BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G33680.1 Length=2184 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg482316 jgi|Araly1|482316|fgenesh2_kg.4__1376__AT2G33680.1 2610 0.0 > Ahg482316 jgi|Araly1|482316|fgenesh2_kg.4__1376__AT2G33680.1 Length=2142 Score = 2610 bits (1413), Expect = 0.0 Identities = 1563/1636 (96%), Gaps = 8/1636 (0%) Strand=Plus/Plus Query 545 GAAATACTTATACATGGTCTACTATGGTTTCTGGTTATGCTACAAG-AGGACGCGTTGAA 603 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| Sbjct 510 GAAATACTTATACATGGTCTACTATGGTATCTGGTTATGCTACAAGAAGGACGTGTTGAG 569 Query 604 GAGGCAATTAAAGTCTTCAATTTGTTTCTTAGA-GAGAAGGAGGAAGGAAGTGATAGTGA 662 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| Sbjct 570 GAGGCAATTAAAGTCTTCAATTTGTTTCTTAGAGGAGAAGGAGAAAGAAAGTGATAGTGA 629 Query 663 CTATGTCTTCACCGCGGTTCTCAGCTCGCTGGCTGCAACCATATACGTAGGACTAGGCAG 722 |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 630 CTATGTCTTCACTGCGGTTCTTAGCTCGCTGGCTGCAACCGTATATGTAGGACTAGGCAG 689 Query 723 GCAAATCCATTGCATCACAATTAAAAATGGGTTGCTTGGGTTTGTAGCTTTGAGTAATGC 782 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 690 GCAAATCCAAGGCATCACAGTTAAAAATGGGTTGCTTGGGTTTGTAGCTTTGAGTAATGC 749 Query 783 GCTTGTTACAATGTATTCAAAGTGTGAGAGCTTGAATGAGGCATGCAAGATGTTTGACTC 842 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 750 GCTCGTTACAATGTATTCAAAGTGTGAGAGCTTGAATGAGGCATGCAAGATGTTTGACTC 809 Query 843 GTCTGGTGACAGAAATTCGATTACATGGTCAGCAATGGTCACTGGTTATTCTCAGAATGG 902 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 810 GTCTGGTGACAGAAATTCAATTACATGGTCAGCAATGGTCACTGGTTATTCTCAGAATGG 869 Query 903 GGAATCACTTGAAGCAGTAAAGCTTTTCTCTAGAATGTTTTCTGCTGGAATCAAGCCCAG 962 |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 870 GGAATCACTTGAAGCAATAAAGCTTTTCTCGAGAATGTTTTCTGCTGGAATCAAGCCCAG 929 Query 963 TGAATACACGATTGTTGGGGTTCTTAATGCATGCAGTGACATTTGCTATCTAGAAGAAGG 1022 ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 930 TGAATACACTATTGTTGGGGTTCTAAATGCATGCAGTGACATTTGCTATCTAGTAGAAGG 989 Query 1023 GAAGCAACTTCATTCTTTCTTGTTAAAGTTGGGATTTGAAAGACATTTATTTGCAACTAC 1082 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 990 GAAACAACTTCATTCTTTCTTGTTAAAGTTGGGATTTGAAAGACATTTATTTGCAACTAC 1049 Query 1083 TGCTTTGGTTGACATGTATGCAAAAGCCGGTTGTCTAGCAGATGCCAGAAAAGGTTTTGA 1142 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1050 TGCATTGGTTGACATGTATGCAAAAGCCGGTTGTCTAGCAGATGCCAGGAAAGGTTTTGA 1109 Query 1143 CTGCCTACAAGAACGTGATGTGGCGCTTTGGACATCGCTTATTAGCGGGTATGTTCAAAA 1202 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1110 CTGCCTACAAGAACGTGATGTGGCGCTTTGGACATCGCTTATTAGCGGATATGTTCAAAA 1169 Query 1203 CTCAGATAACGAAGAGGCTTTGATTCTGTACCGCAGAATGAAAACAGCAGGTATTATCCC 