BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G29940.1
Length=4449
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481901 jgi|Araly1|481901|fgenesh2_kg.4__961__AT2G29940.1 6916 0.0
Ahg329987 jgi|Araly1|329987|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002214 71.3 6e-11
> Ahg481901 jgi|Araly1|481901|fgenesh2_kg.4__961__AT2G29940.1
Length=4444
Score = 6916 bits (3745), Expect = 0.0
Identities = 4217/4449 (95%), Gaps = 16/4449 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGCGGCTTCGAATGGGAGTGAGTATTTCGAATTCGATGTAGAAACAGGAAGAGAA 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGCGGCTGCTTCGAATGGGAGTGAGTATTTCGAATTCGATGTAGAAACAGGTAGAGAA 60
Query 61 TCGTTCGCGCGGCCGTCTAACGCCGAGACAGTGGAGCAAGATGAGGAAGATCTACGGTGG 120
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 TCGTTCGCGCGGCCGTCTAACGCCGATACAGTGGAGCAAGATGAAGAAGATCTACGGTGG 120
Query 121 GCGGCGATCGGAAGATTACCGTCGCAGAGACAAGGGACTCATAATGCGATTCTGCGTCGG 180
|||||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |||
Sbjct 121 GCGGCGATCGGACGGTTACCGTCGCAGAGACAAGGCAGTCAGAGTGCGATTCTGCTTCGA 180
Query 181 TCGCAAACGCAAACGCAGACTTCTGGTTACGCTGATGGAAACGTGGTTCAAACGATTGAT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGCAAACGCAAACGCAGACTTCTGGTTACGCTGATGGAAACGTGGTTCAAACGATTGAT 240
Query 241 GTGAAGAAATTGGATCGTGCGGATCGTGAGATGTTGGTTCGTCAAGCTCTTGCTACTAGT 300
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGAAGAAATTGGATCGTGCCGATCGTGAGATGTTGGTTCGTCAAGCTCTTGCTACTAGT 300
Query 301 GATCAAGATAATTTCAAGCTTCTCTCTGCTATTAAAGAACGTCTTGATCGAGTTGGTATG 360
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 GATCAGGATAATTTCAAACTTCTCTCTGCTATTAAAGAACGTCTCGATCGAGTTGGTATG 360
Query 361 GAGGTTCCGAAAATCGAAGTGCGGTTCGAGAATTTGAATATTGAAGCTGATGTTCAAGCT 420
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGGTACCGAAAATCGAAGTCCGGTTCGAGAATTTGAATATTGAAGCTGATGTTCAAGCG 420
Query 421 GGTACAAGAGCTTTGCCTACTTTGGTTAATGTCTCTCGTGATTTCTTTGAGCGTTGCTTA 480
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGTACAAGAGCTTTGCCAACTTTGGTTAATGTCTCTCGTGATTTCTTTGAGCGTTGCTTA 480
Query 481 AGCAGCTTGAGGATAATCAAGCCTAGGAAACACAAGCTTAATATTTTGAAAGATATTAGT 540
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGCAGCTTGAGAATAATCAAGCCTAGGAAACACAAGCTAAATATTTTGAAAGATATTAGT 540
Query 541 GGGATTATCAAACCAGGAAGGATGACTTTGTTGTTAGGACCACCGGGTTCCGGAAAATCG 600
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGATTATAAAACCAGGAAGGATGACTTTGTTATTAGGACCACCGGGTTCCGGAAAATCG 600
Query 601 ACGTTGCTTCTTGCTCTTGCAGGGAAGCTTGATAAGAGTTTAAAGAAAACGGGTAACATT 660
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACGTTGCTTCTTGCTCTTTCAGGGAAGCTTGATAAGAGTTTAAAGAAAACGGGTAACATT 660
Query 661 ACCTATAATGGAGAGAATCTTAACAAGTTTCATGTTAAAAGAACTTCAGCATATATAAGT 720
