BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G31260.1
Length=3239
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482052 jgi|Araly1|482052|fgenesh2_kg.4__1112__AT2G31260.1 4955 0.0
> Ahg482052 jgi|Araly1|482052|fgenesh2_kg.4__1112__AT2G31260.1
Length=3094
Score = 4955 bits (2683), Expect = 0.0
Identities = 2977/3115 (96%), Gaps = 35/3115 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 TCTTGTCTTTTCAACTTCTTCATCGAATTTTCCATTGCCCATAGCCTCTGTATTTGATTC 170
|||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||| | |||||| ||
Sbjct 1 TCTTCTCTTTTCAACTTCTTCATCGAGTTTT-CACTGCCC-TAGCCTCGGAATTTGA-TC 57
Query 171 C-TCCTTCTCTAAAGCTTCGGATAT-TAAGACAATTATATCTTCCTAGCTGCTTATAGAC 228
| ||||||| ||||||||||| | | ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||
Sbjct 58 CGTCCTTCTTTAAAGCTTCGGCT-TGTAAGACAATTAAATCTTGCTAGCTGCTTGTAGAC 116
Query 229 CTTCGCTTTCTAATTGCTGTTCCTTTCGTGGGTCTCTGGATTTGTAGTTGCATTCTCATT 288
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 117 CTTCGCTTTCTAATTGCTGTTCCTTTCGTGGGTCGCTGGATTTGTAGCTGCATTCTCATT 176
Query 289 GCGCACTACACTTTCTTCAAATTTCCGCGTGGTAAGCAGGGAATGGACCGGCTGTTTTGG 348
| ||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 GGGCACTACACGTTCTTCCAATTTCCACGAGGTAAGCAGGGAATGGACCGGCTGTTTTGG 236
Query 349 CCAATCGTCTGTGTTTACAAATGATGAGCAGTGGGCATAAGGGTCCAAATGTACGTAACT 408
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 CCAATCGTCCGTGTTTACAAATGATGAGCAGTGGGCATAAGGGTCCAAATGTACGTAACT 296
Query 409 TTTTTAAATGGCAACGTGGTGAATCATCATCGTCTTTGACTACTGGATTGCTTCATAATG 468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 297 TTTTTAAATGGCAACGTGGTGAATCATCATCGTCTTTGACTACCGGATTGCTTCATAATG 356
Query 469 AGTCACACGAGATTGAGCTATCTAACTACGGAGGAATACCAAGTCCTGGTAGTGAGAGCC 528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 AGTCACACGAGATTGAGCTATCTAACTACGGAGGAATACCAAGTCCTGGTAGTGAGAGCC 416
Query 529 CATCGGGACTTCTTAATGGAGAGAGTTTAAATGTTCAACCAATTGCTGATTTGGATCTTT 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 CATCGGGACTTCTTAATGGAGAGAGTTTAAATGTTCAACCAATTGCTGATTTGGATCTTT 476
Query 589 TTGTCGAAAGGCTCTACAGCTACTACAGAGACAAAGGACTTTGGTGTATTATAGTAAAGT 648
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 477 TTGTTGAAAGGCTCTACAGCTACTATAGAGACAAAGGCCTTTGGTGTATTATCGTAAAGT 536
Query 649 GGGCTGTTGAGCTTCTAAGTCTGGGCTTCATCATATGCTTCTCTGGGTTTTTCTTGCTGT 708
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GGGCTGTTGAACTTCTAAGTCTGGGCTTCATCATATGCTTCTCTGGGTTTTTCTTGCTGT 596
Query 709 ATGTTGATTGGAATGGTCTTCAGAATGCAAAATGTGGAATGGATGCAGTTGAATCAGGAA 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 ATGTTGATTGGAATGGTCTTCAGAATGCAAAATGTGGAATGGATGCAGTTGAATCAGGAA 656
Query 769 CTAAACCATGTGATCTTGTCAAAGAAGCTATCCATCCGCATCCTTTATCCCCTTTCACGC 828
