BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33760.1
Length=1752
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933964 jgi|Araly1|933964|scaffold_401952.1 2693 0.0
> Ahg933964 jgi|Araly1|933964|scaffold_401952.1
Length=1793
Score = 2693 bits (1458), Expect = 0.0
Identities = 1657/1755 (94%), Gaps = 6/1755 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACAACAAAAGTGGCGGCAAATTCTGCTGCTTACGAAGCCATAGTTCGAGCAGGTCCT 60
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGACAACCAAAGTAGCAGCAAATTCTGCTGCTTACGAAGCCATAGTTCGAGCAGGTCCT 80
Query 61 CGTGTAAAGCAACTTCAACAAGTTCATGCTCACCTCATTGTCACGGGTTATGGTCGTAGC 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 81 CGTGTAAAGCAACTTCAACAAGTTCATGCTCACCTCATTGTCACTAGCTATGGTCGTAGC 140
Query 121 CGGAGTCTCTTGACAAAGCTCATTACTTTAGCTTGTTCCGCTCGAGCCATCGCCTATACT 180
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 141 CGGAGTCTCTTGACAAAGCTCATCACTTTAGCTTGTTCCGCTCGAGCCATCGCTTATACT 200
Query 181 CATCTTCTCTTCCTCTCCGTTCCCCTTCCCGATGACTTCCTCTTCAATTCAGTTATCAAA 240
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 201 CATCTTCTCTTCCTCTCTGTTCCTCTTCCCGATGACTTCCTCTTCAATTCGGTCATTAAA 260
Query 241 TCGACTTCTAAGTTGCGTTTACCTTTGCATTGCGTTGCTTATTACCGTCGTATGTTATCT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 261 TCGACTTCTAAGTTGCGTTTACCTTTGCATTGCGTTGCTTATTACCGTCGTATGCTATCT 320
Query 301 TCAAACGTCTCTCCGAGTAACTACACTTTCACCTCTGTTATCAAGTCTTGCGCCGATCTC 360
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 321 TCTAACGTCTCTCCGAGTAACTACACTTTTACCTCTGTTATCAAGTCTTGCGCTGATCTC 380
Query 361 TCTGCCTTGAGAATCGGAAAAGGTGTTCATTGTCATGCAGTGGTTTCTGGGTTTGGATTG 420
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TCTGCCTTGAAAATCGGAAAAGGTGTTCATTGTCATGCAGTGGTTTCTGGGTTTGGATTG 440
Query 421 GATACTTACGTTCAGGCTGCTTTGGTGACGTTTTATTCAAAGTGTGGCGATATGGAAGG- 479
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||
Sbjct 441 GATACTTATGTTCAGGCTGCTTTGGTGACGTTTTATTCAAAGTGCGGAGATATGG-AGGC 499
Query 480 TGCACGCCAAGTGTTCGATAGAATGCCTGAGAAGTCTATTGTGGCGTGGAATTCGTTGGT 539
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 500 GGCACGCCAAGTGTTCGATAGAATGCCTGACAAGTCTGTTGTCGCGTGGAATTCGTTGGT 559
Query 540 TTCTGGATTTGAGCAAAATGGGTTGGCGGATGAAGCAATTCAGGTGTTTTATCAGATGCG 599
|||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||| |||||||||||
Sbjct 560 TTCTGGGTTTGAGCAAAATGGGTTGGCGGAAGATGCGATTCGGGTGTTCTATCAGATGCG 619
Query 600 AGAATCAGGGTTTGAGCCGGATTCAGCGACGTTTGTGAGCCTTCTCTCGGCTTGTGCCCA 659
|| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 620 AGGATCGGGGTTTGAACCGGATTCAGCGACGTTTGTGAGCCTTCTCTCGGCTTGTGCACA 679
Query 660 AACTGGTGCGGTAAGTTTAGGATCTTGGGTGCATCAGTACATTATCAGTGAGGGTCTTGA 719
|||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||
Sbjct 680 AACTGGTGCGATTAGTTTAGGCTCTTGGGTGCATCAGTATATTGTCTCTGAGGGTCTTGA 739
Query 720 CCTGAATGTTAAACTTGGTACTGCGTTGATTAACTTGTATTCTAGGTGCGGTGACGTTGG 779
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 CGTGAATGTTAAACTCGGTACTGCGTTGATTAACTTGTATTCTAGGTGCGGTGACGTTGG 799
Query 780 AAAAGCCCGGGAAGTCTTTGACAAGATGAAGGAAACTAATGTGGCTGCTTGGACGGCAAT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 800 AAAAGCCCGGGAAGTCTTTGACAAGATGAAGGAAACTAATGTGGCGGCATGGACGGCAAT 859
Query 840 GATCTCTGCTTATGGTACTCATGGATATGGCCAACAAGCTGTAGAGCTGTTTAATAAAAT 899
