCATCAGTTGTATTCCTTTGTTTTGGGAGTATGGGTAGCTTAAGAGGTCCTCTAGTG 920
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 843 GATGCATCGGTTGTATTCCTTTGTTTTGGGAGTATGGGCAGGTTAAGAGGTCCTCTAGTG 902
Query 921 AAGGAAATAGCACATGGACTTGAGCTATGTCAGTATAGATTCCTCTGGTCACTCCGCACA 980
||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 903 AAGGAAATAGCTCATGCACTTGAGCTCTGTCAGTACAGATTCCTCTGGTCACTTCGTACT 962
Query 981 GAAGAAGTGACAAATGATGATCTTTTGCCAGAGGGATTCATGGACCGTGTCAGTGGACGG 1040
|||||| |||| || ||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 963 GAAGAAATGACGAACGATGATCTTTTTCCCGAGGGATTCCTTGACCGTGTCAGTGGACGT 1022
Query 1041 GGAATGATATGCGGTTGGTCTCCTCAGGTGGAAATACTGGCCCATAAAGCAGTGGGAGGT 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1023 GGAATGATATGCGGTTGGTCTCCTCAGGTGGAAATACTGGCCCATAAAGCAGTTGGAGGT 1082
Query 1101 TTTGTTTCTCATTGTGGATGGAACTCAATAGTAGAGAGTTTATGGTTTGGTGTGCCAATT 1160
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 TTTGTGTCTCATTGTGGATGGAACTCAATAGTAGAGAGTTTATGGTTTGGTGTGCCAATT 1142
Query 1161 GTGACATGGCCAATGTATGCAGAGCAACAGCTCAATGCGTTTCTGATGGTGAAGGAACT- 1219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1143 GTGACATGGCCAATGTATGCAGAGCAACAGCTCAATGCGTTTCTGATGGTTAAGGAACTA 1202
Query 1220 GAAGCTCGCAGTGGAGCTGAAACTCGATTATAGTGTACATAGTGGTGAGATTGTAAGTGC 1279
|| |||||||||||||||||| || ||||| || ||| |||| | ||| || |||| |||
Sbjct 1203 GA-GCTCGCAGTGGAGCTGAAGCTTGATTACAGGGTATATAGCGATGAAATAGTAAATGC 1261
Query 1280 AAACGAGATAGAGACAGCGATTTC-TTGTGTAATGAACAAGGATAATAATGTTGTGAGGA 1338
||||||||||||||| || ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 AAACGAGATAGAGACTGCTATT-CGTTGTGTAATGAGCAAGGATAATAATGTTGTGAGGA 1320
Query 1339 A-ACGAGTGATGGATATCTCGCAGATGATC-CAGAGAGCTACGAAG-AATGGTGGATCTT 1395
| | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1321 AGA-GAGTGATGGATATCTCGAAGATGG-CGCGGAAAGCTACGT-GTAATGGTGGATCTT 1377
Query 1396 CGTT-TGCCGCAATTGAGAAATTCATACATGACGTGATAGGAA 1437
||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CGTACT-CGGCTATTGAGAAATTCATACATGACGTGATAGGAA 1419
> Ahg887717 jgi|Araly1|887717|Al_scaffold_0278_2
Length=1350
Score = 1585 bits (858), Expect = 0.0
Identities = 1183/1338 (88%), Gaps = 30/1338 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 118 GGCGTCTCATTGAGCAGGATGATAGAATCCGTATCACCTTCCTCTTGATGAAGCAACAAG 177
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 14 GGCGTCTCATTGAGCAAGATGATAGGATCCGTATCACAATCCTCTTGATGAAGCTACAAG 73
Query 178 GTCAGTCTCATCTGGATTCCTATGTTAAGA-CAATTTCCTCGTCTCTGCCGTTTGTTAGA 236
||||||| ||||| || | |||||||| | | || |||| |||| ||| |||||||||
Sbjct 74 GTCAGTCACATCTAGACACTTATGTTAA-ATCTATGGCCTCTTCTCAGCCCTTTGTTAGA 132
Query 237 TTTATTGATGTCCCTGAGTTAGAGGAGAAACCAACAC-T--TGGTACACAGTCTGTGGAA 293
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 133 TTCATTGATGTCCCTGAGTTAGAGGAGAAACCTACACTTGGTGGTACACAGTCTGTGGAA 192
Query 294 GCCTATGTGTACGATTTTATTGA-AACAAATGTCCCTCTTGTGCA-AAATATAATCATGG 351
|| ||||| || ||| ||||||| || ||| ||||||||||| | ||||||| ||||||
Sbjct 193 GCTTATGTATATGATGTTATTGAGAA-GAATATCCCTCTTGTG-AGAAATATAGTCATGG 250
Query 352 GTATCCTATCTTCTCCTGCATTTGATGGAGTTACGGTCAAGGGATTCGTTGCTGATTTTT 411
||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 251 ATATTTTATCTTCTCTTGCATTGGATGGAGTTAAGGTCAAGGGATTTGTTGCTGATTTTT 310
Query 412 TCTGTCTCCCGATGATTGATGTTGCAAAAGA--T-GCAAGTCTTCCTTTTTATGTGTTCT 468
|||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 311 TCTGTCTCCCCATGATTGACGTTGCAAAAGAGGTAATAAGTCTTCCTTTCTATGTGTTCT 370
Query 469 TGACTTCAAATTCCGGATTCCTAGCTATGATGCAGTATCTGGCATATGGACATAAG-AAA 527