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 657 CTAAGCCATGTGATCTTGTAAAAGAAGCTATCCATCCGCATCCTTTATCTCCTTTCACGC 716
Query 829 TCACAACTGCTATAATTGTTGGATATTTGGCCCTCTTCTCTGTGTACTGGCTCTTCTGCT 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TCACAACTGCTATAATTGTTGGATATTTGGCCCTCTTCTCTGTGTACTGGCTCTTCTGCT 776
Query 889 TCTTAAGGTTTTTTGCCCAGTTGAAAGATACTTTGGACTTTCGGCACTTTTATTACAACA 948
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TCTTAAGGTTTTTTGCCCAACTGAAAGATACTTTGGACTTTCGGCACTTTTATTACAACA 836
Query 949 ATCTCCATGTCACAGACAATGAAATCCTTACTATGCCATGGGCAACAGTCCTTGAGAAGG 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 ATCTCCATGTCACAGACAATGAAATCCTTACTATGCCATGGGCAACAGTCCTTGAGAAGG 896
Query 1009 TTGTTCAGTTACAAAGCTCACAATGCCTTTGTGTGGTTAAGGATCTTTCTGCTCATGATA 1068
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TTGTTCAGTTACAAAGCTCACAATGTCTTTGTGTGGTTAAGGATCTTTCTGCTCATGATA 956
Query 1069 TGGTTATGCGCCTTATGCGGAAAGAAAACTACTTGATTGGAATGCTCAACAAAGGTTTGC 1128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TGGTTATGCGCCTTATGCGGAAAGAAAACTACTTGATTGGAATGCTCAACAAAGGTTTGC 1016
Query 1129 TTTCTTTCCCAATTTCCCATTGGATCCCTGGTGCTGGTCCAGCAGTCAAATCCGCACCAG 1188
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1017 TTTCTTTCCCAATCTCTCATTGGATCCCTGGTGCTGGTCCAGCAGTCAAATCTGCACCAG 1076
Query 1189 ATGGGACACAGTATCACCTTGTATTGACAAAGACCCTTGAGTGGACCCTTAACTGGTGCA 1248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ATGGGACACAGTATCACCTTGTATTGACAAAGACCCTTGAGTGGACCCTTAACTGGTGCA 1136
Query 1249 TATTGCAGAGCATGTTTGACTGCAATTTTCGTGTTAGAAGGGACTTTGTTTCAAATCCTA 1308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TATTGCAGAGCATGTTTGACTGCAATTTTCGTGTTAGAAGGGACTTTGTTTCAAATCCTA 1196
Query 1309 CAACACTGAAGAAACGACTATTTGTGGTTGGGCTTGCTATGCTTCTGCTGTCACCGTTTC 1368
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 CAACATTGAAGAAACGACTATTTGTGGTTGGGCTTGCTATGCTTCTGCTGTCACCGTTTC 1256
Query 1369 TTGTCATCTTTATGTTGGTGTATTTATTCCTAAGGCATGCTGAACAGTTCTACAATCATC 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TTGTCATCTTTATGTTGGTGTATTTATTCCTAAGGCATGCTGAACAGTTCTACAATCATC 1316
Query 1429 CAAGTACTGCATCTTCTCGAAGATGGTCCAATTTGTCAAAGTGGCTCTTCAGGGAATTCA 1488
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CAAGCACTGCATCTTCTCGAAGATGGTCCAATTTGTCAAAGTGGCTCTTCAGGGAATTCA 1376
Query 1489 ATGAGGTTGACCATTTATTCAAGCATCGGATTAATAGCAGTGTAGTACATGCATCCGAAT 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1377 ATGAGGTTGACCATTTATTCAAGCATCGGATTAATAGCAGTGTAGTACACGCATCCGAAT 1436
Query 1549 ATCTAAAGCAATTTCCCTCGCCTATCATCTCCATTATTGCAAAGTTTGTCTCGTTTGTTT 1608
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 ATCTAAAGCAATTCCCCTCGCCGATCATCTCCATTATTGCAAAGTTTGTCTCGTTTGTTT 1496
Query 1609 CTGGCGGCTTTGCTGCTGTCTTAATCATCATTGCGTTTCTTGAAGAATCTCTACTTGAGG 1668
