BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G31400.1
Length=3110
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482072 jgi|Araly1|482072|fgenesh2_kg.4__1132__AT2G31400.1 4556 0.0
> Ahg482072 jgi|Araly1|482072|fgenesh2_kg.4__1132__AT2G31400.1
Length=2863
Score = 4556 bits (2467), Expect = 0.0
Identities = 2742/2872 (95%), Gaps = 29/2872 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 64 TTTGAGTCTTTACGAATTCCAAAGAAGCAATGAAAAACCCTATCCATATGTAGCTCTTTT 123
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |
Sbjct 1 TTTGAGTCTTTACGAATTCCAAAGAAGC-ATGAAAAACCCTATCCTTATGTAG--C---T 54
Query 124 CGATTCCGTAATCACCACAAACTCTTCCTTTCAATGGCGTCAACGCCGCCTCACTGGGTC 183
| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 C---T---T--T------AAACTCTTCCTTTCAATGGCGTCAACGCCGCCTCACTGGGTT 100
Query 184 ACCACCACCAACAACCACCGTCCATGGCTTCCTCAGCGTCCTCGTCCCGGTCGCTCCGTT 243
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 101 ACCACCACCAACAACCACCGTCCATGGCTTCCACAGCGTCCTCGTCCCGGTCGCGCCGTT 160
Query 244 ACCTCAGCTCCTCCCTCTTCTTCAGCCTCTGTTTCTTCAGCTCATCTTTCACAGACTACT 303
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 161 ACCTCAGCTCCTCCCTCTTCTACAGCCTCTGTTTCTTCAGCTCATCTGTCACAGACTACT 220
Query 304 CCAAATTTCTCTCCTTTGCAAACCCCCAAATCAGATTTCTCCGGTCGTCAATCTACCCGA 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 CCAAATTTCTCTCCTTTGCAAACCCCCAAATCAGATTTCTCCGGTCGTCAATCTACCCGA 280
Query 364 TTCGTCTCCCCCGCCACCAATAACCACCGTCAGACCAGGCAAAACCCAAACTACAACCAC 423
||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 281 TTCGTCTCCACCACCACCAATAACCATCGTCAGACCAGGCAAAACCCAAACTACAATCAC 340
Query 424 CGTCCGTATGGTGCCTCTTCTTCTCCTCGTGGCTCAGCTCCTCCGCCTTCATCTGTAGCT 483
||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 CGTCCGTATGGTGTATCGTCGTCTCCTCGTGGCTCAGCTCCTCCGCCTTCATCTGTAGCT 400
Query 484 ACTGTAGCTCCAGCTCAACTATCACA-ACCTCCTAACTTTTCGCCTCTCCAAACCCCAAA 542
|||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 ACTGTAGCTCCAGCTCAACTATCACAGA-CTCCGAACTTTTCGCCTCTCCAAACCCCAAA 459
Query 543 ATCCGATCTTTCATCGGATTTTTCAGGTAGACGATCGACTAGATTCGTCTCCAAGATGCA 602
||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 460 ATCCGATCTTTCATCGGATTTCTCGGGTCGACGATCGACTAGATTCGTCTCCAAGATGCA 519
Query 603 TTTCGGGCGGCAGAAGACGACAATGGCTACGAGACATAGCTCTGCTGCTGAAGATGCACT 662
||||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 520 TTTCGGGCGACCTAAGACTACAATGGCCACTCGACATAGCTCTGCTGCTGAAGATGCACT 579
Query 663 TCAAAACGCTATTGATTTCTCTGGAGACGATGAGATGTTTCATAGTCTAATGTTGAGCTT 722
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 TCAAAACGCTATCGATTTCTCTGGAGACGATGAGATGTTTCATAGTCTAATGTTGAGCTT 639
Query 723 TGAGTCAAAGCTGTGTGGCTCTGACGACTGTACCTATATAATCCGTGAGTTAGGGAATCG 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 640 CGAGTCAAAGCTGTGTGGCTCTGACGACTGTACCTATATAATCCGTGAGTTAGGGAATCA 699
Query 783 TAATGAGTGCGATAAAGCTGTTGGCTTTTATGAGTTTGCGGTTAAACGAGAGAGGAGAAA 842
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 700 TGGTGAGTGCGATAAAGCTGTTGGCTTTTATGAGTTTGCGGTTAAACGAGAGAGGAGAAA 759
Query 843 GAACGAGCAGGGGAAGTTAGCTAGTGCTATGATAAGTACTCTTGGTAGATATGGTAAAGT 902
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 760 GAACGAGCAGGGGAAGTTAGCTAGTGCTATGATAAGTACTCTCGGTAGATATGGCAAAGT 819
Query 903 AACTATTGCTAAGAGGATTTTCGAAACTGCTTTTGCTGGTGGATATGGAAACACGGTTTA 962
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 820 AACCATTGCTAAGAGGATTTTCGAAACTGCTTTTTCTGGTGGATATGGAAACACAGTTTA 879
