BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G30700.1
Length=1940
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481988 jgi|Araly1|481988|fgenesh2_kg.4__1048__AT2G30700.1 2763 0.0
> Ahg481988 jgi|Araly1|481988|fgenesh2_kg.4__1048__AT2G30700.1
Length=1804
Score = 2763 bits (1496), Expect = 0.0
Identities = 1723/1827 (94%), Gaps = 37/1827 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 CTTTTTGCTTTCCCTTTTGTGTGGTTCA-T---CTCTCAG---TCTTCTTCTTCTGCTAT 69
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTTTTGCTTTCCCTTTTGTGTGGTTCATTCAGCTCTCAGTCTTCTTCTTCTTCTGCTAC 60
Query 70 AACGCTCTTCTCCATCACCGTATAATCGAGTTTCGATTGTCTCCGACGAAGAGAAGCTGA 129
|||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACGCTCTTCTCCACCACCG--TAATCGATTTTCGATTGTCTCCGACGAAGAGAAGCTGA 118
Query 130 CACTTCTGGTTTCGTCAATTTCTACTGGGATAAAGCTCT-CTACTACCTTTTTGCTCAGA 188
|||| | | || | |||| | || ||| || |||||||| ||||| ||
Sbjct 119 CACTAC--G--ACGGC--TTTC-A-----AT----TTCTACTGCTACCTTTGTGCTCGGA 162
Query 189 GAAAATGGTTTGATTTTCGAGGATGATAAAGGCTTCAGGTTGTTGTA-GAGGTGTTTTTG 247
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 163 GAAAATGGTTTGATTTTCGAGGATGATGAAGGCTTAAGGTTGTTGTAGGA-GTGTTGTTG 221
Query 248 CCAGCCTTGGTGCTGGTCATGGATTTTATCTGACTATCGTATGTGCC-TTTGATGAAACT 306
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 222 CCAGCTTTGGTGCTGGTCATGGCTTTTATCTGACTACCGTATGTGCCTTTTGATGAAACT 281
Query 307 AAATAATGCCCCGGGGAGAGTTAGCTATGGGCTCTTTAGAGACTGTTTGTTGGCTTAAGG 366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 282 AAATAATGCCCCGGGGAGAGTTAGCTATGGGCTCTTTAGAGACTGTTTCTTGGCTTAAGG 341
Query 367 GCTGCTTGGTTTATCGCTTCTTGTTATTTATTATCTGGTTATCAAGCTTCCAAGATGTAG 426
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 GCTGTTTGGTTTATCGCTTCTTGTTATTTATTATCTGGTTATCAAGCTTCCAAGATGTAG 401
Query 427 CTGCGCATGATAAGCTTAATGAGCATAGTAGCAGATCCACAACCTCTGAATTGGCAAATC 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 CTGCGCATGATAAGCTTAATGAGCATAGTAGCAGATCGACAACCTCTGAATTGGCAAATC 461
Query 487 CACCTGGTATTGGAGTATCTGGTCCCATTCAAGTATCACCGTCCGTAATCCCCAAATATG 546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||
Sbjct 462 CACCTGGTATTGGAGTATCTGGTCCCATTCAAGTATCGCCGTCCGTGATTCCCAAATATG 521
Query 547 CATCCCCTGCTCTACCTTGGACACCACCAATGTACCCTACTTTTCCTGATACATATGAGC 606
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 522 CATCTCCTGCTCTACCTTGGACACCACCAATGTACCCTACTTTTCCTGATACATATGAAC 581
Query 607 CCAAGTTAACTGGCAAATGTCCTACAGACTTTCAAGCAATTTCAAGTGTTATCGATACCG 666
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |
Sbjct 582 CCAAGTTAACCGGCAAATGTCCTACAGACTTTCAAGCAATTTCTAGTATTATCGATACAG 641
Query 667 CAGCTTCTGATTGTTCCCAACCATTCGCTGCACTTGTTGGGAACGTGATATGTTGTCCGC 726
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 642 CAGCTTCTGATTGTTCCCAACCGTTTGCTGCACTTGTTGGGAACGTGATATGTTGTCCAC 701
Query 727 AGTTTGTTAGCTTACTTCATATATTCCAAGGACAGCACAACGTGAAGTCGA-ATAAGTTG 785
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 702 AGTTTGTTAGCTTACTTCATATTTTCCAAGGACAGCACAACGTGAAGTC-AGATAAGTTG 760
Query 786 GTTCTGCCTGATGCAGTTGCTACAGATTGTTTTTCAGATATCGTTAGCATCCTGGTCAGC 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 761 GTTCTGCCTGATGCAGTTGCTACAGATTGTTTTTCAGATATAGTTAGTATCCTGGTCAGT 820
Query 846 AGAAGAGCCAACATGACAATACCTGCACTTTGCTCTGTAACATCGTCAAATCTAACTGGA 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 AGAAGAGCCAACATGACAATACCTGCACTTTGCTCTGTAACATCGTCAAATCTAACTGGA 880
