BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G31320.1
Length=3327
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933675 jgi|Araly1|933675|scaffold_401663.1 4915 0.0
> Ahg933675 jgi|Araly1|933675|scaffold_401663.1
Length=2981
Score = 4915 bits (2661), Expect = 0.0
Identities = 2885/2992 (96%), Gaps = 20/2992 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 136 TCTCTTACCGGAGAAATGGCAAGCCCACATAAGCCGTGGAGGGCGGAGTATGCAAAGTCG 195
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 6 TCTCTTACCGGAGAAATGGCGAGCCCTCATAAGCCGTGGAGGGCGGAGTATGCCAAGTCG 65
Query 196 TCGAGGTCTTCATGTAAAACTTGCAAGTCCGTCATTAACAAGGAGAACTTTCGTCTTGGA 255
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 TCGAGGTCTTCATGCAAAACTTGCAAGTCCGTCATCAACAAGGAGAACTTTCGTCTTGGA 125
Query 256 AAGTTGGTTCAATCTACTCACTTCGATGGCATCATGCCCATGTGGAACCATGCTTCTTGT 315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 AAGTTGGTTCAATCTACTCACTTCGATGGCATCATGCCCATGTGGAACCATGCTTCTTGT 185
Query 316 ATACTAAAGAAGACGAAGCAGATAAAATCAGTTGATGATGTTGAAGGCATAGAATCACTT 375
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 186 ATACTGAATAAGACGAAGCAGATAAAATCAGTTGATGATGTTGAAGGCATAGAATCACTA 245
Query 376 CGTTGGGAAGATCAGCAAAAGATTAGAAAATATGTCGAATCTGGAGCAGGGAGTAACACA 435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |
Sbjct 246 CGTTGGGAAGATCAGCAAAAGATTAGAAAATATGTCGAATCTGGAGCA-GG-G--A-A-T 299
Query 436 AGCACAAGCACAGGCACAAGCACGAGCAGTACCGCTAATAATGCCAAACTAGAATATGGG 495
|| | | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AG--C-A-CA-A-GCACAAGCACGAGCAGTACCGCTAATAATGCCAAACTAGAATATGGG 353
Query 496 ATTGAAGTGTCACAAACTTCTCGTGCCGGTTGCAGAAAGTGTAGCGAAAAGATCTTGAAA 555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 ATTGAAGTGTCACAAACTTCTCGTGCCGGTTGCAGAAAGTGTAGCGAAAAGATCTTGAAA 413
Query 556 GGAGAGGTACGTATATTCTCCAAGCCTGAAGGCCCGGGTAACAAAGGTTTGATGTGGCAT 615
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 414 GGAGAGGTACGTATATTCTCTAAGCCTGAAGGCCCGGGTAACAAGGGTTTGATGTGGCAT 473
Query 616 CACGCTAAATGTTTCCTTGAAATGTCTTCCTCTACTGAACTGGAAAGTTTGTCTGGATGG 675
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 CACGCAAAATGTTTCCTTGAAATGTCTTCCTCTACTGAACTGGAAAGTTTGTCTGGATGG 533
Query 676 AGAAGTATACCAGACTCAGACCAAGAAGCTCTTCTTCCCTTAGTGAAGAAAGCTCTGCCG 735
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 AGAAGTATACCAGACGCAGACCAAGAAGTTCTTCTTCCCTTAGTGAAGAAAGCTCTGCCG 593
Query 736 GCAGCCAAAACTGAGACAGCAGAAGCACGTCAAACAAATTCAAGAGCAGGCACAAAACGA 795
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GTAGCCAAAACTGAGACAGCAGAAGCACGTCAAACAAATTCAAGAGCAGGCACAAAACGA 653
Query 796 AAAAATGATTCTGTTGATAACGAGAAGTCGAAACTAGCAAAAAGTAGTTTTGACATGTCT 855
