BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G31060.3
Length=2592
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482032 jgi|Araly1|482032|fgenesh2_kg.4__1092__AT2G31060.2 3554 0.0
> Ahg482032 jgi|Araly1|482032|fgenesh2_kg.4__1092__AT2G31060.2
Length=2257
Score = 3554 bits (1924), Expect = 0.0
Identities = 2174/2289 (95%), Gaps = 39/2289 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 140 AGATCTAAAACCCTATCAGAGACCA-TTTCGCGTGAACAAAGATGGCGGGGCCTTTGCTT 198
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 AGATCTAAAACCCTATCAGAGACCATTTTCGCGTGAACAAAGATGGCGGGGCCTCTGCTT 60
Query 199 CGATCTCTTTGGTCAAACACCACTCGAAGATCCTTCTCTTCTCATTCATCACCTTCCAAA 258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CGATCTCTTTGGTCAAACACCACTCGAAGATCCTTCTCTTCTCAATCATCACCTTCCAAA 120
Query 259 TTCGGATACTCGCTCTCCTCCTTACGCTCCTTT-TCAGCAGCCACCGCTTCCACAGCTGC 317
|||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 121 TTCGGACACTCGCTCTCTTCCTTACGCT-CTTTCTCAGCAGCCACCGCTTCCTCGGCTGC 179
Query 318 AGCCGGAGCTCCTAATAGCTCGCTTGACCCTAATCGACTAAGAAACGTGGCTGTGATAGC 377
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 180 AGCCGGAGCTCCTAGTAGCTCGCTTGATCCTAATCGACTAAGGAACGTGGCTGTTATAGC 239
Query 378 TCATGTCGATCACGGGAAGACAACACTTATGGACAGGCTTCTTCGTCAGTGTGGTGCTGA 437
|||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCATGTTGATCATGGGAAGACAACGCTTATGGACCGGCTTCTTCGTCAGTGTGGTGCTGA 299
Query 438 TATCCCTCACGAGCGTGCTATGGATTCTATTAATCTTGAGCGTGAACGAGGGATCACTAT 497
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TATCCCTCATGAGCGTGCTATGGATTCTATTAATCTTGAGCGTGAACGAGGGATCACTAT 359
Query 498 TTCTTCAAAGGTATCGCCTTTCGTGACATCAATATTTTGGAAGGACAACGAACTTAACAT 557
|||||| || | | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 360 TTCTTC-AA---A--G------GTGACATCTATATTTTGGAAGGAAAACGAACTTAACAT 407
Query 558 GGTAGACACACCTGGTCACGCAGATTTTGGTGGTGAGGTTGAACGAGTCGTTGGTATGGT 617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 408 GGTAGACACACCTGGTCACGCAGATTTTGGTGGTGAGGTTGAACGAGTTGTTGGTATGGT 467
Query 618 TGAAGGAGCTATATTAGTTGTTGATGCTGGAGAAGGCCCTCTTGCACAGACTAAGTTTGT 677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TGAAGGAGCTATATTAGTTGTTGATGCTGGAGAAGGCCCTCTTGCACAGACTAAGTTTGT 527
Query 678 TCTTGCCAAAGCCTTGAAGTATGGACTACGCCCAATCCTTCTCTTAAACAAGGTAGATCG 737
||| ||||| ||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 TCTCGCCAAGGCCTTGAAGTACGGGCTACGACCGATTCTTCTCTTAAACAAGGTAGATCG 587
Query 738 ACCTTCAGTCACGGAAGAGAGGTGTGATGAAGTGGAGAGTTTGGTGTTTGATCTTTTTGC 797
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 ACCTTCAGTCACAGAAGAGAGGTGTGATGAAGTGGAGAGTTTGGTGTTTGATCTTTTTGC 647
Query 798 AAAT-TGTGGTGCTACAGAGGAACAACTAGATTTTCCGGTGCTTTATGCCTCTGCAAAAG 856
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 AAATCT-TGGTGCTACAGAGGAACAACTAGATTTTCCGGTGCTTTATGCCTCTGCAAAAG 706
