BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32000.1
Length=2775
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482130 jgi|Araly1|482130|fgenesh2_kg.4__1190__AT2G32000.1 4390 0.0
> Ahg482130 jgi|Araly1|482130|fgenesh2_kg.4__1190__AT2G32000.1
Length=2698
Score = 4390 bits (2377), Expect = 0.0
Identities = 2597/2704 (96%), Gaps = 12/2704 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 AAAAGCTCATTCGACGCCGCCTGAGCTTTGA---G-TTTTGACCCGATTCTGACGTCTTC 74
|||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||| || || | |||||||
Sbjct 1 AAAAGCTCATTCGACGCCGCCTGAGC-TTGACCCGATTCTGA--CG--TC-GTCGTCTTC 54
Query 75 TTCAATGGCTAATCTCCTCAGAGTTCTTATGGTGGCGGAGAAGCCCAGCATTGCCCTCTC 134
|||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 55 TTCAATGGCTAATCGCCCCAGAGTTCTCATGGTGGCGGAGAAGCCCAGCATTGCTCTCTC 114
Query 135 TATAGCTTCAGTTCTCTCACATGGCCAGATGTCTACAAGGAGAGGCAGTACAGAGGTGCA 194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 CATAGCTTCAGTTCTCTCACATGGCCAGATGTCTACAAGGAGAGGCAGTACAGAGGTGCA 174
Query 195 TGAATTTGATGGCATGTTTCGAGGCTTCAAAGCACATTATAGAGTTACATCTGTTATCGG 254
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 TGAATTTGATGGGATGTTTCGAGGTTTCAAAGCACATTATAGAGTTACATCTGTTATCGG 234
Query 255 TCATGTTTTCAGTGTAGATTTCCCAGAAAAATATCAGAATTGGGCAACTATTGATCCACA 314
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 235 ACATGTTTTCAGTGTAGATTTCCCTGAAAAATATCAAAATTGGGCAACAATTGACCCTCA 294
Query 315 AGATCTTTTCGACGCTCCAATTATTAAAAAGGAATCAAACCCAAAGGCTCATATTTGTAG 374
|||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 AGATCTTTTCGACGCTCCAATTCTTAAAAAAGAGTCAAACCCAAAGGCTCATATTTGTAG 354
Query 375 GCATTTAAGTAATGAAGCTCGTGGTTGCAGTTATATGGTGTTGTGGTTGGATTGCGATCG 434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GCATTTAAGTAATGAAGCTCGTGGTTGCAGTTATATGGTGTTGTGGTTGGATTGCGATCG 414
Query 435 TGAAGGAGAAAATATATGTTTTGAAGTTATCGAGTCTACTGGCTTTGACATGAAAGATAG 494
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 415 TGAAGGGGAAAATATATGTTTTGAAGTTATTGAGTCTACTGGCTTTGACATAAAAGATAG 474
Query 495 TAAGAGAAAGGTTTATCGGGCACGGTTTTCTTCTGTGACTGAGAAAGATATATCAAAGGC 554
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TAAGAGAAAGGTTTATCGGGCGCGGTTTTCTTCTGTGACTGAGAAAGATATATCAAAGGC 534
Query 555 CATGGACAACCTTGTTGAACCAAACAGAGATGAGGCACTGGCAGTAGATGCTCGTCAAGA 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CATGGACAACCTTGTTGAACCAAACAGAGATGAGGCACTGGCAGTAGATGCTCGTCAAGA 594
Query 615 GATAGATCTAAAAGTTGGTGTAGCATTCTCGCGATTTCAAACAAGTTATTTCCAAGGCAA 674
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GATTGATCTAAAAGTTGGTGTAGCATTCTCTCGATTTCAAACAAGTTATTTCCAAGGCAA 654
Query 675 ATATCAGAATCTAGACTGCAGAGTTATCTCGTATGGGCCATGCCAGACACCTACTCTTGG 734
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 655 ATATCAGAATCTAGACTGCAGAGTTATCTCATATGGGCCATGCCAGACGCCTACTCTTGG 714
Query 735 GTTTTGTGTGCAACGCTACATGCATATTAATACTTTCAAGCCAGAAAAGTTTTGGGCTCT 794
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 715 GTTTTGTGTGCAACGGTACATGCATATTAATACTTTCAAGCCAGAAAAATTTTGGGCTCT 774
Query 795 GCGACCTTATATAAGAAAGGATGGTTATGAGCTCCAACTAGAGTGGGAGAGACGAAGATT 854
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 775 GCGACCTTATATAATAAAGGATGGTTATGAGCTCCAATTAGAGTGGGAGAGACGTAGATT 834