||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 661 ACCTACAATGGAGAGAATCTTGATAAGTTCCATGTTAAAAGGACTTCAGCATATATTAGT 720
Query 721 CAAACAGATAATCACATTGCTGAACTCACTGTTCGTGAAACTCTTGATTTCGCTGCGAGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 721 CAAACAGATAATCACATTGCTGAACTCACTGTTCGCGAAACGCTTGATTTTGCTGCGAGA 780
Query 781 TGTCAAGGCGCAAGCGAAGGATTTGCAGGTTACATGAAAGATCTAACCCGATTAGAGAAA 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 781 TGTCAAGGCGCAAGCGAAGGATTTGCAGGTTACATGAAAGATCTAACCAGATTAGAGAAA 840
Query 841 GAGAGGGGTATACGTCCTTCTTCTGAGATTGATGCGTTTATGAAGGCTGCTTCTGTCAAA 900
||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAGAGGGGTATACGTCCTTCTTCCGAGATTGACGCTTTTATGAAGGCTGCTTCTGTCAGT 900
Query 901 GGCGAAAAGCATAGTGTTTCGACAGATTATGTGCTTAAAGTACTTGGTCTTGATGTATGT 960
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 901 GGTGAAAAGCATAGTGTATCGACAGATTATGTGCTTAGAGTTCTTGGTCTTGATGTATGT 960
Query 961 TCTGATACAATGGTTGGTAATGATATGATGAGAGGTGTTTCAGGAGGTCAAAGGAAAAGA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCTGATACAATGGTTGGTAATGATATGATGAGAGGTGTTTCAGGAGGTCAAAGGAAAAGA 1020
Query 1021 GTTACAACAGGAGAAATGACTGTTGGGCCAAGAAAAACGTTGTTTATGGATGAAATATCT 1080
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTAACAACAGGAGAAATGACTGTTGGACCAAGAAAAACTTTGTTTATGGATGAAATATCT 1080
Query 1081 ACTGGTCTTGATAGTTCAACAACTTTCCAGATTGTCAAATGTATCAGAAACTTCGTTCAT 1140
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ACTGGTCTTGATAGCTCAACAACTTTCCAGATTGTGAAATGTATCAGAAACTTCGTTCAT 1140
Query 1141 CTAATGGATGCAACTGTTCTTATGGCACTTCTTCAGCCTGCACCAGAAACATTTGACTTG 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1141 CTAATGGATGCAACTGTTCTTATGGCACTTCTTCAGCCTGCACCGGAAACATTTGATTTG 1200
Query 1201 TTTGATGACTTAATTCTTCTATCAGAAGGTTACATGGTATATCAAGGTCCTCGAGAAGAT 1260
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTTGATGACTTAATTCTTCTCTCAGAAGGTTACATGGTATATCAAGGTCCTCGAGAAGAT 1260
Query 1261 GTGATAGCCTTTTTTGAGTCTCTAGGATTCCGTCTCCCACCGCGTAAAGGTGTGGCAGAT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1261 GTGATAGCCTTTTTTGAGTCTCTAGGATTCCGTATTCCACCACGTAAAGGTGTCGCAGAT 1320
Query 1321 TTTCTCCAAGAGGTGACCTCTAAAAAGGATCAAGCTCAATACTGGG-CAGATCCTTCGAA 1379
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||
Sbjct 1321 TTTCTCCAAGAGGTGACCTCCAAAAAGGATCAAGCTCAATATTGGGTC-GATCCTTCGAA 1379
Query 1380 GCCATATCAGTTCATTCCTGTCTCAGACATAGCGGCTGCATTCCGTAACTCGAAATACGG 1439
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GCCATATCAGTTTATTCCTGTCTCAGACATAGCGGCTGCATTCCGTAACTCGAAATACGG 1439
Query 1440 GCATGCTGCGGATTCCAAGCTGGCTGCACCATTTGACAAGAAATCTGCGGATCCTTCAGC 1499
||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 1440 GCATGCTGCAGATTCCAAGCTGGCCACACCATTTGATAAGTCATCCGTGGATCCTTCAGC 1499
Query 1500 TTTATGCAGAACAAAATTTGCCATTTCAGGATGGGAAAACCTTAAAGTTTGCTTTGTACG 1559
