BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G32950.1
Length=2348
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933875 jgi|Araly1|933875|scaffold_401863.1 3522 0.0
> Ahg933875 jgi|Araly1|933875|scaffold_401863.1
Length=2068
Score = 3522 bits (1907), Expect = 0.0
Identities = 2005/2053 (98%), Gaps = 3/2053 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 65 AAAATGGAAGAGATTTCGACGGATCCGGTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGAACA 124
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 18 AAAATGGAGGAGATTTCGACGGATCCGCTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGGACA 77
Query 125 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTCATGAAAATGACGACGGAGGAAG-CGGCGGTTC 183
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || || ||| |||||
Sbjct 78 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTAATGAAAATGATGACGGTGG-AGACGGTGGTTC 136
Query 184 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 196
Query 244 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 256
Query 304 TCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAATAATCAGCTTTA 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 257 CCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAACAATCAGCTTTA 316
Query 364 CCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 423
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 317 TCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 376
Query 424 TGCATCGCCCTTGGATCAGTTTCGGGAAGCACTACAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 483
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 377 TGCATCGCCCTTGGATCAATTTCGGGAAGCACTTCAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 436
Query 484 GGAGGTTGATAATCTTCTGACACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 543
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 GGAGGTTGATAATCTTCTTTCACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 496
Query 544 AGCTGAGAGGAACATGCAGATACTTTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 603
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 AGCTGAGAGGAACATGCAGATTCTGTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 556
Query 604 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATTAAAGAAGATATAAATGCCGT 663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 557 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATCAAAGAGGATATAAATGCTGT 616
Query 664 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGAGCTAGGGACAGATATTCTGTAAAGTTGCGGAT 723
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 617 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGGGCTAGGGACAGATATTCTGTGAAGTTGCGGAT 676
Query 724 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGATTGGTTT 783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 677 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGAGTGGTTT 736
Query 784 CAACTCCAATTCTCTCAGCATAAGAGGAGGAAATTTTGTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 843
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 CAACTCCAATTCTCTGAGCATAAGAGGAGGAAATTTTTTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 796
Query 844 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 797 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 856
Query 904 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAGTCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATTCA 963
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 857 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAATCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATCCA 916
Query 964 TGCTCAGTTCAATGATTTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGCAGACCA 1023
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 917 TGCTCAGTTCAATGATCTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGTAGACCA 976
Query 1024 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1036
Query 1084 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1096
Query 1144 AGCAGAAATCCGGCATGGGGATATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1203
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097 AGCAGAAATCCGGCATGGGGACATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1156
Query 1204 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1157 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1216
Query 1264 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1276
Query 1324 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGaaaaaaaTCACATAGCAAGCAG 1383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGAGAAAAATCACATAGCAAGCAG 1336
Query 1384 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1337 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1396
Query 1444 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1456
Query 1504 TGTATCTGGTAGTGACGACTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACGAGGCAGGAAGCAAGTGT 1563
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1457 TGTATCTGGTAGTGACGATTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACAAGGCAGGAAGCAAGTGT 1516
Query 1564 GATTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1623
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 GCTTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1576
Query 1624 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAACATAAG 1683
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1577 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAATATAAG 1636
Query 1684 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1696
Query 1744 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1756
Query 1804 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACATACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1863
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1757 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACACACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1816
Query 1864 AGTGAACAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1923
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1817 AGTGAATAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1876
Query 1924 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCGCCAGACATGGACGATGCAGA 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1877 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCACCTGACATGGACGATGCAGA 1936
Query 1984 GGAAGAGGCAGGTTCCTACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGTGATAGTCCCACGAT 2043
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1937 GGAAGAGGCAGGCTCATACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGCGATAGTCCCACAAT 1996
Query 2044 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTCGCTGCGTGATTCTAGTA 2103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1997 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTTGCTGCGTGATTCTA-TA 2055
Query 2104 GACATTACAAAAG 2116
|| |||||||||
Sbjct 2056 AACGTTACAAAAG 2068
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88445548890
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5