BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32415.1
Length=2881
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg320982 jgi|Araly1|320982|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001039 4239 0.0
> Ahg320982 jgi|Araly1|320982|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001039
Length=2676
Score = 4239 bits (2295), Expect = 0.0
Identities = 2559/2686 (95%), Gaps = 20/2686 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 ATGGAGCTCAAAGAAAAGGCTAAAGTCGTAATTACCGTAGCTTCTCTGGTGGCGGTGACA 95
|||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGTCAGAGAAAAGGCCAAAATCGTAATTACCGTAGCTTCTCTGGTGGCGGTGACA 60
Query 96 ATTCTGTTCGTGACGGAGTATCGCCGGCGCCGCCAGAGGAGGAAGCAGACATCTTC-T-T 153
||||||||||| |||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||| | |
Sbjct 61 GTTCTGTTCGTGGCGGAGTATCG-C--CGCCGCCACATGAGGAAGCAGACATCTTCTTCT 117
Query 154 -TAAGCTCGTGTTATCTGCATTCTGAGCTGAAGCCTCAGTTTGGTTTTAAACGTGTTCTT 212
|||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 118 CTAAGCTCGTGTTATCTGCATTCCGAGCTGAAGTCGCAGTTTGGTTTCAAACGTGTTCTT 177
Query 213 GCGGATAACTCTTATTCTGAATTCAAACACTTGAAGCTCGTTGATGCTTCTTCTTCTTCC 272
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||
Sbjct 178 GCGGATAACTCTTATTCTGAATTCAAACACTTGAAGCTCGATGATGCTTCTTC--C-TCC 234
Query 273 TTAGAGAAACCTTCGAATGGTCATCCATATGAAACTGAGATCACTGTTTTGTTAGAGAAT 332
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 TTAGAGAATTCTTCGAATGGTCATCCATATGAAACTGAGATCACTGTTTTGTTAGAGAAT 294
Query 333 CCTCAGATTGAGTTTGGATTTTTGAGAGGAGAGTGTTCATTGGAAATGAGTGATTCATAT 392
|||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 295 CCTCGGATTGAATTTGGATTTTTGAGAGGAGAGTATTCATTGGAATTGAGTGATTCATAT 354
Query 393 GTGTGGGTTGAGACAGAGTCGCAGTTAAAGGAACTTGCAGAAATATTAGCAAAAGAACAA 452
|||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 355 GTGTGGGTTGAGACGGAGTTGCAGTTAAAAGAACTTGCAGAAATATTGGCAAAAGAAAAA 414
Query 453 GTTTTTGCGGTTGACACTGAGCAGCATAGTTTGCGGTCGTTTCTTGGTTTCACTGCTCTA 512
||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GTTTTTGCGGTGGATACTGAGCAGCATAGTTTCCGGTCGTTTCTTGGTTTCACTGCTCTA 474
Query 513 ATTCAGATTTCTACACATGAGGAAGACTTTTTGGTGGACACAATTGCGTTACATGATGTA 572
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 475 ATTCAGATTTCTACACACGAGGAAGATTTTTTGGTGGACACAATTGCATTACATGATGCA 534
Query 573 ATGAGTATTCTTCGTCCTGTTTTCTCTGATCCTAATATTTGTAAGGTGTTTCACGGGGCT 632
||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 535 ATGAGTATTCTTCGTCCTGTTTTTTCTGAACCCAATATCTGCAAGGTGTTTCACGGGGCT 594
Query 633 GACAACGATGTTATCTGGCTTCAAAGAGACTTCCATATATATGTTGTTAATATGTTTGAT 692
|| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GATAACGATGTTCTCTGGCTTCAGAGAGACTTCCATATATATGTTGTTAATATGTTTGAT 654
Query 693 ACTGCCAAGGCATGTGAAGTGTTGTCAAAGCCTCAACGATCACTGGCATACTTACTTGAG 752
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 655 ACTGCCAAGGCATGTGAGGTGTTGTCAAAGCCTCAACGGTCACTGGCATACTTACTTGAG 714
Query 753 ACAGTATGTGGAGTGGCTACTAACAAATTGCTGCAGCGTGAAGATTGGAGACAGCGTCCT 812
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 715 ACAGTATGTGGAGTGGCTACTAACAAATTGTTGCAGCGTGAAGATTGGAGGCAACGTCCT 774
Query 813 CTGTCCGAAGAGATGGTGCGATATGCTAGAACAGATGCACACTATCTGCTTTATATTGCA 872