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TTTATGCAGAACAAAATTTGCCATATCAGGATGGGAAAACCTTAAAGTTTGCTTTGTACG 1559
Query 1560 AGAATTATTATTGATCAAACGGCACAAATTTCTTTACACTTTTAGGACATGCCAGGTTGG 1619
|||| || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AGAAATACTATTGATCAACCGGCACAGATTTCTTTACACTTTTAGGACATGCCAGGTTGC 1619
Query 1620 ATTTGTGGGACTTGTCACAGCGACAGTGTTCTTGAAAACTAGATTACACCCAACAAGCGA 1679
||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1620 ATTTGTGGGACTTGTCACAGCCACGGTGTTCTTGAGAACTAGACTACACCCAACAAGCGA 1679
Query 1680 ACAATTTGGCAATGAGTATCTATCTTGCCTTTTCTTCGGGCTAGTCCACATGATGTTCAA 1739
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1680 ACAATTTGGCAACGAGTATCTATCTTGCCTTTTCTTCGGGCTAGTGCACATGATGTTCAA 1739
Query 1740 CGGTTTCTCTGAACTACCTCTCATGATATCGCGTCTCCCGGTTTTTTACAAGCAAAGGGA 1799
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1740 TGGTTTCTCTGAACTGCCTCTCATGATATCCCGTCTCCCGGTTTTCTACAAGCAAAGGGA 1799
Query 1800 TAACTCCTTTCATCCTGCTTGGTCATGGTCTATTGCCAGCTGGCTCTTGCGTGTGCCTTA 1859
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1800 TAACTCCTTTCATCCTGCTTGGTCCTGGTCTATCGCCAGCTGGCTGTTGCGTGTGCCTTA 1859
Query 1860 CTCTGTCCTTGAAGCTGTTGTCTGGAGTGGTGTAGTATACTTCACTGTGGGACTTGCTCC 1919
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1860 TTCTATCCTTGAAGCTGTTGTCTGGAGTTGTGTAGTATACTACAGTGTGGGACTTGCTCC 1919
Query 1920 CTCAGCAGGCAGATTTTTCCGATACATGTTACTTCTCTTCTCGGTGCATCAAATGGCTCT 1979
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 CTCAGCAGGCAGATTTTTCCGATATATGTTACTCCTCTTCTCGGTGCATCAAATGGCTCT 1979
Query 1980 CGGTTTATTTCGTATGATGGCTTCTCTAGCAAGGGACATGGTCATTGCCAATACATTCGG 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CGGTTTATTTCGTATGATGGCTTCTCTAGCAAGGGATATGGTCATTGCCAATACATTCGG 2039
Query 2040 ATCTGCAGCAATCTTAATAGTGTTCTTGCTTGGTGGATTCGTTATTCCAAAAGCTGATAT 2099
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 ATCCGCAGCAATCTTAGTAGTGTTCTTGCTTGGTGGATTCGTTATTCCAAAAGCTGATAT 2099
Query 2100 TAAACCTTGGTGGGTTTGGGGTTTTTGGGTGTCGCCGTTATCCTATGGACAACGTGCCAT 2159
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TAAACCCTGGTGGGTTTGGGGTTTTTGGGTGTCGCCGTTATCCTATGGACAACGTGCCAT 2159
Query 2160 TGCGGTCAATGAATTCACAGCCACACGGTGGATGACGCCATCAGCTATATCTGATACTAC 2219
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |
Sbjct 2160 TGCGGTCAATGAATTCACAGCCACACGGTGGATGTCGCCATCCGCTATATCGGATACTTC 2219
Query 2220 AATTGGACTCAACCTTCTAAAGCTACGTAGCTTTCCAACGAATGACTATTGGTATTGGAT 2279
||| ||| ||||||||||||||||| | || ||||| || |||||| |||||||||||||
Sbjct 2220 AATCGGATTCAACCTTCTAAAGCTAAGGAGTTTTCCCACAAATGACAATTGGTATTGGAT 2279
Query 2280 TGGAATCGCGGTTCTCATTGGTTATGCAATTCTATTCAATAACGTAGTAACTCTCGCCTT 2339
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 2280 TGGAATTGCGGTTCTCATTGGTTATGCAATTTTATTCAACAACGTTGTCACTCTCGCCTT 2339
