BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G30470.1
Length=3089
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933547 jgi|Araly1|933547|scaffold_401535.1 3775 0.0
> Ahg933547 jgi|Araly1|933547|scaffold_401535.1
Length=2437
Score = 3775 bits (2044), Expect = 0.0
Identities = 2304/2426 (95%), Gaps = 32/2426 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 309 TGGAGTTTGTGATGTTTGAAGTCAAAATGGGGTCAAAGATGTGCATGAACGCTTCATGTG 368
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 11 TGG-GTTTGTGATGTTTGAAGTCAAAATGGTGTCAAAGATGTGCATGAACGCTTCATGTG 69
Query 369 GTACGACTTCTACTGTTGAATGGAAGAAAGGTTGGCCTCTTCGATCTGGTCTTCTCGCTG 428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 70 GTACGACTTCTACTGTTGAATGGAAGAAAGGTTGGCCTCTTCGATCTGGTCTTCTCGCTG 129
Query 429 ATCTCTGTTATCGTTGCGGATCTGCGTATGAGAGTTCTCTATTCTGTGAACAATTTCATA 488
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 130 ATCTCTGTTATCGTTGCGGATCTGCGTATGAGAGTTCTCTTTTCTGTGAACAATTCCATA 189
Query 489 AGGACCAATCTGGTTGGAGGGAATGCTATTTGTGTAGCAAGAGACTACATTGTGGATGCA 548
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 190 AGGACCAATCTGGTTGGAGGGAATGCTATTTGTGTAACAAGAGACTACATTGCGGATGCA 249
Query 549 TTGCTTCTAAGGTAACGATTGAG-TTAATGGACTATGGTGGTGTTGGTTGTAGTACATGT 607
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 250 TTGCTTCTAAGGTAACGATTGAGCTT-ATGGACTATGGTGGTGTTGGTTGTAGTACTTGT 308
Query 608 GCTTGCTGCCATCAACTCAATTTGAACACAAGGGGTGAGAATCCAGGTGTTTTTAGCAGA 667
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 309 ACTTGCTGCCATCAACTCAATTTGAACACGAGGGGTGAGAATCCAGGTGTTTTTAGCAGA 368
Query 668 TTGCCAATGAAAAC-GTTAGCTGATAGGCAACATGTAAAT---G---GC-----GAA-A- 713
||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| | || ||| |
Sbjct 369 TTGCCAATG-AAACTGTTAGCTGATAGACAACATGTAAATGGCGAAAGCGGAATGAATAT 427
Query 714 -G-CGGAGGAAGAAACGAAGGCGATCTCTTTTCTCAGCCACTAGTCATGGGCGGAGATAA 771
| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 428 TGACGGAGGAAGAAACGAAGCCGGTCTCTTTTCTCAGCCACTAGTCATGGGCGGCGATAA 487
Query 772 AAGGGAAGAGTTCATGCCTCACCGTGGGTTTGGTAAGCTAATGAGTCCAGAAAGTACAAC 831
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||| || ||
Sbjct 488 AAGGGAAGAGTTCATGCCTCACCGCGGGCTTGGTCAGCTAATGAATTCAGAAAACACCAC 547
Query 832 CACCGGGCATAGGCTGGATGCTGCTGGGGAAATGCATGAATCATCACCTTTACAGCCATC 891
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 548 CACCGGGTATAGGCTGGATGCTGCTGGGGAAATACATGAATCATCACCTTCACAGCCATC 607
Query 892 TTTAAATATGGGTTTGGCTGTGAATCCGTTTAGCCCATCTTTTGCAACCGAGGCTGTCGA 951
||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 608 TTTGAATATGGGTTTGGCTGTAAATCCTTTTAGCCCATCTTTTGCAACCGAGGGTGTCGA 667
Query 952 GGGAATGAAACACATCAGTCCTTCTCAGTCCAACATGGTCCATTGCTCTGCTTCTAATAT 1011
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 668 GGGAAAGAAACACATCAGTGCTTCTCAGTCCAACATGGTCCATTGCTCTGCCTCTAATAT 727
Query 1012 ACTGCAAAAGCCATCAAGACCTGCTATTTCAACTCCTCCTGTGGCTAGTAAATCCGCTCA 1071
