BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32940.1
Length=2997
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933874 jgi|Araly1|933874|scaffold_401862.1 4292 0.0
> Ahg933874 jgi|Araly1|933874|scaffold_401862.1
Length=2674
Score = 4292 bits (2324), Expect = 0.0
Identities = 2570/2687 (96%), Gaps = 23/2687 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 120 GATTATTTTCCCCTGGAAGGATGGAGACATCTTCATCTCTGCCACTGTCACCCATAAGTA 179
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GATTATTTTCCCCTGCAAGGATGGAGAAATCTTCATCTCTGCCACTGTCACCCATAAGTA 60
Query 180 TAGAACCAGAACAGCCCAGCCATCGAGATTATGACATCACAACTAGACGTGGGGTTGGAA 239
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TAGAACCAGAAAAGCCCAGCCATCGAGATTATGACATCACAACTAGACGTGGGGTTGGAA 120
Query 240 CCACAGGCAACCCAATAGAATTGTGCACCAATCACTTTAATGTTTCTGTGAGACAGCCGG 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCACAGGCAACCCAATAGAATTGTGCACCAATCACTTTAATGTTTCTGTGAGACAGCCGG 180
Query 300 ATGTAGTATTTTACCAGTACACTGTTAGTATCACCACAGAAAACGGTGATGCTGTTGATG 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 181 ATGTAGTATTTTACCAGTACACTGTTAGTATCACCACAGAAAATGGTGATGCTGTCGATG 240
Query 360 GGACAGGAATAAGCAGAAAGCTTATGGACCAACTATTCAAGACTTACTCTTCTGATCTTG 419
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 241 GGAAAGGAATAAGCAGAAAGCTTATGGACCAACTATTCAAGACTTACTCTTCTGACCTTG 300
Query 420 ATGGTAAAAGGTTGGCATATGATGGAGAGAAGACTTTATATACTGTTGGTCCTCTACCAC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 301 ATGGTAAAAGGTTGGCATATGATGGAGAGAAGACTTTATATACTGTTGGTCCTCTGCCAC 360
Query 480 AGAACGAA-TTTGACTTTCTAGTCATCGTGGAAGGGTCATTTTCAAAACGTGATTGTGGT 538
||||| || |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 361 AGAAC-AACTTTGACTTTCAAGTCATCTTGGAAGGTTCATTTTCAAAACGTGATTGTAGT 419
Query 539 GTCTCTGATGGTGGTAGTTCTTCCGGTACTTGCAAGCGATCAAAACGTTCTTTCTTGCCA 598
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GTCTCTGATGGTGGTAGTCCTTCCGGTACTTGCAAGAGATCAAAACGTTCTTTCTTGCCA 479
Query 599 AGAAGTTACAAGGTTCAGATACA-TTATGCTGCAGAAATACCGTTGAAGACTGTTCTTGG 657
||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 480 AGAAGTTACAAGGTTCAGATACACTT-TGCTGCAAAAATACCGCTGAAGACTATTCTTGT 538
Query 658 CACTCAGAGAGGAGCTTATACACCAGATAAGAGTGCTCAGGATGCACTTAGAGTGCTTGA 717
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CACTCAGAGAGGAGCTTATACAGCAGATAAGAGTGCTCAGGATGCACTTAGAGTGCTTGA 598
Query 718 CATTGTACTGAGGCAGCAAGCAGCTGAAAGGGGATGCCTTTTGGTCAGACAGGCATTTTT 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 599 CATTGTACTGAGGCAGCAAGCAGCTGAAAGGGGATGCCTTTTGGTCAGGCAGGCTTTTTT 658
Query 778 CCATAGCGATGGGCACCCCATGAAAGTTGGAGGAGGTGTTATAGGTATTCGAGGTTTACA 837
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 659 CCATAGCGATGGCCACCCCATGGAAGTTGGAGGAGGTGTAAAAGGTATTCGAGGTTTCCA 718
Query 838 TTCGAGCTTTCGTCCAACTCATGGAGGACTCTCGCTTAACATTGATGTGTCAACAACAAT 897
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTCGAGCTTTCGTCCAACCCATGGAGGACTCTCGCTTAACATTGATGTGTCAACAACAAT 778
Query 898 GATCTTAGAACCTGGTCCAGTTATTGAATTCCTGAAAGCCAATCAGAGTGTTGAGACACC 957
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AATCTTAGAACCGGGTCCAGTTATTGAATTCCTGAAAGCCAATCAGAGTGTTGAGACACC 838
Query 958 ACGGCAAATCGACTGGATTAAGGCTGCGAAAATGCTTAAACATATGAGGGTTAAGGCAAC 1017