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 654 AAAAATGATTCTGGTGATAACGAGAAGTCGAAACTAGCAAAAACTAGTTTTGACATGTCT 713
Query 856 ACAAGTGGTGCTTTACAACCTTGTAGCAAAGAAAAGGAAATGGAGGCCCAAACTAAGGAA 915
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 714 ACAAGTGGTGCTTTACAACCCTGTAGCAAAGAAAGGGAAATGGAGGCCCAAACTAAAGAA 773
Query 916 TTGTGGGACCTGAAGGATGATCTGAAAAAATATGT-AACATCAGCTGAGTTGCGGGAAAT 974
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 774 TTGTGGGATCTGAAGGATGATCTGAAAAAATATGTGAA-ATCAGCTGAGTTGCGGGAAAT 832
Query 975 GCTTGAAGTAAATGAACAAAGTACAAGAGGATCTGAACTTGATCTGCGTGATAAATGTGC 1034
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 GCTTGAAGTAAATGAACAAAGTACACGAGGATCTGAACTTGATCTGCGTGATAAATGTGC 892
Query 1035 TGATGGCATGATGTTTGGCCCACTCGCTCTCTGCCCAATGTGCTCTGGGCATCTTTCTTT 1094
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 893 TGATGGCATGATGTTTGGCCCTCTCGCTCTCTGCCCAATTTGCTCTGGGCATCTTTCTTT 952
Query 1095 CTCCGGAGGACTTTACCGATGCCATGGATACATCTCAGAATGGAGCAAATGTTCTCATTC 1154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CTCCGGAGGACTTTACCGATGCCATGGATACATCTCGGAATGGAGCAAATGTTCTCATTC 1012
Query 1155 CACTTTGGATCCAGACCGCATCAAAGGGAAGTGGAAAATCCCTGACGAAACAGAAAATCA 1214
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1013 CACTTTGGATCCAGACCGCATCAAAGAGAAGTGGAAAATCCCTGGCGAAACAGAAAATCA 1072
Query 1215 ATTCCTTCTGAAGTGGAATAAGTCTCAAAAGAGTGTGAAGCCAAAACGTATTCTGCGTCC 1274
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1073 GTTCCTTCTGAAGTGGAATAAGTCTCAAAATAGTGTGAAGCCAAAACGTATTCTGCACCC 1132
Query 1275 TGTATTGTCTGGCGAGACATCTCAGGGTCAAGGTTCTAAAGATGCAACTGACTCCTCAAG 1334
||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 TGTATCGTCTGGTGAGACGTCTCAGGGTCAAGGTTCTAAAGATGCAACTGACTCCTCAAG 1192
Query 1335 GAGTGAAAGGCTAGCAGATCTTAAAGTTTCAATTGCTGGAAATACTAAGGAAAGGCAACC 1394
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1193 GAGTGAAAAGCTGGCAGATCTTAAAGTTTCAATTACTGGAGTTACTAAGGAAAGGCAAGC 1252
Query 1395 ATGGAAGAAGAGAATTGAGGAAGCTGGTGCAGAGTTTCATGCTAATGTTAAAAAAGGTAC 1454
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 ATGGAAGAAGAGAATTGAGGAAGCTGGTGGTGAGTTTCATGCTAATGTTAAAAAAGGTAC 1312
Query 1455 AAGCTGTTTGGTTGTTTGTGGACTGACAGATATCAGAGACGCTGAAATGAGAAAGGCAAG 1514
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1313 AAGCTGTTTGGTTGTTTGTGGACTGACAGATATCCGAGATGCTGAAATGAGAAAAGCAAG 1372
Query 1515 GAGGATGAAAGTGGCAATCGTGAGAGAGGATTATTTGGTTGATTGTTTTAAAAAACAGAG 1574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1373 GAGGATGAAAGTGGCAATCGTGAGAGAGGATTATTTGGTTGACTGTTTTAAAAAGCAGAG 1432
Query 1575 GAAACTTCCATTTGACAAGTACAAAATTGAAGACACTAGTGAGAGCCTTGTCACTGTTAA 1634
