BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G31955.1
Length=1605
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482122 jgi|Araly1|482122|fgenesh2_kg.4__1182__AT2G31955.2 2026 0.0
Ahg359264 jgi|Araly1|359264|fgenesh1_pg.C_scaffold_80000003 1258 0.0
> Ahg482122 jgi|Araly1|482122|fgenesh2_kg.4__1182__AT2G31955.2
Length=1391
Score = 2026 bits (1097), Expect = 0.0
Identities = 1285/1373 (94%), Gaps = 24/1373 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 93 AGTGTTGTTAACGATGAGGAGGTGCTTCTCCAAAATTACTGATTGCCACTTGGGTTTCAA 152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 38 AGTGTTGTTAACGATGAGGAGGTGCTTCTCCAAAATTACTGATTGCTACTTGGGTTTCAA 97
Query 153 GAATTCCAACTTCTTATTGGTTGGTTCTGAAGTTGGTTCAGGTTCAGTAACGAGAACCAT 212
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 98 GAATTCCAACTTCTTCTTGGTTGGTTCTGAAGTTGGGTCAGGTTCAGTTACAAGAACCA- 156
Query 213 TACTACTACTACTAGTGAGCGTTTATTTAGCAGTAGTTATGCAGCTCATCAAGTTGATCA 272
| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 157 T--TACTACTACTAGTGAGCGTTCATTTAGCACTAGTTATGCAGCTCATCAAGTTGATCA 214
Query 273 GATAAAAGACAATCCTGTCTCTGACATGTTGATTGATAAATTTGGTCGCTTACATACCTA 332
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 215 GACCAAAGACAGTCCTGTCTCTGACATGTTGATTGATTCTTTTGGTCGGTTACATACCTA 274
Query 333 CTTGAGGATATCTTTGACTGAGCGGTGTAATCTCCGGTGTCAGTATTGTATGCCGTCTGA 392
|||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 275 CTTGAGAATATCTTTGACAGAGCGGTGTAACCTCCGGTGTCAGTATTGTATGCCTTCTGA 334
Query 393 AGGTGTGGAACTTACTCCTAAGCCTCAGTTGTTGTCACAGTCTGAGATTGTTAGGTTGGC 452
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 335 AGGTGTGGAGCTTACTCCTAAGCCCCAGTTGTTGTCACAGTCTGAGATTGTTAGGTTGGC 394
Query 453 TGGTCTTTTTGTTTCTGCTGGTGTTAACAAGATTCGGTTGACTGGTGGCGAGCCTACGGT 512
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
Sbjct 395 TGGTCTTTTTGTTTCTGCTGGGGTTAACAAGATTCGGTTGACCGGTGGTGAGCCTACCAT 454
Query 513 TAGGAAAGATATCGAAGAGATTTGTCTGCAGTTGTCTAGTTTAAAAGGGTTGAAGAATTT 572
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 455 TAGGAATGATATCGAAGAGATTTGTCTCCAGTTGTCTAGTTTAAAAGGGTTGAAGAATCT 514
Query 573 GGCTATTACTACCAACGGTATCACTCTTGCGAAAAAACTACC-AAGGCTT-AAGGAATGC 630
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||
Sbjct 515 GGCTATTACTACCAACGGTATCACTCTTGCGAAAAAGCTACCTAA-GCTTCAA-GAATGC 572
Query 631 GGACTTGATTCGCTGAATATCAGCTTGGATACTCTGGTTCCAGCAAAGTTTGAGTTTCTG 690
|| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 573 GGGCTTGATTCGCTAAATATTAGCTTGGATACTTTGGTCCCAGCAAAGTTTGAGTTTCTG 632
Query 691 ACTAGACGTAAAGGGCATGATAGGGTTATGAAATCGATTGATACTGCTATTGAGCTTGGA 750
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 ACTAGGCGTAAAGGGCACGATAGGGTTATGAAATCGATTGATACTGCTATTGAGCTTGGA 692
Query 751 TACAATCCTGTGAAAGTCAATTGTGTTATCATGAGGGGATTGAATGATGATGAGATTTGT 810
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 TACAATCCTGTGAAAGTCAATTGTGTTGTCATGAGGGGATTGAATGATGATGAGATTTGT 752
Query 811 GATTTTGTTGAGTTGACACGCGACAAGCCAATCAATGTCCGGTTCATCGAGTTTATGCCA 870
