BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32230.1
Length=1942
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933784 jgi|Araly1|933784|scaffold_401772.1 2889 0.0
> Ahg933784 jgi|Araly1|933784|scaffold_401772.1
Length=1765
Score = 2889 bits (1564), Expect = 0.0
Identities = 1701/1768 (96%), Gaps = 6/1768 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 118 TTCTTCAACAAGCTTGAGAGCAAAGTTATGCTGCGTTTAACTTGTTTTACACCTTCTTTT 177
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1 TTCTTCAAC-AGCTTGAGAGCAAAGTTATGCTGCGTTTAACTTGTTTTACTCCTTGTTTT 59
Query 178 TCTCGAGCGTGTTGTCCTTTATTTGCAATGATGCTCAAAGTCCCATCTGTTCATCTCCAC 237
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TCTCGGGCGTGTTTTCCTTTATTTGCAATGATGCTCAAAGTCCCATCTGTTCATCTCCAC 119
Query 238 CATCCTAGATTTTCTCCATTTCGTTTCTACCATACTTCCTTACTTGTGAAAGGCACCAGA 297
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 120 CATCCTAGATTTTCTCCATTTCGTTCCTACCATACTTCCTTACTTGTGAAAGGCACCCGA 179
Query 298 GATAGACGTCTTATTCTTGTTGAGCGTAGCAGACATCTATGTACATTGCCTCTCGCTGCT 357
|||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 180 GATAGACGACTCATTCTTCTTGAGCGTAGCAGACATCTATGTACAATGCCCCTCGCTGCT 239
Query 358 GCTAAACAATCAGCAGCTTCTCCTTCTGAAAACTTATCGAGGAAAGCGAAGAAGAAAGCT 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GCTAAACAATCAGCAGCTTCTCCTTCTGAAAACTTATCGAGGAAAGCGAAGAAGAAAGCT 299
Query 418 ATTCAACAGTCTCCTGAAGCATTGCTGAAACAAAAGCTAGATATGTGCTCTAAGAAAGGT 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATTCAACAGTCTCCTGAAGCATTGCTGAAACAAAAGCTAGATATGTGCTCTAAGAAAGGT 359
Query 478 GATGTCTTGGAAGCTCTTCGCTTGTATGATGAGGCAAGACGCAATGGCGTGCAGCTTAGC 537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 360 GATGTCTTGGAAGCTCTTCGCTTGTATGATGAGGCAAGACGCAATGGCGTGCAGCTCAGC 419
Query 538 CAGTACCATTATAATGTGTTGCTTTATGTATGCTCGTTGGCTGAGGCAGCAACAGAGTCG 597
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 420 CAGTACCATTATAATGTATTGCTTTATGTATGCTCGTTGGCTGAGGCAGCAACTGAGTCT 479
Query 598 TCTCCAAATCCAGGGCTTAGTAGGGGTTTTGATATTTTTAAGCAGATGATTGTTGATAAA 657
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 480 TCTCCAAACCCAGGGCTTAGTAGGGGTTTTGATATATTTAAGCAGATGATTGTTGACAAA 539
Query 658 GTTGTTCCCAATGAAGCTACATTTACAAACGGTGCTAGACTCGCAGTTGCAAAGGATGAC 717
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GTTGTTCCCAATGAAGCTACATTTACAAACGGGGCTAGACTCGCAGTTGCAAAGGATGAC 599
Query 718 CCGGAAATGGCTTTCGATATGGTGAAACAGATGAAAGCCTTTGGTATTCAACCAAGGTTG 777
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CCGGAAATGGCTTTTGATATGGTGAAACAGATGAAAGCCTTTGGTATTCAACCAAGGTTG 659
Query 778 AGATCCTATGGACCTGCCCTTTTTGGTTTCTGTAGGAAAGG-TGATGCAGACAAAGCTTA 836
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 660 AGATCATATGGACCAGCCCTTTTTGGTTTCTGTAG-AAAGGGTGATGCAGACAAAGCTTA 718
Query 837 TGAAGTCGATGCGCATATGGTTGAATCAGAGGTAGTCCCTGAAGAACCTGAGCTTGCTGC 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TGAAGTCGATGCGCATATGGTTGAATCAGAGGTAGTCCCTGAAGAACCTGAGCTTGCTGC 778
Query 897 TCTTTTGAAAGTTAGTATGGATACAAAGAACGCAGACAAGGTCTATAAGACGTTGCAGCG 956
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 779 TCTTTTGAAAGTTAGTATGGATACAAAGAACGCAGACAAGGTCTATAAGACGCTGCAGCG 838