1262 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1170 CTCAGATAACGAAGAGGCTTTGATTCTGTACCGCAGAATGAAAACAGCAGGTATTATCCC 1229 Query 1263 AAACGACCCAACCATGGCAAGTGTTCTAAAAGCTTGCTCTTCTCTAGCTACCTTGGAGCT 1322 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1230 AAACGACCCAACCATGGCAAGTGTTCTAAAAGCTTGCTCCTCTCTAGCTACCTTGGAGCT 1289 Query 1323 CGGAAAGCAAGTACACGGCCACACAATCAAGCATGGGTTTGGGCTTGAAGTTCCAATAGG 1382 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1290 CGGAAAGCAAGTACATGGCCACACAATCAAGCACGGGTTTGGGCTTGAAGTTCCAATTGG 1349 Query 1383 AAGCGCACTTTCTACAATGTACTCAAAGTGTGGGAGTTTAGAAGATGGGAACCTCGTCTT 1442 ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1350 AAGTGCACTTTCTACAATGTACACAAAGTGCGGGAGTTTAGAAGATGGGAACCTCGTCTT 1409 Query 1443 TAGAAGAACTCCCAATAAAGATGTTGTGTCTTGGAACGCTATGATCTCAGGCTTGTCCCA 1502 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1410 TAGAAGAACTCCCAATAAAGATGTTGTGTCTTGGAACGCGATGATCTCAGGCTTGTCCCA 1469 Query 1503 TAATGGACAAGGAGATGAGGCTTTGGAACTGTTTGAGGAGATGTTAGCAGAAGGAATGGA 1562 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1470 TAACGGACAAGGAGATGAGGCTTTGGAACTGTTTGAGGAGATGTTAGCAGAAGGAACAGA 1529 Query 1563 ACCAGATGATGTCACTTTCGTGAACATTATATCAGCGTGTAGCCACAAAGGTTTTGTAGA 1622 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| Sbjct 1530 ACCAGATGATGTCACTTTCGTGAACATTATATCAGCGTGCAGCCATAAAGGGTTTGTAGA 1589 Query 1623 GAGAGGCTGGTTTTATTTCAATATGATGTCAGATCAGATCGGGCTTGATCCAAAAGTTGA 1682 ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1590 GAGAGGCTGGTCTTATTTCCATATGATGTCTGATCAGTTCGGGCTTGATCCAAAAGTTGA 1649 Query 1683 CCACTATGCTTGTATGGTTGATCTGCTGAGCCGTGCAGGACAGCTCAAAGAGGCAAAAGA 1742 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1650 CCACTATGCTTGTATGGTTGATGTGCTGAGCCGTGCAGGACAGCTCAAAGAGACAAAAGA 1709 Query 1743 GTTCATCGAATCAGCTAATATTGATCACGGTTTATGCCTTTGGCGGATACTATTAAGCGC 1802 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1710 ATTCATCGAATCAGCTAGTATTGATCACGGTTTATGCCTTTGGCGGATACTATTAAGCGC 1769 Query 1803 ATGTAAGAACCATGGGAAATGTGAGCTAGGAGTTTACGCAGGAGAGAAGCTCATGGCCCT 1862 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1770 ATGTAAGAACCATGGGAATTGTGAGCTAGGAGTTTATGCAGGAGAGAAGCTCATGGCCCT 1829 Query 1863 TGGATCGAGAGAATCATCAACTTATGTGCAATTGTCAGGCATTTACACGGCTTTAGGGCG 1922 |||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1830 TGGATCTAGAGAATCATCAACGTATGTGCAACTGGCAGGCATTTACACGGCTTTAGGGCG 1889 Query 1923 GATGAGAGATGTGGAACGGGTTTGGAAACACATGAGAGCAAACGGGGTGAGCAAAGAAGT 1982 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1890 GATGAGAGATGTGGAACGGGTTTGGAAACTCATGAGAACAAACGGGGTGAGCAAAGAAGT 1949 Query 1983 GGGTTGCAGTTGGATCGAGCTGAAGAATCAGTACCATGTTTTTGTTGTGGGAGATACAAT 