BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G33770.1
Length=4103
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg933965 jgi|Araly1|933965|scaffold_401953.1 4357 0.0
> Ahg933965 jgi|Araly1|933965|scaffold_401953.1
Length=2763
Score = 4357 bits (2359), Expect = 0.0
Identities = 2630/2762 (95%), Gaps = 13/2762 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1140 AGGCGTCTAAACTATGGAAATGTCCCTTACTGACTCTGATTGGGATAGCTCCAGCGACAG 1199
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 10 AGGCATCTAAACTATGGATATGTCCCTTACTGACTCTGATTGGGATAGTTCCAGTGACAG 69
Query 1200 TGGTAGCAGTGAACACGAAGAAGTCGAGTTTTCTTATGGTGGACGGGCACAGAACATTTT 1259
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 70 TGGTAGCAGCGAAAACGAAGAAGTCGAGTTTTCTTATGGTGGACGGGCTCAGAACATTTT 129
Query 1260 CTCAAACCTTGAAGAAACCATTGGCAAAATCGATGAGTTCCTGTCGTTCGAGAGGGGATT 1319
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 130 CTCAAACCTTGAAGAGACCATTGGCAAAATCGATGAGTTCTTGTCGTTCGAGAGGGGATT 189
Query 1320 TATGTATGGTGACATTGTGCGGTCCGCCACTGAACCATCAGGACAGAGTGGCAGGGTTAT 1379
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 190 TATGTATGGTGACATTGTGCGGTCCACAACTGAACCATCAGGACAGAGTGGCAGGGTTAT 249
Query 1380 CAACATAGACATGTTTGTCAATCTCGAAAGTACTCATGGGAAGATCATGAAGGAAGTTGA 1439
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 250 CAACATAGACATGTTTGTCAATCTCGAGAGTACTCATGGGAAGATCATAAAGGAAGTTGA 309
Query 1440 TACCAAGAGGCTTCAAAAGTTGCGTTCTATTTCACTCTCTGATTATGTGATTAACGGACC 1499
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 310 TACCAAGAGGCTTCAGAAGTTGCGTTCTATTTCACTCTGTGATTATGTGATTAACGGACC 369
Query 1500 TTGGGTTGGAAGGGTTGACAAAATAGTTGAGCGTGTCTCTGTCACCCTTGATGATGGGAC 1559
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 370 TTGGCTTGGAAGGGTTGACAAAATAGTTGAGCGTGTCTCTGTCACCCTTGATGATGGGTC 429
Query 1560 CAACTATGAGGTCCTTGTAGATGGTCAAGATAAACTTGTGGCCATTCCCCCAAATTTACT 1619
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 430 CAATTATGAGGTCCTTGTAGATGGTCAAGATAAACTTGTGGCCATTCCTCCAAATTTGCT 489
Query 1620 CGAGGATTCTCAATATTCGTATTACCCAGGGCAAAGAGTTCAGGTAAAGCTGGCCCATGC 1679
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 CGAGGATTCTCAATATTCTTATTACCCAGGGCAAAGAGTTCAGGTAAAGCTGGCCCATGC 549
Query 1680 CCCCAGATCAACTACATGGTTATGCGGGACCTGGAGAGGA-ACCCAGGTTATGGGAACTG 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| | |||||||
Sbjct 550 CCCCAGATCAACTACATGGTTATGCGGGACCTGGAG-GGAGAACCAGGTTGTTGGAACTG 608
Query 1739 TTTGCACTGTAGAAGCAGGACTTGTCTACGTCGATTGGGTTGCCTCCATCGTAATGGAGG 1798
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 609 TTTGCGCTGTAGAAGCAGGACTTGTCTACGTCCATTGGGTTGCCTCCATCGTAATGGGGG 668
Query 1799 GTGATCGGAATTTAACTGCACCTCAAGCTTTGCAGAATCCTGAGAGTTTAACTTTGTTAC 1858
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 GTGATAGGAATTTAACTGCACCTCAAGCTTTGCAGAATCCTGAGAGTTTAACTTTGTTAC 728
Query 1859 CTTGTGTTTCTCATGCGAGTTGGCAGCTTGGTGACTGGTGTATACTCCCTGGCTCTTCCC 1918
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 729 CTTGTGTTTCTCATGCAACTTGGCAGCTTGGTGACTGGTGTATACTTCCTGGCTCTTCCC 788
Query 1919 ACTGTGATATAGCAGAGCGGCAAACTCCAAATGTGGCTGCCTACAATCTCAATGAATGCC 1978
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 789 ACCGTGATATAGCAGAGCGACAAACTCCAAATGTGGTTGCCTACAATCTC---GAATGCC 845