||||| |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||| ||| || ||||| || |||
Sbjct 371 TGACTACAAATTCCGGGTTCTTAGCGATGATGAAGTATCTAGCAGATCGACAT-AGTAAA 429
Query 528 GATACCTCAGTTTTTGCAAGAAACTCTGAAGAAATGTTGTCAATTCCTGGATTTGTAAAC 587
||||| || ||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 430 GATACATCGGTTTTTGTAAGAAACTCCGAGGAAATGTTGTCGATTCCTGGCTTTGTAAAC 489
Query 588 CCTGTCCCAGCCAAAGTACTGCCGTCAGCTCTGTTTATTGAGGATGGTTATGATGCTGAC 647
|||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||| ||
Sbjct 490 CCTGTCCCAGCCAATGTTCTGCCATCAGCTCTGTTTGTTGAAGACGGTTATGATGCTTAC 549
Query 648 GTTAAACTGGCTATATTGTTTACAAAGGCTAATGGAATCCTAGTGAATACCTCCTTTGAT 707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||
Sbjct 550 ATTAAACTGGCTATATTGTTTACAAAGGCTAATGGAATCTTAGTGAATTCTTCCTTTGAT 609
Query 708 ATTGAGCC-TACCTCTCTGAATCATTTTCTTGGA-GAA-GAGAATTACCCTTCTGTTTAT 764
|||||||| || |||| | ||||| |||||| || ||| | || ||||||||||||||||
Sbjct 610 ATTGAGCCTTA-CTCTGTCAATCACTTTCTT-GATGAACG-GAGTTACCCTTCTGTTTAT 666
Query 765 GCTGTTGGCCCCATATTTAACCCGAAGGCCCATCCTCATCCAGATCAAGACCTCGCCTGT 824
|||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||
Sbjct 667 GCTGTTGGCCCCGTATTTGACTTGAAGGCCCAGCCTCATCCAGAGCAGGACCTGGCCCGT 726
Query 825 TGTGACGAGTCGATGAAATGGCTTGATGCTCAACCCGAGGCATCAGTTGTATTCCTTTGT 884
||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 727 CGTGACGAGTTGATGAAATGGCTTGATGATCAGCCCGATGCATCGGTTGTATTCCTTTGT 786
Query 885 TTTGGGAGTATGGGTAGCTTAAGAGGTCCTCTAGTGAAGGAAATAGCACATGGACTTGAG 944
|||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 787 TTTGGGAGTATGGGCAGGTTCAGACGTCCTCTAGTGAAGGAAATAGCTCATGCACTTGAG 846
Query 945 CTATGTCAGTATAGATTCCTCTGGTCACTCCGCACAGAAGAAGTGACAAATGATGATCTT 1004
|| |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||| || |||||||||
Sbjct 847 CTCTGTCAGTACAGATTCCTCTGGTCACTTCGTACTGAAGAAATGACGAACGATGATCTT 906
Query 1005 TTGCCAGAGGGATTCATGGACCGTGTCAGTGGACGGGGAATGATATGCGGTTGGTCTCCT 1064
|| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 TTTCCCGAGGGATTCCTTGACCGTGTCAGTGGACGGGGAATGATATGCGGTTGGTCTCCT 966
Query 1065 CAGGTGGAAATACTGGCCCATAAAGCAGTGGGAGGTTTTGTTTCTCATTGTGGATGGAAC 1124
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 967 CAGGTGGAAATACTGGCCCATAAAGCAGTTGGAGGTTTTGTGTCTCATTGTGGATGGAAC 1026
Query 1125 TCAATAGTAGAGAGTTTATGGTTTGGTGTGCCAATTGTGACATGGCCAATGTATGCAGAG 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TCAATAGTAGAGAGTTTATGGTTTGGTGTGCCAATTGTGACATGGCCAATGTATGCAGAG 1086
Query 1185 CAACAGCTCAATGCGTTTCTGATGGTGAAGGAACT-GAAGCTCGCAGTGGAGCTGAAACT 1243
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1087 CAACAGCTCAATGCGTTTCTGATGGTTAAGGAACTAGA-GCTCGCAGTGGAGCTGAAGCT 1145
Query 1244 CGATTATAGTGTACATAGTGGTGAGATTGTAAGTGCAAACGAGATAGAGACAGCGATTTC 1303
||||| || ||| |||| | ||| || |||| |||||||||||||||||| || ||| |
Sbjct 1146 TGATTACAGGGTATATAGCGATGAAATAGTAAATGCAAACGAGATAGAGACTGCTATT-C 1204
Query 1304 -TTGTGTAATGAACAAGGATAATAATGTTGTGAGGAA-ACGAGTGATGGATATCTCGCAG 1361
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1205 GTTGTGTAATGAGCAAGGATAATAATGTTGTGAGGAAGA-GAGTGATGGATATCTCGAAG 1263
Query 1362 ATGATC-CAGAGAGCTACGAAGAATGGTGGATCTTCGTT-TGCCGCAATTGAGAAATTCA 1419
||| | | || ||||||| | |||||||||||||||| | | || |||||||||||||
Sbjct 1264 ATGG-CGCGGAAAGCTACGTATAATGGTGGATCTTCGTACT-CGGCTATTGAGAAATTCA 1321
Query 1420 TACATGACGTGATAGGAA 1437
||||||||||||||||||
Sbjct 1322 TACATGACGTGATAGGAA 1339
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62658453025
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5