BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33290.1
Length=2340
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933914 jgi|Araly1|933914|scaffold_401902.1 2953 0.0
> Ahg933914 jgi|Araly1|933914|scaffold_401902.1
Length=2005
Score = 2953 bits (1599), Expect = 0.0
Identities = 1877/2010 (93%), Gaps = 23/2010 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 97 TTCGGTTCATTGGGAAGGATGAGTACATTGTTACCATTTCCTGACCTCAACCTCATGCCG 156
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3 TTCGGTTCATTGGGAAGGATGAGTACAGTGGTACCATTTCCTGACCTCAACCTAATGCCG 62
Query 157 GATTCTCAATCCTCCACCGCCGGAACCACAGCCGGCGACACTGTAGTCACCGGAAAGTTA 216
| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 63 GCTTCTCAATCCTCCACCGCCGGAACAACAGCCGGAGACACTGTAGTCACCGGAAAGCTA 122
Query 217 GAAGTGAAATCGGAACCAATTGAGGAATGGCAAACTCCACCATCGTCTA-CCTCCGATCA 275
||||| || | || ||| |||| ||||| |||||||| || ||||| | |||||||||
Sbjct 123 GAAGTTAAGGCCGAGCCAGTTGAAGAATGTCAAACTCCGCCTTCGTC-ATTCTCCGATCA 181
Query 276 ATCAGCCAATACCGATCTCATCGCCGAGTTTATTCGTATCT-CAGAGCTCTTCCGCTCGG 334
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||
Sbjct 182 ATCAGCCAGTACCGATCTCATCGCCGAGTTTATTCGTATCTCCA-AGCTCTTCCGTTCGG 240
Query 335 CATTCAAGCCAC-TGCAGGTCAAAGGATTAGACGGAGTCTCCGTATACGGATTGGATTCT 393
|||||||||| | | ||| | ||||||||||||| || || || ||||| ||||||||
Sbjct 241 CATTCAAGCCGCAT-CAGATTGAAGGATTAGACGGCGTTTCTGTTTACGGTTTGGATTCC 299
Query 394 GGTGCCATCGTTGCTGTACCGGAGAAAGAAAACCGGGAATTGATTGAACCGCCTCCAGGA 453
||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 300 GGTGCGATTGTCACTGTACCGGAGGAAGAGAACCGGGAATTGATTAAACCGCCTCCCGGG 359
Query 454 TTTAAGGATAATCGAGTCTCCACCGTCGTTGTCTCG-------C--CGAAATTCGAGAGA 504
||| |||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 360 TTTGGGGATAATCGAGTATCAACCGTCGTTGTCTCGCCTCCTCCGACGAAATTCGAGAGA 419
Query 505 CCGAGAGAGCTAGCGAGAATTGCAATTCTAGGTCATGAACAACGGAAGGAACTCCGACAA 564
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CCGAGAGAGCTGGCGAGAATTGCAATTCTAGGTCATGATCAACGGAAGGAACTCCGACAA 479
Query 565 GTCATGAAACGAACTAGGATGACTTATGAGTCTCTTCGGATTCATCTAATGGCGGAGAGT 624
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 480 GTCATGAAACGAACTCGGATGACTTATGAGTCTCTTCGGATTCAACTAATGGCGAAGAGT 539
Query 625 ATGAAGAATCATGTACTTGGTCAAGGGCGTAGACGGAGGAGCGATATGGCGGCTGCGTAT 684
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATGAAGAACCATGTACTTGGTCAAGGGCGTAGACGGAGGAGCGATATGGCGGCTGCGTAT 599
Query 685 ATAATGAGGGATCGGGGACTGTGGTTGAACTATGATAAGCACATAGTTGGTCCAGTCACA 744
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| || |
Sbjct 600 ATAATGAGGGATCGGGGACTGTGGTTGAATTACGATAAGCATATAGTTGGTCCAATCTCC 659
Query 745 GGGGTTGA-AGTAGGGGATATATTCTTCTACCGTATGGAATTGTGTGTGCTGGGCTTACA 803
||||| || | | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 660 GGGGTAGAGATT-GGTGATATTTTCTTCTACCGAATGGAATTGTGTGTGGTGGGCTTACA 718
Query 804 CGGCCAGACACAAGCCGGGATTGATTGTTTAACGGCTGAACGGAGCGCCACTGGAGAGCC 863
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 719 CGGCCAGACACAAGCCGGGATTGACTGTTTAACGGCTGAACGGAGTGCCACTGGAGAGCC 778
Query 864 TATAGCTACCAGCATTGTTGTCTCAGGTGGTTATGAGGATGATGAAGATACAGGAGATGT 923
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TATAGCTACCAGCATTGTTGTCTCAGGTGGTTACGAGGATGATGAAGATACAGGAGATGT 838
Query 924 TTTGGTTTATACTGGTCACGGTGGTCAGGATCATCAACACAAGCAGTGTGATAACCAGAG 983
| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TCTGGTTTATACTGGTCACGGTGGTCAGGATAAGCAACACAAGCAGTGTGATAACCAGAG 898
Query 984 GCTAGTAGGTGGGAATCTGGGAATGGAGAGAAGTATGCACTACGGTATCGAGGTACGTGT 1043
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GCTAGTAGGTGGGAATCTGGGAATGGAGAGGAGTATGCACTACGGTATCGAGGTACGTGT 958