Query 963 CGCCTTCTCGGCT-TTGATCAGCGCTTATGGGAGAAGTGGGCTACATGAGGAAGCCATTA 1021
||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 880 CGCCTTCTCGGCTCTT-ATAAGTGCTTATGGGAGAAGTGGGCTCCATGAGGAAGCCATTA 938
Query 1022 GTGTCTTCAACTCCATGAAAGAGTATGGCTTGAGGCCGAATTTGGTTACCTACAATGCTG 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 GTGTCTTCAACTCCATGAAAGAGTATGGCTTGAGGCCGAATTTGGTTACCTACAATGCTG 998
Query 1082 TGATTGACGCTTGCGGTAAAGGCGGGATGGAGTTTAAGCAAGTAGCCAAGTTTTTCGATG 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 TGATTGACGCTTGCGGTAAAGGCGGGATGGAGTTTAAGCAAGTAGCCAAGTTTTTCGATG 1058
Query 1142 AGATGCAGAGGAACGGTGTGCAGCCAGATAGAATAACTTTCAACTCGTTGCTTGCTGTTT 1201
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1059 AGATGCAGAGGAACTGTGTGCAGCCAGATAGAATAACTTACAACTCTTTGCTTGCTGTTT 1118
Query 1202 GCAGTAGAGGAGGGTTGTGGGAAGCAGCAAGGAATCTGTTTGATGAGATGACGAATAGAA 1261
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1119 GCAGTAGAGGAGGGTTGTGGGAAGCAGCAAGGAATCTGTTTGATGAGATGTCGAATAGAA 1178
Query 1262 GGATTGAGCAAGATGTTTTTTCTTATAATACGCTTTTGGATGCAATTTGCAAAGGTGGGC 1321
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 GGATTGAGCAAGATGTCTTTTCTTATAATACTCTTTTGGATGCAATTTGCAAAGGTGGGC 1238
Query 1322 AGATGGACCTTGCTTTCGAAATCCTTGCTCAGATGCCAGTTAAGAGAATCATGCCTAATG 1381
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 AGATGGACCTTGCTTTCGAAATCCTCGCTCAGATGCCAGCTAAGAGAATCATGCCTAATG 1298
Query 1382 TTGTAAGTTATAGCACCGTTATTGATGGGTTTGCAAAAGCCGGAAGATTTGATGAAGCTC 1441
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 TTGTAAGTTATAGCACAGTTATTGATGGGTTTGCAAAAGCCGGAAGATTTGATGAAGCTC 1358
Query 1442 TTAACTTGTTTGGTGAAATGAGATATCTTGGTATTGCATTAGATAGAGTTTCTTACAATA 1501
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TTAACTTGTTTGGTGAGATGAGATATCTTAATATTGCATTGGATAGAGTTTCTTACAATA 1418
Query 1502 CATTGCTTTCAATCTACACTAAAGTTGGTAGATCTGAAGAAGCTTTGGATATTCTGAGAG 1561
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 CATTGCTTTCGATCTATACTAAAGTTGGTAGATCTGAAGAAGCTTTGGATATTCTGAGAG 1478
Query 1562 AAATGGCATCTGTTGGGATTAAAAAGGATGTTGTGACTTATAATGCTCTTCTTGGAGGAT 1621
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1479 AAATGGCATCTGTTGGGATTAAGAAGGATGTTGTGACTTATAATGCTCTTCTTGGTGGAT 1538
Query 1622 ATGGGAAACAAGGGAAATATGATGAAGTGAAGAAAGTTTTCACTGAGATGAAGCGAGAGC 1681
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1539 ATGGGAAACAAGGGAAATATGATGAAGTGAAAAAAGTTTTCGCTGAGATGAAGCGAGAGC 1598
Query 1682 ATGTGTTGCCTAACTTACTGACTTATTCAACTTTGATCGATGGGTACTCGAAGGGGGGTT 1741
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1599 ATGTGTTGCCAAACTTACTGACTTATTCAACGTTGATCGATGGGTACTCGAAAGGAGGTT 1658
Query 1742 TGTATAAAGAGGCAATGGAGATATTTAGGGAGTTTAAGAGCGCCGGATTAAGAGCTGATG 1801
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1659 TGTATAAAGAAGCAATGGAGGTATTTAGGGAGTTTAAGAGTGCCGGATTAAGAGCTGATG 1718
Query 1802 TTGTTTTGTACAGTGCATTGATTGATGCATTGTGCAAGAATGGGTTGGTGGGTTCTGCTG 1861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 TTGTTTTGTACAGTGCATTGATTGATGCATTGTGCAAGAATGGGTTGGTGGGTTCTGCTG 1778
Query 1862 TTTCTTTGATCGATGAGATGACAAAGGAAGGAATTAGTCCTAATGTTGTAACTTATAATT 1921
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 TTTCTTTGATCGATGAGATGACAAAGGAAGGGATTTGTCCTAATGTTGTAACTTATAATT 1838
Query 1922 CCATAATCGATGCCTTTGGTCGTTCTGCAACTATGGACAGATCAGCCGATTATAGCAATG 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1839 CCATAATCGATGCCTTTGGTCGTTCTGCAACTATGGAGAGATCAGCTGATTATAGCAATG 1898
