BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32400.1
Length=3261
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482168 jgi|Araly1|482168|fgenesh2_kg.4__1228__AT2G32400.1 4894 0.0
Ahg947434 jgi|Araly1|947434|scaffold_703663.1 1493 0.0
> Ahg482168 jgi|Araly1|482168|fgenesh2_kg.4__1228__AT2G32400.1
Length=3201
Score = 4894 bits (2650), Expect = 0.0
Identities = 3029/3212 (94%), Gaps = 25/3212 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 62 GATGAATTTCTGGGCATGATTTGATCTCTCTAG-TTTTGTTTCTCTTCCTTTA-GTA--- 116
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| | |
Sbjct 1 GATGAATTTCTGGGCATGATTTGATCTCTCAAGTTTTTGTTTTTCTTCCTTTAGGAAGGT 60
Query 117 ATCTCCTGTCAAATCATGGTTTTTTAAAAAAGATAGTTCTTGACTTCTCTTGTTAAAAAT 176
|||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 61 ATCTCCAGTCAAATCATGGTTTTTT------TTTAGTTCTCGACTTCTCTTGTTAATAAT 114
Query 177 TCGTTGCGTTGTCGTAAAATTTCCCTTTTTTAACTTATGCCTACAAAGTGTTTGCGTATA 236
||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 115 TCGTTGCTTTGTCGTAAAATTTCCCTTTTTAAACTTATGCCTGCAAAGTGTTTGTGTATA 174
Query 237 TTCCGCAGAGAGAACCAGAAGGTAGCTCAAAGAGGTCAAAGTTGGAAACTTTACCTTGCT 296
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 175 TTCCGCAGAGAGAACCTGAAGGTTGCTCAAAGAGGTCAAAGTTGGAAATTTTACCTTGCT 234
Query 297 TAGTTCTCTAATCTTCTCATCCTCAATGCTGAATGAAGAGTTGCTAGATTTAAATGAGAT 356
||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 235 TAGTTCTCTTTTCGTATCATCCTCAATGCTGAATGAAGAGACGCTAGATTTAAAAGAGAT 294
Query 357 GGTTCTAGTTCCAACACAAACTA-TCTGAAGTGGTCCTTACTTTGATTGCATTATCTCCA 415
||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 295 GGTTCTAGTTCCAACACAAACTATTTTGAACTGGTCCTTACTTTGATTGCATTGTCTCCA 354
Query 416 TGGGACTGGGCATTGACCCATCTGTCGCTATTACGGCACTGATTGTGGTCATTCTGGTGG 475
|||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 355 TGGGGCTGGGCGTTGACCCATTTGTGGCTATTACGGCACTGATTCTGGTCATTCTGGTGG 414
Query 476 TTCCAATGGATTGCCAAAGACCTCAACTGGTGAACATCGGTGCTGTTTTTGCTTTTGATT 535
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 415 TTCCAATGGATTGCCAAAGGCCTCAAGTGGTGAACATCGGTGCTGTTTTCGCTTTTGATT 474
Query 536 CGGTTATCGGAAGAGCTGCAAAAGTAGCTCTAGAGGCAGCTGTTTCCGATGTGAACAATG 595
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 475 CGGTTGTCGGAAGAGCTGCAAAAGTAGCTCTCGAGGCAGCTGTCTCCGATGTCAACGCTG 534
Query 596 ATAAAAGCTTTCTCAAAGAAACGGAGCTACGGCTAT-TAATGGAGGATTCTGCCTGCAAT 654
| || | ||||||||| |||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 535 ACCCAACCGTTCTCAAAGGAACGAAGCTACGGCT-TCTCATGGAGGATTCTGCCTGCAAT 593
Query 655 GTCTTTCGTGGGTCCTTTGGAGCTTTTGAATTGCTTGAGAAAGAAGTGGTGGCTATGATC 714
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GTCTTCCGTGGGTCCTTTGGAGCTTTTGAATTGCTTGAGAAAGAAGTGGTGGCTATGATC 653
Query 715 GGTCCAATTTCATCCTCTGTTGCTCATACAATTTCCGATATTGCAAAAGGGCTCCACTTT 774
