BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G30950.1
Length=2337
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482018 jgi|Araly1|482018|fgenesh2_kg.4__1078__AT2G30950.1 3738 0.0
Ahg910330 jgi|Araly1|910330|Al_scaffold_0001_584 2217 0.0
> Ahg482018 jgi|Araly1|482018|fgenesh2_kg.4__1078__AT2G30950.1
Length=2279
Score = 3738 bits (2024), Expect = 0.0
Identities = 2198/2283 (96%), Gaps = 8/2283 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 TCTTTCTCTCCATCCTCCATATTTGCAGAGCTCGAGATTCTCCTTCCCTATACAACTCTC 73
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 TCTTTCTCTCCATCTTCCATATTTGCAGAGCTCGAGATTCTCCTTCCTTATACAACTCTC 60
Query 74 ATCTGTAATCGATACAGATGGCAGCTTCATCAGCTTGTCTTGTGGGAAATGGTTTGTCAG 133
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 ATCTGTAATCGATACAGATGGCAGCTTCATCAGCTTGTCTTGTGGGAAATGGATTGTCAG 120
Query 134 TGAACACAACAACCAAACAGAGGTTAAGTAAACATTTTTCCGGCAGACAGACAAGCTTTT 193
|||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 121 TGAACACAACGACCAAACAGAGGTTAAGTAAAAACTTTTCCAGCAGACAGACAAACTTTT 180
Query 194 CTTCAGTGATTAGGACATCTAAGGTTAATGTAGTGAAGGCTTCTTTGGATGGgaagaaga 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 CTTCAGTGATTAGGACATCTAAGGTTAATGTAGTGAAGGCTTCTTTGGATGTGAAGAAGA 240
Query 254 agcaagaaggaagaagagaTTTTCTCAAAATCTTGTTAGGAAATGCTGGGGTCGGTTTGG 313
| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 241 AACATGAAGGAAGAAGAGATTTTCTTAAAATCTTGTTAGGAAATGCCGGGGTCGGTTTGG 300
Query 314 TTGCAAGTGGGAAAGCAAATGCTGATGAACAAG-GTGTTTCTTCGTCGAGGATGTCGTAT 372
|||||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 301 TTGCAAGTGGGAAAGCAAATTCAGAGGAACAAGCG-GTTTCGTCGTCTAGGATGTCGTAT 359
Query 373 TCTAGGTTTCTAGAGTACTTGGATAAGGATAGGGTGAATAAAGTTGATTTGTATGAGAAT 432
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTAGGTTTCTAGAGTATTTGGATAAGGATAGGGTGAATAAAGTTGATTTGTATGAGAAT 419
Query 433 GGGACTATAGCTATTGTGGAAGCTGTTTCTCCTGAATTGGGTAACCGGGTTGAGAGAGTA 492
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||
Sbjct 420 GGGACTATAGCTATTGTGGAAGCTGTTTCTCCTGAGTTGGGTAACCGGGTTGAGCGTGTT 479
Query 493 CGTGTTCAGCTACCGGGTTTAAGTCAAGAGCTTCTACAGAAGCTTAGGGCTAAGAATATT 552
||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 480 CGTGTTCAGCTACCGGGATTAAGTCAGGAGCTTCTCCAGAAGCTTAGGGCCAAGAATATT 539
Query 553 GATTTTGCAGCACATAATGCTCAGGAAGATCAAGGTTCTGTGTTATTCAACTTGATTGGT 612
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GATTTTGCAGCACATAATGCTCAGGAAGACCAAGGTTCTGTGTTATTCAACTTGATTGGT 599
Query 613 AATCTTGCTTTCCCGGCGCTTTTGATTGGTGGTTTGTTCCTTCTTTCGAGACGGTCTGGT 672
