BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G31320.1 Length=3327 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg933675 jgi|Araly1|933675|scaffold_401663.1 4915 0.0 > Ahg933675 jgi|Araly1|933675|scaffold_401663.1 Length=2981 Score = 4915 bits (2661), Expect = 0.0 Identities = 2885/2992 (96%), Gaps = 20/2992 (1%) Strand=Plus/Plus Query 136 TCTCTTACCGGAGAAATGGCAAGCCCACATAAGCCGTGGAGGGCGGAGTATGCAAAGTCG 195 |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 6 TCTCTTACCGGAGAAATGGCGAGCCCTCATAAGCCGTGGAGGGCGGAGTATGCCAAGTCG 65 Query 196 TCGAGGTCTTCATGTAAAACTTGCAAGTCCGTCATTAACAAGGAGAACTTTCGTCTTGGA 255 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 66 TCGAGGTCTTCATGCAAAACTTGCAAGTCCGTCATCAACAAGGAGAACTTTCGTCTTGGA 125 Query 256 AAGTTGGTTCAATCTACTCACTTCGATGGCATCATGCCCATGTGGAACCATGCTTCTTGT 315 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 126 AAGTTGGTTCAATCTACTCACTTCGATGGCATCATGCCCATGTGGAACCATGCTTCTTGT 185 Query 316 ATACTAAAGAAGACGAAGCAGATAAAATCAGTTGATGATGTTGAAGGCATAGAATCACTT 375 ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 186 ATACTGAATAAGACGAAGCAGATAAAATCAGTTGATGATGTTGAAGGCATAGAATCACTA 245 Query 376 CGTTGGGAAGATCAGCAAAAGATTAGAAAATATGTCGAATCTGGAGCAGGGAGTAACACA 435 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | | Sbjct 246 CGTTGGGAAGATCAGCAAAAGATTAGAAAATATGTCGAATCTGGAGCA-GG-G--A-A-T 299 Query 436 AGCACAAGCACAGGCACAAGCACGAGCAGTACCGCTAATAATGCCAAACTAGAATATGGG 495 || | | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 AG--C-A-CA-A-GCACAAGCACGAGCAGTACCGCTAATAATGCCAAACTAGAATATGGG 353 Query 496 ATTGAAGTGTCACAAACTTCTCGTGCCGGTTGCAGAAAGTGTAGCGAAAAGATCTTGAAA 555 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 354 ATTGAAGTGTCACAAACTTCTCGTGCCGGTTGCAGAAAGTGTAGCGAAAAGATCTTGAAA 413 Query 556 GGAGAGGTACGTATATTCTCCAAGCCTGAAGGCCCGGGTAACAAAGGTTTGATGTGGCAT 615 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 414 GGAGAGGTACGTATATTCTCTAAGCCTGAAGGCCCGGGTAACAAGGGTTTGATGTGGCAT 473 Query 616 CACGCTAAATGTTTCCTTGAAATGTCTTCCTCTACTGAACTGGAAAGTTTGTCTGGATGG 675 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 474 CACGCAAAATGTTTCCTTGAAATGTCTTCCTCTACTGAACTGGAAAGTTTGTCTGGATGG 533 Query 676 AGAAGTATACCAGACTCAGACCAAGAAGCTCTTCTTCCCTTAGTGAAGAAAGCTCTGCCG 735 ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 534 AGAAGTATACCAGACGCAGACCAAGAAGTTCTTCTTCCCTTAGTGAAGAAAGCTCTGCCG 593 Query 736 GCAGCCAAAACTGAGACAGCAGAAGCACGTCAAACAAATTCAAGAGCAGGCACAAAACGA 795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 594 GTAGCCAAAACTGAGACAGCAGAAGCACGTCAAACAAATTCAAGAGCAGGCACAAAACGA 653 Query 796 AAAAATGATTCTGTTGATAACGAGAAGTCGAAACTAGCAAAAAGTAGTTTTGACATGTCT 855 