Query 857 AAGGGTGGGCATCTTCTACCTATACCAAAGACCCTCCTGTAGATGCGAAGAATATGGCAG 916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 707 AAGGGTGGGCATCTTCTACCTATACCAAAGACCCTCCTGTAGATGCAAAGAATATGGCAG 766
Query 917 ATTTGCTTGATGCCGTAGTAAGACATGTTCAGCCTCCAAAAGCAAACCTTGATGAGCCAT 976
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 ATTTGCTTGATGCTGTAGTAAGACATGTTCAGCCACCAAAAGCAAACCTTGATGAGCCAT 826
Query 977 TTCTGATGCTGGTTTCAATGATGGAGAAGGACTTCTATCTCGGACGAATATTAACTGGAA 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 TTCTGATGCTGGTTTCAATGATGGAGAAGGACTTCTATCTCGGACGAATATTAACTGGAA 886
Query 1037 GAGTAACTTCTGGAGTTGTCCGTGTTGGTGACAGAGTCAATGGACTACGCAAAACTGATT 1096
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 887 GAGTAACTTCTGGAGTTGTTCGTGTTGGTGACAGAGTCAATGGGCTACGCAAAACTGATT 946
Query 1097 CTGGCTCTGAGAAAATAGAAGAAGCAAAGGTTGTGAAGCTAATGAAAAAGAAAGGTACAA 1156
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 947 CCGGCTCTGAGAAAATAGAAGAAGCAAAGGTTGTGAAGCTAATGAAGAAGAAAGGTACAA 1006
Query 1157 CCATAGTTTCAATTGACGCTGCTGGGGCTGGTGATATTATCTGTATGGCTGGTTTGACAG 1216
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1007 CCATAGTTTCAATTGACGCTGCAGGGGCTGGTGATATTATCTGTATGGCTGGTTTGGCAG 1066
Query 1217 CTCCATCAATAGGTCACACGGTGGCTAGTGCAGAGGTCACAACTGCACTCCCTACTGTTG 1276
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 CTCCATCGATAGGTCACACTGTGGCTAGTGCAGAGGTCACAACTGCACTCCCTACTGTTG 1126
Query 1277 AGTTAGATCCACCAACAATTTCTATGACGTTTGGTGTCAATGACTCTCCGT-TGGCTGGT 1335
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1127 AGCTGGATCCACCAACAATTTCTATGACGTTTGGTGTCAATGACTCTCC-TCTGGCTGGT 1185
Query 1336 CAGGATGGCACCCACTTAACTGGAGGAAGAATCGGGGACCGGTTAATGGCAGAAGCTGAA 1395
| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 CGGGATGGTACCCACTTAACTGGAGGGAGAATTGGGGACCGGTTAATGGCAGAAGCTGAA 1245
Query 1396 ACAAATCTTGCCATAAACGTTATTCCAGGCTTGTCAGAGTCATATGAAGTCCAAGGGAGA 1455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 ACAAATCTTGCCATAAACGTTATTCCAGGCTTGTCAGAGTCATATGAAGTCCAAGGGAGA 1305
Query 1456 GGAGAACTTCAACTTGGTATCTTGATTGAGAATATGAGGCGGGAAGGTTTTGAGCTCTCA 1515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 GGAGAACTTCAACTTGGTATCTTGATTGAGAATATGAGGCGGGAAGGTTTTGAGCTCTCA 1365
Query 1516 GTCTCACCACCTAAAGTCATGTATAAAACTGAAAAGGGACAAAAGCTTGAACCAATTGAA 1575
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1366 GTCTCACCACCTAAAGTCATGTATAAAACTGACAAGGGACAAAGGCTTGAACCAATTGAA 1425
Query 1576 GAGGTGACTATTGAGATTAATGATGAACACGTAGGATTAGTGATGGAAGCTCTCTCCCAC 1635
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 GAGGTGACTATTGAGATTAATGAAGAACACGTAGGATTAGTGATGGAAGCTCTCTCCCAC 1485
Query 1636 AGGCGGGCGGAAGTTATTGACATGGGCCCTGTCCCTGGAAATGAGGGTAGGACGAGACTG 1695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1486 AGGCGGGCGGAAGTTATTGACATGGGCCCTGTCCCTGGAAATGATGGTAGGACGAGACTG 1545