Query 855 GTTCGACCTGGAAGCTGCTACTGTGTTCCAAAAGTTGGTCGTGGAAGGAAGAACTGCAAA 914
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 835 GTTTGACCTGGAAGCTGCCACTGTGTTCCAAAAGTTGGTCGTGGAAGGTAGAACTGCAAA 894
Query 915 AGTAATGGACGTATCAGAAAAGCAGGAAGTCAAAGGTCGCCCAGCTGGTCTTAACACAGT 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 895 AGTAATGGACGTATCAGAAAAGCAGGAAGTCAAAGGTCGTCCAGCCGGTCTTAACACCGT 954
Query 975 GAATTTGCTAAAGGTTGCTTCAAGTGCTCTAGGGTTTGGGCCTCAGACGGCTATGCATCT 1034
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GAGTTTGCTAAAGGTTGCTTCAAGTGCTCTTGGGTTTGGGCCTCAGACGGCTATGCATCT 1014
Query 1035 TGCAGAGCGATTGTATACTCAAGGTTTCATCAGCTATCCCCGCACAGAAAGCACAGCCTA 1094
||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TGCCGAGCGATTGTATACTCAAGGCTTCATAAGCTATCCCCGCACAGAAAGCACAGCCTA 1074
Query 1095 TCCTTCTTCATTCGACTTCACAGACACACTCAGAGCACAAGTTAGTAATCCAGTATGGGG 1154
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 TCCCTCTTCATTTGACTTCACAGACACACTCAGAGCACAAGTTAGTAATCCAGTATGGGG 1134
Query 1155 TGGTTACGTACAGAGACTGCTCTCAGACGGATTTCATATGCCAAAGTCAGGAACTGACGC 1214
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1135 TGGTTACGTACAGAGACTGCTCTCAGACAGCTTTCATAAGCCCAAGTCAGGAACTGATGC 1194
Query 1215 TGGAGACCATCCTCCTATCACCCCAATGAGAGCAGCAACCGAGGTCATGGTCGGAGGAGA 1274
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1195 AGGAGACCATCCTCCTATCACTCCAATGCGAGCAGCAACCGAGGTCATGGTTGGGGGAGA 1254
Query 1275 TGCTTGGCGACTCTATCAGTATGTCTGTCAACATTTTCTTGGCACTGTTTCACCTAACTG 1334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1255 TGCTTGGCGACTCTATCAGTATGTCTGTCAACATTTTATTGGTACTGTTTCACCTAACTG 1314
Query 1335 CAAATACATAAGGACTAAAGTGGAATTGTCAATTGGTGGAGAAACTTTCCATTGTACGGG 1394
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CAAATTCATAAGGACTAAAGTGGAATTGTCAATTGGTGGTGAAACTTTCCATTGTACGGG 1374
Query 1395 GCAGCGTGTGACAGAAAAGGGGTTTACAGCTATAATGCCATGGTCTGCAGTAGATGAGAA 1454
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 GCAGCGTGTGACAGAAAAGGGATTTACAGCTATAATGCCATGGTCTGCAGTAGATGAGAA 1434
Query 1455 AAAACTCCCTTCTTTTCTCAAAGGAGAGAGGATTGAAGTTTTAAGAGTGGAGCTTTACGA 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 AAAACTCCCTTCTTTTCTCAAAGGAGAGAGGATTGAAGTTTTAAGAGTGGAGCTTTACGA 1494
Query 1515 GGGGAACACTGCGCCTCCGGACTACCTTACTGAGAGTGAGCTGATATCTCTCATGGAGAA 1574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1495 GGGGAACACTGCGCCTCCGGACTACCTTACTGAGAGTGAGCTGATATCTCTAATGGAGAA 1554
Query 1575 GCATGGCATAGGCACAGATGCATCAATAGCTGTACATATAAACAACATTGGTGAACGTAA 1634
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GCATGGCATAGGCACAGATGCATCAATACCTGTGCATATAAACAACATTGGTGAACGTAA 1614
Query 1635 TTATGTTCAGGTCCAATCTGGGAGGAAAATGGTTCCAACGGCGTTAGGAATCACGCTAAT 1694
|||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1615 TTATGTCCAGGTACAAGCTGGGAGGAAATTGGTTCCAACGGCATTGGGAATCACGCTAAT 1674
Query 1695 AAGAGGCTATCAGTGTATTGATCCAGACCTTTGCTTACCAGACATCCGGAGTTTTATCGA 1754
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AAGAGGCTATCAGTGTATTGATCCGGACCTTTGCTTACCAGACATCCGGAGTTTTATCGA 1734
Query 1755 GCAACAAATCACTCTTGTTGCCAAGGGCCAAGCTGATCATTCACACGTTGTGCAGCATGT 1814
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1735 GCAACAAATCACTCTTGTTGCCAAGGGCCAAGTTGATCATTCACACGTTGTGCAACATGT 1794
