BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G31500.1
Length=2213
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933698 jgi|Araly1|933698|scaffold_401686.1 3022 0.0
> Ahg933698 jgi|Araly1|933698|scaffold_401686.1
Length=1789
Score = 3022 bits (1636), Expect = 0.0
Identities = 1738/1788 (97%), Gaps = 3/1788 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 232 ACAACCCAAAAAGAGAATCCCATGGGAAGTTGTGTTTCGTCGCCATTGAAAGGCTCTCCT 291
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ACAACCCAAAAA-AGAATCCCATGGGAAGTTGTGTTTCGTCGCCATTGAAAGGCTCTCCT 59
Query 292 TTTGGAAAGAGACCGGTAAGAAGGCGACACAGTAGTAATAGCAGAACATCCTCTGTTCCT 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTTGGAAAGAGACCGGTAAGAAGGCGACACAGTAGTAATAGCAGAACATCCTCTGTTCCT 119
Query 352 CGTTTCGATTCTTCAACTAATCTTTCCCGGAGATTGATTTTCCAGCCACCAAGCCGCGTT 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CGTTTCGATTCTTCAACTAATCTTTCCCGGAGATTGATTTTCCAGCCACCAAGCCGCGTT 179
Query 412 CTCCCCGAGCCTATCGGTGATGGAATTCACCTCAAGTATGATTTGGGAAAAGAACTAGGC 471
|| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 180 CTTCCCGAGCCTATCGGAGATGGAATCCACCTCAAGTATGATTTGGGGAAAGAATTAGGC 239
Query 472 CGTGGTGAATTTGGTGTCACTCATGAATGTATCGAGATCAGTACCCGAGAAAGATTTGCG 531
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 240 CGCGGTGAATTTGGTGTCACTCATGAATGTATCGAGATCAGTACCCGAGAAAGGTTTGCG 299
Query 532 TGTAAGAGGATATCGAAGGAGAAGCTAAGGACGGAGATAGATGTGGAGGATGTGAGAAGA 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGTAAGAGGATATCGAAGGAGAAGCTAAGGACGGAGATAGATGTGGAGGATGTGAGAAGA 359
Query 592 GAGGTTGAGATCATGAGATGTTTACCAAAACATCCTAATATTGTTAGCTTTAAGGAAGCT 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAGGTTGAGATCATGAGATGTTTACCAAAACATCCAAATATTGTTAGCTTTAAGGAAGCT 419
Query 652 TTTGAGGACAAAGACGCTGTCTATCTTGTCATGGAGATTTGTGAAGGAGGTGAACTTTTT 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTTGAGGACAAAGACGCTGTCTATCTTGTCATGGAGATTTGTGAAGGAGGTGAACTTTTT 479
Query 712 GACCGCATTGTCTCTAGAGGGCATTACACTGAACGCGCCGCTGCATCTGTTGCTAAAACC 771
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 480 GACCGCATTGTCTCTAGAGGGCATTACACTGAACGCGCCGCTGCATCTGTCGCTAAAACC 539
Query 772 ATTCTTGAAGTTGTCAAGGTGTGTCATGAACATGGAGTGATTCATCGTGATCTTAAACCA 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATTCTTGAAGTTGTCAAGGTGTGTCATGAACATGGAGTGATTCATCGTGATCTTAAACCA 599
Query 832 GAGAACTTCCTCTTTTCGAATGGAACTGAGACTGCACAACTCAAAGCCATTGATTTTGGT 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 600 GAGAACTTCCTCTTTTCGAATGGAACTGAGACTGCACAACTCAAAGCAATTGATTTTGGT 659
Query 892 CTCTCCATTTTCTTCAAACCGGCCCAGCGGTTCAATGAGATTGTGGGAAGTCCTTACTAC 951
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CTCTCCATTTTCTTCAAACCTGCCCAGCGGTTCAATGAGATTGTGGGAAGTCCTTACTAC 719
Query 952 ATGGCTCCAGAGGTTTTGAGACGAAATTACGGTCCTGAGATCGATGTTTGGAGTGCTGGT 1011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 720 ATGGCTCCAGAGGTTTTGAGACGAAATTACGGTCCTGAGATCGATGTTTGGAGTGCAGGT 779
Query 1012 GTTATACTCTATATCTTGCTTTGTGGTGTTCCTCCCTTTTGGGCAGAAACCGAGGAAGGA 1071
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTTATACTCTATATCTTGCTTTGTGGTGTCCCTCCTTTTTGGGCAGAAACCGAGGAAGGA 839