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 775 CTGTCTGAAGAGATGGTGCGATATGCTAGAACAGATGCACACTATCTGCTCTATATTGCA 834
Query 873 GATAGTTTGAC-AACTGAACTCAAACAATTAGCCACT---GATTCATCTAGCCCCGATGA 928
||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 835 GATAGTTTGACTGA-TGAACTCAAACAACTAGCCACTGAAGATTCATCTAGCCCAGATGA 893
Query 929 CAGATTCCATTTTCTTCTCGAGGCTAGTAGGCGGTCAAACATGACCTGTTTGCAATTGTA 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 CAGATTCCATTTTCTTCTCGAGGCTAGTAGGCGGTCAAACATGACCTGTTTGCAATTGTA 953
Query 989 CACGAAAGAAACTGAAGATTTTCCTGGTAGTGCTGCGT-CTTCCTCAATAATTTATCGGC 1047
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 954 CACAAAAGAAACCGAAGATTTTCCTGGTAGTGCTGC-TGCTTCCTCAATAATTTATCGGC 1012
Query 1048 ATTTAAACGGACACGGAGATAAGTCTAACATCTCCTTGAACGCAGAAGAGCTTGTTAGGA 1107
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1013 ATTTAAACGGACACGGAGATAATTCTAACATATCCTTGAACGCAGAAGAGCTCGTTAGGA 1072
Query 1108 AGCTTTGTGCATGGAGAGATTTAATGGGACGGATTCATGATGAAAGCACGCGATATGTGT 1167
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 1073 AACTTTGTGCATGGAGAGATTTAATGGGACGGATTCATGATGAGAGTACTCGATATGTGT 1132
Query 1168 TATCTGACCAAGCTATAGTTGGTCTTTCTTGTAAGCAGCCAACTACAACCGAAGAGATAT 1227
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1133 TATCTGACCAAGCTATAGTTGCTCTTGCTTGTAAGCAGCCAACTACAAACGAAGAGATAT 1192
Query 1228 ATGATACAATAGCTCATATTGATTTGGCTACAGAGTCTTCCCCGAGCTTGAGTTCCTCTG 1287
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1193 ATGATACAATAGCTCATACTGATTTTGCTACAGAGTCTTCTCCGAGCTTGAGTTCCTCAG 1252
Query 1288 TTCAGTCTCCATATCCTGTTATTTGTAGTCATTTGGATGACATATATAAAATGATTCTGG 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1253 TTCAGTCTCCATATCCTGTTATTTGTAGTCATTTGGATGACATATATGAAATGATTCTGG 1312
Query 1348 ACAAGTTGGCTAAGCTGGATGATCTCTTACCGGTGGTTCTTAAGAAATGCTTGGGCACAA 1407
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 ACAAGTTGGCTAAGCTGGATGATATCTTACCGGTTGTTCTTAAGAAATGCTTGGGCACAA 1372
Query 1408 ATGGAACATGTCCAATCTCTGTGTTCAACTATTCCCTTTTGGTGAACTTCAAGACAAAGC 1467
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1373 ATGGAACATGTCCAATCTCTGTCTTCAACTATTCCCTTTTGGTAAACTTCAAGACAAAGC 1432
Query 1468 TAAGTAGCCACTCTGCTCCCAAGCAAAATGGGCATAAGAACTTCAAGCAGCAATTCACTC 1527
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TAAGTAGCCACTCTGCTCCCAAGCAAAATGGACATAAGAACTTCAAGCAGCAATTCACTC 1492
Query 1528 GGAAGGCCTCGCGAGAGCTTTTTGTTAAGAAGTTTTCCTGCAAGGCTCCCGTTTATCATA 1587
||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1493 GGAAGGCATCGCGAGAGCTTTTTGTCAAGAAATTTTCCTGCAAGGCGCCAGTTTATCATA 1552
Query 1588 ACTGTAGAATATACGCTAATGATGGACGGTTGCTATGTTATTGCGATAAAAGAAAACTTG 1647
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 ACTGTAGAATATACGCAAATGATGGACGGTTGCTATGTTATTGCGATAAAAGAAAACTTG 1612
Query 1648 AATGGTATCTAAACCGTGGCCTTGCGAAGCTAGTTGAAGAAAATCCACCTGCGATAATGC 1707
|||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 AATGGTATCTGAATCGTGGACTTGCGAAGCTAGTTGAAGAAAATCCACCTGCGATAATGC 1672
Query 1708 TTTTGTTTGAGCCCAAAGGGCGTCCAGAAGATGAGGGGAACGATTTTTATATCCAGACCA 1767
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TTTTGTTTGAGCCCAAAGGACGTCCAGAAGATGAGGGGAATGATTTTTATATCCAGACCA 1732
Query 1768 AGAGGAATATATGTGTTGGGTGTGGGGAAGGGAAACATTATCTCCGTTACCGAATAATAC 1827
