BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33540.1
Length=4302
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482300 jgi|Araly1|482300|fgenesh2_kg.4__1360__AT2G33540.1 6257 0.0
> Ahg482300 jgi|Araly1|482300|fgenesh2_kg.4__1360__AT2G33540.1
Length=4253
Score = 6257 bits (3388), Expect = 0.0
Identities = 3995/4277 (93%), Gaps = 85/4277 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCTTGTAGCTCGATCTGGTTGTTCTAGAACCCTAATTCGAATGGGCAACGATGAAAAC 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCTTGTGGCTCGATCTGGTTGTTCTAGAACCCTAATTCGAATGGGCAACGATGAAAAC 60
Query 61 TTGATGGTAATGGTGGATGTTGAGGAAGGTGAGATTCCTGATTCTGTCAACACTGAGATT 120
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 TTGATGGTATTGGCGGATGTTGAGGAAGGTGAGATTCCTGATTCTGGGAACACTGAGATT 120
Query 121 GAAGTTAAGCACAAGAGTACTACTACTACGGCCGATGTTGGCGGAGACGTCGATGTTGGG 180
||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAAGTTAAGCA-GA-AG-ACTACTACTACGGCCGATGTTGGCGGAGACGTCGATGTT--- 174
Query 181 GTTGTGGCTGGAGGAAGAGGAGGAGGTGGTGGTGGTTCTAATGGCAACTCTAGGGTTTGG 240
| | || ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 175 G--GAGG-AAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGTTCTAACGGCAACTCTAGGGTTTGG 231
Query 241 ACAATGGAGGAGTTGATTTCTCAGTATCCTGCTTACCGTCCATATGCGAATTCGGGTTTA 300
||||||||||| ||| || || ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 232 ACAATGGAGGATTTGCTTACTAAGTATCCTGGTTACCGTCTATATGCGACTTCGGGTTTA 291
Query 301 TCTAATTTAGCTTGGGCTCGAGCTGTGCAGAACAAACCTTTTAATGAAGGTTTGGTAATG 360
|||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 292 TCTAATTTTGCTTGGTCTCAAGCTGTGCAGAACAAATCTCTTAATGAAGGTTTGGTAATG 351
Query 361 GATTATGAACCAAGAGAGAGTGATAAGATTGTGATTGAAGATAGTGATGATGAGAAAGAA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 352 GATTATGAACCAAGAGAGAGTGATAAGATTGTGATTGAAGATAGTGGTGATGAGAAAGAG 411
Query 421 GAAGGTGAGTTGGAGGAAGGTGAAATTGATTTGGTCGACAATGCTTCTGATGACAATTTG 480
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 412 GAAGGAGAGTTGGAGGAAGGTGAAATTGATTTGGTGGAGAATGCTTCTGATGACAATTTG 471
Query 481 GTTG--A-----G--AAGGATACTGAATCTGTTGTGTTGATAAGTGCTGATAAAGTTGAA 531
|||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 472 GTTGCTAGTGTTGACAAGGAAACTGAATCTGTTGTGTTGATAAGTGCTGATAAAGTGGAA 531
Query 532 GATGATCGAATTCTA-AAGGAGAGAGATTTGGAGAAGAAAGTGAAACTAATTCGTGGTGT 590
|||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 532 GATGATCGTATTC-AGAAGGAGATAGATTTGGAGAAGAATGTGAAACTGATTCGTGGGGT 590
Query 591 TTTGGAGAGTACTTCGTTGGTAGAAGCACAGACCGGATTTGAAGGAGTTTGTTCCAGAAT 650
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 591 ATTGGAGAGTACTTCGTTGGTAGAAGCACAGACCGGATTTGAAGGGGTTTGTTCCAGAAT 650
Query 651 ATTGGGGGCGTTAGAGTCTTTGCGAGAGCTGGTTTCAGATAATGATGATTTTCCGAAGAG 710
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 651 TTTGGGGGCTTTAGAGTCTTTGCGAGAGCTGGTTTCAGATAATGAGGATTTTCCGAAGAG 710
Query 711 GGATACTTTAGTTCAATTGTCATTTGCTTCTCTTCAAACCATTAACTATGTGTTTTGCTC 770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 711 GGATACTTTAGTTCAATTGTCATTTGCTTCTCTTCAAACCATAAACTCTGTGTTTTGCTC 770
