BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33680.1
Length=2184
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482316 jgi|Araly1|482316|fgenesh2_kg.4__1376__AT2G33680.1 2610 0.0
> Ahg482316 jgi|Araly1|482316|fgenesh2_kg.4__1376__AT2G33680.1
Length=2142
Score = 2610 bits (1413), Expect = 0.0
Identities = 1563/1636 (96%), Gaps = 8/1636 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 545 GAAATACTTATACATGGTCTACTATGGTTTCTGGTTATGCTACAAG-AGGACGCGTTGAA 603
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 510 GAAATACTTATACATGGTCTACTATGGTATCTGGTTATGCTACAAGAAGGACGTGTTGAG 569
Query 604 GAGGCAATTAAAGTCTTCAATTTGTTTCTTAGA-GAGAAGGAGGAAGGAAGTGATAGTGA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 570 GAGGCAATTAAAGTCTTCAATTTGTTTCTTAGAGGAGAAGGAGAAAGAAAGTGATAGTGA 629
Query 663 CTATGTCTTCACCGCGGTTCTCAGCTCGCTGGCTGCAACCATATACGTAGGACTAGGCAG 722
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 630 CTATGTCTTCACTGCGGTTCTTAGCTCGCTGGCTGCAACCGTATATGTAGGACTAGGCAG 689
Query 723 GCAAATCCATTGCATCACAATTAAAAATGGGTTGCTTGGGTTTGTAGCTTTGAGTAATGC 782
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 GCAAATCCAAGGCATCACAGTTAAAAATGGGTTGCTTGGGTTTGTAGCTTTGAGTAATGC 749
Query 783 GCTTGTTACAATGTATTCAAAGTGTGAGAGCTTGAATGAGGCATGCAAGATGTTTGACTC 842
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 GCTCGTTACAATGTATTCAAAGTGTGAGAGCTTGAATGAGGCATGCAAGATGTTTGACTC 809
Query 843 GTCTGGTGACAGAAATTCGATTACATGGTCAGCAATGGTCACTGGTTATTCTCAGAATGG 902
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 GTCTGGTGACAGAAATTCAATTACATGGTCAGCAATGGTCACTGGTTATTCTCAGAATGG 869
Query 903 GGAATCACTTGAAGCAGTAAAGCTTTTCTCTAGAATGTTTTCTGCTGGAATCAAGCCCAG 962
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 GGAATCACTTGAAGCAATAAAGCTTTTCTCGAGAATGTTTTCTGCTGGAATCAAGCCCAG 929
Query 963 TGAATACACGATTGTTGGGGTTCTTAATGCATGCAGTGACATTTGCTATCTAGAAGAAGG 1022
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 930 TGAATACACTATTGTTGGGGTTCTAAATGCATGCAGTGACATTTGCTATCTAGTAGAAGG 989
Query 1023 GAAGCAACTTCATTCTTTCTTGTTAAAGTTGGGATTTGAAAGACATTTATTTGCAACTAC 1082
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 GAAACAACTTCATTCTTTCTTGTTAAAGTTGGGATTTGAAAGACATTTATTTGCAACTAC 1049
Query 1083 TGCTTTGGTTGACATGTATGCAAAAGCCGGTTGTCTAGCAGATGCCAGAAAAGGTTTTGA 1142
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1050 TGCATTGGTTGACATGTATGCAAAAGCCGGTTGTCTAGCAGATGCCAGGAAAGGTTTTGA 1109
Query 1143 CTGCCTACAAGAACGTGATGTGGCGCTTTGGACATCGCTTATTAGCGGGTATGTTCAAAA 1202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1110 CTGCCTACAAGAACGTGATGTGGCGCTTTGGACATCGCTTATTAGCGGATATGTTCAAAA 1169
Query 1203 CTCAGATAACGAAGAGGCTTTGATTCTGTACCGCAGAATGAAAACAGCAGGTATTATCCC 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 CTCAGATAACGAAGAGGCTTTGATTCTGTACCGCAGAATGAAAACAGCAGGTATTATCCC 1229
Query 1263 AAACGACCCAACCATGGCAAGTGTTCTAAAAGCTTGCTCTTCTCTAGCTACCTTGGAGCT 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 AAACGACCCAACCATGGCAAGTGTTCTAAAAGCTTGCTCCTCTCTAGCTACCTTGGAGCT 1289
Query 1323 CGGAAAGCAAGTACACGGCCACACAATCAAGCATGGGTTTGGGCTTGAAGTTCCAATAGG 1382
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1290 CGGAAAGCAAGTACATGGCCACACAATCAAGCACGGGTTTGGGCTTGAAGTTCCAATTGG 1349
Query 1383 AAGCGCACTTTCTACAATGTACTCAAAGTGTGGGAGTTTAGAAGATGGGAACCTCGTCTT 1442
||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 AAGTGCACTTTCTACAATGTACACAAAGTGCGGGAGTTTAGAAGATGGGAACCTCGTCTT 1409
Query 1443 TAGAAGAACTCCCAATAAAGATGTTGTGTCTTGGAACGCTATGATCTCAGGCTTGTCCCA 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 TAGAAGAACTCCCAATAAAGATGTTGTGTCTTGGAACGCGATGATCTCAGGCTTGTCCCA 1469
Query 1503 TAATGGACAAGGAGATGAGGCTTTGGAACTGTTTGAGGAGATGTTAGCAGAAGGAATGGA 1562
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1470 TAACGGACAAGGAGATGAGGCTTTGGAACTGTTTGAGGAGATGTTAGCAGAAGGAACAGA 1529
Query 1563 ACCAGATGATGTCACTTTCGTGAACATTATATCAGCGTGTAGCCACAAAGGTTTTGTAGA 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1530 ACCAGATGATGTCACTTTCGTGAACATTATATCAGCGTGCAGCCATAAAGGGTTTGTAGA 1589