Query 1815 GATTCAGCAATTCCGGCGTAAATTCAGTTATTTTGTTCAACAGATCGAACACATGGATGC 1874
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 GATTCAGCAGTTCCGTCGTAAATTCAGTTATTTTGTTCAACAGATCGAACACATGGATGC 1854
Query 1875 CCTCTTTGAAGCACAGTTCTCTCCTCTGGCTGATTCTGGTCGTGCTTTAAGCAAATGTGG 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 CCTCTTTGAAGCACAGTTCTCTCCTCTGGCTGATTCTGGTCGTGCTTTAAGCAAATGTGG 1914
Query 1935 AAAATGCTTGCGTTACATGAAACATATCACAGCAGTCCCACCACGTCTCTTCTGCGGCAC 1994
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AAAATGCTTGCGTTACATGAAACACATCACAGCAGTCCCACCACGTCTCTTCTGCGGCAC 1974
Query 1995 ATGCGAAGAAGTTTATTATCTTCCTCAAAAGGGCACAGTCAAGCTATACAAGGAACTCAC 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 ATGCGAAGAAGTTTATTATCTTCCTCAAAAGGGCACAATCAAGCTATACAAGGAACTCAC 2034
Query 2055 ATGTCCTTTAGACAACTTTGAGCTCGTGATCTATTCAGTTCCAGGACCTGAGGGGAAGTC 2114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 ATGTCCTTTAGACAACTTTGAGCTCGTGATCTATTCAGTTCCAGGACCTGAGGGGAAGTC 2094
Query 2115 ATTTCCACTATGCCCATACTGCTACAACTCTCCTCCATTTGAAGGCATAGACACACTTTT 2174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2095 ATTTCCACTATGCCCATACTGCTACAACTCTCCTCCATTTGAAGGCATAGATACACTCTT 2154
Query 2175 TGGAGCCTCTAAGACGCCCAATGCTCCTGCCAAAACCAAAACCGGTGCAGGCATGCCATG 2234
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2155 TGGAGCCTCTAAAACGCCCAATGCTCCTGCCAAAACCAAAACCGGTTCAGGCATGCCATG 2214
Query 2235 TTCTCTCTGTCCTCATCCCACATGCCAACACTCTGTCAGAAACCAAGGAGTCTGCGCTTG 2294
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 CTCTCTCTGTCCTCATCCCACATGCCAACACTCAGTCAGAAACCAAGGAGTCTGCGCTTG 2274
Query 2295 TCCAGAGTGTGAAGGCACGCTCGTCTTGGACCCGGTTAGCTTCCCCAAGTGGAAACTCAA 2354
|||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2275 TCCAGAGTGTGAAGGCACGCTCCTCTTGGACCCTGTTAGCTTCCCTAAGTGGAAACTCAA 2334
Query 2355 CTGCAACTTGTGTAGTTGTATCGTTTTGCTTCCGGAAGGTGCTCATCGCATCACCACCAC 2414
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2335 CTGCAACTTGTGTAGTTGCATCGTTTTGCTTCCGGAAGGTGCTCATCGCATCGCCACCAC 2394
Query 2415 TAGTAACCGCTGTCCCGAGTGTGATTCAGCCATCATAGAGATCGATTTCAACAAGAAAAC 2474
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 TAGTAACCGCTGTCCCGAGTGCGATTCAGCCATCATAGAGATCGATTTCAACAAGAAAAC 2454
Query 2475 TACTCCTCTGGAGAACGGAGCCACTCTGCATCAAGGATGTGTTCTATGTGACGAGTTGCT 2534
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2455 TACTCCTCTGGAGAACGGAGCCACTCTGCATCAAGGGTGTGTTCTATGTGATGAGTTGCT 2514
Query 2535 TCTCTCACTTGTAGAAGTGAAACATGGGAGGTCCTTTGTgaggcgtggaggaaggggaag 2594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 TCTCTCACTTGTAGAAGTGAAACATGGGAGGTCCTTTGTGAGGCGTGGAGGAAGGGGAAG 2574
Query 2595 gggacgagggagaggccgaggcagaggagggagaagaggcTCAAAATCTGTCGACCCAAA 2654
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2575 GGGACGAGGAAGAGGCCGAGGCAGAGGAGGGAGAAGAGGTTCAAAAGCTGTCGACCCAAA 2634
Query 2655 AATGAGTTTCAGAGACTTTTGAAACTCTAAACT-T-TGTGTTTATGTCTTTGCGTTACTT 2712
|||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2635 AATGAGTTTCAGAGACTTCTGAAACCCTAAACTCTCTGTGTTTATGTTTTTGCGTTACTT 2694
Query 2713 GCAT 2716
||||
Sbjct 2695 GCAT 2698
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104710083505
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5