Query 771 GATGAACAATATTTCCAAGGAGCGTAATAAGGAGACTATGTCAAGATTGCTGACTCTTGT 830
| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 771 GTTGAATAATGTTTCCAAGGAGCGTAATAAGGAGACTATGTCAAGATTGCTAACTCTTGT 830
Query 831 AAATGACCATTTTTCCCAATTTCTCTCATTCAACCAGAAAAATGAGATAGAGACCATGAA 890
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 831 AAATGACCATTTTTCCCGATTTCTCTCATCCAACCAGAAAAATGAGATAGAGGCCATGAA 890
Query 891 TCAGGATTTAAGCCGTTCTGCTATTGCAGTTTTTGCTGGAACCAGCAGTGAAGAGAATGT 950
||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 TCAGGATTTTAGCCGTTCTGCTATTGCAGTTTATACTGGAACCAGCAGTGAAGAGAATGT 950
Query 951 TAATCAAATGACTCAGCCGAGTAATGGTGATTCTTTTCTTGCCAAAAAGCTGACTTCAGA 1010
||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 951 TAATCGAATGACTCAGACAAGTAATGGTGATTCGTTTCTTGCCAAAAAGCTGTCTTCAGA 1010
Query 1011 AAGTACACATCGAGGAGCCGCCTACTTAAGGAGTAGGTTGCCTATGCTGCCTCTTCTAGA 1070
| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 AGGTACACATCGAGGAGCCTCCTACGTAAGGAGTAGGTTGCCTATGCTGCCTCTTCTAGA 1070
Query 1071 CCTTCATAAGGATCATGATGCAGACAGCCTTCCGTCGCCCACAAGGGAAACAACACCAAG 1130
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1071 CCTACATAAGGATCATGATGCAGACAGCCTTCCATCGCCCACTAGGGAAACAACACCAAG 1130
Query 1131 TTTACCTGTAAATGGTCGCCATACAATGGTTAGACCAGGTTTTCCCGTTGGTAGAGAGAG 1190
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1131 TTTACCAGTAAATGGTCGCCATACAATGGTTAAACCAGGTTTTCCCGTCGGTAGAGAGAG 1190
Query 1191 CCAAACGACTGAGGGTGCCAAAGTCTATTCATATGAGAGTGATGCCCGTAAAGCAGTTTC 1250
|||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1191 CCAAACAACTGAAGGTGCCAAAGTCTATCCATATGAGAGTGATGCCCTTAAAGCAGTTTC 1250
Query 1251 TACCTACCAGCAAAAATTTGGTCTTAATTCAGTGTTTAAGACAGATGACCTTCCAAGCCC 1310
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 TACCTACCATCAAAAATTTGGTCTTAATTCAGTGTTTAAGACAGATGACCTTCCAAGCCC 1310
Query 1311 AACCCCATCAGGAGAACCTAATGATGGCAATGGAGACGTTGGTGGAGAGGTTTCCAGTTC 1370
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1311 AACACCATCAGGAGAACCTAATGATGGCAATGGAGATATTGGTGGAGAGGTTTCTAGTTC 1370
Query 1371 TGTTGTTAAGAGCTCGAACCCGGGGAGTCACCTAATTTATGGGCAAGACGTTCCTCTGCC 1430
|||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 TGTTGTTAAGAGCTCGAATCCGGGGACTCTCCTAATTTATGGGCAAGACGTTCCTCTGCC 1430
Query 1431 CTCCAATTTTAATTCTAGAAGCATGCCTGTTGCAAATTCTGTTTCTAGCACTGTTCCACC 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 CTCCAATTTTAATTCTAGAAGCATGCCTGTTGCAAATGCTGTTTCTAGCACTGTTCCACC 1490
Query 1491 ACATCATCTGTCAATTCATGCTATTTCTGCACCAACT-G--C--CT----C------TG- 1534
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | || | ||
Sbjct 1491 ACATCATCTGTCAATTCATACTATTTCTGCACCAACTGGTTCTACTCAAACAGTTTTTGC 1550
Query 1535 A--T---CAGACAGTGAAACCTTCTGCAAAGAGTCGAGATCCAAGACTAAGGCTTGCGAA 1589
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1551 ATCTGACCAGACAGTGAAACCTTCTGCAAAGAGTCGAGATCCAAGACTAAGGCTTGCAAA 1610
Query 1590 ACCTGATGCTGCCAATGTAACCATTTATTCGTACTCGTCTGGCGACGCTAGAAATCTTTC 1649
||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1611 ACCTGATACTGCCAATGTAACCATCAATTCCTACTCGTCTGGCGATGCTAGAAATCTTTT 1670