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 ACTGCAAAAGCCATCAAAACCTGCTATTTCAACTCCTCCTGTGGCTAGTAAATCCGCTCA 787
Query 1072 GGCGCGGATTGGAAGGCCTCCTGTCGAAGGGCGAGGGAGAGGCCACTTGCTTCCGCGGTA 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 788 GGCGCGGATTGGAAGGCCTCCTGTCGAAGGGCGAGGGAAAGGCCACTTACTTCCGCGGTA 847
Query 1132 TTGGCCAAAATATACGGATAAAGAGGTTCAGCAGATCTCTGGAAATTTGAATTTGAACAT 1191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 848 TTGGCCAAAATATACGGATAAAGAGGTTCAGCAGATCTCTGGAAATTTGAATCTGAACAT 907
Query 1192 TGTACCTCTCTTTGAGAAAACTCTTAGTGCCAGTGATGCTGGTCGCATTGGTCGTCTAGT 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 TGTACCTCTCTTTGAGAAAACTCTTAGTGCCAGTGATGCTGGTCGCATTGGTCGTCTAGT 967
Query 1252 TCTTCCAAAAGCCTGTGCAGAGGCATATTTTCCTCCGATTAGTCAATCCGAAGGCATTCC 1311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 968 TCTTCCAAAAGCCTGTGCAGAGGCATATTTTCCTCCGATTAGTCAATCGGAGGGCATTCC 1027
Query 1312 TTTGAAAATCCAAGATGTGAGGGGTAGGGAGTGGACGTTCCAGTTCAGATATTGGCCCAA 1371
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 TCTGAAAATCCAAGATGTGAGGGGTAAGGAGTGGACGTTCCAGTTCAGATATTGGCCCAA 1087
Query 1372 TAACAATAGTAGAATGTATGTTTTAGAAGGTGTCACTCCATGCATACAGTCCATGATGCT 1431
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 TAACAACAGTAGAATGTATGTTTTAGAAGGTGTCACTCCATGCATACAGTCCATGATGCT 1147
Query 1432 ACAGGCTGGTGATACAGTAACTTTCAGTCGGGTTGATCCTGGCGGAAAACTAATCATGGG 1491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1148 ACAGGCTGGTGATACAGTAACTTTCAGTCGGGTTGATCCTGGTGGAAAACTAATCATGGG 1207
Query 1492 TTCCAGGAAGGCAGCTAATGCTGGAGACATGCAGGGTTGTGGGCTCACCAACGGAACATC 1551
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 1208 TTCTAGAAAGGCAGCTAATGCTGGAGACATGCAGGGTTGTGGTCTCACCAATGGAACTTC 1267
Query 1552 AACTGAGGACACATCATCGTCTGGTGTAACAGAAAACCCACCCTCCATAAATGGTTCCTC 1611
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1268 AACCGAGGACACATCATCGTCTGGTGTTACAGAAAACCCACCCTCCATAAATGGTTCATC 1327
Query 1612 GTGTATTTCACTAATACCGAAAGAGTTGAATGGTATGCCTGAGAATTTGA----AC---- 1663
|||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1328 GTGTCCCTCACTAATACCGCAAGAATTGAACGGTATGCCTGAAAATTTGAGCTCACAGAA 1387
Query 1664 -AGTGAGACTAACGGGGGCAGGATAGGTGATGATCCTACACGAGTTAAAGAGAAGAAGAG 1722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 GAGTGAGACTAACGGGGGCAGGATAGGTGATGATCCTACACGAGTTAAAGAGAAGAAGAG 1447
Query 1723 AACTCGAACCATTGGTGCAAAAAATAAGAGACTTCTTTTGCATAGTGAAGAATCTATGGA 1782
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 AACTCGAACCATTGGGGCAAAAAATAAGAGACTTCTTTTGCATAGTGAAGAATCTATGGA 1507
Query 1783 GCTGAGACTCACTTGGGAAGAAGCTCAGGACTTGCTTCGTCCCTCTCCTAGTGTAAAGCC 1842
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1508 GCTGAGACTCACCTGGGAAGAAGCTCAGGACTTGCTTCGTCCCTCTCCTAGTGCAAAGCC 1567
Query 1843 TACCATCGTTGTCATTGAGGAGCAAGAAATTGAAGAATATGACGAACCTCCTGTCTTTGG 1902
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 TACCATCGTCGTCATTGAGGAGAAAGAAATTGAAGAATATGACGAACCTCCTGTCTTTGG 1627