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 600 AATCTTGCTTTCCCGTTGCTTTTGATTGGTGGTTTGTTCCTTCTTTCGAGACGCTCTGGT 659
Query 673 GGTGGAATGGGTGGACCTGGTGGTCCTGGTAACCCACTTCAGTTTGGTCAGTCCAAAGCA 732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GGTGGAATGGGTGGACCTGGTGGTCCTGGTAACCCACTTCAGTTTGGTCAGTCCAAAGCA 719
Query 733 AAGTTCCAAATGGAACCTAACACTGGTGTAACATTTGATGATGTTGCTGGAGTTGATGAA 792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AAGTTCCAAATGGAACCTAACACTGGTGTAACATTTGATGATGTTGCTGGAGTTGATGAA 779
Query 793 GCAAAGCAAGATTTCATGGAAGTGGTGGAGTTTTTGAAGAAACCTGAGAGATTCACTGCG 852
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 780 GCAAAGCAGGATTTCATGGAAGTGGTGGAGTTTCTGAAGAAACCCGAGAGATTCACTGCG 839
Query 853 GTTGGTGCCAAGATCCCGAAAGGTGTTCTTCTTATTGGTCCTCCTGGTACCGGGAAAACC 912
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 840 GTTGGTGCCAAGATTCCGAAAGGTGTTCTCCTTATTGGTCCCCCTGGTACTGGGAAAACC 899
Query 913 CTTTTGGCAAAAGCCATTGCTGGTGAAGCTGGTGTGCCTTTCTTCTCCATCTCTGGTTCT 972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CTTTTGGCAAAAGCCATTGCTGGTGAAGCTGGTGTGCCTTTCTTCTCCATCTCTGGTTCT 959
Query 973 GAGTTTGTTGAGATGTTTGTCGGTGTTGGTGCCTCGAGAGTCCGTGATCTTTTCAAGAAA 1032
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAGTTTGTTGAGATGTTTGTCGGTGTTGGTGCCTCAAGAGTCCGTGATCTTTTCAAGAAA 1019
Query 1033 GCCAAGGAGAACGCTCCTTGCATTGTCTTTGTAGATGAAATAGATGCTGTTGGTAGGCAA 1092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCCAAGGAGAACGCTCCTTGCATTGTCTTTGTAGATGAAATAGATGCTGTTGGTAGGCAA 1079
Query 1093 AGAGGAACCGGAATTGGTGGAGGTAATGATGAAAGAGAACAGACCCTCAATCAGCTCCTA 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGAGGAACCGGAATTGGTGGAGGTAATGATGAAAGAGAACAGACCCTCAATCAGCTCCTA 1139
Query 1153 ACTGAGATGGATGGTTTTGAAGGTAACACTGGTGTTATCGTAGTTGCTGCAACCAATAGA 1212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ACTGAGATGGATGGTTTTGAAGGTAACACTGGTGTTATCGTAGTTGCTGCAACCAATAGA 1199
Query 1213 GCAGACATTCTTGACTCTGCTTTGTTGAGGCCAGGACGGTTTGACCGGCAGGTAAGTGTT 1272
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GCAGACATTCTTGATTCTGCTTTGTTGAGGCCAGGACGGTTTGACCGGCAGGTAAGTGTT 1259
Query 1273 GACGTTCCTGACGTTAAGGGGAGAACAGATATTCTCAAGGTTCATGCCGGCAATAAGAAG 1332
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1260 GACGTTCCAGACGTTAAGGGGAGAACAGATATTCTCAAGGTTCATGCCGGTAATAAGAAG 1319
Query 1333 TTCGACAATGATGTTTCACTTGAAATAATAGCAATGAGAACACCTGGATTTAGCGGAGCA 1392
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1320 TTCGACAATGATGTCTCACTTGAAATAATAGCAATGAGAACACCCGGATTTAGCGGAGCA 1379
Query 1393 GATCTCGCTAACCTCTTGAATGAGGCTGCTATATTGGCCGGAAGGCGAGCACGGACATCG 1452
