BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G30600.5
Length=3134
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481974 jgi|Araly1|481974|fgenesh2_kg.4__1034__AT2G30600.4 2302 0.0
> Ahg481974 jgi|Araly1|481974|fgenesh2_kg.4__1034__AT2G30600.4
Length=2713
Score = 2302 bits (1246), Expect = 0.0
Identities = 1347/1397 (96%), Gaps = 2/1397 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 333 AAGGCAAGAGATTTTATGAAGAAAGATGGTTGCGGCGAAAGAGAACAAGTTTCTGACAGT 392
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 43 AAGGCAAGTGGTTTTATGAAGAAAGATGGTTGCGGCGAAAGAGAACAAGTTTCTGACGGT 102
Query 393 GGCACCTTTTGAGTGTGCTTGGAGTGATGATCTGAAGTTCCGGGAAGCGGGAAGAGGTTG 452
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 103 GGCACCTTTCGAGTGTGCGTGGAGTGATGATCTGAAGTTCCGGGAGGCGGGAAGAGGTTG 162
Query 453 TGTTGCGTTTGATGCGTTTGCTCACAATGATGTCACGGTGGTGTTTAGAGAGAATGTGGG 512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 163 TGTTGCGTTTGATGCGTTTGCTCACAATGATGTCACGGTGGTGTTCAGAGAGAATGTGGG 222
Query 513 GACTCAACATTACCATTATAAGAAAGATAATAGTCCTCACTACATTGTTATCATTGGTAG 572
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 223 GACGCAACATTACCATTATAAGAAAGATAATAGTCCTCATTACATTGTTATCATCGGTAG 282
Query 573 CAATAGGAATCGTAGGTTGAAGATTCAGGTAGATGGAAAATCTGTGGTCGATGAGGAAGC 632
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 283 CAATAGGAATCGTAGGTTGAAGATTCAGGTAGATGGGAAATCTGTGGTCGATGAGGAAGC 342
Query 633 TTCTGATCTTTGTCGTTGTTCTTTGGAGTTTCAGAGTTACTGGATTAGTATCTATGATGG 692
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 TTCTGATCTTTGTCGTTGTTCTTTGGAGTTTGAGAGTTACTGGATTAGTATCTATGATGG 402
Query 693 GTTGATTAGCATTGGTAAAGGTCGGTATCCGTTTCAGAACCTGGTATTTAAGTGGCAAGA 752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 403 GTTGATTAGCATTGGTAAAGGTCGGTATCCGTTTCAGAACCTGGTGTTTAAGTGGCAAGA 462
Query 753 CCCCAAGCCCAATTGTAATGTTCAGTATGTTGGTC-TGAGCAGCTGGGATAAACATGTTG 811
||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 CCCCAAGCCCAATTGTAATGTCCAGTATGTTGG-CTTGAGCAGCTGGGATAAACATGTTG 521
Query 812 GATATAGAAACGTGAGTGTGTTTCCTGTGACACATAATCATATCTTGCTGTGGAAGCAAG 871
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 GATATAGAAACGTGAGTGTGTTTCCTGTGACACACAATCATATCTTGCTGTGGAAGCAAG 581
Query 872 TGGATTGCCGTGAAGTTAGAGGAGATGAGTCTGGTGACGAGAAGGTTGTGGAGGAAGGGA 931
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 582 TGGATTGCCGTGAAGTTAAAGGAGATGAGTCTGGTGACGAGAAGTTTGCGGAGGAAGGGA 641
Query 932 CTGGTTATGATTATGAACAATGGGGACTTGGGAATTTCTTGGAGAGTTGGCAATTATCTG 991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 CTGGTTATGATTATGAACAATGGGGACTTGGGAATTTTTTGGAGAGTTGGCAATTATCTG 701
Query 992 ACACAGTCTTCCTTGTTGGTGAAGAGGAAATGGATGTCCCTGCTCACAAGGTTATATTAC 1051
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 ACACAATCTTTCTTGTTGGTGAAGAGGAAATGGATGTCCCTGCTCACAAGGTTATATTAC 761
Query 1052 AAGCATCAGGTAATTTTCCTTTGAGATCATCTGATGGGGATGTCATTCAACTTCGTGGAG 1111
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 AAGCATCGGGTAATTTTCCTTTGAGATCATCAGATGGGGATGTCATTCAACTTCGTGGAG 821
Query 1112 TGTCGTACCCGATTCTTCATGCTCTTCTTCAATATATCTATACTGGACGAACTCAGATTT 1171
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 822 TATCGTACCCGATTCTTCATGCACTTCTTCAATATATATATACGGGACGGACTCAGATTT 881