Query 1044 GATTAGAGGTATTAAGTATGAGAACAGTATAAGCTCGAAGGTGTATGTATATGATGGTTT 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GATTAGAGGTATTAAGTATGAGAACAGTATAAGCTCCAAGGTGTATGTATATGATGGTTT 1018
Query 1104 GTATAAGATAGTAGATTGGTGGTTTGCTGTGGGGAAGTCTGGTTTTGGGGTTTTTAAATT 1163
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1019 GTATAAGATAGTAGATTGCTGGTTTGCTGTGGGGAAGTCTGGTTTTGGGGTGTTTAAATT 1078
Query 1164 TAGGTTAGTAAGAATTGAAGGGCAACCGATGATGGGCAGTGCGGTAATGAGGTTTGCACA 1223
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TAGGTTAGTTAGAATGGAAGGGCAACCGATGATGGGCAGTGCGGTAATGAGGTTTGCACA 1138
Query 1224 AACTCTTAGAAATAAGCCATCGATGGTTAGGCCTACTGGTTATGTTAGCTTTGACCTTTC 1283
||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AACTCTTAGAAGTAAGCCGTTGATGGTTAGGCCTACTGGTTATGTTAGCTTTGACCTTTC 1198
Query 1284 TAACAAGAAGGAGAATGTACCC-GTGTTTCTATATAATGATGTAGATGGTGATCAAGAAC 1342
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TAACAAGAAGGAGAATGT-CCCTGTGTTTCTATATAATGACGTAGATGGTGATCAAGAAC 1257
Query 1343 CGAGACATTATGAGTACATTGCAAAAGCTGTCTTTCCTCCTGGAATTTTTGGTCAggggg 1402
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1258 CGAGACACTATGAGTACATTGCAAAATCTGTCTTTCCTCCTGGAATTTTTGGTCAAGGGG 1317
Query 1403 ggATCAGCAGGACTGGCTGCGAGTGTAAGCTCTCTTGTACTGATGATTGTCTCTGTGCAA 1462
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GGATCAGCAGGACTGGCTGCGATTGTAAGCTCTCCTGTACTGATGATTGTCTCTGTGCAA 1377
Query 1463 GGAAGAACGGTGGTGAGTTTGCATATGATGATAACGGGCATCTATTGAA-AGGAAAGCAT 1521
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||
Sbjct 1378 GGAAGAACGGTGGTGAGTTTGCATATGATGATAATGGGCATCTATT-AAGAGGAAAGGAT 1436
Query 1522 GTGGTATTTGAATGTGGGGAATTCTGCACTTGTGGTCCGAGCTGTAAGAGCCGTGTGACA 1581
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GTGGTATTTGAATGTGGGGAATTCTGCACGTGTGGTCCGAGCTGTAAGAGCCGTGTGACA 1496
Query 1582 CAGAAGGGATTGAGGAACAGGCTAGAGGTTTTCAGATCGAAGGAAACCGGTTGGGGTGTC 1641
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CAGAAGGGATTGAGGAATAGGCTGGAGGTTTTCAGATCGAAGGAAACCGGTTGGGGTGTC 1556
Query 1642 AGGACACTTGATCTAATTGAAGCTGGTGCTTTCATATGCGAATATGCAGGTGTAGTTGTC 1701
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1557 AGGACACTCGATCTAATTGAAGCTGGTGCTTTCATATGCGAATATGCAGGTGTTGTTGTC 1616
Query 1702 ACGAGACTTCAAGCCGAGATTCTGTCAATGAATGGGGATGTTATGGTCTATCCTGGTCGG 1761
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 ACAAGACATCAAGCCGAGATTCTGTCAATGAATGGGGATGTTATGGTCTATCCTGGTCGG 1676
Query 1762 TTCACAGACCAATGGCGTAACTGGGGTGATTTATCTCAAGTATACCCAGATTTTGTTAGG 1821
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1677 TTCACAGACAAATGGCGTAACTGGGGTGATTTATCTCAAGTATACCCAGATTCTGTTAGG 1736
Query 1822 CCGAATTATCCATCTCTCCCTCCACTGGATTTCTCAATGGATGTGTCAAGGATGAGGAAC 1881
||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CCGGATTATCCATCTCTCCCTCCCCTGGATTTCGCAATGGATGTGTCAAGGATGAGGAAC 1796
Query 1882 GTGGCTTGCTACATTAGTCACAGCAAAGAACCAAATGTGATGGTGCAATTTGTTTTGCAT 1941
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1797 GTGGCTTGCTACATTAGTCACAGCAAAGATCCGAATGTGATGGTGCAGTTTGTTTTATAC 1856
Query 1942 GACCACAATCACCTGATGTTCCCCCGTGTGATGCTTTTTGCGCTGGAGAATATCTCACCG 2001
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1857 GACCACAACCACCTGATGTTCCCCCGCGTGATGCTTTTTGCGCTGGAGAACATATCACCG 1916
Query 2002 TTGGCCGAGCTAAGCCTGGATTACGGCTTGGCAGATGAAGTGAAC-GGCAAGCTCGCCAT 2060
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1917 TTGGCCGAGCTAAGCCTGGACTATGGCTTGGCAGATGAAGTGAACAGG-AAGCTCGCCAT 1975
Query 2061 CTGCAACTAGTTTTTACAAAGTTTGTTTTT 2090
|||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1976 CTGCAACTAGTTTTGACAAAGTTTGATTTT 2005
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88140826930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5