BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32810.1
Length=2972
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933859 jgi|Araly1|933859|scaffold_401847.1 4385 0.0
Ahg907510 jgi|Araly1|907510|Al_scaffold_0002_591 302 1e-80
> Ahg933859 jgi|Araly1|933859|scaffold_401847.1
Length=2704
Score = 4385 bits (2374), Expect = 0.0
Identities = 2600/2710 (96%), Gaps = 11/2710 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 CTTTGATGAGCTTTTACTTCAATGGCAGAGTCAATTCGAACTT-TTTCGCTTCAATGGCG 63
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1 CTTTGATGAGC-TTTACTTCAATGGCAGAGTCAATTCGAA-TTATTTCGCTTCAATGGCA 58
Query 64 GATACTGTCACTGATCATCGCTTTACTTGTGTACTTTCCGATTC-TGTCGGGAAGTTACT 122
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||| ||
Sbjct 59 GATACTGTCACTGATCATCGCTTTACTTGTGTATTTTCCGA-TCGTCTCGGGAAGTTTCT 117
Query 123 TTAAACCGTTCAATGTGAGCTACGATCACCGGGCTTTAATCATCGCCGGCAAGAGGCGCA 182
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TTAAACCGTTCAATGTGAGCTACGACCACCGGGCTCTAATCATCGCCGGCAAGAGGCGCA 177
Query 183 TGCTCGTCTCAGCTGGAATTCACTACCCTCGAGCCACTCCTGAGATGTGGTCTGATCTCA 242
|||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 178 TGCTCGTCTCCGCTGGAATTCACTACCCTCGCGCTACTCCTGAAATGTGGTCTGATCTAA 237
Query 243 TCGCAAAGAGTAAAGAAGGTGGAGCTGATGTGGTTCAAACTTATGTGTTTTGGAATGGGC 302
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 238 TCGAAAAGAGTAAAGAAGGTGGAGCTGATGTGATTCAAACTTATGTGTTTTGGAGCGGCC 297
Query 303 ACGAGCCTGTAAAGGGTCAGTATAACTTTGAAGGAAGATATGACCTTGTCAAATTTGTGA 362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 298 ACGAGCCTGTAAAGGGTCAGTATAACTTTGAAGGAAGATACGACCTTGTCAAATTTGTGA 357
Query 363 AGCTTATTGGATCAAGTGGTCTTTATCTCCATCTACGGATAGGTCCTTATGTTTGTGCTG 422
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AGCTTATTGGTTCAAGTGGTCTTTATCTCCATCTACGCATAGGTCCTTATGTTTGTGCTG 417
Query 423 AGTGGAACTTTGGGGGGTTCCCAGTGTGGCTGCGGGATATTCCTGGCATTGAGTTTCGAA 482
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 418 AGTGGAACTTTGGGGGGTTCCCAGTGTGGTTGCGTGATATTCCTGGCATTCAGTTTCGAA 477
Query 483 CAGATAATGAACCTTTTAAGAAAGAGATGCAAAAGTTTGTAACAAAGATTGTGGATTTGA 542
|||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 478 CAGATAATGAGCCTTTTAAGAAGGAGATGCAGAAGTTTGTAACGAAGATTGTTGATTTGA 537
Query 543 TGCGAGAAGCAAAGCTCTTCTGTTGGCAAGGAGGTCCCATAATCATGCTGCAGATCGAGA 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TGCGAGAAGCAAAGCTCTTCTGTTGGCAAGGAGGTCCCATAATCATGCTGCAGATCGAGA 597
Query 603 ATGAATATGGGGATGTTGAAAAATCTTACGGGCAGAAGGGAAAGGATTACGTCAAATGGG 662
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 ATGAATATGGGGATGTTGAAAAATCGTATGGGCAGAAGGGAAAGGATTACGTCAAATGGG 657