Query 1072 ATCGCGCACGCTATTGTGAGAGGGAACATCGATTTCGAGAGAGATCCATGGCCAAAAGTC 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 840 ATCGCGCACGCTATTGTGAGAGGGAACATCGATTTCGAGAGGGATCCGTGGCCAAAAGTC 899
Query 1132 TCACATGAAGCCAAGGAACTCGTTAAGAACATGCTTGATGCAAATCCTTATAGCAGACTC 1191
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 900 TCACGTGAAGCCAAGGAACTCGTTAAGAACATGCTTGATGCAAATCCTTATAGCCGGCTC 959
Query 1192 ACAGTCCAAGAAGTGCTTGAACATCCATGGATCCGGAACGCAGAGAGAGCACCAAATGTG 1251
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 960 ACAGTCCAAGAAGTGCTTGAACATCCATGGATCCGGAATGCAGACAGAGCACCAAATGTG 1019
Query 1252 AATCTTGGAGATAACGTCAGGACCAAGATTCAACAATTCTTGTTGATGAACAGGTTCAAG 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AATCTTGGAGATAACGTCAGGACCAAGATTCAACAGTTCTTGTTGATGAACAGGTTCAAG 1079
Query 1312 AAGAAAGTCCTCAGGATTGTAGCGGACAATCTACCAAACGAGGAGATAGCAGCGATAGTA 1371
||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AAGAAAGTCCTCAGGATCGTAGCAGACAATTTACCAAACGAGGAGATAGCAGCGATAGTA 1139
Query 1372 CAGATGTTTCAAACAATGGACACTGATAAGAATGGTCACTTGACTTTTGAGGAGCTAAGA 1431
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CAGATGTTTCAAACGATGGACACTGATAAGAATGGTCACTTGACTTTTGAGGAGCTAAGA 1199
Query 1432 GATGGACTGAAGAAGATTGGACAAGTTGTTCCCGATGGCGATGTGAAGATGCTAATGGAT 1491
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GATGGGCTGAAGAAGATTGGACAAGTAGTTCCCGATGGCGATGTGAAGATGCTAATGGAT 1259
Query 1492 GCAGCGGATACAGATGGAAATGGGATGTTGAGCTGTGATGAGTTTGTGACACTCTCAATA 1551
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1260 GCAGCGGACACAGATGGAAATGGGATGTTGAGCTGTGAGGAGTTTGTGACACTGTCAATA 1319
Query 1552 CATTTGAAGAGAATGGGATGTGATGAGCATTTGCAGGAAGCATTCAAGTATTTTGACAAG 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CATTTGAAGAGAATGGGATGTGATGAGCATTTGCAGGAAGCATTCAAGTATTTTGACAAG 1379
Query 1612 AACGGGAACGGATTTATCGAGCTAGATGAGCTCAAGGTAGCTCTTTGCGATGATAAGCTA 1671
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AACAGGAATGGATTTATCGAGCTAGATGAGCTCAAGGAAGCTCTTTGCGATGATAAGCTA 1439
Query 1672 GGCCACGCTAACGGTAACGACCAGTGGATCAAAGATATCTTCTTTGACGTCGACCTCAAC 1731
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1440 GGCCATGGTAACGGTAACGACCAGTGGATCAAAGATATCTTCTTTGACGTAGACCTCAAC 1499
Query 1732 AAGGATGGACGGATAAGCTTTGATGAGTTTAAGGCAATGATGAAATCAGGGACGGATTGG 1791
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1500 AAGGATGGACGAATAAGCTTTGATGAGTTTAAGGCGATGATGAAATCAGGGACGGACTGG 1559
Query 1792 AAAATGGCGTCGAGGCAGTACTCGAGGGCGTTGTTGAATGCTCTAAGCATCAAGATGTTC 1851
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1560 AAAATGGCTTCGAGGCAGTACTCGAGGGCGTTGTTGAATGCTCTAAGCATCAAAATGTTC 1619
Query 1852 AAAGAAGATTTTGGGGACAATGGTCCTAA-GTCACATTCCATGGAGTTCCCTATAGCAAG 1910
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AAAGAAGATTTTGGGGACAATGGTCCTAAAG-CACATTCCATGGAGTTCCCTATAGCAAG 1678
Query 1911 GAAGAGGGCTAAGCTGCTTGATGCTCCCAAGAACAAATCAATGGAGCTTCAGATCTCCAA 1970
||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1679 GAAGAGGGCTAAGCTACTTGACGCTCCAAAGAACAAATCAATGGAACTTCAGGTCTCCAA 1738
Query 1971 AACCTATAAACCCTCAGGTCTAAGAAACTAAAGAAGAGAAAAAATGAA 2018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AACCTATAAACCCTCAGGTCTAAGAAACTAAAGAAGAGAAAAAATGAA 1786
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83303365815
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5