BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G29760.1
Length=2733
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg900749 jgi|Araly1|900749|Al_scaffold_0004_1399 3458 0.0
Ahg900750 jgi|Araly1|900750|Al_scaffold_0004_1400 204 3e-51
Ahg481897 jgi|Araly1|481897|fgenesh2_kg.4__957__AT2G29780.1 67.6 5e-10
> Ahg900749 jgi|Araly1|900749|Al_scaffold_0004_1399
Length=2223
Score = 3458 bits (1872), Expect = 0.0
Identities = 2111/2227 (95%), Gaps = 14/2227 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATCTTCTCCACAGCACAACCTCTCTCTCTGCCACGTCATCCAAACTTCTCCAAT 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTATCTTCTCCACAGCACAACCACTCTCTCTGCCACGTCATCCAAACTTCTCCAAT 60
Query 61 CCGAATCAACCAACTACCAATAACGAACGCTCCCG-C-CAC-ATTTCTCTCATCGAACGA 117
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 61 CCGAATCAACCAACTACCAATAACGAACGTTCCCGCCACACTATTTCTCTGATCGACCGA 120
Query 118 TGTGT-GTCTCTCCGACAACTAAAGCAAACCCATGGTCACATGATCCGTACCGGTACGTT 176
||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 121 TGT-TCGTCTCTCCGACAACTGAAGCAAACCCATGCTCACATGATCCGTACAGGTATGTT 179
Query 177 TTCCGATCCTTACTCAGCTAGCAAGCTATTCGCAATGGCTGCGCTCTCTTCCTTCGCTAG 236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 180 TTCCGATCCTTACTCAGCTAGCAAGCTATTCGCAATCGCGGCGCTCTCTTCCTTCGCGAG 239
Query 237 TCTCGAGTATGCACGCAAGGTGTTTGATGAAATTCCTAAACCAAATTCTTTCGCTTGGAA 296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 240 CCTCGAGTATGCACGCAAGGTGTTTGATGAAATTCCTCAACCAAATTCTTTCACTTGGAA 299
Query 297 TACTCTTATCCGTGCTTACGCTTCTGGACCAGACCCTGTTCT-TAGCATCTGGGCTTTCT 355
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 300 TACTCTTATTCGTGCTTATGCTTCTGGACCAGACCCTGTT-TGTAGCATCTGGGCTTTCT 358
Query 356 TGGATATGGTTT---CGGAGAGTCAGTGTTATCCAAATAAGTACACTTTCCCTTTCCTCA 412
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TGGATATGGTTTCGGCGGAGAGTCAGTGTTATCCGAATAAGTACACTTTCCCTTTCCTCA 418
Query 413 TTAAGGCAGCTGCAGAAGTTTCATCTTTGTCTTTGGGTCAATCTCTTCATGGGATGGCTG 472
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 419 TTAAAGCTGCTGCAGAAGTTTCATCTTTGTCTTTGGGTCAATCTCTTCATGGGATGGC-G 477
Query 473 -TTAAGTCAGCAGTTGGAAGTGATGTTTTCGTTGCTAATTCTTTGATACATTGTTATTTC 531
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATTAAGTCAGCTGTTGGAAGTGATGTTTTCGTTGCGAATTCTTTGATACATTGTTATTTC 537
Query 532 TCTTGTGGGGATTTAGATTCAGCTTGTAAAGTGTTTACTACGATCAAAGAAAAGGATGTT 591
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 538 TCTTGCGGGGATTTAGATTCGGCTTGTAAAGTGTTTACTACAATCAAAGAAAAAGACGTT 597
Query 592 GTTTCATGGAATTCGATGATTAATGGGTTTGTGCAAAAGGGTTCTCCAGATAAAGCTTTG 651
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GTTTCGTGGAATTCGATGATTAATGGGTTTGTGCAAAAGGGTTCTCCAGATAAAGCTTTG 657
Query 652 GAGCTTTTTAAGAAGATGGAGTCAGAGGACGTTAAGGCAAGTCATGTGACAATGGTTGGT 711
||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GAGCTGTTTAAGAAGATGGAGTCAGAAGATGTTAAGGCAAGTCATGTGACAATGGTTGGT 717
Query 712 GTCTTGTCTGCTTGTGCAAAGATACGGAATTTAGAGTTTGGGAGGCAGGTTTGTTCTTAT 771
||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| || ||||||