Query 1650 AAAAGTAGAGCTTTCTGCAGACTTGGTGAACCCAAGAAAACAAAAAGCCGCTGATGAA-T 1708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1671 TAAAGTAGAGCTTTCTGCAGACTTGGTGAACCCAAGAAAGCAAAAAGCCGCTGATGAACT 1730
Query 1709 TTTTAATTGATGGGCCTGCATGGAAAAGACAAAAGAGTGATACGGATGCACCAAAAGCAG 1768
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TTTT-ATTGATGGGCCTGCATGGAAAAGACAAAAGAGTGATACGGATGCACCAAAAGCAG 1789
Query 1769 CTGGAACTGGTGGCTGGCTAGAGGATACAGAATCATCGGGACTTCTAAAACTGGAATCCA 1828
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1790 CTGGAATTGGTGGCTGGCTAGAGGATACAGAATCATCGGGACTTCCAAAACTGGAATCCA 1849
Query 1829 AGCCCAGGCTAATTGAGAACGGTGTAACATCTATGACATCAAGTGTTATGCCCACGAGTG 1888
|||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 AGCCTAGGCTTATTGAGAACGGTGTAACTTCTATGACAACAAGTGTTATGCCCACGAGTG 1909
Query 1889 CTGTTTCTGTGAGCCAAAAAGTACGGACAGCTTCAACTGATACTGCATCATTGCAATCCC 1948
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1910 CGGTTTCTGTGAGCCAAAAAGTACCAACAGCTTCAACTGACGCTGCATCATTGCAATCTC 1969
Query 1949 TTTTGAAGGATATTGCAGTAAATCCTACAATGCTACTGAATCTCCTGAAAATGGGAGAAA 2008
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1970 TTTTGAAGGATATTGCAGTAAATCCGACAATGCTACTGAATCTACTGAAAATGGGAGAAA 2029
Query 2009 GACAAAAGGTACCTGAAAAAGCTATTCAGAAACCCATGGATCCAAGAAGAGCAGCACAAC 2068
| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 GGCATAAGGTACCTGAAAAAGCTCTTCAGAAACCCATGGATCCAAGAAGAGCAGCACAAC 2089
Query 2069 TCCCTGGCTCTTCCGTACAACCAGGGGTATCAACACCGCTT-AGTATACCTGCATCAAAT 2127
| |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2090 TTCCTGGCTCTTCCGTGCTACCAGGGGTATCAGCACCGCTTCA-TATACCTGCATCAAAT 2148
Query 2128 GCTTTAGCTGCTAATTCTTTAAACTC-AGGAGTACTTCAGGATTCTTCCCAAAACGCCCC 2186
||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 GCTTTAGCTACTAATTCTTCAAA-GCGAGGAGTACTTCAGGATTCTTCCCAAAACGCCCC 2207
Query 2187 TGCAGCCGAATCTGGAAGCATTCGCATGAAACCTCGTGATCCTCGCCGAATCCTGCATGG 2246
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 CGCAGACGAATCTGGAAGCATTCGCATGAAACCTCGTGATCCTCGCCGAATCCTGCATGG 2267
Query 2247 AAGTACTCTTCAAAGAACGGACTCTTCAATGGAAAAGCAGACCAAAGTGAATGA-TCCTT 2305
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
Sbjct 2268 AGGTACTCTTCAAAGAACAGACTCTTCAATGGAAAAGCAGTCCAAAGTGAATGATTCC-T 2326
Query 2306 CCACTCTAGGAACCTTGACTATGAAGGGTAAGGCAGAAGATTTGGAAACACCTCCCCAGC 2365
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 2327 CCACTCTAGGAACCTTGACTATGAAGGGTAAGACAGAAGATTTAGAATCACCTTCCCAGC 2386
Query 2366 TTGATCCACGGCAAAATATTAGCCAGAATGGTACCAGCAAAATGAAAATTTCGGGTGAAC 2425
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 TTGTTCCACGGCAAAATATTAGCCAAAATGGTACCAGCAAAATGAAAATTTCGGGTGAAC 2446
Query 2426 TTCTCAGTGGGAAGACACCAGACTTTTCAACACAATTCACCAAAAACCTGAAAAGTATTG 2485
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 2447 TTCTCAGTGAAAAGACACCAGATTTTTCAACACAATTCACCAAAAGCGTGAAAAATATTG 2506
Query 2486 CTGATATGGTTGTCGTATCACAACAA-CTTGGCAATCCCCCAGCAAGTATGCATTCGGTA 2544