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 654 AAAAATGATTCTGGTGATAACGAGAAGTCGAAACTAGCAAAAACTAGTTTTGACATGTCT 713 Query 856 ACAAGTGGTGCTTTACAACCTTGTAGCAAAGAAAAGGAAATGGAGGCCCAAACTAAGGAA 915 |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 714 ACAAGTGGTGCTTTACAACCCTGTAGCAAAGAAAGGGAAATGGAGGCCCAAACTAAAGAA 773 Query 916 TTGTGGGACCTGAAGGATGATCTGAAAAAATATGT-AACATCAGCTGAGTTGCGGGAAAT 974 |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 774 TTGTGGGATCTGAAGGATGATCTGAAAAAATATGTGAA-ATCAGCTGAGTTGCGGGAAAT 832 Query 975 GCTTGAAGTAAATGAACAAAGTACAAGAGGATCTGAACTTGATCTGCGTGATAAATGTGC 1034 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 833 GCTTGAAGTAAATGAACAAAGTACACGAGGATCTGAACTTGATCTGCGTGATAAATGTGC 892 Query 1035 TGATGGCATGATGTTTGGCCCACTCGCTCTCTGCCCAATGTGCTCTGGGCATCTTTCTTT 1094 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 893 TGATGGCATGATGTTTGGCCCTCTCGCTCTCTGCCCAATTTGCTCTGGGCATCTTTCTTT 952 Query 1095 CTCCGGAGGACTTTACCGATGCCATGGATACATCTCAGAATGGAGCAAATGTTCTCATTC 1154 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 953 CTCCGGAGGACTTTACCGATGCCATGGATACATCTCGGAATGGAGCAAATGTTCTCATTC 1012 Query 1155 CACTTTGGATCCAGACCGCATCAAAGGGAAGTGGAAAATCCCTGACGAAACAGAAAATCA 1214 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1013 CACTTTGGATCCAGACCGCATCAAAGAGAAGTGGAAAATCCCTGGCGAAACAGAAAATCA 1072 Query 1215 ATTCCTTCTGAAGTGGAATAAGTCTCAAAAGAGTGTGAAGCCAAAACGTATTCTGCGTCC 1274 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1073 GTTCCTTCTGAAGTGGAATAAGTCTCAAAATAGTGTGAAGCCAAAACGTATTCTGCACCC 1132 Query 1275 TGTATTGTCTGGCGAGACATCTCAGGGTCAAGGTTCTAAAGATGCAACTGACTCCTCAAG 1334 ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1133 TGTATCGTCTGGTGAGACGTCTCAGGGTCAAGGTTCTAAAGATGCAACTGACTCCTCAAG 1192 Query 1335 GAGTGAAAGGCTAGCAGATCTTAAAGTTTCAATTGCTGGAAATACTAAGGAAAGGCAACC 1394 |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | Sbjct 1193 GAGTGAAAAGCTGGCAGATCTTAAAGTTTCAATTACTGGAGTTACTAAGGAAAGGCAAGC 1252 Query 1395 ATGGAAGAAGAGAATTGAGGAAGCTGGTGCAGAGTTTCATGCTAATGTTAAAAAAGGTAC 1454 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1253 ATGGAAGAAGAGAATTGAGGAAGCTGGTGGTGAGTTTCATGCTAATGTTAAAAAAGGTAC 1312 Query 1455 AAGCTGTTTGGTTGTTTGTGGACTGACAGATATCAGAGACGCTGAAATGAGAAAGGCAAG 1514 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1313 AAGCTGTTTGGTTGTTTGTGGACTGACAGATATCCGAGATGCTGAAATGAGAAAAGCAAG 1372 Query 1515 GAGGATGAAAGTGGCAATCGTGAGAGAGGATTATTTGGTTGATTGTTTTAAAAAACAGAG 1574 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 1373 GAGGATGAAAGTGGCAATCGTGAGAGAGGATTATTTGGTTGACTGTTTTAAAAAGCAGAG 1432 Query 1575 GAAACTTCCATTTGACAAGTACAAAATTGAAGACACTAGTGAGAGCCTTGTCACTGTTAA 1634 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1433 