BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33410.1
Length=1756
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482284 jgi|Araly1|482284|fgenesh2_kg.4__1344__AT2G33410.1 2784 0.0
> Ahg482284 jgi|Araly1|482284|fgenesh2_kg.4__1344__AT2G33410.1
Length=1741
Score = 2784 bits (1507), Expect = 0.0
Identities = 1671/1748 (96%), Gaps = 19/1748 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACCCAATTGGCCGCTATTTTCCAAAGT-CTGTTTAtttttttAAtctctctctcttctc 59
|||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | | |||| ||||||
Sbjct 1 AACCCAATTGGCCGCTATTTTCCAAAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTCCCTTCTC 60
Query 60 tctcACCCAATTTCACAAACCCGAAACCCTAATTTTCTCGGGACACTGAAATTTTTACAG 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTCACCCAATTTCACAAACCCGAAACCCTAATTTTCTCGGGACACTGAAATTTTTACAG 120
Query 120 ---CTTCTTTCCTCTTCTTCACCGGGGAGATTTGTCGGTAC-TAAATCTAGGGTTTTTGG 175
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||
Sbjct 121 CTTCTTCTTTCCTCTTCTTCACCGGGGAGATTTGTCGGT-CTTGAATCTGGGGTTTTTGG 179
Query 176 GTATCACCGGAGGGTTGAAGAGAGAGaaaaaaaCTCACAATGGAATCAGATCAGGGAAAG 235
|||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GTATCAACGGAGGGTTG-A-AGAGAGAAAATTCCTCACAATGGAATCAGATCAGGGAAAG 237
Query 236 CTATTTATCGGCGGGATTTCATGGGATACCGACGAGAATCTTCTGAGAGAGTACTTCAGC 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 CTATTTATCGGCGGGATTTCATGGGATACCGACGAGAATCTTCTGAGAGAGTACTTCAGC 297
Query 296 AATTTCGGCGAGGTTTTGCAGGTCACTGTTATGCGAGAGAAAGCTACTGGTCGTCCTAGA 355
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 298 AATTTCGGCGAGGTTTTGCAGGTCACTGTTATGCGAGAGAAAGCTACTGGTCGTCCCAGA 357
Query 356 GGATTCGGATTCGTCGCATTCTCGGATCCTGCTGTTATTGATAGGGTTCTTCAGGACAAG 415
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GGATTCGGATTCGTAGCATTCTCGGATCCCGCTGTTATTGATAGGGTTCTTCAGGACAAG 417
Query 416 CACCATATTGATAATAGAGATGTTGATGTGAAGAGAGCAATGTCTAGAGAGGAGCAGAGT 475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 418 CACCATATTGATAATAGAGATGTTGATGTGAAGAGAGCAATGTCTAGAGAAGAGCAGAGT 477
Query 476 CCTGCTGGGAGATCAGGGACTTTTAATGCTTCTAGGAATTTTGATAGTGGAGCTAACGTG 535
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CCTGCTGGGAGATCAGGGAATTTTAATGCTTCTAGGAATTTTGATAGTGGAGCTAACGTG 537
Query 536 AGGACTAAGAAGATATTCGTGGGAGGTTTGCCTCCTGCATTAACATCAGATGAATTTCGG 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AGGACTAAGAAGATATTCGTGGGAGGTTTGCCTCCTGCATTAACATCAGATGAATTTCGG 597
Query 596 GCTTACTTTGAGACTTATGGTCCTGTGAGTGATGCAGTCATTATGATTGATCAGACTACA 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GCTTACTTTGAGACTTATGGTCCTGTGAGTGATGCAGTCATTATGATTGATCAGACTACA 657
Query 656 CAGCGTCCTCGAGGATTTGGGTTTGTTTCTTTTGATTCTGAAGATTCGGTTGACCTTGTT 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CAGCGTCCTCGAGGATTTGGGTTTGTTTCTTTTGACTCTGAAGATTCGGTTGACCTTGTT 717
Query 716 TTACATAAGACTTTCCACGATTTGAATGGTAAACAAGTCGAAGTTAAAAGAGCTCTTCCT 775
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 718 TTACATAAGACTTTCCACGATTTGAATGGTAAACAAGTAGAAGTTAAACGGGCTCTTCCT 777
Query 776 AAAGATGCTAACCCTGGAATAGCCAgtggtggtggtcgtggcagtggtggagctggaggg 835
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AAAGATGCTAACCCTGGAGTAGCCAGTGGTGGTGGTCGTGGCAGTGGTGGAGCTGGAGGG 837