Query 957 ATTGAGAGATTTGGTGAGACAGGTTTCTAAATCGACTTTTGATATGATTGAGGAGTGGTT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GTTGAGAGATTTGGTGAGACAGGTTTCTAAATCGACTTTTGATATGATTGAGGAGTGGTT 898
Query 1017 TAAATCTGAAGTAGCTACAAAAACTGGAGTGAAGAAATGGGATGTGAAGAAAATAAGGGA 1076
||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TAAATCTGAAGCAGCTACAAAAGCTGGAGTTAAGAAATGGGATGTGAAGAAAATAAGGGA 958
Query 1077 TGCGGTTGTGAGTGGTGGTGGTGGGTGGCATGGACAAGGATGGCTGGGGACTGGCAAATG 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 959 TGCGGTTGTGAGTGGTGGTGGTGGGTGGCATGGACAGGGATGGCTTGGGACTGGCAAATG 1018
Query 1137 GAATGTGAAAAGAACAGAGATGGATGAGAATGGTGTATGTAAATGTTGCAAAGAGAAGCT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GAATGTGAAAAGAACAGAGATGGATGAGAATGGTGTGTGTAAATGTTGCAAAGAGAAGCT 1078
Query 1197 TGTTTGTATTGATATCAATCCGGTTGAGACAGAAACCTTTGCTGCATCGTTGACCCGATT 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TGTTTGTATTGATATCAATCCGGTTGAGACAGAAACCTTTGCTGCATCGTTGACCCGATT 1138
Query 1257 GGCATGTGAAAGAGAAGTCAAGGCTAATTTTAATCAGTTTCAGGAATGGCTGGAAAGACA 1316
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGCCTGTGAAAGAGAAGTCAAAGCTAATTTTAATCAGTTTCAGGAATGGCTGGAAAGACA 1198
Query 1317 TGGACCGTTTGATGCAGTCATTGATGGAGCCAACATGGGCTTAGTCAACCAGCGCAGTTT 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TGGACCGTTTGATGCAGTCATTGATGGAGCCAACATGGGTTTAGTCAACCAGCGCAGTTT 1258
Query 1377 CAGCTTCTTCCAGCTTAACAACACTGTCCAAAGATGCCAACAAATAAGCCCGTCGAAAAG 1436
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAGCTTTTTCCAGCTTAACAATACTGTCCAAAGATGTCAACAAATAAGCCCGTCGAAAAG 1318
Query 1437 GTTACCACTTGTGATCCTGCACAAGAGTCGTGTAAATGGAGGTCCAGCTACATACCCTAA 1496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1319 GTTACCACTTGTGATCCTGCACAAGAGTCGTGTAAATGGAGGTCCAGCAACTTACCCTAA 1378
Query 1497 AAACAGAGCCTTGCTAGAGAAATGGAAAAACGCTGGTGCTCTCTATGCTACCCCTCCTGG 1556
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1379 AAACAGAGCCTTGCTAGAGAAATGGAAAAATGCCGGTGCTCTCTACGCTACTCCTCCTGG 1438
Query 1557 CTCAAACGATGATTGGTATTGGCTTTACGCTGCGGTAAGTTGCAAATGTTTGTTAGTAAC 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| || || ||
Sbjct 1439 CTCAAACGATGATTGGTATTGGCTTTACGCTGCAGTAACTTGCAAGTGTTTATTGGTGAC 1498
Query 1617 AAACGATGAGATGAGAGACCATCTCTTCCAGTTACTTGGAAATAGTTTCTTCCCAAGGTG 1676
||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAACGATGAGATGAGAGACCACCTCTTTCAATTACTAGGAAATAGTTTCTTCCCAAGGTG 1558
Query 1677 GAAAGAGAAGCATCAGGTTCGGATCTCTGTCA-CTAGAGAAGATGGACTCAAACTTAATA 1735
|||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1559 GAAAGAGAAGCATCAGGTTCGGATCTCTGT-ATCAAGAGAAGATGGACTCACACTTCATA 1617
Query 1736 TGCCACCTCCATACTCCATTGTTATACAGGAGTCTGAAGATGGAACCTGGCATGTACCAA 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 1618 TGCCACCTCCATACTCCATTGTTATACAGGAGTCTGAAGATGGAACATGGCATGCCCCAA 1677
Query 1796 TGAGCGTAGAAGATGATCTCCAAACATCAAGGCAATGGTTATGCGCAAAAAGATCCAAAA 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TGAGCGTAGAAGATGATCTCCAAACATCAAGGCAATGGTTATGCGCAAAAAGATCCAAAA 1737
Query 1856 CACCTTGAAtttttttAATC-CTTGTTG 1882
||||||||| ||||| | || |||||||
Sbjct 1738 CACCTTGAAATTTTTCATTCTCTTGTTG 1765
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72980909420
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5