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1497 CTGGCGGCTTTGCTGCTGTCTTAATCATCATTGCGTTTCTCGAAGAATCTCTACTAGAGG 1556
Query 1669 GACATATATTCGGCCGCAATCTGTTCTGGTATGCCGCTGTTTTTGGAACAATTACAGCTA 1728
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GCCATATATTCGGCCGCAATCTGTTTTGGTATGCTGCTGTTTTTGGAACAATTACAGCTA 1616
Query 1729 TTAGTAGAGCTGCCATATCGGATGAACTTTTGGTCCTCGACCCAGTAGGAACTATGTCTT 1788
|||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TTAGCAGGGCTGCCATTTCCGATGAACTTTTGGTCCTCGACCCAGTAGGAACTATGTCTT 1676
Query 1789 TGGTGGTCCAAAACACTCATTATATGCCTAAGAGATGGCGTGGAAAGGAGAACAAGGATG 1848
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1677 TGGTGGTCCAACACACTCATTATATGCCTAAGAGATGGCGTGGTAAGGAAAACAAGGATG 1736
Query 1849 ATGTCCGCTTGGAGTTAGAGACTCTGTTTCAGTATACTGGAATGATGCTATTGGAGGAGA 1908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 ATGTCCGCTTGGAGTTAGAGACTCTGTTTCAGTATACTGGAATGATGCTATTGGAGGAGA 1796
Query 1909 TAGCTTCAATCTTCATCACACCATTTTTGCTGATGTTTGTCGTGCCAAAGCGGGTGGATG 1968
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TAGCTTCGATCTTCATCACACCATTTTTGCTGATGTTTGTAGTGCCAAAGCGGGTGGATG 1856
Query 1969 ACATCTTGCAATTCATTAAGGATTTCACAGTTGATATTGAAGGTGTAGGCCATGTTTGCA 2028
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ACATCTTGCAATTCATCAAGGATTTCACAGTTGATATTGAAGGTGTAGGCCATGTTTGCA 1916
Query 2029 GCTTTAGTGCTTTCTACTTTGAGAACCATGGAAATATCAAATATGGTTCACCACATAATG 2088
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GCTTTAGTGCCTTCTACTTTGAGAATCATGGAAATATCAAATATGGTTCACCACATAATG 1976
Query 2089 CAACTCGTCGTGAGCAGAGAAGCTCACAAGGGAAAATGGAGAAATCATTCTTGAGTTTCC 2148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CAACTCGTCGTGAGCAGAGAAGCTCACAAGGGAAAATGGAGAAATCATTCTTGAGTTTCC 2036
Query 2149 AGAGTAGTTATCCTTCTTGGGAGTCAGATTCTCTTGGGAAGCAGTTTCTGTCAAATCTCA 2208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 AGAGTAGTTATCCTTCTTGGGAGTCAGATTCTCTTGGGAAGCAGTTTCTGTCAAATCTCA 2096
Query 2209 GAACTTTCCGGGACCGAAAGCTTCATGAAATAAACACAAGACACTCAT---CTCCTAGTA 2265
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2097 GAACTTTCAGGGACCGAAAGCTTCATGAAATCAACACAAGACACTCATGTTCTCCTAGTA 2156
Query 2266 GGGCGTGGCGAGAAAGCACTAATACCCCTGCTTTATACAGAGACATTCCAAGAAATCCGC 2325
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GGGCGTGGCGAGAAAGCACTACCACC---GCTTTATACAGAGACATTCCAAGAAATCCGC 2213
Query 2326 TTGCGAGCGGCAATCACACTGATTCAATGTGGCTGATTGATCCAGATCAGAGGAATCATC 2385
||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 TTGCGAGCGGCAATCACACCGATTCCATGTGGCTTATTGATCCAGATCAGAGGAATCATC 2273
Query 2386 CTTATCTTCTTGACTGGTATTACACTTCTCAGGCTCACAACAGAACTGATCACCCAATAG 2445
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2274 CTTATCTTCTTGACTGGTATTACACTTCACAGGCTCACAACAGAACTGATCACCCGGCAG 2333
Query 2446 AGAGAGCAAATGAAATCTTAACCGCAAATCAGAACGCTACAGATTGTTGGCCTCCTGATT 2505