Query 1979 ATAAGACATTCCAAAAAGGGTTTAACAGAAATATGCAGAACTCAGGTTTGGATGAGCTAT 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 846 ATAAGACATTCCAAAAAGGGTTTAACAGAAATATGCAGAACTCAGGTTTGGATGAGCTTT 905
Query 2039 TTGTTATCACAAAGACAAAGATGAAGGTTGCTGTTATGTGGCAAGATGGTAGCTGCAGTC 2098
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 TTGTTATTACAAAGACAAAGATGAAGGTTGATGTTATGTGGCAAGATGGTAGCTGCAGTC 965
Query 2099 TGGGAGTTGATTCCCAACAGCTGCTTCCTGTTGGTGCTGTTAATGCTCATGATTTTTGGC 2158
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 TGGGATTTGATTCCCAACAGCTGCTTCCTGTTGGTGCTGTTAATGCTCATGATTTTTGGC 1025
Query 2159 CCGAACAGTTTGTTGTGGAAAAGGAAACCTGCAACAGCAAAAAATGGGGAGTTGTGAAGG 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 CCGAACAGTTTGTTGTGGAAAAGGAAACCTGCAACAGCAAAAAATGGGGAGTTGTGAAGG 1085
Query 2219 CTGTCAATGCTAAGGAACAAACTGTGAAGGTACAATGGACAATACAGGTTGAGAAAGAAG 2278
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1086 CTGTCAATGCAAAGGAACAAACTGTGAAGGTACAATGGACAACACAGGTTGAGAAAGAAG 1145
Query 2279 CAACAGGTTGTGTTGATGAGGTGATGGAAGAAATTGTCAGTGCATATGAACTGCTTGAGC 2338
||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 CAACATGTTGTGTTGGTGAGGTGATGGAGGAAATTGTCAGTGCATATGAACTGCTTGAGC 1205
Query 2339 ACCCTGATTTTGGATTCTGTTTCAGCGATGTGGTGGTCAAGTTACTTCCAGAAGGAAAAT 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1206 ACCCTGATTTTGGATTCTGTTTCAGCGATGTGGTGGTCAGGTTACTTCCAGAAAGAAAAA 1265
Query 2399 TTGATCCAAATGCAGACACAATCGTCGCTACAGAGGCGAAACACCTACTTACAGAGAGTG 2458
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1266 CTGATCCAAATGCAGACACAATCGTCTCTACAGAGACGAAACACCTACTTACAGAGGGTG 1325
Query 2459 ACTACAGTGGCGCATATTTTTTGTCAAGTATTGGTGTTGTTACAGGTTTTAAAAATGGTT 2518
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 ACTACAGTGGCGCATATTGTTTGTCAAGTATTGGTGTTGTTACAGGTTTTAAAAATGGTG 1385
Query 2519 CCGTGAAGGTGAAATGGGCCAATGGTTCTACTAGCAAGGTTGCACCATGTGAAATTTGGA 2578
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 GCGTGGAGGTGAAATGGGCCAATGGTTCTACTAGTAAGGTTGCACCATGTGAAATTTGGA 1445
Query 2579 AAATGGAAAGGTCTGAA-TATTCCAACTCTAGCACTGTAAGTTCGGAAGGCAGTGTTCAA 2637
||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1446 GGATGGAAAGGTCTGAACT-TTCCAACTCTAGCTCTATAAGTTCGGAAGTCAGTGTTCAA 1504
Query 2638 GATCTAAGTCAGAAGATTAGTCAATCGGATGAAGCATCTTCAAACCATCAGGAAACGGGT 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 GATCTAAGTCAGAAGATTAGTCAATCGGATGAAGCATCTTCAAACCATCAGGAAACGGGT 1564
Query 2698 CTGGTGAAGCTCTACAGTGTTGGTGAAAGTTGCAACGAGAACATTCCGGAATGTAGTTCA 2757
||||||||||||| |||||||| |||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1565 CTGGTGAAGCTCTGCAGTGTTGATGAAGGCTGCAACAAGAACATTCCAGAATGTAGTTCA 1624
Query 2758 TTTTTCCTTCCAAAAGCTGCCATTGGATTTATCACAAACCTTGCATCAAGCCTTTTTGGT 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1625 TTTTTCCTTCCAAAAGCTGCCATTGGATTTATCACAAACCTTGCATCAAGCCTTTTCGGC 1684
Query 2818 TATCAGGGTTCCACTTCGGTTATAAGTTCACATTCACGTTGCAATGATTCTGAAGATCAA 2877
| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 TCTCAGGGTTCCACTTCGGTTGTAAATTCACATTCACGTTGCAATGATTCTGAAGATCAA 1744
Query 2878 AGTGACTCTGAGGTCCTTGTTCAAGAAACAGCAGAATCATATGACAACTCTGAAACAAAT 2937
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1745 AGTGACTCTGAGGTCCTTGTTCAAGAAGCCGCAGAATCATATGACAACTCTGAATCAAAT 1804
Query 2938 TCAGGTGAAGTGGATATGACCACCACGATGGTCAACATACCTATAGAAGGAAAAGGAATT 2997
