BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G30630.2
Length=1983
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481980 jgi|Araly1|481980|fgenesh2_kg.4__1040__AT2G30630.1 2012 0.0
> Ahg481980 jgi|Araly1|481980|fgenesh2_kg.4__1040__AT2G30630.1
Length=1817
Score = 2012 bits (1089), Expect = 0.0
Identities = 1174/1215 (97%), Gaps = 5/1215 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 635 TCAGATACTCAGTGCCGATGTAGAGCCTAAGAAGAAGCTAAAGCACATTGTCATGGCGGC 694
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 574 TCAGATACTCAGCGCCGATGTAGAGCCTAAGAAGAAGCTAAAGCACATTGTTATGGCGGC 633
Query 695 TACAAGGGAACAGAGGTTTGAGAGGGTGACTAAAAATCTAAAAGTGGCAAGAGTGTTTAA 754
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 634 TACAAGGGAACAGAGATTTGAGAGGGTGACTAAAAATCTAAAAGTGGCAAGAGTCTTTAA 693
Query 755 CACATTGGTAGAGGAAATGAAAGCAATGGGGATCGCATCTGTTGATGACTCAGAGTGTAC 814
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 694 CACATTGGTAGAGGAAATGAAAGCAATGGGGATTGCATCTGTTGATGACTCTGAGTGTAC 753
Query 815 AGAAGTTATGGCTCCAGTTGCACACAAGGACCGAAGCCCGGTTCTACTTCTTATGGGAGG 874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 754 AGAAGTTATGGCTCCAGTTGCACACAAGGACCGAAGCCCGGTTTTACTCCTTATGGGAGG 813
Query 875 TGGTATGGGTGCAGGAAAGAGCACTGTGCTTAAAGACATTCTCAAAGAACCGTTTTGGGC 934
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 TGGTATGGGTGCAGGGAAGAGCACTGTGCTTAAAGACATTCTCAAAGAACCGTTTTGGGC 873
Query 935 AGGAGCTGATGCTGTGGTGATTGAAGCCGATGCTTTTAAAGAATCTGATGTGATATACAG 994
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 874 AGGAGCTGATGCTGTGGTGATCGAAGCTGATGCTTTCAAAGAATCTGATGTGATATACAG 933
Query 995 AGCTTTAAGCGCCAGAGGTCATGTTGATATGATCAAGACTGCTGAATTCGTTCACCAATC 1054
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 934 AGCTTTAAGCTCCAGAGGCCATGTTGATATGATCAAGACTGCTGAATTCGTTCACCAATC 993
Query 1055 ATCAACAGACGCAGCATCATCGCTGCTCGTTACAGCTCTCAACGAAGGGCGAGACGTGAT 1114
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 994 ATCAACAGATGCAGCATCATCGCTGCTCGTTACAGCTCTCAACGAAGGGCGGGACGTGAT 1053
Query 1115 AATGGATGGAACACTCTCTTGGGTACCATTTGTGGTTCAGACCATAACAATGGCGAGGAA 1174
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1054 AATGGATGGAACACTCTCTTGGGTTCCATTTGTGGTTCAGACCATAACCATGGCAAGGAA 1113
Query 1175 TGTGCATCGCCATCGTTACAGAATGGGAGCTGGCTACAAGGTTGGTGAGAATGGAGATGT 1234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1114 TGTGCATCGCCATCGTTACAGAATGGGAGCTGGCTACAAGGTTGGTGAGAATGGAGATGT 1173
Query 1235 TATAGAGAACTATTGGGAACGCATAGGCGAAAGGCAACAGCTTCAAGAAGATGGAAGGGA 1294
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 1174 CATAGAGAACTATTGGGAACGCATAGGCGAAAGACAACAACTACAAGATGATGGAAGGGA 1233
Query 1295 GAGAAAGCCATACAGGATAGAGTTAGTTGGAGTTGTATGTGATGCATATTTAGCAGTGAT 1354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234 GAGAAAGCCATACAGGATAGAGTTAGTTGGAGTTGTGTGTGATGCATATTTAGCAGTGAT 1293
Query 1355 TCGAGGAATTAGGAGAGCTATAATGTGTAGAAGAGCAGTTAGAGTGAGGTCTCAGCTGAG 1414
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1294 TCGAGGCATTAGGAGAGCAATAATGTGTAGAAGAGCAGTTAGAGTGAGATCTCAGCTGAG 1353
Query 1415 ATCTCACAAGAGGTTTGC-GAATGCGTTTCTTACCTATTGCAACTTAGTTGACAATGCTA 1473
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 ATCTCACAAGAGGTTTGCTG-ATGCGTTTCTTACCTATTGCAACTTAGTTGACAATGCTA 1412
Query 1474 GACTTTACTGCACCAATGCTCTTGAAGGTTCTCCAAAGCTGATAGGGTGGAAAGAGAAGG 1533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1413 GACTTTACTGCACCAATGCTCTTGAAGGTTCTCCAAAGCTGATAGGGTGGAAAGAAAAGG 1472
