BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33700.1
Length=2128
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933956 jgi|Araly1|933956|scaffold_401944.1 2174 0.0
> Ahg933956 jgi|Araly1|933956|scaffold_401944.1
Length=1297
Score = 2174 bits (1177), Expect = 0.0
Identities = 1262/1303 (97%), Gaps = 6/1303 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 755 TGATTCAGAGAAGAACTCACCGATGAGTATGGATTTTTCACCTTTGTTAACGGTTCTTGA 814
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGATTCAGAGAAGAACTCAGCGATGAGTATGGATTTTTCACCTTTGTTAACGGTTCTTGA 60
Query 815 GGGAGATTTCAACAAGGATAATACTTCTTCTGCAACAGAAATTGATACTTTAGAGAACTT 874
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGGAGATTTCAACAAGGACAAGGCTTCTTCTGCAACAGAAATTGATACTTTAGAGAACTT 120
Query 875 AGATGACACTAGGCAGATAAGTAAAGGAAAACCTCCGAGGCACCTCACAAGCAGTGCTAC 934
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGATGACACTAAGCAGATAAGTAAAGGAAAACCTCCGAGGCACCTCACAAGCAGTGCTAC 180
Query 935 TAGGCTGCAGCTTGCAGCCAATGCGGATGTGGATGTTTGTAACTTGGTTATGAAGTCACT 994
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 TAGGCTGCAGCTTGCAGCCAATGCGGATGTGGATGTTTGTAATTTGGTTATGAAGTCACT 240
Query 995 TGATGACAAATCAGAGTTTCTACCTGTATACCGATCAGGAAGTTGTGCTGAGCAAGGGGC 1054
|||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGATGAAAAATCGGAGTTTCTGCCTGTATACCGATCAGGAAGTTGTGCTGAGCAAGGGGC 300
Query 1055 AAAACAGTTCATGGAAGATGAACACATTTGCATCGATGATCTTGTTAATCATCTTGGTGC 1114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAAACAGTTCATGGAAGATGAACACATTTGCATCGATGATCTTGTTAATCATCTTGGTGC 360
Query 1115 AGCTATTCAATGCTCTTCTCTTGGAGCCTTCTATGGGGTATTTGATGGCCACGGTGGCAC 1174
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGCTGTTCAATGCTCTTCTCTTGGAGCCTTCTATGGGGTATTTGATGGCCACGGTGGCAC 420
Query 1175 AGATGCAGCACACTTTGTTAGAAAGAACATTCTGAGATTCATTGTAGAGGACTCCTCCTT 1234
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGATGCAGCACACTTTGTTAGAAAGAACATACTGAGATTCATTGTAGAGGACTCCTCCTT 480
Query 1235 CCCACTATGCGTAAAGAAAGCAATTAAGAGTGCTTTCTTAAAAGCTGATTATGAATTTGC 1294
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CCCACTATGCGTAAAGAAGGCAATTAAGAGTGCTTTCTTAAAAGCTGATTATGAATTTGC 540
Query 1295 AGATGATTCTTCTCTTGACATCTCTTCTGGGACCACTGCGCTTACAGCTTTTATTTTTGG 1354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AGATGATTCTTCTCTTGACATCTCTTCTGGGACCACTGCGCTTACAGCTTTTATTTTTGG 600
Query 1355 ACGGAGGTTGATAATTGCAAATGCTGGTGATTGCCGAGCAGTACTGGGGAGAAGAGGTAG 1414
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGGAGGTTGATAATTGCAAATGCTGGTGATTGCCGAGCAGTACTGGGGAGAAGAGGTAG 660
Query 1415 GGCAATTGAGTTGTCCAAAGATCACAAACCAAACTGCACAGCCGAGAAAGTAAGAATAGA 1474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGCAATTGAGTTGTCCAAAGATCACAAACCAAACTGCACCGCCGAGAAAGTAAGAATAGA 720
Query 1475 AAAGTTAGGTGGAGTTGTGTATGACGGTTACCTCAACGGGCAACTATCAGTTGCACGTGC 1534
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAAGTTAGGTGGAGTTGTGTATGATGGCTACCTCAACGGGCAACTATCAGTTGCACGTGC 780
Query 1535 CATTGGAGACTGGCACATGAAAGGTCCCAAAGGCTCTGCTTGTCCGCTAAGCCCAGAGCC 1594
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 781 CATTGGAGACTGGCACATGAAAGGTCCCAAAGGATCTGCTTGTCCTCTAAGCCCAGAGCC 840
Query 1595 AGAGTTGCAAGAGACAGACCTGAGTGAAGACGACGAGTTCTTGATAATGGGATGTGATGG 1654
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 841 AGAGTTGCAAGAGACAGACCTGAGTGAAGACGATGAGTTCTTGATAATGGGATGTGACGG 900
Query 1655 TCTGTGGGATGTGATGAGCAGCCAGTGCGCTGTGACAATAGCTAGGAAGGAACTGATGAT 1714
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCTGTGGGATGTGATGAGCAGTCAGTGCGCTGTGACAATCGCTAGGAAGGAACTGATGAT 960
Query 1715 TCATAATGATCCAGAGAGATGCTCTAGAGAGCTTGTGAGGGAGGCCCTTAAACGGAATAC 1774
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCATAACGATCCAGAGAGATGCTCTAGAGAGCTTGTGAGGGAGGCCCTTAAACGGAATAC 1020
Query 1775 ATGTGACAATTTGACAGTGATTGTTGTGTGCTTCTCTCCGGATCCTCCACAGAGGATAGA 1834
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTGTGACAATTTAACAGTGATTGTAGTGTGCTTCTCTCCGGATCCTCCACAGAGGATAGA 1080
Query 1835 GATCCGAATGCAGTCACGGGTGAGGCGGAGCATATCTGCGGAAGGGTTAAACCTACTCAA 1894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GATCCGAATGCAGTCACGGGTGAGGCGGAGCATATCTGCGGAAGGGTTAAACCTACTCAA 1140
Query 1895 AGGCGTGCTCGATGGCTATCCGTGAGCATGTTATGTTGTACGTTACTTTGTGAGACTATT 1954
||||||||| ||||| || ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGGCGTGCTGGATGGGTACCCGTGAGAATGTTGTGTTATACGTTACTTTGTGAGACTATT 1200
Query 1955 GCCAAGTTAGAGAGAGTGTTTACAGGTTTATTGACATGTTGTGTTCTGAGTATGTTGTTG 2014
|||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1201 GCCAAGTTAGAGAG--TGTT-ACAGGTTTATTGACATGTTGTGATCTGAGTATGTTGTT- 1256
Query 2015 TTACCAATATTAGTAGTATTCAACATCCATTGAGATTTTAGAT 2057
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 --ACCAGTATTAGTAGTATTCAACATCCATTGAGATTTTAGAT 1297
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80065694990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5