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 753 GATTTTGTGGAGTTGACACGCGAGAAGCCAATCAATGTTCGGTTCATCGAGTTTATGCCA 812
Query 871 TTTGATGGAAATGTTTGGAATGTGAAGAAACTTGTACCTTATGCAGAAGTGATGGATAAA 930
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 TTTGATGGAAATGTTTGGAACGTGAAGAAACTTGTGCCTTATGCAGAAGTGATGGATAAA 872
Query 931 GTGGTCAAGAGGTTTCCGAGCATAAAACGAATGCAAGATCACCCAACTGAAACAGCTAAG 990
||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 873 GTGGTCAAGCGCTTTCCGAGTATAAAACGTATGCAAGATCACCCTACTGAAACAGCTAAG 932
Query 991 AACTTTACGATCGATGGGCATTGCGGTTCTGTTTCTTTCATCACATCCATGACAGAACAC 1050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 933 AACTTTACGATCGATGGGCATTGCGGTTCTGTTTCTTTCATCACATCCATGACAGAACAC 992
Query 1051 TTCTGTGCTGGCTGCAATAGATTGAGACTTCTTGCAGATGGGAACTTCAAAGTTTGCTTG 1110
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 993 TTCTGTTCTGGCTGCAATAGATTGAGACTTCTTGCAGATGGGAACTTCAAAGTTTGCTTG 1052
Query 1111 TTTGGTCCTTCAGAGGTTAGTCTGAGAGATCCTCTCCGGTCTGGTGCTGATGATGAGGCG 1170
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1053 TTTGGTCCTTCTGAGGTTAGTCTCAGAGATCCTCTCCGGTCTGGTGCTGATGACGAGGCA 1112
Query 1171 CTAAGGGAAATTATAGGCGCTGCTGTGAAGAGAAAGAAAGCTGCACACGCTGGAATGCTT 1230
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1113 CTCAGGGAAATTATAGGCGCTGCTGTGAAGAGGAAGAAAGCCGCACACGCTGGAATGCTT 1172
Query 1231 GACATTGCTAAAACAGCTAATAGACCAATGATACACATTGGTGGCTAAGCTCCGGTGAAC 1290
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1173 GACATTGCCAAAACAGCTAATAGACCAATGATACACATTGGTGGCTAAGCTCCGCTGAAC 1232
Query 1291 GTTGGTGAAGTTCCTGGAAAA--CACTACAAGGAACATTTGAGTTTTATATCTTGTAAGA 1348
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1233 GTTGGTGAAGTTCCTG-AAAATTCACTACAAGGAACGTTTGAGTTTTATAGCTAGTAAGA 1291
Query 1349 ATCTATCTGCTGCTCCCAACTCTGTGAGACTGTGACAAACTTTTTTGCAAACAAGAACAA 1408
||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 ATCTATCCGCTGCTCCCAACTC-------C-GTGACAAACTTTTTTGCAAACAAGAA--- 1340
Query 1409 GAAGACTGAAGAGTTTCTCAAACTGTTTCTTCTCTGTATACGTAACAGACACT 1461
|| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GA---CTGAAGTGTGTCTCAAAATGTTTCTTCTCTGTATACGTAACAGACACT 1390
> Ahg359264 jgi|Araly1|359264|fgenesh1_pg.C_scaffold_80000003
Length=978
Score = 1258 bits (681), Expect = 0.0
Identities = 783/832 (94%), Gaps = 7/832 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 106 ATGAGGAGGTGCTTCTCCAAAATTACTGATTGCCACTTGGGTTTCAAGAATTCCAACTTC 165
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGGAGGTGCTTCTCCAAAATTACTGATTGCTACTTGGGTTTCAAGAATTCCAACTTC 60
Query 166 TTATTGGTTGGTTCTGAAGTTGGTTCAGGTTCAGTAACGAGAACCATTACTACTACTACT 225
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| | ||||||||||
Sbjct 61 TTCTTGGTTGGTTCTGAAGTTGGGTCAGGTTCAGTTACAAGAACCA-T--TACTACTACT 117
Query 226 AGTGAGCGTTTATTTAGCAGTAGTTATGCAGCTCATCAAGTTGATCAGATAAAAGACAAT 285
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 118 AGTGAGCGTTCATTTAGCACTAGTTATGCAGCTCATCAAGTTGATCAGACCAAAGACAGT 177