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1733 AGAGGAATATATGTGTTGGGTGTGGGGAAGGGAAGCATTATCTCCGTTACCGGATAATAC 1792
Query 1828 CGTCGTGCTATAGAGTTCATTTTCCTGAGCACCTAAAAAGTCATAGATCTCATGACATTG 1887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 CGTCGTGCTATAGAGTTCATTTTCCTGAGCACCTAAAAAGTCATAGATCTCATGACATTG 1852
Query 1888 TTCTTCTTTGTGTGGATTGTCATGAAGTTGCACATGCTGCTGCAGAGAGGTACAAGAAAC 1947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 TTCTTCTTTGTGTGGATTGTCATGAAGTTGCACATGCTGCTGCAGAGAGGTACAAGAAAC 1912
Query 1948 AAATCGCTACGGAATTTGGAATTCCTCTTTTTGTTCGTAGAGTACTCGATTCAAAAGAAG 2007
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 AAATAGCCACGGAATTTGGAATTCCTCTTTTTGTTCGTAGAGTACTCGATTCAAAAGAAG 1972
Query 2008 CACAAGGGACGTCTTCTTTAGTGGAGGATGAATCAACTGGTGACTCTGAGGATGCAGGTG 2067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1973 CACAAGGGACGTCTTCTTTAGTGGAGGATGAATCAACGGGTAACTCTGAGGATGCAGGTG 2032
Query 2068 TCTCCCCATTACATCTTAGATCAGCTGCAATGGCGCTCTTGCGACATGGGAACAGAATGC 2127
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 TCTCTCCATTACATCTTAGATCAGCTGCAATGGCGCTCTTGCGACATGGGAACAGAATGC 2092
Query 2128 CATCAAGTCGCCGTGAGGAATTGTTGCAGACTGTGAAGATGTATTACGGTGGACGGGACC 2187
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 CATCAAGTCGCCGTGAGGAATTGTTGCAGACTGTCAAGATGTATTACGGTGGACGGGACA 2152
Query 2188 TATCTGAAGAAGATTTAGAGAAAGCTTTACTCATCGGATTGAGCCCTCACGAAAGAAGAA 2247
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 TATCTGAAGAAGATTTGGAAAAAGCTTTACTCATCGGATTGAGCCCTCACGAAAGAAGAA 2212
Query 2248 AACTCGAAAGGAAAAAAGGGGTCTCCTTCAAACATTCTGCAGAGGTTGCTGGTATGGACA 2307
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 AACTCGAAAGAAAAAAAGGGGTCTCCTTCAAACATTCTGCAGAGGTTGCTGGTATGGACA 2272
Query 2308 AACAAGAAGATGAAAACAATGATGGGGAGGCTCTTGCAGATTTTGAGAAAATTATGACTG 2367
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2273 AACAAGAAGATGAAAACAATGATGGGGAGGCTCCCGCAGATTCTGAGAAAATTATGAATG 2332
Query 2368 TAGAAAGGAGCACAGTTGTTGATGATAGTGGTGATGGTACAAGTGAAGGAGATGGAG-CT 2426
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2333 TAGAAAGGAGCACAGTTGCTGATGATAGTGGTGATGGTACAAGTGAAGAAGATGGAGCCT 2392
Query 2427 AAAGAGCTAAATGATACTCAGTGTAATGGGAATACGTTGCACCAACAAAACTCCAAACTC 2486
|||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 -CAGAGTTAAATGATACTCAATGTAATGGAAATACGCTGCACCAACAAAACTCCAAACTC 2451
Query 2487 TCTTTGTTAGGACATGGACCGCACGGGAAACAGATCGTAGAATATC-TTTTAAGGGAACA 2545
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2452 TCTTTGTTAGGACATGGACCGCACGGGAAACAGATTGTAGAATA-CATTTTAAGGGAACA 2510
Query 2546 TGGAGAAGATGGTGTACGTGATTTCTGTCAAAGGTGGAGAAAAGTGTTTGTTGATGCTGT 2605
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511 TGGAGAGGATGGTGTACGTGATTTCTGTCAAAGGTGGAGAAAAGTGTTTGTTGATGCTGT 2570
Query 2606 TCATCCTCGCCATTTACCTGGTGGTTGGAATGTTAGTCACAGTGGCCGAAGAGACTTTGG 2665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 TCATCCTCGCCATTTACCTGGTGGTTGGAATGTTAGTCACAGTGGCCGAAGAGACTTTGG 2630
Query 2666 AGAATTCAGCGTTTACAATCCCACAAAGAGACTCTCCACCGAGTAG 2711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631 AGAATTCAGCGTTTACAATCCCACAAAGAGACTCTCCACCGAGTAG 2676
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108747649475
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5