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 860 GATCTCTGCTTATGGTACTCATGGATATGGCAAACAAGCAGTAGACCTGTTTAATAAAAT 919
Query 900 GGAGGATGATTGCGGTCCAATCCCAAATAACGTAACATTTGTAGCTGTTTTATCGGCTTG 959
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 920 GGAGGATGATTGCGGTCCAATCCCTAATAATGTAACATTTGTAGCTGTTTTATCAGCTTG 979
Query 960 CGCTCATGCTGGACTCGTTGAGGAAGGACGTTCAGTCTACAAGAGAATGACCAAGAGCTA 1019
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 980 CGCTCATGCTGGACTCGTTGAGGATGGACGTTCGGTCTACAAGAGAATGACCGAGAGCTA 1039
Query 1020 TAGATTGATCCCAGGAGTGGAACATCATGTTTGTATGGTAGATATGCTTGGGCGGGCTGG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1040 TAGATTGATCCCAGGAGTGGAACATCATGTTTGTATGGTAGATATGCTTGGACGGGCTGG 1099
Query 1080 ATTTCTTGACGAAGCTTATAAATTCATACATCAGCTTGATGCTACAGGGAAAGCAACTGC 1139
|||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 ATTTCTGGACGAAGCTTATAGATTCATACAGCAGCTTGATGCTACAGGGAAAGCAACTGC 1159
Query 1140 TCCAGCATTGTGGACAGCGATGCTTGGAGCATGCAAGATGCACAGGAACTATGATCTCGG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 TCCAGCATTGTGGACAGCGATGCTTGGAGCTTGCAAGATGCACAGGAACTATGATCTCGG 1219
Query 1200 TGTAGAAATTGCCAAGCGTCTCATAGCCCTTGAGCCAGATAATCCCGGTCATCATGTCAT 1259
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TGTAGAAATCGCCAAGCGTCTCATAGCCCTCGAGCCAGAAAATCCCGGTCATCATGTCAT 1279
Query 1260 GCTCTCAAATATCTATGCCTTGAGTGGCAAAACAGATGAAGTATCACACATAAGAGATGG 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 GCTCTCAAATATCTATGCCTTGAGTGGCAAAACAGATGAAGTATCACACATAAGAGATGG 1339
Query 1320 AATGATGAGGAATAACCTTAGAAAACAGGTTGGCTATAGCGTAATTGAAGTGGAAAATAA 1379
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||
Sbjct 1340 AATGGTGAGGAATAACCTTAGAAAACAGGTCGGCTATAGCATAATTGAAGTCGAAAACAA 1399
Query 1380 GACATATATGTTCAGTATGGGTGATGAGTCTCATCAAGAGACTGGAGAAATTTATCGGTA 1439
||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1400 GACATATCTGTTTAGTATGGGTGATGAGTCTCACCAAGAGACTGGAGAAATCTATCGGTA 1459
Query 1440 TCTGGAAACTTTGATAAGCCGGTGTAAGGAAATAGGGTATGCACCGGTTTCTGAAGAAGT 1499
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TCTGGAAACTTTGATAAGCCGGTGCAAGGAAATTGGGTATGCACCGGTTTCTGAAGAAGT 1519
Query 1500 TATGCACCAAGTTGAGGAAGAGGAAAAGGAGTTCGCACTTAGATACCACAGCGAGAAGCT 1559
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 GATGCACCAAGTAGAGGAAGAGGAAAAGGAGTTTGCACTTAGATACCACAGCGAGAAGCT 1579
Query 1560 TGCTGTAGCATTCGGTTTGTTGAAAACTGTAGATGT-AGCCATTACAATTGTGAAGAATC 1618
|||||||||||| || ||||||||||| |||||| | ||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1580 TGCTGTAGCATTTGGGTTGTTGAAAACAGTAGAT-TCAGCGATTACAGTTGTGAAGAATC 1638
Query 1619 TACGGATCTGTGAGGATTGTCATTCTGCTTTCAAGTATATTTCTATTGTGTCCAATAGAC 1678
| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1639 TGCGCATCTGTGAGGATTGTCATTCTGCTTTCAAGTACATTTCTATTGTATCCAATAGGC 1698
Query 1679 AGATCACT-GTTAGGGATAAGCTCCGGTTTCACCATTTTCAAAATGGTTCTTGTTCATGT 1737
|||||| | || | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 AGATCA-TAGTGCGTGATAAGCTTCGGTTCCACCATTTTCAAAATGGTTCTTGTTCATGT 1757
Query 1738 CTGGACTATTGGTAA 1752
|||||||||||||||
Sbjct 1758 CTGGACTATTGGTAA 1772
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65743762870
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5