Query 2340 GGCTTATCTTAACCCTCTAAGAAAAGCTCGAGCAGTTGTTTTAGACGATCCCAATGAAGA 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2340 GGCTTATCTTAACCCTCTAAGAAAAGCTCGAGCAGTTGTTTTAGACGATCCTAAAGAAGA 2399
Query 2400 AACT------GCTTTAGTAGCAGATGCAAATCAAGTAATAAGTGAGAAAAAGGGAATGAT 2453
|||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2400 AACTCAAACATCTTTAGTAGCAGATGCAAATCAAGAAAAAAGTCAGAAAAAGGGAATGAT 2459
Query 2454 CCTTCCATTCAAACCATTAACAATGACTTTCCACAATGTCAACTATTATGTTGACATGCC 2513
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2460 CCTTCCATTCAAACCATTAACAATGACTTTCCACAATGTCAACTATTATGTTGATATGCC 2519
Query 2514 AAAGGAAATGCGTTCTCAAGGTGTACCAGAGACAAGACTACAACTGTTATCAAACGTGAG 2573
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2520 AAAGGAAATGCGTTCTCAAGGTGTCCCAGAGACAAGACTACAACTGTTATCAAATGTGAG 2579
Query 2574 TGGAGTGTTCTCACCTGGAGTTCTTACAGCTTTAGTTGGATCAAGCGGTGCGGGAAAAAC 2633
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 TGGAGTCTTCTCACCTGGTGTTCTTACAGCTTTAGTTGGATCAAGCGGTGCGGGAAAAAC 2639
Query 2634 TACGTTGATGGATGTTCTTGCGGGTCGAAAGACAGGTGGATATACCGAGGGAGATATTAG 2693
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2640 TACATTGATGGATGTTCTTGCGGGCCGAAAGACAGGTGGATATATCGAGGGAGATATTAG 2699
Query 2694 AATCTCTGGTCACCCAAAAGAACAACAAACGTTTGCTAGGATCTCTGGATATGTTGAGCA 2753
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 AATCTCTGGTCACCCAAAAGAACAACAAACGTTTGCAAGAATCTCTGGATATGTTGAGCA 2759
Query 2754 GAACGATATACACTCTCCTCAAGTCACAGTTGAAGAGTCCTTATGGTTTTCGGCTAGCCT 2813
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2760 GAACGATATCCATTCTCCTCAAGTCACAGTTGAAGAGTCCCTATGGTTTTCGGCTAGCCT 2819
Query 2814 TCGTCTTCCTAAGGAGATCACCAAAGAACAGAAAAAGGAATTTGTGGAACAAGTCATGAG 2873
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2820 TCGTCTTCCTAAAGAGATCAGCAAAGAACAGAAAAAGGAATTTGTGGAAGAAGTGATGAG 2879
Query 2874 ACTTGTAGAGCTTGACACTCTGAGATATGCTTTAGTAGGTTTACCTGGTACCACGGGTCT 2933
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||
Sbjct 2880 ACTTGTAGAGCTTGATACTCTGAGATATGCTTTAGTAGGTTTACCCGGTACAACCGGACT 2939
Query 2934 TTCTACTGAGCAGAGGAAACGTCTAACAATTGCGGTTGAGTTAGTAGCAAATCCATCAAT 2993
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 TTCTACAGAGCAGAGGAAACGTCTAACAATTGCTGTTGAGTTAGTAGCAAATCCATCAAT 2999
Query 2994 TATTTTCATGGATGAACCAACATCTGGACTTGATGCAAGAGCAGCAGCAATTGTGATGAG 3053
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3000 AATTTTCATGGATGAACCAACATCTGGACTTGATGCAAGAGCAGCTGCAATTGTGATGAG 3059
Query 3054 AACTGTTAGAAACACTGTTGATACTGGAAGAACAGTGGTTTGCACCATTCATCAACCTAG 3113
|||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3060 AACTGTAAGAAACACTGTTGACACCGGAAGAACAGTGGTTTGCACCATTCATCAACCCAG 3119
Query 3114 CATTGACATTTTTGAGGCCTTTGACGAGCTGCTTCTAATGAAACGAGGAGGACAGGTTAT 3173