GAAACTTCCATTTGACAAGTTCAAAATTGAAGACACTAGTGAGAGCCTGGTCACTGTTAA 1492 Query 1635 AGTAAAAGGACGAAGCGCTGTGCATGAAGCGTCTGGCCTCCAAGAGCACTGTCACATTCT 1694 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1493 AGTAAAAGGACGAAGCGCTGTGCATGAAGCGTCTGGCCTCCAAGAGCACTGTCACATTCT 1552 Query 1695 TGAAGATGGGAACAGTATCTATAACACAACTCTGAGCATGTCTGATCTCTCTACCGGTAT 1754 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1553 TGAAGATGGGAACAGTATCTATAACACAACTCTGAGCATGTCTGATCTTTCTACCGGTAT 1612 Query 1755 CAATAGTTATTACATACTCCAGATAATCCAAGAAGATAAAGGTTCAGATTGTTACGTATT 1814 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1613 CAATAGTTATTACATACTCCAGATAATCCAAGAAGATAAAGGTTCAGATTGCTACGTATT 1672 Query 1815 TCGTAAATGGGGCCGAGTTGGAAATGAAAAGATTGGTGGTAACAAAGTGGAGGAAATGTC 1874 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 1673 TCGTAAATGGGGCCGAGTTGGAAATGAAAAGATTGGTGGTAACAAAGTAGAAGAAATGTC 1732 Query 1875 AAAGTCTGATGCGGTTCACGAATTCAAACGTCTATTTCTTGAAAAAACCGGAAACACATG 1934 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1733 AAAGTCTGATGCGGTTCACGAATTCAAACGTCTATTTCTTGAAAAGACCGGAAACACATG 1792 Query 1935 GGAATCTTGGGAACAAAAAACGAATTTCCAGAAACAACCTGGAAAATTTCTCCCGTTGGA 1994 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1793 GGAATCTTGGGAACAAAAAACGAATTTCCAGAAACAACCTGGAAAATTTCTCCCGTTGGA 1852 Query 1995 CATTGATTATGGAGTTAATAAGCAAGTAGCCAAAAAAGAGCCATTTCA-GACCAGTAGCA 2053 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| Sbjct 1853 CATTGATTATGGAGTTAATAAGCAAGTAGCCAAAAAAGAGCCATGTCATG-CCAGTAGCA 1911 Query 2054 ACCTTGCTCCATC-ATTAATAGAATTGATGAAGATGCTTTTTGATGTGGAAACTTACAGA 2112 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1912 ACCTTGCTCC-TCCATTAATAGAATTGATGAAGATGCTTTTTGATGTGGAAACTTACAGA 1970 Query 2113 TCTGCAATGATGGAGTTCGAGATAAATATGTCAGAGATGCCACTTGGGAAGCTCAGCAAA 2172 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1971 TCTGCAATGATGGAGTTCGAGATAAATATGTCAGAGATGCCACTTGGGAAACTCAGCAAA 2030 Query 2173 CATAATATACAGAAGGGTTTTGAGGCATTGACGGAGATACAGAGGCTATTGACTGAAAGC 2232 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2031 CATAATATACAGAAGGGTTTTGAGGCATTGACGGAGATACAGAAGCTATTGACTGAAAGC 2090 Query 2233 GACCCCCAGCCTACTATGAAAGAAAGCTTGCTTGTTGATGCTAGTAACAGATTTTTTACC 2292 |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2091 GACCCCCAGCCTTCTATCAAAGAAAGCTTGCTTGTTGATGCTAGTAATAGATTTTTTACC 2150 Query 2293 ATGATCCCTTCTATTCATCCTCATATTATCCGAGATGAAGATGACTTTAAGTCAAAGGTG 2352 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2151 ATGATCCCTTCTATTCATCCTCATATTATCCGAGATGAAGAGGACTTTAAGTCAAAGGTG 2210 Query 2353 AAAATGCTCGAGGCTCTGCAGGATATCGAAATAGCTTCAAGAATAGTTGGCTTTGATGTT 2412 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2211 