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1433 GAAACTTCCATTTGACAAGTTCAAAATTGAAGACACTAGTGAGAGCCTGGTCACTGTTAA 1492
Query 1635 AGTAAAAGGACGAAGCGCTGTGCATGAAGCGTCTGGCCTCCAAGAGCACTGTCACATTCT 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 AGTAAAAGGACGAAGCGCTGTGCATGAAGCGTCTGGCCTCCAAGAGCACTGTCACATTCT 1552
Query 1695 TGAAGATGGGAACAGTATCTATAACACAACTCTGAGCATGTCTGATCTCTCTACCGGTAT 1754
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1553 TGAAGATGGGAACAGTATCTATAACACAACTCTGAGCATGTCTGATCTTTCTACCGGTAT 1612
Query 1755 CAATAGTTATTACATACTCCAGATAATCCAAGAAGATAAAGGTTCAGATTGTTACGTATT 1814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1613 CAATAGTTATTACATACTCCAGATAATCCAAGAAGATAAAGGTTCAGATTGCTACGTATT 1672
Query 1815 TCGTAAATGGGGCCGAGTTGGAAATGAAAAGATTGGTGGTAACAAAGTGGAGGAAATGTC 1874
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1673 TCGTAAATGGGGCCGAGTTGGAAATGAAAAGATTGGTGGTAACAAAGTAGAAGAAATGTC 1732
Query 1875 AAAGTCTGATGCGGTTCACGAATTCAAACGTCTATTTCTTGAAAAAACCGGAAACACATG 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1733 AAAGTCTGATGCGGTTCACGAATTCAAACGTCTATTTCTTGAAAAGACCGGAAACACATG 1792
Query 1935 GGAATCTTGGGAACAAAAAACGAATTTCCAGAAACAACCTGGAAAATTTCTCCCGTTGGA 1994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 GGAATCTTGGGAACAAAAAACGAATTTCCAGAAACAACCTGGAAAATTTCTCCCGTTGGA 1852
Query 1995 CATTGATTATGGAGTTAATAAGCAAGTAGCCAAAAAAGAGCCATTTCA-GACCAGTAGCA 2053
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 1853 CATTGATTATGGAGTTAATAAGCAAGTAGCCAAAAAAGAGCCATGTCATG-CCAGTAGCA 1911
Query 2054 ACCTTGCTCCATC-ATTAATAGAATTGATGAAGATGCTTTTTGATGTGGAAACTTACAGA 2112
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 ACCTTGCTCC-TCCATTAATAGAATTGATGAAGATGCTTTTTGATGTGGAAACTTACAGA 1970
Query 2113 TCTGCAATGATGGAGTTCGAGATAAATATGTCAGAGATGCCACTTGGGAAGCTCAGCAAA 2172
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1971 TCTGCAATGATGGAGTTCGAGATAAATATGTCAGAGATGCCACTTGGGAAACTCAGCAAA 2030
Query 2173 CATAATATACAGAAGGGTTTTGAGGCATTGACGGAGATACAGAGGCTATTGACTGAAAGC 2232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2031 CATAATATACAGAAGGGTTTTGAGGCATTGACGGAGATACAGAAGCTATTGACTGAAAGC 2090
Query 2233 GACCCCCAGCCTACTATGAAAGAAAGCTTGCTTGTTGATGCTAGTAACAGATTTTTTACC 2292
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2091 GACCCCCAGCCTTCTATCAAAGAAAGCTTGCTTGTTGATGCTAGTAATAGATTTTTTACC 2150
Query 2293 ATGATCCCTTCTATTCATCCTCATATTATCCGAGATGAAGATGACTTTAAGTCAAAGGTG 2352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2151 ATGATCCCTTCTATTCATCCTCATATTATCCGAGATGAAGAGGACTTTAAGTCAAAGGTG 2210
Query 2353 AAAATGCTCGAGGCTCTGCAGGATATCGAAATAGCTTCAAGAATAGTTGGCTTTGATGTT 2412