2042 ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1950 GGGTTGCAGTTGGATCGCGCTGAAGAATCAGTGGCATGTTTTTGTTGTGGGAGATACAAT 2009 Query 2043 GCATCCGATGATTGAAGAGACGAAGGAT-TTGGTTTGTTTGGTTAGTAGACAGATGATAG 2101 ||||||||||||||| ||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||| | | Sbjct 2010 GCATCCGATGATTGAGGAGACAAAGGATCTTG-TTAGTTTGGTTAGTAGACAGATGTTGG 2068 Query 2102 AAGAAGGATTCGTAACTGTGTTGGATTCGTCTTTTGTCGAAGAAGAAGAAGGAACACAAT 2161 ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| Sbjct 2069 AAGAAGGATTCGTAACTTTGTTGGATTCTTCTTATGTCGAAGAAGAAGAA----CACAAT 2124 Query 2162 TATCTACTTCTTTCAT 2177 ||| |||||||||||| Sbjct 2125 TATGTACTTCTTTCAT 2140 Score = 743 bits (402), Expect = 0.0 Identities = 476/511 (93%), Gaps = 8/511 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCATCCAAGTACCTTTCAAACAGAACTCAACCCG------CATACTTCCACGTTATTa 54 ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGTATCCAAGTACCTTTCAAACCGAAATCAACCCGTTCTCTCATACTTCCACGTTATTA 60 Query 55 aaaaaaCTGACTCATCATTCACAGCAAAGGAACCTCGTGGCTGGACGTGCAGTTCATGGA 114 ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 AAAGCACTGACTCATCATTCACAGCATAGGAACCTCGTGGCTGGACGTGCAGTTCATGCA 120 Query 115 CAGATCATCAGAACGGG-AGCATCAACCTGCATCCAACATGCCAATGTCCTTGTCAACTT 173 ||||||||||| ||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CAGATCATCAGGACGGGTA-CATCAACATGCACCCAACATGCCAATGTCCTTGTCAACTT 179 Query 174 TTATGCAAAATGTGGAAAATTGGCCAAAGCCCACTCCATCTTTAACGCCATAATCTGCAA 233 ||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 180 TTACGCTAAATGTGGACAATTAGCCAAAGCCCACTCCATCTTCAACGCCATAATCTGCAA 239 Query 234 GGATGTTGTGTCCTGGAACAGTCTCATCACTGGCTATTCTCAGAACGGCGGTATCTCCAG 293 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 GGATGTTGTGTCCTGGAACAGTCTCATCACTGGCTATTCTCAGAACGGCGGTATCTCCAG 299 Query 294 CTCCTACACTGTTATGCAGCTGTTTCGTGAGATGAGAGCGCAAGATATACTGCCAAATGC 353 |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| Sbjct 300 CTCCCACACTGTTATGCAGCTGTTTCGGGAGATGAGAGCACAGGATATACTACCAAATGC 359 Query 354 TTATACCCTTGCTGGGATTTTTAAGGCCGAGTCGAGTCTTCAAAGTTCTACAGTTGGGAG 413 |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 360 TTATACTCTTGCCGGGATTTTTAAGGCTGAGTCGAGTCTTCAAAGTTGTACAGTTGGGAG 419 Query 414 GCAGGCTCACGCGCTAGTGGTCAAAATGTCAAGTTTTGGGGATATATATGTTGATACTTC 473 |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 420 GCAGGCTCACGCACTTGTGGTCAAAATGTCAAGTTTTGGGGATATATATGTTGACACTTC 479 Query 474 GTTGGTGGGCATGTACTGTAAAGCGGGCTTG 504 ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GTTGGTGGGCATGTACTGTAAAGCGGGCTTG 510 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 82198748710 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5