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1380 GATCTCGCTAACCTCTTGAATGAAGCTGCTATATTGGCCGGAAGGCGAGCGCGGACGTCG 1439
Query 1453 ATATCATCTAAAGAGATTGATGACTCCATTGATAGAATCGTTGCTGGCATGGAAGGAACA 1512
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATATCATCTAAAGAGATTGATGACTCCATTGATAGAATAGTTGCTGGCATGGAAGGAACA 1499
Query 1513 GTGATGACCGATGGCAAGAGCAAAAGCTTGGTAGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCAGTG 1572
||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GTGATGACCGACGGGAAGAGCAAAAGCTTGGTTGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCAGTG 1559
Query 1573 TGTGGAACATTGACTCCAGGACATGATGCTGTGCAAAAGGTAACGTTGATACCAAGAGGC 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGTGGAACATTGACTCCAGGACATGATGCTGTGCAAAAGGTAACGTTGATACCAAGAGGC 1619
Query 1633 CAAGCAAGAGGTCTGACTTGGTTCATTCCATCAGATGACCCGACACTCATCTCCAAGCAG 1692
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CAAGCAAGAGGTCTGACTTGGTTCATTCCGTCAGATGACCCGACACTCATCTCCAAGCAA 1679
Query 1693 CAACTCTTTGCAAGAATTGTTGGTGGACTCGGTGGTAGGGCCGCTGAAGAAATCATCTTT 1752
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CAACTCTTTGCAAGAATTGTTGGTGGACTCGGTGGTCGAGCCGCTGAAGAAATCATCTTT 1739
Query 1753 GGTGATTCC-GAGGTGACTACTGGCGCAGTTGGTGACTTACAACAGATCACCGGTTTGGC 1811
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GGTGAG-CCTGAGGTGACTACTGGCGCAGTTGGTGACTTGCAACAGATCACCGGTTTGGC 1798
Query 1812 TAGACAGATGGTAACAACATTTGGAATGTCTGATATTGGACCATGGTCTTTGATGGATTC 1871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1799 TAGACAGATGGTAACAACATTTGGAATGTCTGATATTGGACCATGGTCGTTGATGGATTC 1858
Query 1872 TTCGGCACAAAGCGATGTCATCATGAGAATGATGGCAAGAAACTCCATGTCTGAGAAGCT 1931
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ATCAGCACAAAGTGATGTCATCATGAGAATGATGGCAAGAAACTCCATGTCTGAGAAGCT 1918
Query 1932 TGCAGAAGACATTGATTCTGCGGTGAAGAAACTATCAGACAGTGCATATGAGATAGCTCT 1991
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TGCAGAAGACATTGATTCTGCAGTGAAGAAACTATCCGACAGTGCATATGAGATAGCTCT 1978
Query 1992 AAGCCACATAAAGAACAATCGTGAAGCCATGGATAAGCTCGTTGAAGTGCTTCTCGAGAA 2051
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AAGCCACATAAGGAACAATCGTGAAGCCATGGATAAGCTCGTTGAAGTGCTTCTCGAGAA 2038
Query 2052 AGAAACTATTGGCGGTGACGAATTCAGGGCAATTCTTTCCGAGTTTACTGAGATCCCCCC 2111
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2039 AGAAACAATTGGCGGTGACGAATTCAGGGCAATTCTTTCTGAGTTTACTGAAATCCCACC 2098
Query 2112 GGAAAACCGAGTTCCTTCTTCAACAACGA-CAACTCCAGCATCAGCACCAACACCAGCTG 2170
||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGAAAATCGGGTTCCTTCTTCAACAAC-ATCAACTCCAGCATCAGCACCAACACCAGCTT 2157