Query 1903 AAAGAGGACTATAGTCACTACAAAACCTTCAGGTGAACAGGAACGATGGGCAACTTGCGA 1962
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1628 AAAGAGGACTATAGTCACTACAAGACCTTCAGGTGAACAGGAACGCTGGGCAACTTGCGA 1687
Query 1963 CGACTGCTCTAAATGGAGAAGGTTACCTGTAGATGCTCTTCTTTCCTTTAAATGGACATG 2022
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1688 CGACTGCTCTAAATGGAGAAGGTTACCTGTAGACGCTCTTCTTCCCTTTAAATGGACATG 1747
Query 2023 TATAGACAATGTTTGGGATGTGAGTAGGTGTTCATGTTCTGCACCGGAGGAGAGTCTGAA 2082
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 TATAGACAATGTTTGGGACGTGAGCAGGTGTTCATGTTCTGCACCGGAGGAGAGTCTGAA 1807
Query 2083 GGAACTTGAGAATGTTCTTAAAGTAGGAAGAGAGCACAAGAAGAGAAGAACTGGGGAAAG 2142
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808 GGAACTTGAGAATGTTCTTAAAGTAGGAAGAGAGTACAAGAAGAGAAGAACTGGGGAAAG 1867
Query 2143 CCAGGCAGCAAAAAGTCAGCAAGAACCGTGTGGTTTGGACGCACTGGCGAGTGCAGCAGT 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 CCAGGCAGCAAAAAGTCAGCAAGAACCGTGTGGTTTGGATGCACTGGCGAGTGCAGCAGT 1927
Query 2203 CTTAGGAGACACAATAGGCGAGCCAGAGGTAGCGACCACGACCAGACATCCAAGGCACAG 2262
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 CTTAGGAGACACAATAGGCGAGCCAGAGGTTGCCACCACGACCAGACATCCAAGGCACAG 1987
Query 2263 GGCTGGATGCTCTTGCATCGTGTGCATTCAGCCACCAAGTGGGAAAGGTAGGCACAAGCC 2322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1988 GGCTGGATGCTCTTGCATCGTGTGCATTCAGCCACCAAGTGGGAAAGGTAGACACAAGCC 2047
Query 2323 TACATGTGGCTGCACTGTGTGTAGCACCGTGAAGAGAAGGTTCAAGACGCTTATGATGAG 2382
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2048 TACATGTGGGTGCACTGTGTGTAGCACCGTGAAGAGAAGGTTCAAAACGCTTATGATGAG 2107
Query 2383 GAGGAAGAAGAAGCAGTTGGAGCGCGATGTAACAGCAGCAGAAGATAAGAAGAAGAAGGA 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 GAGGAAGAAGAAGCAGTTGGAGCGCGATGTAACAGCAGCAGAAGATAAGAAGAAGAAGGA 2167
Query 2443 CATGGAACTGGCTGAGTCTGATAAGAGTAAGGAGGAGAAGGAAGTGAACACAGCGAGAAT 2502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2168 CATGGAACTGGCTGAGTCTGATAAGAGTAAGGAGGAGAAGGATGTGAACACAGCGAGGAT 2227
Query 2503 AGACCTGAACAGTGATCCATACAATAAAGAAGATGTTGAAGCTGTTGCGGTGGAGAAAGA 2562
||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2228 AGATCTGAACAGTGATCCATACAACAAAGAAGATGCTGAAGCTGTGGCGGTGGAGAAAGA 2287
Query 2563 AGAGAGTCGAAAAAGAGCAATAGGACAGTGTTC-GGGCGTGGTGGCTCAAGACGCCAGTG 2621
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||| |||| |||
Sbjct 2288 AGAGAGTCGAAAAAGAGCAATTGGACAGTGTTCAGGG-GTGGTGACTCAAGGCGCCGGTG 2346
Query 2622 ATGTTTTAGGAGTTACAGAGTTAGAAGGAGAGGGTAAGAATGTTCGTGAAGAGCCGAGAG 2681
|||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2347 ATGTATTAGGCGTTACGGAGTTAGAAGGAGAGGCTAAGAAAGTTGGTGAAGAGCCGAGAG 2406
Query 2682 TTTCAAGCTGATATGGAAGGA-AAAA 2706
||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2407 TTTCAAGCTAATATGGAAGGAGAAAA 2432
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116670420435
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5