BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G34357.1
Length=4238
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg321151 jgi|Araly1|321151|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001208 4117 0.0
> Ahg321151 jgi|Araly1|321151|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001208
Length=6795
Score = 4117 bits (2229), Expect = 0.0
Identities = 2459/2572 (96%), Gaps = 7/2572 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 460 CCTCTTTTCAGCACATGCTGAACCACCTGTAGATGTCGTCCAGCCACATATTGTCATCCT 519
|||||| || | | ||| |||||||| | | ||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3321 CCTCTTGTCGGAAGATGGTGAACCACGTTTGGATGTTGTCCAGCCACATGTTGTCATCCT 3380
Query 520 TTCCCTTGTGTTCCCTAAAGTCTCAGCAGGAGTACTGAAGAGGGATGGGTTGGCTTTGCG 579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3381 TTCCCTTGTGTTCCCTAAAGTCTCAGCAGGAGTACTGAATAGGGATGGGTTGGCTTTGCG 3440
Query 580 TCTCGTCCTCAATGTTCTGCGTCTGAAATCAGCCACGCCTGAGTGCTTGATTTCGGGATT 639
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3441 TCTCGTCCTTAGTGTTCTGCGTCTGAAATCAGCCACGCCTGAGTGCTTGATTTCGGGATT 3500
Query 640 GAAGTGTTTGGTTCACCTTCTCACAACGGTTGAGTCCATTATGGTGAACGAAGGCTCTGA 699
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3501 GAAGTGTTTGGTTCACCTTCTCACAACTGTTGAGTCCATTATGGGGAACGAAGGCTCTGA 3560
Query 700 TTCCTACAACATCTTACTGAATTTTGTAACTCATTCAGACGGAAAGGTAAGAAAGCTAGC 759
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3561 TTCCTACAGCATTTTACTGAATTTTGTAACTCATTCAGACGGAAAGGTAAGAAAGCTAGC 3620
Query 760 AAGCTCCTGTCTCCGTGATGTCCTGCAGAAATCCCATGGAACAAAGGCCTGGCAATCAGT 819
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3621 AAGCTCGTGTCTCCGTGATGTCCTGCTGAAATCCCATGGAACAAAGGCCTGGCAATCAGT 3680
Query 820 CAGTGGAGCTATTACAGAAATGTTCCAGAACTATTTAGACCTCGCCCATAAATCGGAAGT 879
||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3681 CAGTGGAGCTATTGCAGAATTATTCCAGAATTATTTAGAACTCGCCCATAAATCGGAAGT 3740
Query 880 GGGTTCTACCGAAGGAGCCAGAGGG-GCAAAGCAAGTGCTTTACATTCTTAGCACTCTAA 938
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3741 GGGTTCTACCGAAGGAGCCAG-GGGAGCAAAGCAAGTGCTTTACATTCTCAGCACTCTAA 3799
Query 939 AAGAATGCTTGGCCTTGATGTCAAAAAAGCACATTGCTACTCTGATTGAGGGATTTAAGG 998
|||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3800 AAGAGTGCTTGGCCTTGATGTCGAGAAAGCACATTGCTACTTTGATTGAGGGATTTAAGA 3859
Query 999 TGCTGATGATTCTTCGCGATCCATACATTACAAGGCCAGTGATAGACTCTTTAAATGCAG 1058
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3860 TGCTGATGATTATTCGCGATCCGTACATTACAAGGCCAGTGATAGACTCTTTATATGCAG 3919
Query 1059 TTTGTCTCAATCCAACCTCCGAGGTTCCGGTTGAGGCGCTGCTCGAAGTGTTATCTCTTG 1118
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3920 TTTGTCTCAATCCAACCTCCGAGGTTCCAGTTGAGGCGCTGCTCGAAGTGTTATCTCTTG 3979
Query 1119 CGGCTGGACTGTTCTCGGGACATGAAACATCTGCTGATGCCATGACCTTTACAGCACGTT 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3980 CGGCTGGACTGTTCTCGGGACATGAAACATCTGCTGATGCCATGACCTTTACAGCACGTT 4039
Query 1179 TACTGAAAGTTGGGATGACTAGGAGTTT-TACCCTAAACAGAGATCTTTGTGTGGTTAAA 1237
|||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4040 TACTGAAAGTTGGGATGACTAGGAGTTTCT-CCCTGAACAGAGATCTTTGTGTGGTTAAA 4098