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 GGTCCAATTTCATCCTCTGTTGCTCATACAATATCCGATATTGCAAAAGGGCTCCACTTT 713
Query 775 CCTCTTGTCTCATTTGCAGCAACTGATCCAACTCTCTCTGCCCTCCAATTTCCCTTCTTT 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 CCTCTTGTCTCATTTGCAGCAACTGATCCAACTCTCTCTGCCCTCCAATTTCCCTTCTTT 773
Query 835 CTTCGGACTACACCTAATGATGCCCACCAAATGTCTGCCCTTGTGGATCTTATCAATTTT 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 CTTCGGACTACACCTAATGATGCCCACCAAATGTCTGCCCTTGTGGATCTTATCAATTTT 833
Query 895 TATGGATGGAAAGAAGTGATCTCAGTTTACTCGGATGATGAGCTCGGAAGAAATGGAGTT 954
||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 834 TATGGTTGGAAAGAGGTGATATCAGTTTACTCTGATGATGAGCTCGGAAGAAATGGAATT 893
Query 955 TCTGCTCTAGATGATGAACTGTACAAGAAAAGATCCAGAATTTCCTATAAAGTGCCGCTC 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 TCTGCTCTAGATGATGAACTGTACAAGAAAAGATCCAGAATTTCCTATAAAGTGCCGCTC 953
Query 1015 TCAGTTCATTCTGATGAAAAATTCCTTACTAATGCTTTGAACAAATCCAAGTCCATCGGT 1074
||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 TCAGTGCATTCTGATGAAAAAGTCCTTACTGATGCTTTGAACAAATCCAAGTCCATCGGT 1013
Query 1075 CCTCGAGTTTATATTCTTCATTTTGGTCCGGACCCATTGCTCAGAATTTTTGATATAGCG 1134
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 CCTCGGGTTTATATTCTTCATTTTGGTCCAGACCCATTGCTCAGAATTTTTGATATAGCG 1073
Query 1135 CAAAAGCTGCAGATGATGACCCATGAATACGTATGGCTCGCCACAGACTGGCTCTCTGTT 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1074 CAAAAGCTGCAGATGATGACCCATGAATACGTGTGGCTCGCCACAGACTGGCTCTCAGTT 1133
Query 1195 ACCTTAGATTCTT-T--GAGTGACAAAGGTACTCTAAAACGCCTTGAAGGAGTAGTGGGG 1251
|| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1134 ACTTTAGATTCTTCTTTGAGTGACAAAGGTACTTTAAAACGTCTTGAAGGAGTAGTGGGG 1193
Query 1252 CTTCGTCAACATATCCCAGAATCCGTAAAGATGGAACATTTCACGCATAAACTGCAGAGC 1311
||||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 1194 CTTCGTCAACACATCCCAGAATCCGAAAAGGTGCAACATTTCGCACAGAAACTGCAGAGC 1253
Query 1312 AACAGATCAATGAATGCCTACGCATTACATGCCTATGATACAGTGTGGATGATTGCGCAT 1371
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1254 AACAGATCAATGAATGCCTACGCATTCCATGCCTATGATACAGTGTGGATGATTGCATAT 1313
Query 1372 GGCATCGAGGAA-TTGCTGAATGAAGGAATCAACATAACGTTTTCTTACTCCGAAAAGTT 1430
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GGCATCGAG-AAGTTGCTGAATGAAGGAATCAACATAACGTTTTCTTACTCCGAAAAGTT 1372
Query 1431 ACTTCATGCACGGGGAACCAAACTGCACTTGGAGAAAATCAAATTTTTCAACAGTGGGGA 1490
|||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1373 ACTTCATGCACGAGGAACTAAACTGCACCTGGAGAAAATCAAATTTTTCAACAGCGGGGA 1432
Query 1491 GTTACTACTTGAGAAACTTCTGAAAGTAAACTTTACTGGTATAGCCGGTCAAGTTCAGTT 1550
| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 GCTACTACTTGAGAAACTTCTGAAGGTGAACTTCACTGGTATAGCCGGTCAAGTTCAGTT 1492
Query 1551 TGGTTCTGGCCGAAACGTTATCGGCTGTGACTACGAAATTATCAATGTAAACAAAACCGA 1610