Query 1982 GTGGATCTTTGCCTTTCTCTTCTTCTGCTCTGAGTGCATTGACTGAAACAGAGGGTAATC 2041
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 GTGGATCTTTGCCTTTCTCTTCTTCTACTCTGAGTGAATTGACTGAAACAGAGGGTAATC 1958
Query 2042 GGGTAATACAGTTATTTGGGCAGTTAACAACTGAGAGTAACAACCGAACGACGAAAGATT 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 1959 GGGTAATACAGTTATTTGGGCAGTTAACAACTGAGGGTAATAACCGCATGACGAAAGATT 2018
Query 2102 GTGAGGAGGGTATGCAGGAGCTCTCCTGTATATTGGAAGTTTTCCGCAAAATGCATCAGC 2161
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2019 GTAAGGAGGGTATGCAGGAGCTCTCCTGTATATTGGAAGTTTTCCGCAAAATGCATCAGC 2078
Query 2162 TGGAAATTAAACCAAATGTTGTAACCTTTTCAGCGATTCTGAATGCTTGCAGTCGGTGTA 2221
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079 TTGAAATTAAACCAAATGTTGTAACCTTTTCAGCGATTCTGAATGCTTGCAGTCGGTGTA 2138
Query 2222 ACTCATTTGAAGATGCATCAATGCTACTAGAGGAGCTCAGGCTGTTTGATAATAAGGTAT 2281
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 ACTCATTTGAAGATGCATCAATGCTGCTAGAGGAGCTCAGGCTGTTTGATAATAAGGTAT 2198
Query 2282 ATGGTGTTGTTCATGGACTTCTCATGGGCCAGAGAGAGAATGTATGGCTCCAAGCTCAGA 2341
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2199 ATGGTGTTGTTCATGGACTTCTCATGGGTCAGAGAGAGAATGTATGGCTCCAAGCGCAGA 2258
Query 2342 GCTTATTTGACAAAGTAAATGAAATGGATGGTTCGACTGCTTCTGCCTTCTACAATGCCC 2401
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2259 GCTTATTTGACAAAGTAAATGAAATGGACGGTTCAACTGCTTCTGCCTTCTACAATGCTC 2318
Query 2402 TAACTGACATGCTTTGGCACTTTGGCCAGAAACGAGGTGCAGAACTGGTGGCACTTGAGG 2461
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2319 TAACCGACATGCTTTGGCACTTTGGTCAGAAACGAGGTGCAGAACTGGTAGCACTTGAGG 2378
Query 2462 GAAGATCTAGGCAAGTTTGGGAAAACGTGTGGTCTGATTCTTGCTTGGACTTACACCTCA 2521
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379 GAAGATCTAGGCAAGTTTGGGAGAACGTGTGGTCTGATTCTTGCTTGGACTTACACCTCA 2438
Query 2522 TGTCTTCTGGAGCTGCACGTGCAATGGTCCATGCGTGGCTACTAAACATACGCTCCATTG 2581
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 TGTCTTCTGGAGCTGCACGCGCAATGGTCCATGCGTGGCTACTAAACATACGCTCCATTG 2498
Query 2582 TCTATGAAGGTCATGAGTTACCTAAAGTCTTGAGTATATTGACTGGCTGGGGGAAACACA 2641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2499 TCTATGAAGGTCATGAGTTACCTAAAGTCTTGAGTATATTGACTGGCTGGGGGAAACACA 2558
Query 2642 GCAAAGTGGTTGGAGACGGAGCACTAAGACGAGCGGTTGAAGTTCTTTTGAGGGGAATGG 2701
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2559 GCAAAGTGGTTGGAGACGGAGCACTAAAACGAGCGGTTGAAGTCCTTTTGAGAGGAATGG 2618
Query 2702 ATGCACCATTCCACCTGTCAAAATGCAACATGGGACGGTTCACATCAAGCGGTTCGGTGG 2761
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2619 ACGCACCATTCCACCTGTCAAAATGCAACATGGGACGGTTCACATCAAGCGGTTCGGTGG 2678
Query 2762 TAGCAACTTGGCTGCGTGAATCAGCCACACTGAAACTCTTAATCCTCCATGACCACATAA 2821
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2679 TAGCAACTTGGCTGCGTGAATCAGCTACACTCAAACTCTTAATCCTCCATGACCACATAA 2738
Query 2822 -CAACCGCCACAGCTACTACTACAACAATGAAATCAACAGACCAACAACAACGGAAACAG 2880
|| || ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2739 GCA-CCACCAGAGC-A--ACTACAACAATGAAATCAACAGACCAACAACAACGGGAACAG 2794
Query 2881 ACGTCGTTTGCTTTACAGCCTCTTCTTTTGTAGCTTAGTGTATGATGTAAAA 2932
|| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2795 ACCTCGCTTACTTTGCAGCCTCTTCTTTTGTAGCTTAGTGTGTGATGTAAAA 2846
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117470315580
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5