Query 836 tttccgggctatggtggttctggtggAAGTGGCTATGAGGGTCGTGTGGATTCTAATAGA 895
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 838 TTTCCGGTCTATGGTGGTTCTGGTGGTAGTGGCTATGAGGGTCGTGTGGATTCCAGTAGA 897
Query 896 TACATGCAGCCGCAAAACACTGGAAGTGGTTATCCTCCTTATGGTGGTTCTGGGTATGGT 955
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 898 TACATGCAGCCGCAAAACACTGGAAGTGGTTATCCTCCTTATGGTGCTTCTGGGTATGGT 957
Query 956 ACTGGTTATGGTTATGGAAGCAATGGTGTAGGTTATGGGGGTTTTGGTGGGTATGGCAAT 1015
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 958 ACTGGTTATGGTTATGGAAGCAATGGCGTAGGTTATGGGGGTTTTGGTGGGTATGGAAAT 1017
Query 1016 CCAGCTGGTGCGCCTTATGGGAATCCTAGTGTCCCTGGAGCTGGGTTTGGAAGTGGTCCA 1075
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CCAGCTGGTGCGCCTTATGGGAATCCTGGTGTCCCTGGAGCTGGGTTTGGAAGTGGTCCA 1077
Query 1076 AGAAGTTCATGGGGCGCTCAAGCACCATCGGGTTATGGGAATGTGGGATATGGAAATGCA 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1078 AGAAGTTCATGGGGCGCTCAAGCACCATCGGGTTATGGGAATGTGGGATATGGAAATACA 1137
Query 1136 GCTCCGTGGGGTGGTTCTGGTGGTCCTGGTTCAGCAGTAATGGGTCAAGCTGGTGCATCT 1195
||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GCTCCGTGGGGTGGTTCTGCTC--CC-GGTTCGGCAGTGATGGGTCAAGCTGGTGCATCT 1194
Query 1196 GCAGGTTATGGCAGTCAAGGTTATGGCTATGGTGGAAATGATTCCTCTTACGGGACTCCA 1255
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 GGAGGTTATGGCAGTCAAGGTTATGGCTACGGTGGAAATGATTCCTCTTACGGGACTCCA 1254
Query 1256 TCTGCCTATGGTGCAGTAGGGGGGCGATCTGGGAATATGCCTAACAACCATGGTGGCGGT 1315
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1255 TCTGCCTATGGTGCAGTAGGTGGGCGATCTGGCAATATGCCTAACAGCCATGGCGGCGGT 1314
Query 1316 GGCTATGCGGATGCTTTAGATGGCTCTGGAGGCTATGGGAATCACCAAGGGAACAACGGG 1375
|||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GGCTATGCGGATGCTTCAGATGTCTCTGGAGGTTATGGGAATCACCAAGGGAACAACGGG 1374
Query 1376 CAAGCTGGTTATGGTGGAGGTTATGGAAGTGGTAGGCAAGCTCAACAACAGTGATTGAAG 1435
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CAAGCTGGTTATGGCGGAGGTTATGGAAGTGGTAGGCAAGCTCAACAACAGTGATTGAAG 1434
Query 1436 AAGAAATACTACTAGAATGTGGTTTTATCGCTGACCTTGAAACCTCCTGCTTTCCGCCTT 1495
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1435 AAGAAAGACTACTACAATGTGGTTTTATCGCTGACCTTGAAACCTCCT-CTTTCCGCCTT 1493
Query 1496 AACCATGTCACGTCTTTGGCGGTTAGACCAGGAGGTGGACCTACGCTGGATTATCTCTTT 1555
|| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 AATGATGTCACGTCTGGGGCGGTTTGACCAGGAGGTCGACCTACGCTGGATTATCTCTTT 1553
Query 1556 TGTTAGTTTCTCAATAAGTTGTTTTCAGGCAATTCCGGATACT---A-T-TT-CCTATCA 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||
Sbjct 1554 TGTTAGTTTCTCAATAAGTTGTTTTCAGGCAATTCCGGATACTGCTAGTATTTCCTATCA 1613
Query 1610 AGTTGTAGTTTTTAAGTTTGCGTGCTTATTTATATTTGTCGCTTTGGAATGGTTTTCTTT 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 AGTTGTAGTTTTTAAGTTTGCGTGCTTATTTATATTTGTCGCTTTGGAATGGTTTTCTTT 1673
Query 1670 CTCTGTTATCCTC-TAGTGTTTGTGTTTAACGATACATCCTCCAGATTATCATTATTCAT 1728
|||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CTCTATTATCCTCCTAGTGTTTGTGTTCAACGATACATCCTCCAGATTATCATTATTCAT 1733
Query 1729 CTCCCTTT 1736
|| |||||
Sbjct 1734 CTTCCTTT 1741
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65896123850
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5