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 839 ACGACAAATCGACTGGGTTAAGGCTGCGAAAATGCTTAAACATATGAGGGTAAAGGCAAC 898
Query 1018 ACACCGTAACATGGAATTTAAAATTATAGGTCTAAGTTC-GAAACCGTGCAATCAGCAAC 1076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ACACCGTAACATGGAATTTAAAATTATAGGTCTAAG-TCAGAAACCGTGCAATCAGCAAC 957
Query 1077 TGTTTTCAATGAAGATTAAAGATGGTGAACGTG-AGGTACCTATTAGAGAGATTACTGTG 1135
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| ||||| |||
Sbjct 958 TGTTTTCGATGAAGATTAAAGATGGTGAACGTGAAGG-ACAGACTAGAGATATTACAGTG 1016
Query 1136 TATGACTATTTCAAGCAAACCTACACAGAGCCTATTTCTTCTGCGTACTTTCCATGCCTT 1195
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1017 TATGACTATTTCAAGCAAACTTACACAGAACCTATTTCTTCTGCGTACTTGCCATGCCTT 1076
Query 1196 GATGTTGGCAAGCCAGATCGGCCCAACTATCTTCCACTGGAGTTTTGTAATCTTGTATCT 1255
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GATGTTGGCAAGCCAAATCGCCCCAACTATCTTCCACTGGAGTTTTGTAATCTTGTATCT 1136
Query 1256 CTGCAACGTTATACAAAACCATTGTCAGGGAGGCAAAGAGTTTTACTTGTTGAAAGTTCA 1315
|||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| | |||||||||||| |||
Sbjct 1137 CTGCAACGTTATACAAAAGCATTGTCCGGAAGGCAAAGAGCTCTACTTGTTGAAAAATCA 1196
Query 1316 AGACAAAAACCTCTAGAGAGAATTAAAACACTCAATGATGCAATGCATACCTACTGCTAT 1375
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1197 AGACAAAAACCTCTTGAGAGAATTAAGACACTCAATGATGCAATGCATACCTACTGCTTT 1256
Query 1376 GACAAGGACCCATTTTTGGCTGGATGTGGCATCTCCATTGAAAAAGAAATGACTCAAGTT 1435
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1257 GACAAGGACCCATTTTTGGCTGGATGTGGGATCTCCATTGAAAAACAAATGACTCAAGTT 1316
Query 1436 GAAGGCCGTGTTCTCAAGCCCCCAATGCTGAAGTTTGGCAAGAATGAAGATTTTCAACCT 1495
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1317 GAAGGCCGGGTTCTCAAGCCCCCAATGCTGAAGTTTGGCAAGAATGAAGATTTTGAACCT 1376
Query 1496 TGCAACGGACGGTGGAACTTTAACAACAAGATGCTTCTAGAACCAAGAGCTATTAAAAGC 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |
Sbjct 1377 TGCAACGGACGGTGGAACTTTAACAACAAGATGCTTCTGGAGCCAAAAGCTATTAAAAAC 1436
Query 1556 TGGGCTATCGTCAACTTTTCTTTTCCATGCGACAGTAGTCACATTTCCCGTGAGCTTATA 1615
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TGGGCTATTGTCAACTTTTCTTTTCCATGCGACAGTAGTCACATTTCCCGTGAGCTTATA 1496
Query 1616 AGCTGTGGCATGAGGAAAGGCATTGAAATTGATCGACCTTTTGCACTAGTTGAAGAGGAT 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 AGCTGTGGCATGAGGAAAGGCATTGAAATTGATCGACCTTTTGCACTAGTTGAAGAGGAT 1556
Query 1676 CCACAGTACAAAAAAGCAGGTCCTGTTGAAAGGGTAGAAAAAATGATTGCAACGATGAAG 1735
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1557 CCACAGTATAAAAAAGCAGCTCCTGTTGAAAGGGTAGAAAAGATGATTGCAAAGATGAAG 1616
Query 1736 TTAAAATTTCCAGATCCTCCTCATTTTATCCTCTGTATTCTGCCAGAACGGAAAACTTCT 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CTAAAATTTCCAGATCCTCCTCATTTTATCCTCTGTGTCCTGCCAGAACGGAAAACTTCT 1676
Query 1796 GATATCTATGGTCCCTGGAAGAAGATATGCCTCACTGAAGAAGGGATCCACACACAATGC 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GATATCTATGGTCCCTGGAAGAAGATATGCCTCACTGAAGAAGGGATCCACACACAATGC 1736
Query 1856 ATCTGCCCAATCAAGATCAGTGACCAATATCTCACCAATGTACTTCTGAAGATAAATTCG 1915
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1737 ATCTGCCCTGTCAAGATCAGTGACCAATATCTCACCAATGTACTTCTGAAGATTAATTCA 1796