|||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 AGAGAGTGAACGAAATCTTAACTGCAAATCAGAACGCTACAGATTGTTGGCCTCCTGATT 2393
Query 2506 TGGGAATCCGTGGTGAAGATAGCAGAGATCTGCTCAACATGGAGGCAAGCACATCAGGTC 2565
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 TGGGAATCCGTGGTGAAGATAGCAGAGATCTTCTCAACATGGAGGCAAGCACATCAGGTC 2453
Query 2566 AGTTTTTCAGAGAGAGCATTCTGCGCCATGACCAACCCGAGGGAGAGGATAGTTATGGGA 2625
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2454 AGTTCTTCAGAGAGAGCATTCTGCGCCATGACCAACCGGAGGGAGAGGAAAGTTATGGGA 2513
Query 2626 GTCAGCATCCTCTTGATGGTAGGAACCAGTGGTGGGGAAGAGGCAACCACTCTCAGATCA 2685
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2514 ATCAGCATCCTCTTGATGGTAGGAGCCAGTGGTGGGGAAGAGGCAACCGCTCTCACATCG 2573
Query 2686 GCACAGCTCATCCCGCAACCACCAATAGCTTCATCGAGCCACCTGATTTTATAAACCGCT 2745
||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 GCACATCTCATCCCACAACCACCAATAGCTTCATTGAGCCACCTGATTTTATAAACCGCT 2633
Query 2746 ACACAGCAGGAAACTTATTAGACAACTCTTGGAGCagaagaagcatagaagaagaagatg 2805
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2634 ACACAGCAGGAAACTTATTAGACAACTCATGGAGTAGAAGAAGCATTGAAGAAGAAGATG 2693
Query 2806 aagaagaagaagaattggattgggaagagaatgcaagaagaaATTTGTCGAGAACTACAT 2865
||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2694 AAGAAC--------T-GGATTGGGAAGAGAACGCAAGAAGAAAGTTGTCGAGAACCACAT 2744
Query 2866 TCATGGACGATAACGATATCGAAGCTGGGATTGATCTCCATTTCGACGATGTATATAGTT 2925
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 TCATGGACGATAACGATATTGAAGCTGGGATTGATCTCCATTTCGACGATGTATATAGTT 2804
Query 2926 CAAGACCTCAAGAAACTTCAACATCAAGCACCACATTACGGTGA-CAACAATGAAttttt 2984
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2805 CAAGACCTCAAGAAACTTCAACATGAAGCACCACATTACGGTGAACAACAATGAATTTTT 2864
Query 2985 ttGATTCAAAGTTGTTTCTTTGTTCAGTCTTTTTTATGGTGGATGAAGAAGGAAGATAAA 3044
|||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 TTGATTCAAAGTTGTTTCTTTGTTTTGTATTTTT-ATGGTGGATGAAGAAGGAAGATAAA 2923
Query 3045 AGAGATGCTTTTGTAGAAA-GTGTTCTCTGTATTTGGaaaaaaaaaTGTGGGAATAATAA 3103
||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2924 AGAGATGCTTT-GTAGAAAAGTGTTCTCTGGATTTGGAAAAAAA--TGTGGGAATAATAA 2980
Query 3104 CAAGTCTCTCCTCtttttttt-tttttCTTT------GGTTATGTTTCATCCTAACAATA 3156
|| || |||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2981 CATGTTTCTCTT-TTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTCTTGGTTATGTTTCAAGCTAACATTA 3039
Query 3157 CATGCAATTCTTTATTGTTGTGTATATAAAATAGGTCCTTAAAAATGGTGTTTTT 3211
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3040 CATGCAATTCTTTATTGTTGTGTATATAAATTAGGTCCTTAAAAATGGTATTTTT 3094
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122240924476
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5