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2211 AAAATGCTCGAGGCTCTGCAGGATATCGAATTAGCTTCAAGATTAGTTGGCTTTGATGTT 2270
Query 2413 GATAGCACCGAATCTCTTGATGATAAGTATAAGAAGCTGCATTGCGATATCTCACCACTT 2472
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2271 GATAGCACCGAATCGCTTGATGATAAGTATAAGAAGCTGCATTGTGATATTTCACCACTT 2330
Query 2473 CCTCATGATAGCGAAGATTATCGATTAATCGAGAAGTATCTTAACACAACTCATGCCCCA 2532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 CCTCATGATAGCGAAGATTATCGATTAATCGAGAAGTATCTTAACACAACTCATGCCCCA 2390
Query 2533 ACGCATACAGAGTGGAGTCTTGAGCTAGAGGAAGTTTTTGCTCTTGAAAGAGAAGGAGAG 2592
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 ACACATACAGAATGGAGTCTTGAACTAGAGGAAGTTTTTGCTCTTGAAAGAGAAGGAGAG 2450
Query 2593 TTTGATAAATATGCTCCCCACAGAGAAAAACTTGGCAATAAGATGCTCCTATGGCATGGT 2652
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 TTTGATAAATATGCTCCCCACAGGGACAAACTTGGCAATAAGATGCTCCTATGGCATGGT 2510
Query 2653 TCTCGATTAACGAATTTTGTTGGAATATTGAACCAAGGACTGAGAATTGCACCTCCAGAA 2712
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511 TCTCGATTGACGAATTTTGTTGGAATATTGAACCAAGGACTGAGAATTGCACCTCCAGAA 2570
Query 2713 GCTCCTGCTACTGGTTACATGTTTGGAAAAGGGATATACTTTGCTGACCTTGTCAGTAAA 2772
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2571 GCTCCTGCTACTGGTTACATGTTTGGAAAGGGGATATACTTCGCTGACCTTGTCAGTAAA 2630
Query 2773 AGTGCTCAGTACTGCTACACTTGTAAGAAAAATCCGGTGGGTCTAATGCTTCTGAGTGAA 2832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631 AGTGCTCAGTACTGCTACACTTGTAAGAAAAATCCGGTGGGTCTAATGCTTCTGAGTGAA 2690
Query 2833 GTTGCATTGGGAGAAATACATGAGCTAACAAAAGCTAAGTATATGGATAAACCTCCGAGA 2892
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2691 GTTGCATTGGGAGAAATACATGAGCTAACAAAAGCAAAGTATATGGATAAACCTCCGAAA 2750
Query 2893 GGGAAACACTCGACCAAAGGGCTCGGCAAGAAAGTGCCTCAAGATTCCGAGTTTGCCAAG 2952
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2751 GGGAAACACTCGACTAAAGGGCTTGGCAAGAAAGTGCCTCAAGATTCAGAGTTTGCCAAG 2810
Query 2953 TGGAGAGGTGATGTGACTGTTCCCT-GTGGAAAACCTGTTTCATCAAAGGTCAAGGCTTC 3011
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||
Sbjct 2811 TGGAGAGGTGATGTGACTGT-CCCTTGTGGAAAACCTGTTGCATCGACGGTCAAGGCTTC 2869
Query 3012 TGAGCTTATGTACAATGAGTATATCGTCTACGATACAGCCCAGGTGAAGTTGCAGTTCTT 3071
||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 TGAGCTTATGTACAACGAGTATATTGTCTACAACACAGCCCAGGTGAAGTTGCAGTTCTT 2929
Query 3072 GTTGAAAGTAAGGTTTAAGCACAAGAGATGAGCCTGAACCAAACAAGAAGAC 3123
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2930 GTTGAAAGTAAGGTTTAAGCACAAGAGATGAGCTTGAACCAAACAAGAAGAC 2981
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125589990900
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5