Query 663 CAGCTAGCATGGCTCTAGGGCTTGGTGCTGGAGTTCCGTGGGTTATGTGCAAACAAACGG 722
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 658 CAGCTAGCATGGCGCTAGGGCTTGGTGCTGGTGTTCCATGGGTTATGTGCAAGCAAACGG 717
Query 723 ACGCTCCAGAGAATATTATTGATGCATGCAATGGATACTATTGTGATGGTTTTAAACCAA 782
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 ATGCTCCAGAGAATATTATTGATGCATGCAATGGATACTATTGTGATGGTTTTAAACCAA 777
Query 783 ATTCGCGGACGAAGCCAGTACTTTGGACAGAGGATTGGGATGGATGGTACACGAAGTGGG 842
|||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ATTCGCAGACGAAACCAATACTTTGGACAGAGGATTGGGATGGATGGTACACGAAGTGGG 837
Query 843 GTGGAAGTTTGCCTCACCGACCTGCTGAAGATCTTGCATTTGCAGTTGCAAGATTTTATC 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GTGGAAGTTTGCCTCACCGACCTGCTGAAGATCTTGCATTTGCAGTTGCAAGATTTTATC 897
Query 903 AGCGTGGAGGAAGCTTTCAAAATTATTATATGTATTTTGGTGGAACAAACTTTGGTCGAA 962
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AGCGTGGAGGAAGCTTTCAGAATTATTATATGTATTTTGGTGGAACAAACTTTGGTCGAA 957
Query 963 CTTCTGGTGGTCCTTTCTACATTACAAGCTATGATTATGATGCTCCTCTTGATGAATATG 1022
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CTTCTGGTGGTCCTTTCTATATTACAAGCTATGATTATGATGCTCCTCTTGATGAATATG 1017
Query 1023 GTCTGAGGAGCGAGCCAAAATGGGGGCATCTAAAGGACCTTCATGCTGCCATAAAACTTT 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GTCTGAGGAGCGAGCCAAAATGGGGGCATCTAAAGGACCTTCATGCTGCCATAAAACTTT 1077
Query 1083 GTGAACCTGCTCTTGTCGCGGCGGATGCACCTCAATATAGAAAATTGGGATCAAAGCAGG 1142
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1078 GTGAACCTGCCCTTGTCGCGGCGGATGCACCTCAATATAGAAAACTGGGATCAAATCAGG 1137
Query 1143 AGGCACACATTTATCATGGAGATGGTGAGACTGGAGGAAAGGTGTGCGCTGCATTTCTCG 1202
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1138 AGGCACACATTTATCGTGGAGATGGTGAGACTGGAGGAAAGGTGTGTGCTGCATTTCTCG 1197
Query 1203 CAAACATTGATGAGCATAAATCTGCACATGTGAAATTTAATGGCCAGTCATATACTTTAC 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CAAACATTGATGAGCATAAATCTGCACATGTGAAATTTAATGGCCAGTCATATACTTTAC 1257
Query 1263 CACCTTGGTCAGTGAGTATATTGCCAGACTGTCGACATGTGGCCTTCAACACTGCCAAGG 1322
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1258 CACCTTGGTCAGTGAGTATATTGCCAGACTGTCGACATGTGGCCTTCAGCACTGCCAAGG 1317
Query 1323 TAGGAGCACAAACTTCTGTTAAAACGGTTGAGTCTGCAAGGCCATCTTTAGGTAGTATGT 1382
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1318 TAGGAGCACAAACTTCTGTTAAAACGGTGGAGTATGCAAGGCCATCTTTAGGTAGTAAGT 1377
Query 1383 CTATACTGCAAAAAGTCGTGAGGCAGGATAATGTTTCTTATATCTCAAAATCATGGATGG 1442
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1378 CTATACTGCAAAAAGTCGTGAGGCAGGATAATGTTTCTTATATCTCTAAATCATGGATGG 1437