|||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2507 CTGATATGGTTGTCGTGTCACAACAAGC-TGGCAATCCCCCAGCAAGTACGCATTCAATA 2565
Query 2545 CAGCTTAAGACGGAGAGAGATGTTAAACATAATCCTTCAAATCCCAATGCCCAGGATGAG 2604
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2566 CAGCTTAAGACGGAGAGAGATGTTAAACAGAATCCTTCAAATCCCAATGACCAGGAGGAG 2625
Query 2605 GATGTGTCAGTTTCAGCAGCATCAGTAACGGCTGCAGCTGGTCCCACTCGTTCCATGAAC 2664
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 GATATGTCAGTTTCAGCAGCATCAGTAACAGCTGCAGCTGGTCCCACTCGTTCCATGAAC 2685
Query 2665 AGTTGGGGAGATGTGGAACACCTATTTGAAGGATATGATGACATTCAGAGAGTAGCTATT 2724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2686 AGTTGGGGAGATGTGGAACACCTATTTGAAGGATATGATGACACGCAGAGAGTAGCTATT 2745
Query 2725 CAAAGAGAGAGAGTTCGTAGGTTAGAGGAACAGAATAAAATGTTTGCATCTCAAAAGCTC 2784
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2746 CAAAGAGAGAGAGTTCGGAGGTTAGAGGAACAGAAGAAAATGTTTGCATCTCAGAAGCTC 2805
Query 2785 TCTCTTGTCTTGGATATAGACCACACCCTTCTCAATTCAGCTAAGTTTAATGAGGTTGAA 2844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2806 TCTCTTGTCTTGGATATAGACCACACCCTTCTCAATTCAGCCAAGTTTAATGAGGTTGAA 2865
Query 2845 TCCCGCCACGAGGAGATATTAAGAAAGAAGGAAGAACAAGATCGTGAGAAACCATATAGA 2904
| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2866 TTCCGCCACGAGGAGATATTGAGAAAGAAGGAGGAACAAGATCGTGAGAAACCATATAGA 2925
Query 2905 CATCTCTTTCGTTTCCTGCACATGGGAATGTGGACTAAACTAAGACCAGGGATTTGGAAT 2964
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 2926 CATCTCTTTCGCTTCCCCCACATGGGAATGTGGACTAAATTGAGACCAGGGATTTGGAAT 2985
Query 2965 TTTTTGGAGAAGGCTAGCAAGCTGTACGAGTTACATCTTTACACTATGGGAAACAAATTG 3024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2986 TTTTTGGAGAAGGCTAGCAAGCTGTACGAGTTACATCTTTACACTATGGGCAACAAATTG 3045
Query 3025 TATGCTACAGAGATGGCCAAGCTGCTTGATCCCAAAGGGGTTCTATTTAATGGACGGGTC 3084
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3046 TATGCTACAGAGATGGCCAAACTGCTTGATCCCAAAGGGGTTCTCTTTAATGGACGGGTC 3105
Query 3085 ATATCGAAAGGAGATGATGGAGATCCTCTTGATGGAGACGAACGAGTACCTAAGAGCAAA 3144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3106 ATATCGAAAGGAGATGATGGAGATCCTCTTGATGGAGATGAACGAGTACCTAAGAGCAAA 3165
Query 3145 GATTTAGAAGGAGTTATGGGTATGGAATCGTCTGTGGTGATCATAGATGACTCTGTCCGA 3204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3166 GATTTAGAAGGAGTTATGGGTATGGAATCGTCTGTGGTGATCATAGATGACTCTGTCCGA 3225
Query 3205 GTGTGGCCTCA-ACACAAAATGAATTTAATAGCTGTTGAAAGATATCTTTATTTCCCTTG 3263
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 GTGTGGCCTCATA-ACAAAATGAATTTAATAGCTGTTGAAAGATATCTTTATTTCCCTTG 3284
Query 3264 TAGTAGACGGCAATTTGGGCTTCTTGGTCCTTCTCTTCTTGAGTTAGATCGTGATGAGGT 3323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3285 TAGTAGACGGCAATTTGGGCTTCTTGGTCCTTCTCTTCTTGAGTTAGATCGCGACGAGGT 3344
Query 3324 ACCTGAGGAGGGCACATTGGCATCTTCATTAGCGGTTATTGAGAAAATACATCAAAA-TT 3382
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 3345 ACCTGAGGAGGGCACATTGGCATCTTCATTAGCGGTTATTGAGAAAATACAT-AAAAGTT 3403
Query 3383 TCTTCTCGCACACTTCATTAGATGAAGTTGATGTGAGAAATATTTTAGCTTCTGAGCAAC 3442