Query 2171 CTGTCTAAGTAATCAATCTGTATACTTGTGATACTTATAATTTTTCTGTAAATTTATCT- 2229
| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 CCGTCTAAGTAAGAAATTTGTATACTTGTGATACTTATAATTTTTCTGTAAATTTATCTG 2217
Query 2230 TCAAACTTACACTCTAGAAATGTGATACTATCTCAAAATTTAGTAACAAGTAAATGTTTA 2289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 2218 TCAAACTTACACTCTAGAAATGTGATACTATCTCAAAATTTAGTAGCAAGTAAATGTT-A 2276
Query 2290 AAA 2292
|||
Sbjct 2277 AAA 2279
> Ahg910330 jgi|Araly1|910330|Al_scaffold_0001_584
Length=2058
Score = 2217 bits (1200), Expect = 0.0
Identities = 1719/1966 (87%), Gaps = 50/1966 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 200 TGATTAGGACATCTAAGGTTA-ATGTAGTGAAGGCTTCTTTGGATGGgaagaagaagcaa 258
||| |||| ||||||| | || | || |||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 81 TGA-TAGGGCATCTAAAGCTACA-GTTGTGAAGGCTTCTTTGGAT--G-AGAAGAAGCAT 135
Query 259 gaaggaagaagagaTTTTC-TCAAAATCTTGTTAGGAAA---T---GCTGGGGTCGGTTT 311
||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||| | ||||| || |||||
Sbjct 136 GAAGGAAGAAGAG-GTTTCTTCAAACTCTTACTAGGAAACGCTGCAGCTGGAGTGGGTTT 194
Query 312 GGTTGCAAGTGGGAAA-GCAAATGCTGATG----A--ACAAGGTGTTTCTTCGTCGAGGA 364
| |||||||| ||||| |||||||| || | | |||||| |||||||| || ||||
Sbjct 195 GCTTGCAAGT-GGAAACGCAAATGCAGACGAACAAGGACAAGGGGTTTCTTCTTCTAGGA 253
Query 365 TGTCGTATTCTAGGTTTCTAGAGTACTTGGATAA-GGATAGGG-TGAATAAAGTTGATTT 422
|||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| || | ||||| |||||
Sbjct 254 TGTCTTATTCTAGGTTTCTAGAGTATTTGGATAAGGGA-AGGGTTG-AGAAAGTAGATTT 311
Query 423 GTATGAGAATGGGACTATAGCTATTGTGGAAGCTGTTTCTCCTGAATTGGGTAACCGGGT 482
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 312 GTATGAGAATGGGACTATAGCTATTGTTGAGGCTGTTTCTCCTGAGTTGGGTAACCGGAT 371
Query 483 TGAGAGAGTACGTGTTCAGCTACCGGGTTTAAGTCAAGAGCTTCTACAGAAGCTT-AGGG 541
| || | |||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| |||||| || ||||
Sbjct 372 TCAGCGTGTACGTGTGCAGCTACCTGGATTGAGTCAGGAGCTTCTCCAGAAG-TTGAGGG 430
Query 542 CTAAGAATATTGATTTTGCAGCACATAATGCTCAGGAAGATCAAGGTTCTGTGTTA-TTC 600
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||
Sbjct 431 CAAAGAATATTGATTTTGCAGCACATAATGCTCAGGAAGACCAAGGTTCTCCGATACTT- 489
Query 601 AACTTGATTGGTAATCTTGCTTTCCCGGCGCTTTTGATTGGTGGTTTGTTCCTTCTTTCG 660
||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 490 AACTTGATTGGGAATCTTGCATTCCCGGTTATTTTGATTGGCGGTTTGTTCCTTCTATCG 549
Query 661 AGACGGT-CTGGTGGTGGAATGGGTGGACCTGGTGGTCCTGG-TAACCCACTTCAGTTTG 718
||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |||
Sbjct 550 AGAAGGTCCT-CTGGTGGAATGGGTGGCCCTGGTGGTCCTGGCT-TCCCACTCCAAATTG 607