Query 1623 GAGAGGCTGGTTTTATTTCAATATGATGTCAGATCAGATCGGGCTTGATCCAAAAGTTGA 1682
||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 GAGAGGCTGGTCTTATTTCCATATGATGTCTGATCAGTTCGGGCTTGATCCAAAAGTTGA 1649
Query 1683 CCACTATGCTTGTATGGTTGATCTGCTGAGCCGTGCAGGACAGCTCAAAGAGGCAAAAGA 1742
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1650 CCACTATGCTTGTATGGTTGATGTGCTGAGCCGTGCAGGACAGCTCAAAGAGACAAAAGA 1709
Query 1743 GTTCATCGAATCAGCTAATATTGATCACGGTTTATGCCTTTGGCGGATACTATTAAGCGC 1802
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 ATTCATCGAATCAGCTAGTATTGATCACGGTTTATGCCTTTGGCGGATACTATTAAGCGC 1769
Query 1803 ATGTAAGAACCATGGGAAATGTGAGCTAGGAGTTTACGCAGGAGAGAAGCTCATGGCCCT 1862
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1770 ATGTAAGAACCATGGGAATTGTGAGCTAGGAGTTTATGCAGGAGAGAAGCTCATGGCCCT 1829
Query 1863 TGGATCGAGAGAATCATCAACTTATGTGCAATTGTCAGGCATTTACACGGCTTTAGGGCG 1922
|||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 TGGATCTAGAGAATCATCAACGTATGTGCAACTGGCAGGCATTTACACGGCTTTAGGGCG 1889
Query 1923 GATGAGAGATGTGGAACGGGTTTGGAAACACATGAGAGCAAACGGGGTGAGCAAAGAAGT 1982
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890 GATGAGAGATGTGGAACGGGTTTGGAAACTCATGAGAACAAACGGGGTGAGCAAAGAAGT 1949
Query 1983 GGGTTGCAGTTGGATCGAGCTGAAGAATCAGTACCATGTTTTTGTTGTGGGAGATACAAT 2042
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 GGGTTGCAGTTGGATCGCGCTGAAGAATCAGTGGCATGTTTTTGTTGTGGGAGATACAAT 2009
Query 2043 GCATCCGATGATTGAAGAGACGAAGGAT-TTGGTTTGTTTGGTTAGTAGACAGATGATAG 2101
||||||||||||||| ||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2010 GCATCCGATGATTGAGGAGACAAAGGATCTTG-TTAGTTTGGTTAGTAGACAGATGTTGG 2068
Query 2102 AAGAAGGATTCGTAACTGTGTTGGATTCGTCTTTTGTCGAAGAAGAAGAAGGAACACAAT 2161
||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2069 AAGAAGGATTCGTAACTTTGTTGGATTCTTCTTATGTCGAAGAAGAAGAA----CACAAT 2124
Query 2162 TATCTACTTCTTTCAT 2177
||| ||||||||||||
Sbjct 2125 TATGTACTTCTTTCAT 2140
Score = 743 bits (402), Expect = 0.0
Identities = 476/511 (93%), Gaps = 8/511 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATCCAAGTACCTTTCAAACAGAACTCAACCCG------CATACTTCCACGTTATTa 54
||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTATCCAAGTACCTTTCAAACCGAAATCAACCCGTTCTCTCATACTTCCACGTTATTA 60
Query 55 aaaaaaCTGACTCATCATTCACAGCAAAGGAACCTCGTGGCTGGACGTGCAGTTCATGGA 114
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 AAAGCACTGACTCATCATTCACAGCATAGGAACCTCGTGGCTGGACGTGCAGTTCATGCA 120
Query 115 CAGATCATCAGAACGGG-AGCATCAACCTGCATCCAACATGCCAATGTCCTTGTCAACTT 173
||||||||||| ||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAGATCATCAGGACGGGTA-CATCAACATGCACCCAACATGCCAATGTCCTTGTCAACTT 179
Query 174 TTATGCAAAATGTGGAAAATTGGCCAAAGCCCACTCCATCTTTAACGCCATAATCTGCAA 233
||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 180 TTACGCTAAATGTGGACAATTAGCCAAAGCCCACTCCATCTTCAACGCCATAATCTGCAA 239
Query 234 GGATGTTGTGTCCTGGAACAGTCTCATCACTGGCTATTCTCAGAACGGCGGTATCTCCAG 293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GGATGTTGTGTCCTGGAACAGTCTCATCACTGGCTATTCTCAGAACGGCGGTATCTCCAG 299
Query 294 CTCCTACACTGTTATGCAGCTGTTTCGTGAGATGAGAGCGCAAGATATACTGCCAAATGC 353
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 300 CTCCCACACTGTTATGCAGCTGTTTCGGGAGATGAGAGCACAGGATATACTACCAAATGC 359
Query 354 TTATACCCTTGCTGGGATTTTTAAGGCCGAGTCGAGTCTTCAAAGTTCTACAGTTGGGAG 413
|||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 360 TTATACTCTTGCCGGGATTTTTAAGGCTGAGTCGAGTCTTCAAAGTTGTACAGTTGGGAG 419
Query 414 GCAGGCTCACGCGCTAGTGGTCAAAATGTCAAGTTTTGGGGATATATATGTTGATACTTC 473
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 420 GCAGGCTCACGCACTTGTGGTCAAAATGTCAAGTTTTGGGGATATATATGTTGACACTTC 479
Query 474 GTTGGTGGGCATGTACTGTAAAGCGGGCTTG 504
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTTGGTGGGCATGTACTGTAAAGCGGGCTTG 510
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82198748710
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5