Query 1443 CTCTGAAAGAACCTATTGGCATATGGGGTGAAAACAATTTCACTTTCCAAGGATTATTGG 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CTCTGAAAGAACCTATTGGCATATGGGGTGAAAACAATTTCACTTTCCAAGGATTATTGG 1497
Query 1503 AGCATTTGAATGTTACAAAAGACCGGTCTGATTACCTGTGGCATAAGACAAGAATAAGC- 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1498 AGCATTTGAATGTTACAAAAGACCGGTCTGATTACCTGTGGCATAAGACAAGAATAA-CT 1556
Query 1562 GTATCTGAAGATGATATCTCGTTCTGGAAGAAAAATGGACCTAACTC-AACAGTGTCGAT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||| ||
Sbjct 1557 GTATCTGAAGATGATATCTCGTTCTGGAAGAAAAACGGAGCTAA-TCCAACAGTGTCAAT 1615
Query 1621 TGATAGCATGAGGGATGTGTTACGTGTGTTTGTTAACAAACAACTCGCAGGCAGTATTGT 1680
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1616 TGATAGCATGAGGGATGTGTTGCGTGTGTTTGTTAACAAACAACTCTCAGGCAGTGTTGT 1675
Query 1681 TGGTCACTGGGTGAAGGCAGTGCAGCCTGTACGATTTATACAGGGAAACAATGATTTACT 1740
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TGGTCACTGGGTGAAGGTAGTGCAGCCTGTACGTTTTATGCAGGGAAACAATGATTTACT 1735
Query 1741 TCTGTTGACTCAAACAGTTGGTTTACAGAATTATGGTGCTTTCTTGGAGAAGGATGGAGC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TCTGTTGACTCAAACAGTTGGTTTACAGAATTATGGTGCTTTCTTGGAGAAGGATGGAGC 1795
Query 1801 CGGTTTTAGAGGCAAAGCTAAGCTTACTGGATTCAAGAATGGAGATTTAGACCTGTCAAA 1860
||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||
Sbjct 1796 CGGGTTTAGAGGCAAGGCAAAGCTTACTGGATTCAAGAATGGAGATATGGACCTGGCAAA 1855
Query 1861 ATCGTCATGGACGTATCAGGTGGGATTGAAGGGCGAGGCTGATAAAATATATACTGTTGA 1920
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1856 ATCTTCATGGACCTATCAGGTGGGATTGAAGGGCGAGGCTGAGAAAATATATACTGTTGA 1915
Query 1921 ACACAATGAAAAAGCTGAGTGGAGTACTTTGGAGACCGATGCTTCACCTTCGATCTTCAT 1980
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1916 ACACAATGAAAAAGCAGAGTGGAGTACTTTGGAGACTGACGCTTCACCTTCGATCTTTAT 1975
Query 1981 GTGGTACAAGACATACTTTGACCCCCCGGCCGGAACAGATCCTGTTGTTCTTAATCTGGA 2040
|||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1976 GTGGTACAAGACATACTTTGACACCCCAGCCGGAACAGATCCTGTTGTTCTTGATCTGGA 2035
Query 2041 AAGTATGGGAAGGGGGCAAGCTTGGGTCAATGGACAACATATTGGAAGGTATTGGAATAT 2100
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 AAGTATGGGAAAGGGACAAGCTTGGGTCAATGGACACCATATTGGAAGGTATTGGAATAT 2095
Query 2101 CATTTCCCAAAAGGATGGATGTGACAGAACCTGTGATTATCGTGGAGCCTACAATTCAGA 2160
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CATTTCCCATAAGGATGGATGTGAAAGAACCTGTGATTATCGTGGAGCCTACAATTCAGA 2155
Query 2161 TAAGTGCACAACAAATTGTGGAAAGCCTACACAAACCAGGTACCATGTACCGCGTTCGTG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2156 TAAGTGCACAACAAATTGTGGAAAGCCTACACAAACCAGGTACCATGTACCACGTTCGTG 2215
Query 2221 GTTAAAGCCGTCAAGTAATCTACTTGTGCTCTTTGAAGAGACTGGGGGAAACCCATTTAA 2280