Query 1238 CTTCCTAGTGTGTTCAATGGTCTGAATGATATTATTGCATCTGAACACGAGGAGGCTATC 1297
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4099 CTTCCTAGTGTGTTCAATGGTCTGAATGATATCGTTGCATCTGAACACGAGGAGGCAATC 4158
Query 1298 TTTGCAGCAACTGATGCGTTGAAGAGTTTGATATTTTCATGTATTGACGAAAGCTTGATC 1357
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4159 TTTGCAGCAACTGATGCATTGAAGAGTTTAATATTTTCATGCATTGACGAAAGCTTGATC 4218
Query 1358 AGAGAAGGTGTCAATGAAATCCGGAATTCAAACTTGAATGTAAGGAAGCCTAGTCCAACA 1417
|||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 4219 AGAGAAGGTGTCAACGGAATCCGGAATTCAAGCTTGGATGTACGGAAGTCTAGTCCAACA 4278
Query 1418 GTCATCGAAAAGCTGTGTGCAACAGTTGAGAGCTTGCTTGATTACAAGTACCATGCAGTC 1477
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4279 GTCATTGAAAAGCTGTGTGCAACGGTTGAGAGCTTGCTTGATTACAAGTACCATGCAGTC 4338
Query 1478 TGGGATATGGCTTTTCAAGTAGTTTCAGCAATGTTTGATAAATTAGGTGAACATTCTGCA 1537
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 4339 TGGGATATGGCTTTTCAAGTAGTTTCAGCGATGTTCGATAAATTAGGTGAAGAGTCTGCA 4398
Query 1538 TATTTTATGAGGAACACCCTCCAGGGTTTATCTGATATGCAAGATTTACCTGATGAAGGA 1597
|||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4399 TATTTTATGAGGAAGACCCTCGAGGGCTTATCAGATATGCAAGATTTACCTGATGAAGGG 4458
Query 1598 TTTCCTTACCGGAAGCAGTTGCATGAGTGTGTAGGATCAGCCCTTGGTGCTATGGGACCT 1657
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4459 TTTCCTTACCGGAAGCAGTTGCATGAGTGTGTTGGATCAGCTGTTGGTGCTATGGGACCT 4518
Query 1658 GAAACATTTTTAAGCATTGTGCGTTTAAACCTTGAAGCTAATGATCTGTCTGAGGTAAAA 1717
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4519 GAAACATTTTTAAGCATTGTTCGTTTAAACCTTGAAGCTAGTGATCTGTCTGAGGTAAAA 4578
Query 1718 GTTTGGCTCTTCCCAATCTTGAAGCAGTACACAGTTGGAGGACGCCTAAGTTTCTTCACA 1777
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4579 GTTTGGCTCTTCCCAATCTTGAAGCAGTATACAGTTGGAGGTCGCCTAAGTTTCTTCACA 4638
Query 1778 GAGGCTATTTTTAGCATGGTCGAAACAATGAGCCACAAAGCTCAAAAGCTCAAGCTACAA 1837
||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4639 GAGACTATTTTTAGTATGGTCGAAACAATGAGCCAGAAAGCTCAACAGCTCAAGCTACAA 4698
Query 1838 GGTCTTCCTGTAGCATCCAGGAGTGTGGATTCTCTCGTATATTCATTATGGGCTTTGTTA 1897
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4699 GGTCTTCCTGTAGCATCTAGGAGTGTGGATTCTCTCGTATATTCATTATGGGCTTTGCTA 4758
Query 1898 CCTTCATTCTGTAATTATCCCGTGGATACTGTGGAGAGTTTTGCCGATCTGGGGCGAATA 1957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4759 CCTTCATTCTGTAATTATCCCGTGGATACTGTGGAGAGTTTTGCCGATCTGGGGCGAATA 4818
Query 1958 TTATGTGGAGTTCTTCAAACACAGGCTGAGACCCATGGAATTATATGTGCCAGTTTGAAT 2017
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4819 TTATGTGGAGTTCTTCAAACACAGGCTGAGACCCGTGGAATTATATGCGCCAGTTTGAAT 4878
Query 2018 ATTCTGATTCAACAAAATAAGGAAGTTGTTGAGGGGAAAGAAGTACCTACTAATGATGCT 2077
||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 4879 ATTCTTATTCAACAAAATAAGGATGTTCTTGAGGGG--A-AAGTACCTACTAATGATGCT 4935
Query 2078 AGTCCTGCTATGCAACGAGCTACTGCTCGTTATGATTCACAGCATGCGGCAGCTAATTTA 2137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4936 AGTCCTGCTATGCAACGAGCTACTGCTCGTTATGATTCACAGCATGCGGCAGCTAATATG 4995
Query 2138 AAAGTTCTGCGGTTATGTGCTCCTAAATTATTGGATGTTTTGTCAAGGATATTTCATGAA 2197