Query 1696 TCACTAACTTGTCCTTCAAGAGG-TCTGGTTGGGTACAGATGTGTGTTTAGCAGCGACAC 1754
||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 TCACTAACTTGTCCTTCAAGAGGGT-TGGTTGGATACAGATGTGTGTTTAGCAGCGACAC 1604
Query 1755 ACGAGGAACTGGATTCATGCATCGTGCTTTCCTAACTTATGAAAAGTACCGAGGTCCGCT 1814
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 CCGTGGAACTGGATTCATGCATCGTGCTTTCCTAACTTATGAAAAGTACCGAGGTCCGCT 1664
Query 1815 TGGAAATGTTAGGAAAGGAGTATTGGTTTCCATGGCACGTGGTACTATCACAGCTCATTC 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1665 TGGAAATGTTAGGAAAGGAGTATTGGTTTCCATGGGATTTGGTACTATTACAGCTCATTC 1724
Query 1875 TCTGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGATTCATATGA 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 TCTGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGATTCATATGA 1784
Query 1935 TGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGAAACAGATCTTGATCTTAACCCAGTTAAGGC 1994
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1785 TGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGATACAGATCTTGATGTTAACCCAGTTAGGGC 1844
Query 1995 CAAAGAACTTACAAACATTCGCTCTGCTGGGAAAGACGAAAATGTGAAGCTATCTCCACC 2054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 CAAAGAACTTACAAACATTCGCTCTGCTGGGAAAGATGAAAATGTGAAGCTATCTCCACC 1904
Query 2055 TCGTCTTATGACACTTGAGGAAGCTATAGGATACGTTGCCTCAGATGAGCTTATAGAGGT 2114
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1905 TCGCCTTATGACACTAGAGGAAGCTATAGGATACGTTGCCTCAGATGAACTTATTGAGGT 1964
Query 2115 GACACCAAAGACGATTCGGTTGAGGAAAAGATGTCTAGACGTTAACAAGCGTAAATCCCA 2174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 TACACCAAAGACGATTCGGTTGAGGAAAAGATGTCTAGACGTTAACAAGCGTAAATCCCT 2024
Query 2175 GAGCAAACGAGCCAAAGACTAAAAAGTTATCTTCCACACTTGACTCTCTGGTACAATTTT 2234
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| | | ||||||
Sbjct 2025 GAGCAAACGAGCCAAAGAGTAAA--GTTATCTTCCACACTTGGCTCTCCGATTTAATTTT 2082
Query 2235 TA-TGGAAGCTGGTTTAGTTCTTGTCACAATCCTAGAAAAAGAAAATTATTGAATATGTA 2293
|| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 TACTG-AAGCTGGTTTAGTTCTTGTCACAATTCTAGAAAAAGAAAATTATTGAATATGTA 2141
Query 2294 CGAGAAACATTCAGATTATATACTAGATTCGTA-ACTTATACGCAAGAAGATGCATTCTT 2352
||| | | ||| | | | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2142 CGA-A--CG---AGA--A-A--C-AGATTA-TATACTTATACCCAAGAAGATGCATTCTT 2188
Query 2353 GTATTGATAACAATAAGAAGATAGATCGATCCCGATGCTGTATTATCATTGTGGACCACC 2412
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 GTATTGATAACAATAAGAAGATAGATCGATCCCGATATTGTATTATCATTGTGGACCACC 2248
Query 2413 GGATTTATC 2421
|||||||||
Sbjct 2249 GGATTTATC 2257
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97739568670
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5