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3120 CATTGACATTTTCGAGGCCTTTGACGAGCTGCTTCTAATGAAACGAGGAGGACAAGTTAT 3179
Query 3174 ATATGGTGGGAAATTGGGTACACACTCGCAGGTTCTGGTAGATTACTTTCAGGGGATTAA 3233
||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3180 ATATGGTGGGAAATTGGGTACACACTCACAAGTTTTGGTAGACTACTTTCAGGGGATTAA 3239
Query 3234 CGGAGTACCTCCAATCTCAAGTGGTTACAATCCAGCAACTTGGATGCTTGAAGTAACTAC 3293
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3240 CGGAGTACCTGCAATCTCAAGTGGTTACAATCCAGCTACTTGGATGCTTGAAGTAACTAC 3299
Query 3294 ACCTGCTTTGGAAGAGAAATATAACATGGAGTTTGCAGATTTATACAAGAAATCTGACCA 3353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3300 GCCTGCTTTGGAAGAGAAATATAACATGGAGTTTGCAGATTTATACAAGAAATCTGACCA 3359
Query 3354 GTTTAGAGAAGTAGAGGCAAACATCAAGCAACTCAGTGTTCCACCAGAAGGCTCAGAACC 3413
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3360 GTTTAGAGAAGTGGAGGAAAACATCAAGCAACTCAGTGTTCCACCAGAAGGCTCAGAGCC 3419
Query 3414 AATAAGCTTTACATCAAGATACTCACAAAACCAACTATCTCAATTTCTACTCTGTCTCTG 3473
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3420 AATAAGCTTTACTTCAAGATACTCACAAAACCAACTATCTCAATTTCTACTCTGTCTCTG 3479
Query 3474 GAAACAGAACCTTGTCTACTGGAGAAGTCCAGAATACAATCTCGTGAGATTAGTCTTCAC 3533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3480 GAAACAGAACCTTGTCTACTGGAGAAGTCCAGAATACAATCTCGTGAGATTAGTCTTCAC 3539
Query 3534 AACGATCGCTGCGTTTATACTGGGAACAGTTTTCTGGGACATTGGTTCCAAGAGGACTTC 3593
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3540 AACGATCGCTGCGTTTATACTCGGCACAGTTTTCTGGGACATTGGTTCCAGGAGGACTTC 3599
Query 3594 CTCACAGGATTTGATCACCGTAATGGGAGCTCTCTACTCGGCTTGTCTGTTTCTTGGAGT 3653
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3600 CTCACAGGATTTGATCACTGTAATGGGAGCTCTCTACTCGGCTTGTCTGTTTCTTGGAGT 3659
Query 3654 TAGTAACGCTTCATCAGTACAACCAATCGTTTCAATCGAAAGAACAGTTTTCTACAGAGA 3713
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3660 TAGTAACGCTTCATCGGTACAACCAATCGTTTCAATCGAAAGAACAGTTTTCTACAGAGA 3719
Query 3714 GAAAGCCGCTGGTATGTATGCTCCAATTCCATATGCAGCAGCTCAGGGTCTTGTGGAGAT 3773
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 3720 GAAAGCCGCCGGTATGTATGCTCCAATTCCATATGCAGCTGCTCAAGGTCTTGTGGAGAT 3779
Query 3774 ACCTTACATTCTGACCCAAACCATTCTCTACGGTGTCATCACATACTTCACCATTGGCTT 3833
|||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3780 ACCTTACATTCTTACCCAAACCATTCTTTATGGTGTCATCACATACTTCACCATTGGTTT 3839
Query 3834 TGAAAGAACGTTCAGTAAGTTTGTACTGTATTTGGTGTTCATGTTCCTCACATTCACCTA 3893
||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3840 TGAAAGAACATTAAGCAAGTTTGTACTGTATTTGGTGTTCATGTTCCTCACATTCACCTA 3899
Query 3894 CTTCACCTTCTATGGCATGATGGCGGTTGGTCTCACCCCGAATCAGCATTTAGCCGCTGT 3953
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3900 CTTCACCTTCTACGGCATGATGGCAGTTGGTCTCACCCCGAATCAGCACTTAGCCGCTGT 3959