Query 719 GTCAGTCCAAAGCAAAGTTCCAAATGGAACCTAACACTGGTGTAACATTTGATGATGTTG 778
||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 608 GTCAGTCGAAAGCAAAGTTTCAGATGGAACCAAACACTGGTGTAACTTTTGATGATGTTG 667
Query 779 CTGGAGTTGATGAAGCAAAGCAAGATTTCATGGAAGTGGTGGAGTTTTTGAAGAAACCTG 838
||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 668 CTGGAGTCGACGAAGCCAAGCAGGATTTCATGGAAGTGGTGGAGTTTCTGAAGAAGCCTG 727
Query 839 AGAGATTCACTGCGGTTGGTGCCAAGATCCCGAAAGGTGTTCTTCTTATTGGTCCTCCTG 898
|||| |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 728 AGAGGTTCACTGCAGTTGGTGCCCGGATCCCCAAAGGTGTTCTCCTTGTTGGTCCTCCTG 787
Query 899 GTACCGGGAAAACCCTTTTGGCAAAAGCCATTGCTGGTGAAGCTGGTGTGCCTTTCTTCT 958
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 788 GTACTGGGAAAACCCTGCTGGCAAAAGCCATTGCTGGTGAAGCCGGTGTGCCCTTCTTTT 847
Query 959 CCATCTCTGGTTCTGAGTTTGTTGAGATGTTTGTCGGTGTTGGTGCCTCGAGAGTCCGTG 1018
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 848 CCATCTCGGGTTCTGAGTTTGTTGAGATGTTTGTCGGTGTTGGTGCCTCAAGAGTCCGCG 907
Query 1019 ATCTTTTCAAGAAAGCCAAGGAGAACGCTCCTTGCATTGTCTTT-GTAGATGAAATAGAT 1077
|||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||
Sbjct 908 ATCTTTTCAAAAAAGCCAAAGAAAATGCTCCATGCATTGT-TTTCGTGGATGAAATAGAT 966
Query 1078 GCTGTTGGTAGGCAAAGAGGAACCGGAATTGGTGGAGGTAATGATGAAAGAGAACAGACC 1137
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 GCTGTTGGTAGGCAAAGAGGAACTGGAATTGGTGGAGGTAATGATGAAAGAGAACAGACC 1026
Query 1138 CTCAATCAGCTCCTAACTGAGATGGATGGTTTTGAAGGTAACACTGGTGTTATCGTAGTT 1197
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 CTTAATCAGCTCCTGACTGAGATGGATGGTTTTGAGGGTAACACTGGTGTTATCGTAGTG 1086
Query 1198 GCTGCAACCAATAGAGCAGACATTCTTGACTCTGCTTTGTTGAGGCCAGGACGGTTTGAC 1257
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1087 GCTGCAACCAACAGAGCAGACATTCTTGACTCCGCTTTGCTAAGGCCAGGACGGTTTGAC 1146
Query 1258 CGGCAGGTAAGTGTTGACGTTCCTGACGTTAAGGGGAGAACAGATATTCTCAAGGTTCA- 1316
||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1147 CGGCAGGTATCTGTTGACGTTCCAGACGTTAAGGGAAGAACAGATATACTCAAGGTTCAC 1206
Query 1317 TGCCGGCAATAAGAAGTTCGACAA-TGATGTTTCACTTGAAATAATAGCAATGAGAACAC 1375
| |||| |||||||| || || || || ||||||||||||| ||||||| |||||||| |
Sbjct 1207 T-CCGGGAATAAGAAATTTGA-AAGTGGTGTTTCACTTGAAGTAATAGCCATGAGAACGC 1264
Query 1376 CTGGATTTAGCGGAGCAGATCTCGCTAACCTCTTGAATGAGGCTGCTATATTGGCCGGAA 1435
|||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1265 CTGGATTTAGCGGAGCTGATCTTGCAAACCTCTTGAACGAGGCTGCCATATTGGCCGGCC 1324
Query 1436 GGCGAGCACGGACAT-CGATATCATCTAAAGAGATTGATGACTCCATTGATAGAATCGTT 1494
