BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32590.1
Length=2016
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg901070 jgi|Araly1|901070|Al_scaffold_0004_1720 1921 0.0
> Ahg901070 jgi|Araly1|901070|Al_scaffold_0004_1720
Length=2115
Score = 1921 bits (1040), Expect = 0.0
Identities = 1164/1220 (95%), Gaps = 23/1220 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 813 AGAATGTGTGGAGCAAATGGTGCTAAACATGCGAAAGAAGGATGAGATTGTACCATCTCT 872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 AGAATGTGTGGAGCAAATGGTGCTAAACATGCGAAAGAAGGATGAGATTGTACCATCTCT 962
Query 873 TCGGGCTATAATCAATCAATTTGATGAAGAGAACCAAAGACCATCTGACACGTTTTCTTG 932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 963 TCGGGCTATAATCAATCAATTTGATGAAGAGAACCAAAGACCATCTGATACGTTTTCTTG 1022
Query 933 TGGTCAGCAGACGACCGAGTCATTTGATATTTCACATGGTAATGATGCTAGCTATGCCGA 992
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TGGTCAGCAGACGACCGAGTCATTTGATATTTCACATGCTAATGATGCTAGCTATGCCGA 1082
Query 993 CGATGATGAAGGATATGAGAACTTTGGAACTTCTTTTGATTATGAGGGTCAATCCGGTGA 1052
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1083 CGATGATGAAGGATATGAGAACTTTGGAACTTCTTTTGATTATGAGGGTCAATCTGGTGA 1142
Query 1053 TGTTGATGAAAACTTTGGCCCCAATGAAGCAGAACCAATATATTCAAATTTTCATGAGGA 1112
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 TGTTGATGAAAACTTTGGCCTCAATGATGCAGAACCAACATATTCAAATTTTCATGAGGA 1202
Query 1113 AGTTGAACCAGCCTCCCTGCAAGACATGGATTCAGATGACAGACTGGAGAATGTTGATGA 1172
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1203 AGTTGAACCAGCCTCACTGCAAGACCTGGATTCAGAAGACAGACTTGAGAATGTTGATGA 1262
Query 1173 CTATCTCTTTTTGTCGTTGGGAATTTCATCTAAGCAAAATTCTTGGGCAGGTCCTGATCA 1232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 CTATCTCTTTTTGTCGTTGGGAATTTCATCTAAGCAAAATTCTTGGGCAGGTCCTGATCA 1322
Query 1233 CTGGAAGTATCGAAAAACAAAAGGTCCAGATGTTCAACCTGCTTCAGAAATTAAATCCTC 1292
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1323 CTGGAAGTATCGGAAAACAAAAGGTCCAGATGTTCAATCTGCTTCAGAAAACAAATCTTC 1382
Query 1293 TCCACCAGCGAAGAAAACCAGGAAAAAGAAGCAAGCAGAGCCTGAACTAGATTTTGCAAA 1352
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1383 TCCACCAGCAAAGAAAACCAGGAAAAAGAAGCAAGCAGAGCCTGAACTAGATTTTACAAA 1442
Query 1353 AGCTTTGGAGGAAGAAATGCCTGATATTTTTGCCCCTCCAAAAAACCCAAAGACTTTACT 1412
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1443 AGCTTTAGAGGAAGAAATGCCTGATATTTTTGCCCCTCCAAAAAACCCAAAGTCTTTACT 1502
Query 1413 TCTCCCAGCAAGTAGAACCCCTTGTCAAACGAAGCTTCCAGAGGATTGCCATTATCAACC 1472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 TCTCCCAGCAAGTAGAACCCCTTGTCAAACGAAGCTTCCAGAGGATTGCCATTATCAACC 1562
Query 1473 TGAGAATCTAATAAAGCTATTTCTACTACCGAATGTGATGTGCCTTGGGAGGAGGAGAAG 1532
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 TGAGAATCTAATAAAGCTATTTCTGCTACCGAATGTGATGTGCCTTGGGAGGAGGAGAAG 1622
Query 1533 AAAAAACTCAGGTGAAACTTCAAGACAGCAGCCTGATGATTATGAACATGGGGAATCCTG 1592
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1623 AAAAAGCTCAGGTGAAACTTCAAGACAGCAGCATGATGATTATGAACATGCAGAATCCTG 1682
Query 1593 GGGAaatgataatgtttatgatgatgatgatggcccattcgatgataatgaaaatgatca 1652
||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1683 GGGAAATGATAATGTGTATGATGATGATG--G-CCCATT---TGATAATGGAAATGATCA 1736
Query 1653 aagtgatgCAGAGGATACCAACACATTAATCTCTCAGCCACGCCAGGTCAACAAAATTGA 1712
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AAGTGATGCAGAGGATACCAACTCATTAATCTCTCAGCCACGCCAGGTCAACAAAATTGA 1796
Query 1713 TGTCCAATACGATAAAGCTTCAAAACAAGTTGATGTGCAAGTGCTAAAGGAAACTCTTTG 1772
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1797 GGTCCAATACGATAAAGCTTCAAAACAAGTTGATGTGCAAGTGCTTAAGGAAACTCTTTG 1856
Query 1773 GGAGTGTCTTCAGGAATCTCATCAACCTCCAATTCAG-----GAT-G---AGGA--A--- 1818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |
Sbjct 1857 GGAGTGTCTTCAGGAATCTCATCAACCTCCAATTCAGAATCTGATTGTGCAGGATGAGGA 1916
Query 1819 -CATCAACAAGAACCACCTGAAAGTAGATCTTTCAAAGTGCTATTGGCTAGCTTCCCAGA 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 ACATCAACAAGAACCACCTGAAAGTAGATCTTTCAAAGAGCTATTGGCTAGCTTCCCAGA 1976
Query 1878 TGATTGCCAAGCAGCCGAGAG-AACCCAAGACATCTCACCACATCTATGTTTCATCTGCT 1936
||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1977 TGATTGCCAAGCAGCCGGG-GCAACCCAAGACATCTCACCACATCTATGTTTTATCTGCT 2035
Query 1937 TGCTGCATTTGGCGAACGAGCACAATCTCAGCCTCATTGGTTCTCAAAACTTGGATGATC 1996
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TGCTGCATTTGGCGAACGAGCACAATCTCAGCCTCGTTGGTTCTCAAAACTTGGATGATC 2095
Query 1997 TAACAATACACCTTGCCTGA 2016
||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TAACAATACACCTTGCCTGA 2115
Score = 1371 bits (742), Expect = 0.0
Identities = 790/814 (97%), Gaps = 0/814 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGAATCCTTAACTCCAAACCCTAAGCAAAAGCCAGCTTCAACGACGACTCGAATC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGAATCCTTAACTCCAAACCCTAAGCAAAGGCCAGCTTCAACGACGACTCGAATC 60
Query 61 CAGGCTCCGACGAGTCCCTTCTTCTTGGGATCTAACGATGACAGATTGGAACGGGAACAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAGGCTCCGACGAGTCCCTTCTTCTTGGGATCTAACGATGACAGATTGGAACGGGAACAA 120
Query 121 GCTCGAGCCGCAAGAGCCGCTGCTAGCCGTCGTAGGTCTGTCATTTTCGCTCGTGGGTCT 180
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 121 GCTCGCGCCGCTAGAGCCGCTGCTAGCCGTCGTAGGTCTGTCATTTTCGCTTGTGGGCCG 180
Query 181 CAGCCTGAGACGGAGTCTGATCCTTGTTTCGACAAACAGCAAATTCTCGAGTTGTTTCAG 240
||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAGCCTGAGTCGGAGTCCGATCCGTGTTTCGACAAACAGCAAATTCTCGAGTTGTTTCAG 240
Query 241 AACTGTATCAAATTAGCCAGTGAAAACAAAATCAATCAAAAGAATACATGGGAGTTGAAT 300
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACTGTATCAAATTGGCCAGTGAAAACAAAATCAATCAAAAGAATACATGGGAGTTGAAT 300
Query 301 TTGATCGACCATCTTTGTGAGATTATCAAAGTTGAAGATGAGAACAATACAGAAACAAAT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 301 TTGATCGACCATCTTTGTGAGATTATCAAAGTTGAAGATGAGAACAATGCAGAAACAAAT 360
Query 361 TTTCAAAAGGCAAGTTGCACTCTTGAAGCTGGAGTTAAGATTTACTCAATGCGGGTAGAC 420
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTTCAGAAGGCAAGTTGCACTCTTGAAGCTGGAGTTAAGATTTACTCAATGCGGGTAGAC 420
Query 421 TCTGTTCATTCAGAGGCATACAAGGTCTTGGGTGGAATTACCCGAGCTGGCCATGATGAC 480
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCAGTTCATTCAGAGGCATACAAGGTCTTGGGTGGAATTACTCGAGCTGGCCATGATGAC 480
Query 481 GGTGGAGATCACGAGGATGCTGCTGGTGCCGTAGAAAATGCAACTAACCAAAAGAAGCAG 540
|||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 AGTGGAGATAACGAGGATGCTGCTGGTACTGTAGAAAATGCAACTAACCAAAAGAAACAG 540
Query 541 CCAGAGAAAAAGATATCGCCTTTATCAACACTGGAACCTTCCTTTGATGCCCTTAACGTG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACAGAGAAAAAGATATCGCCTTTATCAACACTGGAACCTTCCTTTGATGCCCTTAACGTG 600
Query 601 AAGAAATTTGATGTGGCATTTGCAGTGGATCCCCTTTATCATCAGACTTCAGCACAGTTT 660
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 601 AAGAAGTTTGATGTGGCATTTGCAGTGGATCCCCTTTATCATCAGACTTCCGCACAGTTT 660
Query 661 GATGAAGGTGGAGCAAAGGGCCTGCTGCTAAACAATTTAGGAGTCTATGGAGGGTGTCAA 720
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GATGAAGGTGGAGCAAAGGGCCTGCTACTAAACAATTTAGGAGTCTATGGAGGGTGTCAA 720
Query 721 GTTCTATTTGATTCACAAGAAATCCCTGGAAAGCTTGTTTCGTCTGCAAATAAGCATGAC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTTCTATTTGATTCACAAGAAATCCCTGGAAAGCTTGTTTCGTCTGCAAATAAGCATGAC 780
Query 781 AAATCAGAAACAATTGATCTATCCTTTGTTAAAG 814
|||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 781 AAATCAGAAACAATTGATCTATCCTTTGCTAAAG 814
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75799587550
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5