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1493 TGGTTCTGGCCGAAACGTCATTGGCTGTGACTACGAAATTATCAATGTAGACAAAACCGG 1552
Query 1611 TGTTCATACTGTCGGTTTCTGGTCGAAAAATGGAGGCTTTTCGGTTGTAGCCCCAAAAAC 1670
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1553 TGTTCATACTGTGGGTTTCTGGTCGGAAAATGGAGGCTTTTCGGTTGGAGCCCCAAAAAC 1612
Query 1671 CCGTCATTCACAGAAGAAGACTAGCTTTGTTTCTGATGAAAAACTTGGAGATATAACCTG 1730
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1613 CCGACATTCACAGAAGAAGACTAGCTTTGTTTCTGATGAAAAACTTGGAGACATAACCTG 1672
Query 1731 GCCTGGTGGTGGCCGTGAAAAGCCACGTGGTTGGGTCATTGCAGATTCTGCAGATCCATT 1790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 GCCTGGTGGTGGCCGTGAAAAGCCACGTGGTTGGGTCATTGCAGATTCTGCAGATCCATT 1732
Query 1791 GAAGATTGTTGTCCCGAGAAGAGTGAGTTTTGTCGAGTTTGTGACTGAAGAAAAGAACAG 1850
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 GAAGATTGTTGTCCCAAGAAGAGTGAGTTTTGTTGAGTTTGTGACTGAAGAAAAGAACAG 1792
Query 1851 TAGCCATCGGATCCAAGGATTTTGCATCGATGTCTTCATTGAAGCATTAAAGTTCGTCCC 1910
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1793 TAGCCATCGGATCCAAGGATTTTGCATCGACGTCTTCATTGAAGCATTGAAGTTCGTCCC 1852
Query 1911 TTACAGTGTTCCTTACATATTTGAGCCTTTCGGGAATGGTCATTCAAGTCCTAATTACAA 1970
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 TTACAGTGTTCCTTACATATTTGAGCCATTCGGGAATGGTCATTCAAGTCCTAATTACAA 1912
Query 1971 CCACCTTATTCAAATGGTCACGGATGGTGTATATGATGCTGCTGTTGGGGATATTGCAAT 2030
||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 CCAGCTTATTCAAATGGTCACAGATGGCGTATATGATGCAGCTGTTGGGGATATTGCAAT 1972
Query 2031 AGTCCCAAGCCGGTCCAAGTTAGTGGATTTCTCGCAGCCATATGCTTCCACAGGCCTTGT 2090
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 AGTCCCAAGCCGGTCCAAATTAGTGGATTTCTCGCAACCATATGCTTCCACAGGCCTTGT 2032
Query 2091 AGTGGTGATTCCTGCTAATGATGACAATGCGACTTGGATCTTTCTGAGACCCTTCACCAG 2150
||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 GGTGGTGATTCCAGCCAATGATGACAATGCAACTTGGATCTTTCTGAGACCCTTCACCAT 2092
Query 2151 CCGGTTATGGTGTGTTGTTCTAGTTTCATTCCTGGTTATTGCCGTAGTCATCTGGATCCT 2210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 CCGGTTATGGTGTGTTGTTCTAGTTTCATTCCTGGTTATTGCCGTAGTCATCTGGATCCT 2152
Query 2211 CGAACATCGCATCAATGAAGATTTCAGAGGGCCACCCCGAAGACAACTCAGCACAATGCT 2270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |
Sbjct 2153 CGAACATCGCATCAATGAAGATTTCAGAGGGCCACCCCGAAGACAATTGACCACAATGAT 2212
Query 2271 CTTGTTCAGCTTCTCAACTCTTTTCAAGAGAAACCAGGAAGATACAATAAGTAATCTAGC 2330
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2213 CTTATTCAGCTTTTCAACTCTTTTCAAGAGAAACCAGGAAGATACGATAAGCAATCTAGC 2272
Query 2331 AAGACTAGTGATGATTGTATGGCTCTTCCTATTGATGGTTCTAACCGCGAGCTACACAGC 2390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2273 AAGACTAGTGATGATTGTATGGCTCTTCCTATTGATGGTTCTAACTGCGAGCTACACAGC 2332