Query 3954 GATCTCCTCTGCGTTTTACTCTCTCTGGAATCTCCTATCCGGTTTCCTCGTCCAAAAGCC 4013
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3960 TATCTCCTCTGCGTTTTACTCTCTCTGGAATCTCCTCTCCGGTTTCCTCGTCCAAAAACC 4019
Query 4014 TTTGATTCCAGTGTGGTGGATATGGTTCTATTACATATGTCCAGTGGCGTGGACACTACA 4073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4020 TTTGATTCCAGTGTGGTGGATATGGTTCTATTACATATGTCCAGTGGCGTGGACACTTCA 4079
Query 4074 AGGAGTAATCCTTTCGCAGCTTGGTGACGTGGAAAGCATGATCAACGAGCCATTGTTTCA 4133
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 4080 AGGAGTAATCCTTTCACAGCTTGGTGACGTGGAGAGCATGATCAACGAGCCAATGTTCCA 4139
Query 4134 TGGCACGGTGAAGGAGTTTATTGAA-TATTACTTCGGCTACAAGCCAAACATGATTGGTG 4192
|||||| || || || || |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 4140 TGGCACAGTCAAAGAATTCATTGAACT-TTACTTCGGCTACAAGCCAAATATGATCGGTG 4198
Query 4193 TATCTGCTGCTGTTCTTGTCGGTTTTTGTGCTCTCTTCTTCTCAGCATTTGCACTTTCAG 4252
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4199 TATCTGCTGCAGTTCTTGTCGGTTTTTGTGCTCTCTTCTTCTCAGCATTTGCACTTTCAG 4258
Query 4253 TCAAATACCTCAACTTCCAGAGAAGATaaaaaaaGTCCTGTGGGACTAACTTTGATATTT 4312
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||
Sbjct 4259 TCAAATACCTCAACTTCCAGAGAAGATAAAA---GTCCTATGTGACTTTCTTTGATATTT 4315
Query 4313 TTGGCCTTTTTCACTGGTGTTCCGTTTTAAGAGTAGTTATGATTCTTTTTAAAGTTAGTT 4372
|||||| || ||| | |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 4316 TTGGCCATTGTCATTCGTGTTCCGTTTTAAGAATAGCTAGGATTCGTTTTAAAGTTAGTT 4375
Query 4373 TTTGTGGACATTGACGaaaaaaaCAAACCTAAAATA---TAAGATTCTGTTTTGCTCTAA 4429
||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 4376 TTTTTTTACATTGACGAAAAAAACATACCTAAAAAAAGATAAGATTCTGTTTTGCTCTAT 4435
Query 4430 TTAGGGTTT 4438
||||| |||
Sbjct 4436 TTAGGCTTT 4444
> Ahg329987 jgi|Araly1|329987|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002214
Length=4158
Score = 71.3 bits (38), Expect = 6e-11
Identities = 125/165 (76%), Gaps = 14/165 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1061 TGTTTATGGATGAAATATCTACTGGTCTT-GATAGTTCAACAACTTTCCAGAT--TGTCA 1117
|||| |||||||||||||| | |||| || || || ||||| || |||||||| ||||
Sbjct 956 TGTTCATGGATGAAATATCGAATGGT-TTGGACAGCTCAACTACGTTCCAGATAGTGTC- 1013
Query 1118 AATGTAT-CAGAAACTTCGTTCATCTA-ATGGATGCAACTGTTCTTATGGCACTTCTTCA 1175
||| | || | | || | ||| || | || || || | || || ||||||||||
Sbjct 1014 -GTGTCTCCA-ACAGTTGGCGCATATAGCT-GAAGCCACCATACTGATTTCACTTCTTCA 1070
Query 1176 GCCTGCACCAGAAACATTTGA-CTTGTTTGATGACT-TAATTCTT 1218
||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | | ||||||
Sbjct 1071 GCCTGCACCAGAAACATTTGAGCTT-TTTGACGA-TGTGATTCTT 1113
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 168290587806
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5