AAAATGCTCGAGGCTCTGCAGGATATCGAATTAGCTTCAAGATTAGTTGGCTTTGATGTT 2270 Query 2413 GATAGCACCGAATCTCTTGATGATAAGTATAAGAAGCTGCATTGCGATATCTCACCACTT 2472 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 2271 GATAGCACCGAATCGCTTGATGATAAGTATAAGAAGCTGCATTGTGATATTTCACCACTT 2330 Query 2473 CCTCATGATAGCGAAGATTATCGATTAATCGAGAAGTATCTTAACACAACTCATGCCCCA 2532 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2331 CCTCATGATAGCGAAGATTATCGATTAATCGAGAAGTATCTTAACACAACTCATGCCCCA 2390 Query 2533 ACGCATACAGAGTGGAGTCTTGAGCTAGAGGAAGTTTTTGCTCTTGAAAGAGAAGGAGAG 2592 || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2391 ACACATACAGAATGGAGTCTTGAACTAGAGGAAGTTTTTGCTCTTGAAAGAGAAGGAGAG 2450 Query 2593 TTTGATAAATATGCTCCCCACAGAGAAAAACTTGGCAATAAGATGCTCCTATGGCATGGT 2652 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2451 TTTGATAAATATGCTCCCCACAGGGACAAACTTGGCAATAAGATGCTCCTATGGCATGGT 2510 Query 2653 TCTCGATTAACGAATTTTGTTGGAATATTGAACCAAGGACTGAGAATTGCACCTCCAGAA 2712 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2511 TCTCGATTGACGAATTTTGTTGGAATATTGAACCAAGGACTGAGAATTGCACCTCCAGAA 2570 Query 2713 GCTCCTGCTACTGGTTACATGTTTGGAAAAGGGATATACTTTGCTGACCTTGTCAGTAAA 2772 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2571 GCTCCTGCTACTGGTTACATGTTTGGAAAGGGGATATACTTCGCTGACCTTGTCAGTAAA 2630 Query 2773 AGTGCTCAGTACTGCTACACTTGTAAGAAAAATCCGGTGGGTCTAATGCTTCTGAGTGAA 2832 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2631 AGTGCTCAGTACTGCTACACTTGTAAGAAAAATCCGGTGGGTCTAATGCTTCTGAGTGAA 2690 Query 2833 GTTGCATTGGGAGAAATACATGAGCTAACAAAAGCTAAGTATATGGATAAACCTCCGAGA 2892 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | Sbjct 2691 GTTGCATTGGGAGAAATACATGAGCTAACAAAAGCAAAGTATATGGATAAACCTCCGAAA 2750 Query 2893 GGGAAACACTCGACCAAAGGGCTCGGCAAGAAAGTGCCTCAAGATTCCGAGTTTGCCAAG 2952 |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2751 GGGAAACACTCGACTAAAGGGCTTGGCAAGAAAGTGCCTCAAGATTCAGAGTTTGCCAAG 2810 Query 2953 TGGAGAGGTGATGTGACTGTTCCCT-GTGGAAAACCTGTTTCATCAAAGGTCAAGGCTTC 3011 |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||| Sbjct 2811 TGGAGAGGTGATGTGACTGT-CCCTTGTGGAAAACCTGTTGCATCGACGGTCAAGGCTTC 2869 Query 3012 TGAGCTTATGTACAATGAGTATATCGTCTACGATACAGCCCAGGTGAAGTTGCAGTTCTT 3071 ||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2870 TGAGCTTATGTACAACGAGTATATTGTCTACAACACAGCCCAGGTGAAGTTGCAGTTCTT 2929 Query 3072 GTTGAAAGTAAGGTTTAAGCACAAGAGATGAGCCTGAACCAAACAAGAAGAC 3123 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2930 GTTGAAAGTAAGGTTTAAGCACAAGAGATGAGCTTGAACCAAACAAGAAGAC 2981 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 125589990900 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5