Query 2391 GAACCTCACCTCAATCCTCACAGTTCAACAGCTTCCCTCTGCTATTACCGGTATTGATAG 2450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||
Sbjct 2333 GAACCTCACCTCAATCCTCACAGTTCAACAGCTTCCTTCTGCCATTACCGGCATCGACAG 2392
Query 2451 CTTGCGGGCAAGTGAGGTACCTATCGGGTACCAGGCTGGGACGTTCACTTTAGAGTATTT 2510
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2393 CTTGCGGGCAAGTGAAGTGCCTATCGGGTACCAGGCTGGGACATTCACATTAGAGTATTT 2452
Query 2511 AACCTACAGTCTTGGCATGGCTCGGTCTAGACTGGTCCCACTTGACTCGACCGAGGAGTA 2570
|||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 AACCTACAGTCTTGGCATGGCTCGCTCTAGGCTAGTCCCACTTGACTCGACCGAGGAGTA 2512
Query 2571 TGAAAAGGCTCTAAAGCTGGGGCCAACCAATTGGGGAGGTGTTGCTGCCATTGTCGACGA 2630
|||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2513 TGAAAAGGCTCTAAAGCTAGGACCAACCAACTGGGGAGGTGTGGCTGCTATTGTCGACGA 2572
Query 2631 ACTCCCTTACATCGAACTGTTTCTAGCAGAACGAACAGGCTTCAAGATTGTTGGAGAACC 2690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2573 ACTCCCTTACATCGAACTGTTTCTAGCAGAACGAACAGGCTTCAAGATTGTCGGAGAGCC 2632
Query 2691 CTTTATGCACCGTGGTTGGGGATTTGCGTTTAAGAGAGATTCTCCATTGGCTATAGACAT 2750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2633 CTTTATGCACCGTGGTTGGGGATTTGCGTTTAAGAGAGATTCTCCACTGGCTATAGACAT 2692
Query 2751 GTCAACAGCTATCTTGAAACTCTCTGAGACGAGGAAATTGCAAGAAATTCGAAAGAAATG 2810
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2693 GTCAACAGCTATCTTGAAACTCTCTGAGACCAGGAAATTGCAAGAGATTCGAAAGAAATG 2752
Query 2811 GTTATGCAAGACGAATTGCGCAGGGAAATCAAATTGGAACCCAGAGCCAAACCAGCTTCA 2870
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 GTTATGCAAGAAGAATTGCGCAGAGAAATCAAATTGGAACCCAGAGCCAAACCAGCTTCA 2812
Query 2871 TCTCAAAAGCTTCAAAGGGCTGTACCTTGTCTGCATTGCAATCACAGTCTCTGCGTTTTT 2930
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2813 TCTCAAGAGCTTCAAAGGGTTGTACCTTGTCTGCATTGCAATCACAGTCTCTGCGTTTAT 2872
Query 2931 GGTGTTTGTTCTCAGGATGATACGCCAGTTCGTGCGGTACAGACGGATGGAGAGAACATC 2990
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 AGTGTTTGTTCTCAGGATGATACGCCAATTTGTGCGGTACAGACGGATGGAGAGAACATG 2932
Query 2991 CTCGATGCCACGCGCTTCTTGGTCAG-CTTCTCCTAC-ATTGCGG-TTGAGAGAATTAGT 3047
|||| ||||||||||||||||||| | |||||||| | || |||| || |||||||| ||
Sbjct 2933 CTCGTTGCCACGCGCTTCTTGGTC-GTCTTCTCCTTCGAT-GCGGCTT-AGAGAATTGGT 2989
Query 3048 GTTTGATTTTGTGGAGTTTGTGGATGAGAAAGAAGAAGCTATTAAGAGAATGTTCAGAAG 3107
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2990 GTTTGATTTCGTGGAGTTTGTGGATGAGAAAGAAGAAGCTATCAAGAGAATGTTCAGAAG 3049
Query 3108 AAGCGATGACTCTAATAACAACCCATCTCATGTAGGGGAAGTCCAAGCTGATACTGAGGT 3167
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3050 GAGTGATGACTCTAATAACAACCCATCTCATGTTGGGGAAGTCCAAGCTGATACAGAGGT 3109
Query 3168 ACCACGAAATTGATGAGTAGATTCCACTCTATAGGAAGAAAATTGTTATGTATAAGAACT 3227
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 3110 ACCACGAAATTGATGAGTAGATTCCACTCTATAGGAAGAAAATTGTTATGTATATGAATT 3169