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 GTTAAAGCCGTCCAGTAATCTACTTGTGCTCTTTGAAGAGACTGGGGGAAACCCATTTAA 2275
Query 2281 GATATCGGTTAAGACAGTTACTGCTGGGATTCTGTGCGGTCAAGTCTCGGAATCGCATTA 2340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TATATCGGTTAAGACAGTTACTGCTGGGATTCTGTGCGGTCAAGTCTCGGAATCGCATTA 2335
Query 2341 TCCACCTCTGCGGAAATGGTCCACACCAGATTACATAAACGGAACAATGTCGATAAACAG 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2336 TCCACCTCTGCGGAAATGGTCCACACCAGATTACATAAACGGAACGATGTCGATAAACAG 2395
Query 2401 TGTGGCACCAGAAGTGCATCTGCATTGTGAAGATGGACATGTCATATCCTCCATAGAATT 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2396 TGTGGCACCAGAAGTGCATCTGCATTGTGAAGATGGGCATGTAATATCCTCCATAGAATT 2455
Query 2461 TGCTAGCTATGGGACTCCAAGAGGTAGCTGCGACGGGTTTTCTATCGGGAAATGTCATGC 2520
||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 TGCTAGCTATGGGACTCCAAGAGGTAGTTGTGACAGGTTTTCTATCGGGAAATGTCATGC 2515
Query 2521 ATCCAACTCATTATCAATCGTCTCTGAGGCTTGTAAAGGACGCAACAGCTGCTTCATCGA 2580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2516 ATCCAACTCATTATCAATCGTCTCTGAGGCTTGTAAAGGACGCACCAGTTGCTTCATCGA 2575
Query 2581 GGTATCAAATACTGCTTTTATCAGTGACCCATGTAGCGGAACTTTAAAGACTTTAGCGGT 2640
|| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2576 AGTGTCAAATATTGCTTTTCGCAGTGACCCATGTAGCGGAACTTTAAAGACGTTAGCGGT 2635
Query 2641 TATGTCACGATGTTCCCCGTCTCAAAACATGAGTGACCTCAGTTTTTAGACACCAGGAA- 2699
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2636 TATGGCACGATGTTCCCCGTCTCAAAACACGAGTGACCTCAGTTTTTAGACACT-GGAAA 2694
Query 2700 GCGGCTCAGA 2709
||||||||||
Sbjct 2695 GCGGCTCAGA 2704
> Ahg907510 jgi|Araly1|907510|Al_scaffold_0002_591
Length=231
Score = 302 bits (163), Expect = 1e-80
Identities = 198/214 (93%), Gaps = 6/214 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2234 AGTAATCTACTTGTGCTCTTTGAAGAGACTGGGGGAAACCCATTTAAGATATCGGTTAAG 2293
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||
Sbjct 10 AGTAATCTACTTGTGCTCTTTGAAGAGACTGGTGGAAACTCATTTGATATATCGGTTAAG 69
Query 2294 ACAGTTACTGCTGGGATTCTGTGCGGTCAAGTCTCGGAATCGCATTATCCACCTCTGCGG 2353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||
Sbjct 70 ACAGTTACTGCTGGGATTCTGTGCGGTCAAGTCTCGGAATCACATT--CCACATCTGCGG 127
Query 2354 AAATGGTCCACACCAGATTACATAAACGGAACAATGTCGATAAACAGTGTGGCACCAGAA 2413
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 128 AAATGGTCCACACCAGATTACATAAACGGAACGATGTC-A-A--CAGTGTGGCACCAGAA 183
Query 2414 GTGCATCTGCATTGTGAAGATGGACATGTCATAT 2447
|||||| |||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 184 GTGCATTTGCATTGTGAAGATGGGCATGTAATAT 217
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112213861770
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5