Sbjct 718 GTCTTATCTGCTTGTGCAAAGATACGGGATCTAGAGTTTGGGAGGCGGGTCTGCTCTTAT 777
Query 772 ATCGAAGAAAACAGGGTTAACGTGAACTTGACATTGGCTAATGCGATGCTTGATATGTAC 831
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ATCGAAGAAAACAGGGTTAACGTGAACTTGACGTTGGCTAATGCGATGCTTGATATGTAC 837
Query 832 ACAAAGTGTGGAAGCATAGAAGATGCTAAAAGACTGTTTGATGCAATGGAGGAGAAAGAT 891
|||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ACAAAGTGTGGAAGCATAGAGGACGCAAAAAGACTGTTTGATGCAATGGAGGAGAAAGAT 897
Query 892 AACGTTACATGGACAACAATGCTTGATGGGTATGCAATTTCAGAAGACTACGAAGCAGCT 951
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AACGTCACATGGACAACAATGCTTGATGGGTATGCTATTTCAGAAGACTACGAAGCAGCT 957
Query 952 AGAGAGGTTCTTAATTCTATGCCTCAGAAAGATATTGTTGCTTGGAATGCTCTTATATCT 1011
|||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AGAGAGGTTCTTAACTCTATGCCTAAGAAAGACATTGTTGCTTGGAATGCTCTTATATCT 1017
Query 1012 GCTTATGAGCAGAATGGTAAACCTAATGAGGCATTAATAGTGTTCCATGAGCTGCAACTT 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GCTTATGAGCAGAATGGTAAACCTAATGAGGCACTGTTAGTGTTCCATGAGCTGCAACTT 1077
Query 1072 CAGAAGAACATGAAGCTGAACCAGATCACACTGGTAAGTACTTTATCAGCTTGTGCTCAG 1131
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1078 CAGAAGAACATAAAGCTGAACCAGATCACACTGGTAAGTACTTTATCAGCTTGTGCCCAG 1137
Query 1132 GTAGGGGCACTGGAATTAGGTAGATGGATCCATAGCTACATCAAAAAGCACGGTATTAGG 1191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
Sbjct 1138 GTAGGGGCACTGGAATTAGGTAGATGGATCCATAGCTACATCAAAAAGAACGGCATTAAG 1197
Query 1192 ATGAATTTTCATGTTACAAGCGCACTGATTCATATGTATTCGAAATGCGGAGATCTTGAA 1251
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ATGAATTTTTATGTTACAAGCGCACTGATTCATATGTATTCGAAATGCGGAGATCTTGAA 1257
Query 1252 AAGTCCCGTGAAGTGTTTAATTCTGTAGAGAAGAGAGATGTGTTTGTGTGGAGTGCAATG 1311
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AAGGCGCGTGAAGTGTTTAATTCTGTAGAGAAGAGAGATGTGTTTGTGTGGAGTGCAATG 1317
Query 1312 ATTGGTGGCTTGGCAATGCACGGATGTGGAAATGAAGCTGTTGATATGTTTTATAAAATG 1371
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATTGGTGGCCTGGCAATGCACGGATGTGGAAATGAAGCTGTTGATATGTTTTATAAAATG 1377
Query 1372 CAAGAGGCTAATGTAAAGCCTAATGGTGTGACCTTCACCAATGTCTTCTGTGCTTGTAGC 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CAAGAGGCTAATGTAAAGCCTAATGGTGTGACATTCACCAATGTCTTCTGTGCTTGTAGC 1437
Query 1432 CATACCGGTTTGGTGGATGAAGCTGAGTCTTTATTCCACCAGATGGAATCGAATTATGGT 1491
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || | |||||||||| |||||||
Sbjct 1438 CATACCGGTTTAGTGGATGAGGCTGAGTCGTTATTTTACAAAATGGAATCGAGTTATGGT 1497
Query 1492 ATTGTCCCTGAGGAAAAGCATTATGCTTGCATAGTTGATGTTCTCGGCCGCTCGGGTTAT 1551
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 ATTGTCCCCGAGGATAAGCATTATGCTTGCATAGTTGATGTTCTCGGCCGCTCGGGTTAT 1557
Query 1552 TTGGAAAAAGCAGTGAAGTTCATAGAGGCGATGCCGATTCCTCCAAGCACTTCTGTCTGG 1611
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CTGGAAAAAGCTGTGAAGTTCATAGAGGCGATGCCAATTCCTCCAAGCACTTCTGTCTGG 1617
Query 1612 GGAGCGCTTCTAGGAGCTTGTAAGATCCATGCCAATCTGAATCTTGCTGAAATGGCTTGT 1671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 1618 GGAGCGCTTCTAGGAGCTTGTAAGATCCATGCCAATCTGAGTCTTGCTGAAATGGCGTGT 1677