| || | | ||| | | |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1325 GTCGTGGAAAGAC-TGCTATATCATCAAAAGAGATCGATGACTCAATTGATAGAATTGTA 1383
Query 1495 GCTGGCATGGAAGGAACAGTGATGACCGATGGCAAGAGCAAAAGCTTGGTAGCTTACCAT 1554
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1384 GCTGGCATGGAAGGAACAGTCATGACAGATGGGAAGAGCAAAAGCTTGGTTGCTTACCAT 1443
Query 1555 GAAGTTGGTCATGCAGTGTGTGGAACATTGACTCCAGGACATGATGCTGTGCAAAAGGTA 1614
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1444 GAAGTTGGCCATGCCGTATGTGGAACATTGACTCCAGGACATGATGCTGTCCAAAAGGTC 1503
Query 1615 ACGTTGATACCAAGAGGCCAAGCAAGAGGTCTGACTTGGTTCATTCCATCAGATGACCCG 1674
|| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1504 ACATTGATACCACGAGGCCAGGCAAGAGGTCTGACTTGGTTCATTCCCTCAGATGACCCA 1563
Query 1675 ACACTCATCTCCAAGCAGCAACTCTTTGCAAGAATTGTTGGTGGACTCGGTGGTAGGGCC 1734
|| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1564 ACTCTAATCTCCAAACAGCAGCTCTTTGCAAGAATTGTTGGTGGACTCGGTGGTAGAGCC 1623
Query 1735 GCTGAAGAAATCATCTTTGGTGATTCCGAGGTGACTACTGGCGCAGTTGGTGACTTACAA 1794
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1624 GCTGAAGAAGTCATCTTTGGTGAGCCCGAGGTGACTACTGGTGCAGTTAGTGACTTACAA 1683
Query 1795 CAGATCACCGGTTTGGCTA-GACAGATGGTAACAACATTTGGAATGTCTGATATTGGACC 1853
||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1684 CAGATCACCGGTTTGGCTAAG-CAGATGGTGACAACATTTGGGATGTCTGAAATTGGACC 1742
Query 1854 ATGGTCTTTGATGGATTCTTCGGCACAAAGCGATGTCATCATGAGAATGATGGCAAGAAA 1913
|||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1743 ATGGTCGCTAATGGATTCATCGGCTCAAAGCGATGTCATTATGAGGATGATGGCAAGAAA 1802
Query 1914 CTCCATGTCTGAGAAGCTTGCAGAA-GACATTGATTCTGCGGTGAAGAAACTATCAGACA 1972
||| |||||||||||||||||| || || || ||| | |||||||||| | |||||||||
Sbjct 1803 CTCAATGTCTGAGAAGCTTGCA-AATGATATCGATACAGCGGTGAAGACATTATCAGACA 1861
Query 1973 GTGCATATGAGATAGCTCTAAGCCACATAAAGAA-CAATCGTGAAGCCATGGATAAGCTC 2031
||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||| ||||| ||| |
Sbjct 1862 AAGCATACGAGATAGCTTTAAGCCACATTA-GAAACAATCGTGAAGCAATGGACAAGATT 1920
Query 2032 GTTGAAGTGCTTCTCGAGAAAGAAACTATTGGC-GGTGACGAATTCAGGGCAATTCTTTC 2090
|||||| | ||||| |||||||| || || | | || || |||||| | ||| | || ||
Sbjct 1921 GTTGAAATACTTCTTGAGAAAGAGACAAT-GTCAGGCGATGAATTCCGAGCAGTCCTATC 1979
Query 2091 CGAGTTTACTGAGATCCCCCCGGAAAACCGAGTTCCTTCTTCAACA 2136
|| || || || ||||| || |||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1980 TGAATTCACAGAAATCCCACCTGAAAACCGTGTTGCTTCTTCAACA 2025
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88026556195
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5