Query 1172 TGGAATCAGAACTTGCTCCATTGCGGGATTTAAGTTCTAAGTTTGAAGTGATGTCATTGG 1231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 882 TGGAATCAGAACTTGCTCCATTGCGGGATTTAAGTTCTAAGTTTGAAGTGATGCCATTGG 941
Query 1232 TGAGACAGTGTGAAGAAAGTATAGACCATTTTAAATTGAGCAAAACAGCATTTGACTCCT 1291
|||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| || ||||||| |||
Sbjct 942 TGAGACAGTGTGAAGAAAGTATAGACCAGTTAAAACTGAGCAAAAAAGAATTTGACCCCT 1001
Query 1292 GCAGAAAAGTCAAACTCTTGTGTCCTATTTCTCACCCGTTATCTGGCTTTATGTTCCCAA 1351
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1002 GCAGAAAAGTCACACTCTCGTGTCCTATTTCTCACCCGTTATCTGGTTTTATGTTCCCAA 1061
Query 1352 GTGCTTTCCCTGTTGATGTTGGGAAGCTGGTAAAGTTGTACTCAACCGGCGAATATAGTG 1411
||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1062 GTGCTTTCCCTATGGATGTGGGGAAGCTGGTAAAGTTGTACTCAACCGGCGAGTATAGTG 1121
Query 1412 ACATAAAAATCTACCTCAGTGACCATAGTCTCACTTTCCAATCCCACAAAGTCATTCTAA 1471
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1122 ACATAAAAATCTATCTCAGTGACCATAGTCTCACTTTCCAATCTCACAAAGTCATTCTAA 1181
Query 1472 GTCTTTGGAGTGTTGCATTTGCAAAGATGTTTACAAATGGGATGAGTGAAAGCCATTCAT 1531
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 GTCTTTGGAGTGTCGCATTTGCCAAGATGTTTACAAATGGGATGAGTGAAAGCCATTCAT 1241
Query 1532 CAACGATTTACCTAACCGATGTATCACCAGAAGCATTCAAGGCTATGATGAATTTCATGT 1591
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 CAACGATTTACTTAACCGATGTATCACCAGAAGCATTCAAGGCTATGATGAATTTCATGT 1301
Query 1592 ATAGTGGAGAGTTGAACATGGAAGACACTGTGAATTTTGGCACCGAGTTGATTCATCTTC 1651
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1302 ATAGTGGAGAGTTGAACATGGAAGACACTGTGAATTTTGGCACCGAGTTGATCCATCTTC 1361
Query 1652 TCTTTCTAGCTGACCGGTTTGGAGTTGTTCCACTTCATCAAGAATGCTGCAAAATGCTCT 1711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 TCTTTCTAGCTGACCGGTTTGGAGTTGTTCCACTTCATCAAGAATGCTGCAAAATGCTCT 1421
Query 1712 TGGAGTGCCTCTCAGAG 1728
|||||||||||||||||
Sbjct 1422 TGGAGTGCCTCTCAGAG 1438
Score = 1875 bits (1015), Expect = 0.0
Identities = 1198/1284 (93%), Gaps = 22/1284 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1865 AGGATTCTGTATGCTCAGTTCTCCAAGTGGTTTCGTCTATCTCATCATGTAAACTCATTG 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AGGATTCTGTATGCTCAGTTCTCCAAGTGGTTTCGTCTATCTCATCATGTAAACTCATTG 1496
Query 1925 AGGAGATGTGCAAGAGGAAGTTCTCCATGCACTTCGACTATTGTACCACTGCAAGTTTGG 1984
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 AGGAGATGTGCAAGAGGAAGTTCGCCATGCACTTCGACTATTGTACCACTGCAAGTTTGG 1556
Query 1985 ACTTTGTCTTGTTAGATCAGACCACCTTCAGTGATATTCTTGAGTCTGCAGATCTGACGG 2044
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1557 ACTTTGTCTTGTTAGATCAGACCGCCTTCAGTGATATTCTTGAGTCTGCAGATCTGACAG 1616
Query 2045 TGACATCTGAAGAAAAGATTCT-GAATGCTGTTCTCATGTGGTGCATGAAAGCTGAGGAG 2103
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TGACATCTGAGGAAAAGATTCTTGA-TGCTGTTCTCATGTGGTGCATGAAAGCTGAGGAG 1675
Query 2104 TCGCACAGTTGGGGAGTAATAGATGAGATGATGAACTATGCTGACCCCAAAAGTTTGTTC 2163
|| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1676 TCACACAGTTGGGAAGTAATAGATGAGATGATGAACTATTCTGACCCCAAAATTTTGTTC 1735
Query 2164 AAAGAAAGGCTTCAGTCACTTGATGACCTGTTACCTCATGTACGCTTCTCTTTGTTGCCA 2223
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1736 AAAGAAAGGCTTCAGTCACTTGATGACCTGCTGCCTCATGTACGCTTCTCTTTGTTGTCA 1795
Query 2224 TATGAGTTACTTAAAAGGTTAGAAAACAGCAACCTAAGCAAAGAAATCCCAGTATTCAAT 2283