Query 1916 AAGCTTGGAGGCATCAATTCTCTGTTGGGAATAGAGTACTCTTACAACATTCCATTGATA 1975
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AAGCTTGGAGGCATCAATTCTTTGTTGGGAATAGAGTACTCTTACAACATTCCATTGATA 1856
Query 1976 AACAAAATTCCCACCTTGATTTTGGGTATGGATGTATCTCATGGGCCTCCAGGTCGGGCA 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1857 AACAAAATTCCCACCTTGATTTTGGGTATGGATGTATCTCATGGGTCTCCAGGTCGGGCA 1916
Query 2036 GATGTTCCTTCAGTAGCAGCGGTTGTTGGTTCAAAATGCTGGCCCTTAATCTCAAGGTAT 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GATGTTCCTTCAGTAGCAGCGGTTGTTGGTTCAAAATGCTGGCCCTTAATCTCAAGGTAT 1976
Query 2096 AGGGCAGCTGTAAGAACTCAGTCACCACGTCTGGAGATGATTGATTCGCTCTTCCAACCT 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 AGGGCAGCTGTAAGAACTCAGTCACCACGTCTGGAGATGATTGATTCGCTCTTCCAACCT 2036
Query 2156 ATCGAGAACACTGAGAAAGGAGATAACGGTATCATGAACGAATTATTTGTAGAGTTCTAT 2215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 ATCGAGAACACTGAGAAAGGAGATAACGGTATCATGAACGAATTATTTGTAGAGTTCTAC 2096
Query 2216 CGGACAAGCAGGGCACGGAAACCTAAGCAGATTATCATTTTCAGGGATGGTGTGAGTGAA 2275
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 CGGACAAGCAGGGCACGGAAGCCTAAGCAGATTATCATTTTCAGGGATGGTGTGAGTGAA 2156
Query 2276 TCACAGTTCGAGCAAGTCTTGAAGATCGAAGTGGACCAAATTATAAAGGCGTATCAACGT 2335
||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 TCACAGTTCAACCAAGTCTTGAACATCGAGGTGGACCAAATTATAAAGGCGTATCAACGT 2216
Query 2336 CTTGGTGAATCTGATGTGCCAAAATTCACTGTCATTGTGGCTCAGAAGAACCACCACACC 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CTTGGTGAATCTGATGTGCCAAAATTCACTGTCATTGTGGCTCAGAAGAACCACCACACC 2276
Query 2396 AAGTTGTTTCAAGCTAAGGGTCCTGAAAATGTTCCTGCAGGAACTGTCGTGGACACCAAG 2455
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2277 AAGTTGTTTAAAGCTAAGGGTCCTGAAAATGTTCCTGCAGGAACTGTTGTGGACACCAAG 2336
Query 2456 ATCGTACACCCGACAAACTACGATTTTTACATGTGTGCTCATGCAGGAAAAATAGGAACT 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2337 ATCGTACACCCGACAAACTACGATTTTTACATGTGTGCTCATGCAGGAATAATAGGAACT 2396
Query 2516 TCAAGACCGGCTCATTACCATGTATTACTTGATGAGATTGGTTTCTCCCCCGATGACTTG 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 TCAAGACCGGCTCATTACCATGTATTACTTGATGAGATTGGTTTCTCCCCCGATGACTTG 2456
Query 2576 CAGAATCTCATCCATTCTCTCTCCTATGTCAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATC 2635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 CAGAATCTCATCCATTCTCTCTCCTATGTCAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATT 2516
Query 2636 GTGGCTCCAGTACGATACGCTCATCTTGCAGCAGCTCAAGTTGCGCAATTCACAAAGTTT 2695
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | ||||
Sbjct 2517 GTGGCTCCAGTGCGATACGCTCATCTTGCAGCAGCTCAATTTGC----T--A-A--GTTT 2567
Query 2696 GAAGGTATATCGGAGGACGGGAAAGTTCCAGAGCTTCCACGTCTGCACGAGAATGTCGAA 2755
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2568 GAAGATGTATCGGAGGACGGGAAAGTTCCAGAGCTTCCACGTCTGCACGAGAATGTGGAA 2627
Query 2756 GGCAACATGTTCTTCTGCT---G---AGTACATATAAGTAGTTCTGC 2796
||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2628 ACCAACATGTTCTTCTGCTTCTGCTGAGTACATATGAGTAGTTATGC 2674
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113166117895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5