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4996 AAAGTTCTGCGGTTGTGTGCTCCTAAATTATTGGATGTTTTGACAAGGATATTTCATGAA 5055
Query 2198 TGTAGCAAAGATGATGGCGGTTCTCTTCAGTCTGCGATAGGTAACTTAGCTTCCATAGCG 2257
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 5056 TCTGGCAAAGATGATGGCGGTTCTCTTCAGTCTGCGATAGGCAACTTGGCTTCCATAGCG 5115
Query 2258 GAGAAAAAGACTGTTTCAAAGCTACTTTTCAAGACTCTGCAAGAGCTTTTAGAGGCTACC 2317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5116 GAGAAAAAGACTGTTTCAAAGCTACTTTTCAAGACTCTGCGAGAGCTTTTAGAGGCTACC 5175
Query 2318 AAAACTGCCATTGCACAAGATGAAAGTCCTGTTAGTGGGATGGATGTGGATAACACCGCA 2377
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5176 AAAACTGCCATTGCACAAGATGAAAGTTCTGTTAGTGGGATGGATGTGGATAACACCGCA 5235
Query 2378 GACAAAAATTCTTCTTCCAACTTAAGGGCAAGGTTGTTTGATCTGTTAGTTTCACTCTTA 2437
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5236 GACAAAATTTCATCTTCCAACTTAAGGGCAAGGTTGTTTGATCTGTTAGTTTCACTTTTA 5295
Query 2438 CCGGGTTTGGATGGTCAAGAAGTAGATACCATATTCAGTTCTCTGAAGCCTGCAATGCAG 2497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5296 CCGGGTTTGGATGGTCAAGAAGTAGATACCATATTCAGTTCTCTGAAGCCTGCAATGCAG 5355
Query 2498 GATTCCAAGGGCCTAATTCAAAAGAAAGCGTACAAAGTTCTTTCGGTCATTTTGAAGAGT 2557
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 5356 GATCCCAAGGGCCTAATTCAAAAGAAAGCGTACAAAGTTCTTTCGATCATCTTGAAGAGT 5415
Query 2558 TCTGATGGATTTGTTTCAAAGAACCTCGAGGAGTTGCTTGTGCTGATGCACAATATATGC 2617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 5416 TCTGATGGATTTGTTTCAAAGAACCTCGAGGAGTTGCTTGAGCTGATGCACAACATATGC 5475
Query 2618 CATGTCTCTGCCAAACGCCATAAACTTGATTGTTTATACTTCCTGTTAGCTCATGCATCA 2677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5476 CATGTCTCTGCCAAACGCCATAAACTTGATTGTTTATACTTCCTGTTAGCTCATGCGTCA 5535
Query 2678 AGGACTGATGATTTAAAGGAGAGAAAAGACATTGTTTCTTCTTTTCTACCCGAAGTTATA 2737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5536 AGGACTGATGATTTAAAGGAGAGAAAAGACATTGTTTCTTCTTTTCTACCCGAAGTTATA 5595
Query 2738 CTTGCTTTAAAGGAGGTAAATaaaaaaaCAAGAAACAGAGCCTATGACGTGCTTGTTCAG 2797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5596 CTTGCTTTAAAGGAGGTAAATAAAAAAACAAGAAACAGAGCCTATGACGTGCTTGTTCAG 5655
Query 2798 ATTGGTCATGCATACGCAGATGAGGAGAATGGTGGAGACAACGAGAAGTTGCATGGGTAC 2857
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 5656 ATTGGTCATGCATACGCAGATGAGGAAAATGGTGGAGACAATGAGAAACTGCATGGGTAC 5715
Query 2858 TTCGATATGGTGGTTGGTTGCTTGGCTGGCGAAAAACCTCAAATGATTAGTGCTGCTGTC 2917
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5716 TTCAATATGGTGGTTGGTTGCTTGGCTGGAGAAAAACCTCAGATGATTAGTGCTGCTGTC 5775
Query 2918 AAGGGTGTAGCTCGTTTGACATATGAGTTCTCCGATCTCATATCTAGTGCTTACAATTTA 2977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5776 AAGGGTGTAGCTCGTTTGACATATGAGTTCTCCGATCTCATAGCTAGTGCTTACAATTTG 5835
Query 2978 CTTCCTTCAACATTTCTTCTCCTCCAGAGGAAAAATAAAGAAATTACAAAAG 3029
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5836 CTTCCTTCAACATTCCTTCTCCTCCAGAGGAAAAATAAAGAAATCACAAAAG 5887
Score = 1445 bits (782), Expect = 0.0
Identities = 873/917 (95%), Gaps = 6/917 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3153 CAAAGGTGAGGCTTCTGTTGGAGATGCTCATCAAGAAATGTGGCACGGAGGCTGTCAAGT 3212
