BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33490.1
Length=2075
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482295 jgi|Araly1|482295|fgenesh2_kg.4__1355__AT2G33490.1 3365 0.0
> Ahg482295 jgi|Araly1|482295|fgenesh2_kg.4__1355__AT2G33490.1
Length=2080
Score = 3365 bits (1822), Expect = 0.0
Identities = 2005/2090 (96%), Gaps = 25/2090 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAAACCTCTCTCCGACGGTTACGAGGTGTGCTTCACAAGCATGAATCTAAAGACCGG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAAACCTCTCTCCGACGGTTACGAGGTGTGCTTCATAAGCATGAATCTAAAGACCGG 60
Query 61 AGAGATCTTCGAGCTCTGGTTCAGAAAGATGAGCTTGCCCAAGCTTCTCAGGACGTAGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 AGAGATCTTCGAGCTCTGGTTCAGAAAGACGAGCTTGCCCAAGCTTCGCAGGACGTAGAA 120
Query 121 GACATGAGAGATTGCTATGATAGCTTGCTCAATGCCGCTGCTGCTACTGCCAATAGTGCT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GACATGAGAGATTGCTATGATAGCTTGCTCAATGCCGCTGCTGCTACTGCCAATAGTGCA 180
Query 181 TATGAATTTTCTGAATCTTTGCGAGAACTAGGTGCTTGTCTTCTTGAGAAAACTGCGCTA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TATGAATTTTCTGAATCTTTGCGAGAACTAGGTGCTTGTCTTCTTGAGAAAACTGCGCTA 240
Query 241 AATGATGATGAAGAAAGTGGTAGAGTGTTGATTATGCTGGGAAAGTTGCAGTTTGAATTG 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 AATGATGATGAAGAAAGTGGTAGAGTGTTGATTATGCTGGGAAAATTGCAGTTTGAATTG 300
Query 301 CAAAAACTTGTTGATAAATATC-G--TTCTCATATTTTTCAAACAATCACAATCCCCTCA 357
||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 CAAAAACTTGTTGATAAATATGTGAGTTCTCATATTTTCCAAACAATTACAATCCCCTCA 360
Query 358 GAGTCACTTCTAAATGAACTCCGCATAGTTGAGGAGATGCAGCGGCTTTGTGATGAGAAA 417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 GAGTCACTTCTAAATGAACTCCGCATAGTTGAGGAGATGCAGCGGCTTTGTGATGATAAA 420
Query 418 AGGAATGTTTATGAAGGCATGCTTACAAGACAAAGAGAGAAAGGGAGATCAAAGGGTGGG 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGAATGTTTATGAAGGCATGCTTACAAGACAAAGAGAGAAAGGGAGATCAAAGGGTGGG 480
Query 478 AAAGGAGAAACTTTTTCGCCACAGCAACTACAAGAAGCTCATGATGATTATGAAAACGAG 537
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 AAAGGAGAAACTTTTTCGACACAGCAACTACAAGAAGCTCATGATGAATATGAAAACGAG 540
Query 538 ACGACTTTATTTGTTTTCCGTTTAAAATCCCTGAAACAAGGGCAAACACGTAGTCTTTTG 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACGACTTTATTTGTTTTCCGTTTAAAATCCCTGAAACAAGGACAAACACGTAGTCTTTTG 600
Query 598 ACTCAGGCAGCAAGGCACCATGCAGCACAGTTATGCTTCTTCAAGAAGGCTCTTAGTTCC 657
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 601 ACTCAGGCAGCACGGCACCATGCAGCACAGTTATGCTTCTTCAAGAAGGCTCTTAATTCC 660
Query 658 CTTGAAGAAGTGGACCCACATGTACAGATGGTAACCGAGTCACAGCATATTGATTACCAT 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTTGAAGAAGTGGACCCACATGTACAGATGGTAACCGAGTCACAGCATATTGATTACCAT 720
Query 718 TTCAGCGGATTAGAAGATGATGACGGGGATGATGAAATTGAAAACAATGAGAACGATGGT 777
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTCAGCGGATTAGAAGATGATGATGGGGATGATGAAATAGAAAACAATGAGAACGATGGT 780
Query 778 TCTGAGGTGCATGATGATGGAGAGTTGAGTTTTGAATATAGAGTTAATGACAAGGACCAA 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TCTGAGGTGCATGATGATGGAGAGTTGAGTTTTGAATATAGAGTTAATGACAAGGACCAA 840
Query 838 GATGCGGATTCTTCAGCTGGTGGCTCCTCAGAGTTGGGTAACTCAGACATCACATTTCCA 897
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GATGCGGATTCTTCAGTTGGTGGCTCCTCAGAGTTGGGTAACTCAGACATCACATTTCCA 900
Query 898 CAAATTGGAGGACCATATACTGCACAGGAAAATGAGGAAGGAAATTACAGAAAATCTCAT 957
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 901 CAAATTGCAGGACCATATACTGCACAGGAAAATGAGGAAGGAAACTACAGGAAATCTCAT 960
Query 958 TCGTTTAGGAGAGATGTAAGGGCAGTGAGCCAATCAGCACCACTTTTTCCCGAGAACCGC 1017
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCGTTTAGGAGAGATGTTAGGGCAGTGAGCCAATCAGCACCGCTTTTTCCCGAGAACCGC 1020