Query 906 GGTTCCTGTCCAGTAACAGATGTCACAACGTTCGAGAAAGTTGTTAACAGTAGCAAATTA 965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 GGTTCCTGTCCAGTAACAGATGTCACAACGTTCGAGAAAGTTGTTAACAGTAGCAAATTA 940
Query 966 CTGGATGCCTGTCGCACAGTTGATCCTCTGAAGGAGTGTTGTAGGCCAATTTGCCAACCT 1025
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 941 CTGGATGCCTGTCGCACTGTTGATCCTCTTAAGGAGTGTTGTAGGCCTATTTGCCAACCT 1000
Query 1026 GCAATTATGGAAGCTGCGCTAATTATTTCGGGACACCAAATGACAGTTGGTGATAAGATC 1085
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 GCAATTATGGAAGCTGCGCTTATTATTTCGGGACACCAAATGACAGTTGGTGATAAGATC 1060
Query 1086 CCTTTAGCAGGATCAAATAACGTCAACGCAATTAACGACTGCAAAAATGTGGTGTTTTCA 1145
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061 CCTTTAGGAGGATCAAATAACGTCAACACAATTAATGACTGCAAAAATGTGGTGTTTTCA 1120
Query 1146 TATCTTTCCAGGAAGCTTCCCGCAGACAAAGCAAACGCTGCATTTAGAATTTTATCGTCC 1205
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 TATCTTTCCAGGAAGCTTCCGGCAGACAAAGCCAACGCCGCATTTAGAATTTTATCGTCC 1180
Query 1206 TGCAAAGTTAACAAAGCTTGCCCGTTGGAATTTAAGGAGCCAACGGAAGTGATCAAGGCT 1265
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1181 TGCAAAGTTAACAAAGCTTGCCCGTTGGAATTTAAGGAGCCAGCGGAAGTGATCAAGGCT 1240
Query 1266 TGCCGTAATGTGGCTGCTCCAAGCCCTTCCTGCTGTAGCTCGTTGAATGCATACATTTCT 1325
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1241 TGTCGTAATGTGGCTGCTCCAAGCCCTTCTTGCTGTAGCTCGTTGAATGCATACATCTCT 1300
Query 1326 GGGATACAGAACCAAATGCTAATAACAAACAAGCAGGCCATAGTCTGTGCAACAGTCATC 1385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301 GGGATACAGAACCAAATGCTAATAACAAACAAGCAGGCCATAGTCTGTGCAACAGTCATC 1360
Query 1386 GGTTCTATGTTAAGGAAAGGTGGTGTTATGACAAATATCTATGAGCTTTGTGATGTCGAT 1445
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 GGTTCTATGTTACGTAAAGGTGGTGTTATGACAAATATCTATGAGCTTTGTGATGTCGAT 1420
Query 1446 CTCAAAGATTTCAGTGTCCAAGCATATGGAATGCAACAAGGTTGTCTTCTGAGAAGCTAT 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 CTCAAAGATTTCAGTGTCCAAGCATATGGAATGCAACAAGGTTGTCTTCTGAGAAGCTAT 1480
Query 1506 CCTGCAGACTTGATATTTGATAACACATCAGGCTACAGCTTTACATGTGATTTGACAGAC 1565
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CCTGCAGACTTGATATTTGACAACACATCAGGCTACAGCTTTACATGTGATTTGACAGAC 1540
Query 1566 AACATTGCTGCTCCATGGCCATCTTCATCGTCAATGTCTTCTTTGTCTCTATGTGCTCCT 1625
||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1541 AACATTGCTGCCCCGTGGCCATCTTCATCGTCAATGACTTCTTTGTCTCTCTGTGCTCCA 1600
Query 1626 GAGATGTCATTACCTGCCTTGCCAACATCCCAGACTATTAAAAATCACGGGTTTTGCAAT 1685
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1601 GAGATGTCATTACCTGCCTTGCCAACATCTCAGACTATTAAAAATCAAGGGTTTCGCAAT 1660
Query 1686 GGTGGGGTTGGAGCGTTGCGTCTCATTGTTTTGGTATTTCTTCTGTATGTTGTTGTTGTG 1745
||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1661 GGTGGGGTTGGAGCGTTTCGTCTCATTATTTGGGTATTCCTTCTGTATGTTGTTGT-G-- 1717
Query 1746 AGACATTAAAAAGAGGTTTAGGAGG-G--TTTTGTTTTTGGTAGTCAGTGAGGACTTTGG 1802
||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1718 AGACATTAAAATGAGATTTAGGAGGAGGGTTTTGTTTTTGGTAGTCAGTGAGGACTTTGG 1777
Query 1803 ATAAAACAATGGTAAGCTCAATTTTCT 1829
| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1778 AGAAAACAATGGTAAGCTCAATTTTCT 1804
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72904728930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5