||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404 TCTTCTCGCACACTTCACTAGACGAAGTAGATGTGAGAAATATTTTAGCTTCTGAGCAAC 3463
Query 3443 GAAAGATATTGGCTGGTTGTAGGATTGTATTTAGTCGGATAATCCCAGTGGGTGAAGCCA 3502
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3464 GAAAGATATTGGCTGGTTGTCGGATTGTATTTAGTCGGATAATCCCAGTGGGTGAAGCCA 3523
Query 3503 AACCGCACTTGCATCCCCTGTGGCAAACTGCTGAGCAGTTTGGTGCTGTCTGCACAACCC 3562
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3524 AACCGCACTTGCATCCCTTGTGGCAAACTGCTGAGCAGTTTGGTGCTGTCTGCACAACCC 3583
Query 3563 AGGTGGATGAACATGTCACTCATGTTGTCACAAATTCTCTTGGAACCGACAAGGTAAATT 3622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3584 AGGTGGATGAACATGTCACTCATGTTGTCACAAATTCTCTTGGAACCGACAAGGTAAATT 3643
Query 3623 GGGCACTAACCAGAGGTAGATTTGTTGTTCATCCTGGCTGGGTGGAAGCATCAGCTTTTC 3682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 GGGCACTAACCAGAGGTAGATTTGTTGTTCATCCTGGCTGGGTGGAAGCATCAGCTTTTC 3703
Query 3683 TGTACCAGAGAGCAAATGAGAACTTATATGCCATCAACCCGTAAACCAAATCCATGATCC 3742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3704 TGTACCAGAGAGCAAATGAGAACTTATATGCCATCAACCCGTAAACCAAATCCATTTTCC 3763
Query 3743 GCCCTCTTAA-ATCCCCACCATTTGGTGGAATTGAGACTTAAGAAGGCC-TGAAAACCCA 3800
||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 3764 GCCATCTTAATATCCCCACCATCTGGTGGCATTGAGACTTAAGAAGGCCAT-AAAACCCA 3822
Query 3801 ATAAGTCATATTGGGTTGAT--TA-GGCTAGGCCCC-GGGG-TACATACACATTCTTTTG 3855
||| |||| ||||||||| | || |||||| |||| |||| ||||||| |||| |||||
Sbjct 3823 ATAGGTCAGATTGGGTTGTTGATAAGGCTAGACCCCCGGGGGTACATACGCATTATTTTG 3882
Query 3856 CC-CCAAAAGAAGCGAATTCATTAAAATGCCAAAGGTATTGGGGGCTTTTAACAAAACGA 3914
|| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 3883 CCTCCAAAAGAGGC-AATTCATTAAAATGCCAAAGGTATTAGGGGCTATTAACAAAACGA 3941
Query 3915 ACTCCACATTGTATCAATGGTCTAG-AGTAGATCTACTTACTTTGGG-ATGGTGAAGGAA 3972
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||| | ||||||||||
Sbjct 3942 ACTCCACATTGTATCAATGGTCTAGTA-TAGATCTACTAACTTGGGGGAGGGTGAAGGAA 4000
Query 3973 ACTAGTCTGTCTCTGAATCTaaaaaaaTAACACCAGAGAGACCCAGCATTAGAAAGTATG 4032
| ||||||||||||| |||||||||| | || ||| |||||||||| |||||||| ||
Sbjct 4001 AGTAGTCTGTCTCTGGATCTAAAAAAC-A-CA--AGAAAGACCCAGCAGTAGAAAGTGTG 4056
Query 4033 ATGTGCCAAGGTCACGTGTCAAAGGAGAG-GA---TCATGTTCAATTTTGGTTCTCATCT 4088
|||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4057 ATGTGCCAGGGTCACGTGCCAAAGGAGAGAGAGGATCATGTTCAATTTTGGTTCTCATCT 4116
Query 4089 GTTGATTCATGATCGGT-----CA----GATAAATGTTTGTTGTGGTATTTATGTCTCTT 4139
||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4117 GTTGATTCATGATCGGTAGGTTCTCTCCGATATATGTTTGTTGTGGTATTTATGTCTCTT 4176
Query 4140 GTCGGAAGCAATTCTGATGGGGTACCAAGGCAACAGAGAAGAGAAGAAAGCTTTAATTGA 4199
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 4177 GTTGGAAGCAATTCTGATGGGGTACCAAGGCAACCGAGAAGAGAACAAAGCTTTAATTCA 4236
Query 4200 AATGTTCATATGCCTTA 4216
||||| |||||||||||
Sbjct 4237 AATGTGCATATGCCTTA 4253
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162696124575
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5