Query 1018 ACAACTCCTCCTTCAGAAAAGCTGTTACGGATGCGATCAACTCTGACACGGAAATTCAAC 1077
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1021 ACAACTCCTCCTTCAGAGAAGCTGTTACGGATGCGATCAACTCTGACACGGAAATTTAAC 1080
Query 1078 ACTTATGCATTGCCAACTCCTGTGGAAACAACGAGAAGTCCCTCATCTACTACAAGTCCA 1137
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ACTTATGCATTGCCAACACCTGTGGAAACAACGAGAAGTCCCTCATCTACTACAAGTCCA 1140
Query 1138 GGTCACAAAAACGTGGGGTCATCTAATCCTACAAAGGCAATTACAAAGCAGATTTGGTAT 1197
| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1141 GCTAACAAAAACGTGGGCTCATCTAATCCTACAAAGGCAATTACAAAACAGATTTGGTAT 1200
Query 1198 TCATCCCCACTTGAAACTCGCGGACCTGCAAAGGTTTCCTCAAGATCAATGGTAGCCTTG 1257
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCATCCCCACTGGAAACTCGTGGACCTGCAAAGGTTTCATCAAGATCAATGGTAGCCTTG 1260
Query 1258 AAAGAACAAGTCCTGAGAGAGAGTAACAAGAATACATCTCGGTTGCCTCCGCCTTTAGCA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAAGAACAAGTCCTGAGAGAGAGTAACAAGAATACATCTCGGTTGCCTCCGCCTTTAGCA 1320
Query 1318 GATGGACTCTTGTTCTCTCGTCTCGGTACACTCAAGAGACGATCCTTCTCTGGTCCACTG 1377
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GATGGACTCTTGTTTTCTCGTCTCGGTACACTTAAGAGACGATCCTTCTCTGGTCCACTG 1380
Query 1378 ACAAGTAAACCGTTACCGAACAAGCCTCTCTCTACAACATCTCACTTATACTCTGGTCCG 1437
||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACAAGTAAACCATTACCTAACAGGCCTCTCTCTACAACATCTCACTTATACTCTGGTCCG 1440
Query 1438 ATCCCAAGGAATCCAGTTTCTAAATTGCCAAAAGTGTCATCATCTCCAACTGCTTCCCCT 1497
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ATCCCAAGGAATCCAGTTTCCAAGCTGCCAAAAGTGTCATCATCTCCAACTGCTTCCCCT 1500
Query 1498 ACATTTGTCTCAACCCCAAAAATAAGTGAGCTCCATGAGCTTCCTAGACCACCACCAAGA 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ACATTTGTCTCAACCCCAAAAATAAGTGAGCTCCATGAGCTTCCTAGACCACCACCAAGA 1560
Query 1558 AGCTCTACTAAGTCCTCTAGGGAATTGGGATATTCAGCTCCCTTGGTTTCGAGGAGCCAA 1617
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1561 AGCTCTACAAAGTCCTCTAGGGAATTGGGATATTCAGCTCCCTTGGTTTCGAAGAGCCAA 1620
Query 1618 TTGCTTAGTAAACCTCTTATTACAAATTCAGCTTCTCCTCTTCCTATACCACCTGCAATC 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TTGCTTAGTAAACCTCTTATTACAAATTCAGCTTCTCCTCTCCCTATACCACCTGCAATC 1680
Query 1678 ACTCGTAGCTTCTCTATACCTACTAGCAACCTTAGAGCATCAGATTTAGATATGTCTAAG 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACTCGTAGCTTCTCTATACCTACTAGCAACCTTAGGGCGTCAGATTTAGATATGTCTAAG 1740
Query 1738 ACAAGTCTGGGCACTAAAAAGTTAGGCACTCCCTCGCCTCCTTTAACCCCAATGTCATTG 1797
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ACAAGTCTGGGCACTAAAAAGTTAAGCACTGCCTCGCCTCCTTTAACCCCAATGTCATTG 1800
Query 1798 ATCCATCCACCGCCACAGGCTCTTCCCGAACGTGCAGACCACCTAATGATGTCCAAACAA 1857
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1801 ATCCATCCACCGCCACAGGCTCTTCCAGAGCGTGCAGACCACCTAATGATGTCCAAAGAA 1860
Query 1858 GAGAGGAGGATTTAAGATGTAAGGTGTAAGACGTTTGTAGCTGCCTAAAAACTGTAGGAG 1917
||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GAGAGGAGGATTTAAGATGTAAGATGT------TT-GTAGCTGCCTAAAAACTGTAGGAG 1913
Query 1918 GAAGGCATTCCCTATAGTTGCAGATATATGTAAATATCCTCCAATTTTTAGTCTCATGGA 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||
Sbjct 1914 GAAGGCATTCCCTATAGTTGCAGATATATGTAAATATCCTCCCATTTTTAGTTTCACCGA 1973
Query 1978 TGATCTTAGTTGTATATTACATATAGTAGT---T-GATCCCT-TTT-GAGAATGATGACA 2031
||||||||||| ||||| ||||||||| || | ||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1974 TGATCTTAGTTTTATATCACATATAGTTGTAGATCGATCCCTGTTTTGAGAATGATGACA 2033
Query 2032 A-AAA----TAGAGGCAAACAGAGTTAATAA-TAATTGCCTGAGGAATTT 2075
| ||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 2034 ACAAAAAAATAGAGGCAAACAT--TTA-TAAATAATTGCCTCAGGAATTT 2080
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78046912005
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5