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1796 TATGAGTTGCTTAAAAGGTTAGAAAACAGCAACCTAAGCAAACAAATCCCAGTATTCAAT 1855
Query 2284 CGTCTTTTGAAGGAGGCTGCTAGCTTCCTAACATCCGGATTGATATCCCCAGGAAATGAA 2343
|||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1856 CGTCTTGTGAATGAGGCTGCTAGCTTCCTAACTTCCGGATTGATATGCCCAGGAAATGAA 1915
Query 2344 CCGATTTCAAGATTCCAACATCGGAGATCGAGTTTCAAGGAGCTTCAGTACATACGTGAT 2403
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1916 CCGATTTCAAGGTTCCAACATCGGAGTTCGAGTTTCAAGGAGCTTCAGTTCATACGTGAT 1975
Query 2404 GGGGACAGCAATGGGGTGCTGCACTTTGTGGGTACATCTTATGGTAGTCATCAGTGGGTC 2463
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1976 GGGGATAGCAATGGGGTGCTGCACTTTGTGGGTACATCTTATGGTAGTCATCAATGGGTC 2035
Query 2464 AACCCCGTTCTCGCAAAGAAAATCAACATTACATCGAGTAGTCCCACATCCAGATTCACT 2523
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 2036 AACCCCGTTCTTGCAAAGAAAATCATCATTACATCGAGCAGCCCCACCTCCAGATTCACT 2095
Query 2524 GATCCAAAGGCTTTGGCTTCAAAAGCCTATGCGGGTACTTCCTTTGCAGGGCCTAGGATG 2583
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2096 GATCCAAAGGCTTTGGCTTCAAAAACCTATGTGGGTACTTCCTTTGCAGGACCTAGGATG 2155
Query 2584 GAAGACGGCCATATATCATCCTGGTGGGTGGTGGACTTAGGCGAAGAA-CATCAGCTTAT 2642
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2156 GAAGACGGCCATATATCATCCTGGTGGATGGTGGACTTAGGCGAA-AATCATCAGCTTAT 2214
Query 2643 GTGCAACTATTACACCTTCAGACAAGACGGATCAAGAGCATTCACAAGATTCTGGAAGTT 2702
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2215 GTGCAACTACTACACCTTCAGACAAGACGGATCAAGAGCATTCACAAGATCCTGGAAGTT 2274
Query 2703 TCAGGGATCGATGGATGGGAAAACATGGACAGACTTGAGAGTCCATGAGGATGACCAAAC 2762
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2275 TCAGGGATCGATGGATGGGAAAACATGGACGGACTTGAGAGTTCATGAGGATGACCAGAC 2334
Query 2763 AATGTGCAAGGCCGGTCAGTTTGCATCATGGCCAATCACCGCAGCAAATGCATTACTCCC 2822
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2335 AATGTGCAAGGCTGGTCAGTTTGCATCATGGCCAATCACAGCAGCAAATGCGTTACTTCC 2394
Query 2823 CTTTAGGTTTTTCAGGCTGGTTCTGACCGGTCCAACTGCAGA-TACATCAACTCCGTGGA 2881
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||
Sbjct 2395 CTTTAGGTTTTTCAAGCTGGTTCTGACCGGTCCAACCGCAGACT-CATCAACTCCTTGGA 2453
Query 2882 ACTTTTGCATTTGCTACTTGGAGCTCTACGGTTACTTCCGTTGAAGCGCTCTGCAATGAA 2941
||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2454 ACTTTTGCATTTGCTTCCTGGAACTCTATGGTTACTACCGTTGAAGCG-TCTGCAATGAA 2512
Query 2942 --TGACCTTTTGACTGT-TTCTACTACACACGTTTTTGACGT-TTATCCTGTTTACCTTT 2997
|| |||||||||||| ||||||||||| | |||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 2513 AATGGCCTTTTGACTGTCTTCTACTACAC--GATTTTCAC-TCTTATCCTGTTTACCTTT 2569
Query 2998 TGTTCTTGTACT------ACAGTGATCTTTGAACCTGAAAGTGTTTCT-CAATATATGTT 3050
||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||
Sbjct 2570 TGTTCTTGTTCTTGTTCTACAGTGATCTTTGAATCTGAACGTGTTTCTACAAGAAATGTT 2629
Query 3051 AAACTTGATTCCAGTTAGATTGTTTTGGTTTTTATACAAGAGATTT-GGCCTATGGCTGT 3109
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || || |||||||
Sbjct 2630 AAAGTTGATTCCAGTTAGATTGTTTTGATTTTTATGCAAGAGATTCCGGGCTGTGGCTGT 2689
Query 3110 GGAGTAATGAGTTATACTTTGTTT 3133
|||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2690 AGAGTAATGAGTTCTACTTTGTTT 2713
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118384481460
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5