Query 3228 AGATATAGCTAACATGTAAGTCAATATTCGAA 3259
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170 AGATATAGCTAACATGTAAGTCAATATTCGAA 3201
> Ahg947434 jgi|Araly1|947434|scaffold_703663.1
Length=1441
Score = 1493 bits (808), Expect = 0.0
Identities = 920/975 (94%), Gaps = 3/975 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1992 GGATG-GTGTATATGATGCTGCTGTTGGGGATATTGCAATAGTCCCAAGCCGGTCCAAGT 2050
||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 418 GGATGATTGCATATGATGCAGCTGTTGGGGATATTGCAATAGTCCCAAGCCGGTCCAAAT 477
Query 2051 TAGTGGATTTCTCGCAGCCATATGCTTCCACAGGCCTTGTAGTGGTGATTCCTGCTAATG 2110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
Sbjct 478 TAGTGGATTTCTCGCAGCCATATGCTTCCACAGGCCTTGTGGTGGTGATTCCAGCTAACG 537
Query 2111 ATGACAATGCGACTTGGATCTTTCTGAGACCCTTCACCAGCCGGTTATGGTGTGTTGTTC 2170
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 538 ATGACAATGCAACTTGGATCTTTCTGAGACCCTTCACCATCCGGTTATGGTGTGTTGTTC 597
Query 2171 TAGTTTCATTCCTGGTTATTGCCGTAGTCATCTGGATCCTCGAACATCGCATCAATGAAG 2230
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TAGTTTCATTCTTGGTTATTGCCGTAGTCATCTGGATCCTCGAACATCGCATCAATGAAG 657
Query 2231 ATTTCAGAGGGCCACCCCGAAGACAACTCAGCACAATGCTCTTGTTCAGCTTCTCAACTC 2290
|||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 658 ATTTCAGAGGGCCACCCCGAAGACAATTGACCACAATGATCTTATTCAGCTTCTCAACTC 717
Query 2291 TTTTCAAGAGAAACCAGGAAGATACAATAAGTAATCTAGCAAGACTAGTGATGATTGTAT 2350
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TTTTCAAGAGAAACCAGGAAGATACGATAAGCAATCTAGCAAGACTAGTGATGATTGTAT 777
Query 2351 GGCTCTTCCTATTGATGGTTCTAACCGCGAGCTACACAGCGAACCTCACCTCAATCCTCA 2410
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GGCTCTTCCTATTGATGGTTCTAACTGCGAGCTACACAGCGAACCTCACCTCAATCCTCA 837
Query 2411 CAGTTCAACAGCTTCCCTCTGCTATTACCGGTATTGATAGCTTGCGGGCAAGTGAGGTAC 2470
|||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| | |
Sbjct 838 CAGTTCAACAGCTTCCTTCTGCCATTACCGGCATCGACAGCTTGCGGGCAAGTGAATTGC 897
Query 2471 CTATCGGGTACCAGGCTGGGACGTTCACTTTAGAGTATTTAACCTACAGTCTTGGCATGG 2530
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CTATCGGGTACCAGGCTGGGACATTCACATTAGAGTATTTAACCTACAGTCTTGGCATGG 957
Query 2531 CTCGGTCTAGACTGGTCCCACTTGACTCGACCG-AGGAGTATGAAAAGGCTCTAAAGCTG 2589
|||| ||||| || ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CTCGCTCTAGGCTAGTCCCACTTGACTCGACGGTAG-AGTATGAAAAGGCTCTAAAGCTA 1016
Query 2590 GGGCCAACCAATTGGGGAGGTGTTGCTGCCATTGTCGACGAACTCCCTTACATCGAACTG 2649
|| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GGACCAACCAACTGGGGAGGTGTGGCTGCTATTGTCGACGAACTCCCTTACATCGAACTG 1076
Query 2650 TTTCTAGCAGAACGAACAGGCTTCAAGATTGTTGGAGAACCCTTTATGCACCGTGGTTGG 2709
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TTTCTAGCAGAACGAACAGGCTTCAAGATTGTCGGAGAGCCCTTTATGCACCGTGGTTGG 1136