Query 286 CCTGTCTCTGACATGTTGATTGATAAATTTGGTCGCTTACATACCTACTTGAGGATATCT 345
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 178 CCTGTCTCTGACATGTTGATTGATTCTTTTGGTCGGTTACATACCTACTTGAGAATATCT 237
Query 346 TTGACTGAGCGGTGTAATCTCCGGTGTCAGTATTGTATGCCGTCTGAAGGTGTGGAACTT 405
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 238 TTGACAGAGCGGTGTAACCTCCGGTGTCAGTATTGTATGCCTTCTGAAGGTGTGGAGCTT 297
Query 406 ACTCCTAAGCCTCAGTTGTTGTCACAGTCTGAGATTGTTAGGTTGGCTGGTCTTTTTGTT 465
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 ACTCCTAAGCCCCAGTTGTTGTCACAGTCTGAGATTGTTAGGTTGGCTGGTCTTTTTGTT 357
Query 466 TCTGCTGGTGTTAACAAGATTCGGTTGACTGGTGGCGAGCCTACGGTTAGGAAAGATATC 525
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 358 TCTGCTGGGGTTAACAAGATTCGGTTGACCGGTGGTGAGCCTACCATTAGGAATGATATC 417
Query 526 GAAGAGATTTGTCTGCAGTTGTCTAGTTTAAAAGGGTTGAAGAATTTGGCTATTACTACC 585
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 418 GAAGAGATTTGTCTCCAGTTGTCTAGTTTAAAAGGGTTGAAGAATCTGGCTATTACTACC 477
Query 586 AACGGTATCACTCTTGCGAAAAAACTACC-AAGGCTT-AAGGAATGCGGACTTGATTCGC 643
||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || |||||||| ||||||||||
Sbjct 478 AACGGTATCACTCTTGCGAAAAAGCTACCTAA-GCTTCAA-GAATGCGGGCTTGATTCGC 535
Query 644 TGAATATCAGCTTGGATACTCTGGTTCCAGCAAAGTTTGAGTTTCTGACTAGACGTAAAG 703
| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 536 TAAATATTAGCTTGGATACTTTGGTCCCAGCAAAGTTTGAGTTTCTGACTAGGCGTAAAG 595
Query 704 GGCATGATAGGGTTATGAAATCGATTGATACTGCTATTGAGCTTGGATACAATCCTGTGA 763
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GGCACGATAGGGTTATGAAATCGATTGATACTGCTATTGAGCTTGGATACAATCCTGTGA 655
Query 764 AAGTCAATTGTGTTATCATGAGGGGATTGAATGATGATGAGATTTGTGATTTTGTTGAGT 823
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 656 AAGTCAATTGTGTTGTCATGAGGGGATTGAATGATGATGAGATTTGTGATTTTGTGGAGT 715
Query 824 TGACACGCGACAAGCCAATCAATGTCCGGTTCATCGAGTTTATGCCATTTGATGGAAATG 883
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 TGACACGCGAGAAGCCAATCAATGTTCGGTTCATCGAGTTTATGCCATTTGATGGAAATG 775
Query 884 TTTGGAATGTGAAGAAACTTGTACCTTATGCAGAAGTGATGGATAAAGTGGT 935
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TTTGGAACGTGAAGAAACTTGTGCCTTATGCAGAAGTGATGGATAAAGTGGT 827
Score = 246 bits (133), Expect = 3e-64
Identities = 147/154 (95%), Gaps = 0/154 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1125 GGTTAGTCTGAGAGATCCTCTCCGGTCTGGTGCTGATGATGAGGCGCTAAGGGAAATTAT 1184
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 825 GGTTAGTTTGAGAGATCCTCTCCGGTCTGGTGCTGATGACGAGGCACTCAGGGAAATTAT 884
Query 1185 AGGCGCTGCTGTGAAGAGAAAGAAAGCTGCACACGCTGGAATGCTTGACATTGCTAAAAC 1244
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 885 AGGCGCTGCTGTGAAGAGGAAGAAAGCCGCACACGCTGGAATGCTTGACATTGCCAAAAC 944
Query 1245 AGCTAATAGACCAATGATACACATTGGTGGCTAA 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 AGCTAATAGACCAATGATACACATTGGTGGCTAA 978
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60144496855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5