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1805 TCAGGTGAAGTGGATATGACT-CTG-GC-GGTCAACATACCTATAGAAGAAAAAGGAATT 1861
Query 2998 AACAAGACACTGGATTCAACTCTTCTAGAGAACAGCAGGAACCAAGTGAGATTCAGACAG 3057
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1862 AACAAGACACTGGATTCAACTCTGCTAGAGAACAGCAGGAAACAAGTGGGATTCAGACAG 1921
Query 3058 TTTGATATGGTTAATGACTGCTCGGACCATCATTTCCTTTCTTCGGATAAAGGGTTGGCT 3117
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1922 TTTGATATGGTTAATGACTGCTCGGACCATCATTTCCTTTCTTCAGATAAAGGGATGGCA 1981
Query 3118 CAGTCCCAGGTCACAAAGAGTTGGGTGAAGAAAGTCCAGCAAGAATGGAGCAATTTGGAG 3177
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 CAATCTCAGGTCACAAAGAGTTGGGTGAAGAAAGTCCAGCAAGAATGGAGCAATTTGGAG 2041
Query 3178 GCAAATCTTCCGAACACGATATATGTGCGTGTGTGTGAAGAAAGGATGGACCTTCTGCGT 3237
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 GCAAATCTTCCGAACACCATATATGTGCGTGTGTATGAGGAAAGGATGGACCTTCTGCGT 2101
Query 3238 GCAGCCCTGGTTGGTGCCCCTGGAACGCCATATCACGATGGGCTTTTCTTTTTCGACATA 3297
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 GCAGCCCTAGTTGGTGCCCCAGGAACGCCATATCACGATGGGCTTTTCTTTTTCGACATA 2161
Query 3298 ATGCTTCCACCTCAATATCCTCATGAGCCACCAATGGTACATTATCATTCAGGTGGGATG 3357
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 ATGCTTCCACCTCAATATCCTCACGAGCCACCGATGGTACATTATCATTCAGGTGGGATG 2221
Query 3358 CGACTGAATCCGAACCTGTATGAGTCAGGAAGAGTTTGCTTGAGTCTGCTGAATACATGG 3417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2222 CGACTGAATCCGAACCTGTATGAGTCAGGAAGAGTTTGCTTGAGTCTGCTTAATACATGG 2281
Query 3418 AGTGGCTCTGGCACTGAAGTATGGAACGCAGGGAGCTCCTCCATCCTTCAACTTCTTCTT 3477
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2282 AATGGCTCTGGCACTGAAGTATGGAACGCAGGGAGCTCCTCCATCCTTCAGGTTCTTCTT 2341
Query 3478 TCGTTTCAGGCTCTGGTTCTGAATGAGAAGCCTTACTTCAATGAAGCTGGCTATGATAAG 3537
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2342 TCATTTCAGGCTCTGGTTCTGAATGAGAAGCCTTACTTCAACGAAGCTGGCTATGATAAG 2401
Query 3538 CAGTTGGGCCGAGCCGAGGGAGAGAAAAACTCAGTGAGTTACAATGAGAATGCATTCCTC 3597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 CAGTTGGGCCGAGCCGAGGGAGAGAAAAACTCAGTGAGTTACAATGAGAATGCATTCCTC 2461
Query 3598 ATAACCTGCAAATCCATGATCTCAATGCTCCGTAAGCCTCCAAAGCATTTTGAGATGCTT 3657
|| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2462 ATCACCTGCAAATCCATGATCTTGTTGCTTCGCAAGCCTCCAAAGCATTTTGAGGTGCTT 2521
Query 3658 GTGAAGGACCATTTTACGCACCGGGCCCAGCATGTTCTGGCTGCGTGCAAGGCTTATATG 3717
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2522 GTGAAGGACCACTTTACGCACCGGGCCCAGCATGTTCTGGCTGCGTGCAAGGCTTATATG 2581
Query 3718 GAAGGCGTCCCTGTAGGATCATCAGCTAACCTGCAGGGGAACTCAACCACAAATTCCACC 3777
|||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 GAAGGCGTCCCTGTAGGATCATCAGCGAATGTGCACGAGAACTCAACCACAAATTCCACC 2641
Query 3778 GGTTTCAAGATCATGCTCTCCAAACTCTACCCAAAACTTCTTGAAGCATTCTCAGAGATT 3837
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2642 GGTTTCAAGATCATGCTCTCCAAACTCTTCCCAAAACTTCTTGAAGCATTCTCAGAGATT 2701
Query 3838 GGAGTTGATTGC-GTCCAAGAGATTGGACCAGAATCATAAGG-TCGGTAATGTTCTGATG 3895
|||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||
Sbjct 2702 GGAGTTGATTGCAG-CCAAGGGATTGGACCGGAATCATAAAGATTGGTAATGTTCGGATG 2760
Query 3896 TC 3897
||
Sbjct 2761 TC 2762
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155122667548
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5