Query 1534 AAAAGACATTGCTAGTGGATCCAGAGGAGATAGACTGTTTGAAGAATGTAGGGAGGTTAA 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473 AAAAGACATTGCTAGTGGATCCAGAGGAGATAGACTGTTTGAAGAATGTAGGGAGGTTAA 1532
Query 1594 ACGAGAATGCAGATTCTATTTACGAGCTATACAGAAATCCAAATCCTGCTTGTGAAGCTG 1653
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 ACGAGAATGCGGATTCTATCTACGAGCTATACAGAAATCCAAATCCTGCTTGTGAAGCTG 1592
Query 1654 GATCAATATGGAAAGACATTGTTCTTTCTCCTTCTAGGTTCAACATTCAACAAGAGCTCA 1713
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1593 GATCAATATGGAAAGACATTGTTCTTTCTCCTTCAAGATTCAACATTCAACAGGAGCTCA 1652
Query 1714 AATACTCAATTCAGAAAGTGGAAAGATTCAAACAGTATCTCCAAGAAACACCAAGAT-GA 1772
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1653 AATACTCAATTCAGAAAGTCGAAAGATTCAAACAGTATCTCCAAGAAACACCAAGATTGA 1712
Query 1773 GAGATGAAGATAGATAAACGCAGAAGATCTCTTAGCtttttttttCCCGGTATGTCATTC 1832
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1713 GAGACGAAGATAGATAAACGCAGAAGATCTCTTAGCTTTTTTT--CCCGGTATGTCATTC 1770
Query 1833 ATTTATGTAACTCCT 1847
|||||||||||||||
Sbjct 1771 ATTTATGTAACTCCT 1785
Score = 942 bits (510), Expect = 0.0
Identities = 557/579 (96%), Gaps = 6/579 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGACTCAAAGCTATTTTAGTACAACACACGTGGAGAAAGCAGATACATTGTCTCGTAACA 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 GGACTCAAAGCTATTTTAGTACAGCACACGTGGAGAAAGCAGATACATGGTCTCGTAACA 60
Query 61 G-AAAACAAACTCAAGAATGGACCCAATCTTAGAGTTCTAACAATCTTAATCTCATGTCT 119
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 GAAAAACAAACTCAAGAATGGACCCAATCTTAGAGTTCTAACAATC--AATCTCATGTCT 118
Query 120 CTTGATGATCCCCAAAGCAAATCCAGATCAATGTGTGTTCCAGAGTTTA--A-CAGCAAC 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||
Sbjct 119 CTTGATGATCCCCAAAGCAAATCCAGATCAATGTGTGTTCCAGAGTTTAGTAGCAACAAC 178
Query 177 AACAACACGACGACCTTCGCACAGATTTTAGTAATCTCATCCATTGGCTTACTCTTAGCC 236
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 179 AACAACACGACGACCTTCACACAGATTTTGGTAATCTCATCCATTGGCTTGCTCTTAGCC 238
Query 237 CTTGCACTGCACTTCCGTCTAAGGAAGCTACGTCACTCCAAGAACATCCCTCGTCTCAGA 296
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 239 CTTGCACTGCACTTCCGTCTCAGGAAGCTACGTCACTCCAAGAACATCCCTCGTCTTAGA 298
Query 297 TCGTCTCAAAAACACAAAGGCCATGAGAAGCTTGAGAGATTCTCTCACTATGTTGTGCGG 356
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TCGTCTCACAAACACAAAGGCCATGAGAAGCTTGAGAGATTCTCTCACTATGTTGTGCGG 358
Query 357 CAGATGGGATTCAAGGACAGGAGAGAATGTCCTCATCTCTGCAAATTAGCTAATGAGTAC 416
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CAAATGGGATTCAAGGACAGGAGAGAATGTCCTCATCTCTGCAAATTAGCTAATGAGTAC 418
Query 417 ATAAGAAAATCAGGCAGCTGTGAGGAAGACATATACAGCTTCTTCTCTGAAGAGCCTGGT 476
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 419 ATAAGAAAATCAGGTAGCTGTGAGGAAGACATTTACAGCTTTTTCTCAGAAGAGCCTGGT 478
Query 477 GCTGATTCTCTCTTCATTAAGCTCGTTGAAGAGTTTGAGAGATGTATTCTTAGTTACTTT 536
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 479 GCTGATTCTCTCTTCATTAAGCTCGTCGAAGAGTTTGAGAGATGTATTCTCAGTTACTTT 538
Query 537 GCTTACCACTGGAGCCATGCGGATCTCATGATCAGTCAG 575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GCTTACCACTGGAGCCATGCGGATCTCATGATCAGTCAG 577
Score = 62.1 bits (33), Expect = 2e-08
Identities = 33/33 (100%), Gaps = 0/33 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1946 TTAAGGAAGCAAATGTATGACATGATTCAGAGG 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TTAAGGAAGCAAATGTATGACATGATTCAGAGG 1817
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74542609465
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5