Query 2710 GGATTTGCGTTTAAGAGAGATTCTCCATTGGCTATAGACATGTCAACAGCTATCTTGAAA 2769
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GGATTTGCGTTTAAGAGAGATTCTCCACTGGCTATAGACATGTCAACAGCTATCTTGAAA 1196
Query 2770 CTCTCTGAGACGAGGAAATTGCAAGAAATTCGAAAGAAATGGTTATGCAAGACGAATTGC 2829
||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1197 CTCTCTGAGGCCAGGAAATTGCAAGAGATTCGAAAGAAATGGTTATGCAAGAAGAATTGC 1256
Query 2830 GCAGGGAAATCAAATTGGAACCCAGAGCCAAACCAGCTTCATCTCAAAAGCTTCAAAGGG 2889
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1257 GCAGAGAAATCAAATTGGAACCCAGAGCCAAACCAGCTTCATCTCAAGAGCTTCAAAGGG 1316
Query 2890 CTGTACCTTGTCTGCATTGCAATCACAGTCTCTGCGTTTTTGGTGTTTGTTCTCAGGATG 2949
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TTGTACCTAGTCTGCATTGCAATCACAGTCTCTGCGTTTATAGTGTTTGTTCTCAGGATG 1376
Query 2950 ATACGCCAGTTCGTG 2964
|||||||| || |||
Sbjct 1377 ATACGCCAATTTGTG 1391
Score = 363 bits (196), Expect = 6e-99
Identities = 238/258 (92%), Gaps = 4/258 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1114 CTCAG-AATTTTTGATATAGCGCAAAAGCTGCAGATGATGACCCATGAATACGTATGGCT 1172
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 170 CTCAGTAATTTTTGATATAGCGCAAAAGCTGCAGATGATGACCCATGAATACGTGTGGCT 229
Query 1173 CGCCACAGACTGGCTCTCTGTTACCTTAGATTCTT-TG-A-GTGACAAAGGTACTCTAAA 1229
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | | ||||||||||| || ||||
Sbjct 230 CGCCACAGACTGGCTCTCAGTTACTTTAGATTCTTCTTTAAGTGACAAAGGTGCTTTAAA 289
Query 1230 ACGCCTTGAAGGAGTAGTGGGGCTTCGTCAACATATCCCAGAATCCGTAAAGATGGAACA 1289
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||
Sbjct 290 ACGTCTTGAAGGAGTAGTGGGGCTTCGTCAACACATCCCAGAATCCGCAAAGGTGCAACA 349
Query 1290 TTTCACGCATAAACTGCAGAGCAACAGATCAATGAATGCCTACGCATTACATGCCTATGA 1349
|||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 350 TTTCGCACAGAAACTGCAGAGCAAGAGATCAATGAATGCCTACGCATTCCATGCCTATGA 409
Query 1350 TACAGTGTGGATGATTGC 1367
||||||||||||||||||
Sbjct 410 TACAGTGTGGATGATTGC 427
Score = 296 bits (160), Expect = 6e-79
Identities = 170/175 (97%), Gaps = 0/175 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 845 CACCTAATGATGCCCACCAAATGTCTGCCCTTGTGGATCTTATCAATTTTTATGGATGGA 904
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1 CACCTAATGATGCCCACCAAATGTCTGCCCTTGTGGATCTTATCGATTTTTATGGTTGGA 60
Query 905 AAGAAGTGATCTCAGTTTACTCGGATGATGAGCTCGGAAGAAATGGAGTTTCTGCTCTAG 964
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAGGTGATATCAGTTTACTCAGATGATGAGCTCGGAAGAAATGGAGTTTCTGCTCTAG 120
Query 965 ATGATGAACTGTACAAGAAAAGATCCAGAATTTCCTATAAAGTGCCGCTCTCAGT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATGATGAACTGTACAAGAAAAGATCCAGAATTTCCTATAAAGTGCCGCTCTCAGT 175
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123078191082
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5