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5882 CAAAAGTGAGGCTTCTGTTGGAGATGCTCATCAAGAAATGTGGCACGGAGGCTGTCAAGT 5941
Query 3213 CTGTGATGCCTGAGGAACATATGAAACTCCTGACAAACATCCGAAAGATCAAGGAACGTA 3272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5942 CTGTGATGCCTGAGGAACATATGAAACTCCTGACAAACATCCGAAAGGTCAAGGAACGTA 6001
Query 3273 AAGAGAAAAAATATGCAGCTGGCTCTGACATCAGTAAATCGCAGCATTCAAAAGATACTT 3332
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 6002 AAGAGAAAAAATATGCAGCTGGCTCTGACATCAGTAAATCGCAGCATTCAAAAGATGCTT 6061
Query 3333 CATCAAAGGTTAGCAGGTGGAATGATACCAAGATATTTTCTGATGTATACGCGGA-CAGT 3391
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | | | ||| | |
Sbjct 6062 CATCAAAGGCTAGCAGGTGGAATGATACGAAGATATTTTCTGA-CT-T-TGAGGATGAAT 6118
Query 3392 --GAGGACAGTGACGGAGACGACATGGATGCGGAGTCTCATGGCCGCAGCAAGGCTTCCT 3449
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 6119 ACGAGGACAGTGACGGAGAGGACATGGATGCGGAGTCACATGGCCGTAGCAAGGCTTCCT 6178
Query 3450 CTTTGTTAAAATCCAAGGCATCCGCTTTGAGATCCAAGAAAAGTCGGAACCAGAGTCATC 3509
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 6179 CTTTGTTAAAATCCAAGGCATCCGCTTTGAGATCCAAGAAAAGTCGGAACCAGAGTCACC 6238
Query 3510 TTGAAGTGGATGAGTCAGATGATGAACCGCTTGACTTAATGGATCAGCACAAAACAAGAT 3569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 6239 TTGAAGTGGATGAGTCAGATGATGAACCGCTTGACTTAATGGATCGGTACAAAACAAGAT 6298
Query 3570 TAGCTCTTCGGTCAAGTGAACTTCGCAAACGGAAAGCTGACTCGGATGAAGAAGCAGAGT 3629
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6299 TAGCTCTTCGATCAAGTGAACTGCGCAAACGGAAAGCTGACTCGGATGAAGAAGCAGAGT 6358
Query 3630 TTGATGTGGAAGGGCGGCTAGTTATTCGTGAAGGAGAGAGGTCTAAAAGGAAGGAACTAT 3689
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 6359 TTGATGTGGAAGGGCGGCTAATCATTCGTGAAGGAGAGAGGGCTAAAAGGAAGGAAATAT 6418
Query 3690 CTGATGCAGATTCAGATGCCAAAAGTAGCAAAGGCAGCCGTTTCTCTGGAAACTCATCCA 3749
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6419 CTGATGCAGATTTAGATGCCAAAAGTAGCAAAGGTAGCCGTTTCTCTGGAAACTCATCCA 6478
Query 3750 AGAAGAACCAAAAGCGGATGAAGACATCAGAGTCTGGATACGCTTACACAGGCAAAGAGT 3809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 6479 GGAAGAACCAAAAGCGGATGAAGACATCAGAGTCTGGATACTCTTACACAGGCAAAGAGT 6538
Query 3810 ATGCAAGCAAAAAGGCAAGTGGCGATCTTAAGAAGAAAGATAAACTTGAACCATATGCCT 3869
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 6539 ATGCAAGTAAAAAGGCAAGTGGCGATCTGAAGAAGAAAGATAAGCTTGAACCGTATGCAT 6598
Query 3870 ATTGGCCACTCGATCGCAAGATGATGAGCCGTAGACCAGAGCAACGGGCAGTTGCAGTGA 3929
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 6599 ATTGGCCACTTGATCGCAAGATGATGAGCCGTAGACCAGAGCAGCGGGCAGTTGCAGTCA 6658
Query 3930 GAGGGATGTCAAGTGTGGTCAAGATGGCAAAGAAAATGGAAGGCAAGAGCGCTGCAGAAG 3989
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 6659 GAGGGATGTCAAGTGTGGTCAAGATGGCAAAGAAGATGGAAGGAAAGAGCGCTGCAGAAG 6718
Query 3990 CACTTGCCACCACCAAGTTCAAAAAATTCAAGAGGAGTGGTCAGAAGAAATCAGCTGGGA 4049
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 6719 CACTTGCCACGACCAAGTTCAAAAAATTCAAGAGGAGTGGTCAGAAGAAATCTGCTGGGA 6778
Query 4050 AGAAGAAAAACAAGTAA 4066
|||||||||||||||||
Sbjct 6779 AGAAGAAAAACAAGTAA 6795
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 160260439903
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5