Query 1672 ACCCGTTTGCTTGAACTGGAACCTAGGAATGATGGCGCGCATGTGCTCCTATCAAACATA 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 ACCCGTTTGCTTGAACTGGAACCTAGGAATGATGGCGCGCATGTGCTCCTATCAAACATA 1737
Query 1732 TATGCTAAATT-GGGTAAGTGGGAAAACGTTTCTGAGCTGAGAAAGCATATGAGAGTCAC 1790
|| ||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TACGCTAAATCCGGGAAA-TGGGACAACGTTTCTGAGCTAAGAAAGCATATGAGAGTCAC 1796
Query 1791 TGGACTTAAGAAAGAACCAGGATGCAGCTCAATTGAAATCGATGGCATGATTCATGAGTT 1850
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TGGACTGAAAAAAGAACCAGGATGCAGCTCAATTGAAATCGATGGCATGATTCATGAGTT 1856
Query 1851 TCTCTCTGGAGATAACGCTCATCCTATGTCTGAGAAGGTTTACGGGAAGTTACACGAGGT 1910
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1857 TCTCTCTGGAGATAACGCTCACCCGATGTCTGAGAAGGTTTACGGGAAGTTACATGAGGT 1916
Query 1911 TATGGAGAAACTGAAATCAAATGGTTATGAGCCAGAGATATCTCAGGTTCTGCAGATCAT 1970
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1917 TATGGAGAAATTGAAATCAAATGGTTATGAGCCAGAGATGTCACAGGTTCTGCAGATCAT 1976
Query 1971 CGAGGAAGAAGAAATGAAGGAACAATCTCTAAATCTCCACAGCGAGAAGCTGGCTATTTG 2030
|| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1977 TGAAGAAGAAGAAATGAAAGAACAATCTCTGAATCTGCACAGCGAGAAGCTGGCGATTTG 2036
Query 2031 TTATGGACTGATATCAACAGAGGCTCCAAAGGTGATCCGAGTTATTAAGAATCTAAGGGT 2090
|||||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TTATGGACTGATATCAACGGAAGCTCCAAAGGCGATCAGAGTTATTAAGAATCTAAGGGT 2096
Query 2091 GTGTGGAGATTGTCATTCAGTGGCTAAACTAATATCTCAGCTTTATGATAGAGAGATTAT 2150
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 2097 GTGTGGAGATTGTCATTCAGTGGCTAAACTAATATCACAGCTCTACGATAGAGAGATAAT 2156
Query 2151 AGTGAGGGACCGGTATAGGTTTCATCATTTCAGAAATGGGCAGTGTTCCTGTAACGATTT 2210
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 AGTGAGGGACCGGTATCGGTTTCACCATTTCAGAAATGGGCAGTGTTCCTGTAACGATTT 2216
Query 2211 CTGGTGA 2217
|||||||
Sbjct 2217 CTGGTGA 2223
> Ahg900750 jgi|Araly1|900750|Al_scaffold_0004_1400
Length=1134
Score = 204 bits (110), Expect = 3e-51
Identities = 134/145 (92%), Gaps = 4/145 (3%)
Strand=Plus/Minus
Query 2591 TCAAAACGTAACAGAGCGAAACAGATCAATGGAAGGCGACTTCACTGATCTAAGCACAAT 2650
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1134 TCAAAACGTAACAGAGCGAAGCAGATCAATGGAAGGCGAGTTCACTGATTTAAGCACAAT 1075
Query 2651 CGCCAATGAATCGACCTTCCCCCAAATCTCACCACTTTGACGATTT-TCCAACTCAATCT 2709
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| | ||||
Sbjct 1074 CGCCAATGAATCGACCTTCCCCCAAATCTCACCACCTTGACG-TTTCTCCAACGCGATCT 1016
Query 2710 CTACGA-ACCAAACATCTTTCAAAC 2733
||| || |||||||||||| |||||
Sbjct 1015 CTA-GACACCAAACATCTTCCAAAC 992
> Ahg481897 jgi|Araly1|481897|fgenesh2_kg.4__957__AT2G29780.1
Length=1435
Score = 67.6 bits (36), Expect = 5e-10
Identities = 45/49 (92%), Gaps = 1/49 (2%)
Strand=Plus/Minus
Query 2292 GCTAAACCAAATATGCATTTCAACAAGTCTCCTAAGA-ATTTAGTACAA 2339
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1434 GCTAAACCAAAGATGCATTTCAACAAGTCTCGTAAGAGTTTTAGTACAA 1386
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103110293215
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5