BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G34670.2
Length=2809
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg901298 jgi|Araly1|901298|Al_scaffold_0004_1948 3314 0.0
> Ahg901298 jgi|Araly1|901298|Al_scaffold_0004_1948
Length=2079
Score = 3314 bits (1794), Expect = 0.0
Identities = 1997/2093 (95%), Gaps = 22/2093 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 565 ATGGGTTGTGCTGCTTCAAGAATTGATAATGAAGAAAAGGTTTTAGTGTGTAGGCAGAGA 624
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTTGTGCTGCTTCAAGAATTGATAATGAAGAAAAAGTTTTAGTGTGTAGGCAGAGA 60
Query 625 AAGAGGCTAATGAAAAAGTTATTAGGGTTCAGGGGAGAATTTGCAGATGCACAGTTGGCT 684
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAGGCTAATGAAAAAGTTATTAGGGTTCAGGGGAGAATTTGCTGATGCACAGTTGGCT 120
Query 685 TATCTTAGAGCTTTGAGGAACACTGGTGTTACTCTTAGGCAATTCACTGAGTCTGAGACC 744
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATCTTAGAGCTTTGAGGAATACTGGAGTTACTCTTAGGCAATTCACTGAGTCTGAGACC 180
Query 745 TTGGAGCTTGAAAACACTAGTTATGGTTTAAGTTTgcctttgcctccttcgcctcctcct 804
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 181 TTGGAGCTTGAAAACACTAGTTATGGTTTAAGTTTGCCTTTGCCTCCTTCACCGCCTCCT 240
Query 805 acattgcctccttcacctccaccacctcctccATTTAGCCCGGATTTGAGAAATCCTGAG 864
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACATTACCTCCTTCACCTCCACCTCCTCCTCCATTTAGCCCGGATTTGAGAAATCC---- 296
Query 865 ACTAGTCATGACTTGGCTGATGAGGAGGAAGA-GG-G-TG-A-A-AATGATGGTGGTAAT 918
| | | | |||||||||||||||||||| || | || | | | |||||||||||||
Sbjct 297 -C--G--A--A-TTGGCTGATGAGGAGGAAGAGGGTGCTGCAGAGATTGATGGTGGTAAT 348
Query 919 GATGGAAGTGGTGCAGCTCCTCCGCCTCCATTGCCGAATTCTTGGAACATTTGGAACCCT 978
|||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 GATGCAAGTGGTGCAACTCCTCCGCCTCCTTTGCCGAATTCTTGGAACATTTGGAACCCT 408
Query 979 TTTGAGTCACTTGAGCTGCATAGTCATCCAAATGGTGACAATGTAGTTACACAAGTTGAA 1038
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 409 TTTGAGTCACTGGAGCTGCATAGTCATCCAAATGGTGACAATGTAGTTACACAAATTGGG 468
Query 1039 CTGAAGAAGAAACAACAAATTCAGCAAGCTGAAGAGGAAGATTGGGCGGAGACGAAGTCT 1098
||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 469 CTGAAGAAGAAGCAGCAAATTCAGCAAGCTGAAGAAGAAAATTGGGCTGAGACGAAGTCT 528
Query 1099 CAATTTGAGGAAGAAGATGAGCAACAAGAAGCAGGAGGTACTTGCCTTGATTTGAGTGTT 1158
|| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 529 CAGTTTGAGGAAGAAGATGAGCAACAACAAGCAGGAGGTACTTGCCTTGATTTAAGTGTT 588
Query 1159 CATCAAATAGAGGCTGTTAGTGGCTGTAACATGAAGAAGCCAC-GTCGTCTGAAGTTTAA 1217
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 589 CATCAAATAGAGGCTGTTAGTGGCAGTGACATGAAGAAGCCACAG-CGTCTGAAGTTTAA 647
Query 1218 GCTGGGAGAAGTTATGGACGGTAACTCATCTATGACAAGCTGCTCCGGTAAAGATCTTGA 1277
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 648 GCTGGGAGAAGTTATGGACGATAACTCATCAATGACAAGCTGCTCCGGTAAAGATCTGGA 707
Query 1278 GAAAACTCATGTGACTGATTGT-AGAATCAGGAGGACCTTAGAAGGAATCATCAGAGAGT 1336
||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 GAACACTCGTGTGACTGATTGTAAG-ATCAGGAGGACCTTAGAAGGAATCATCAGAGAGT 766
Query 1337 TGGATGATTATTTTCTTAAAGCATCGGGTTGCGAGAAGGAGATAGCTGTGATAGTAGACA 1396
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 TGGATGATTATTTTCTAAAAGCGTCGGGTTGCGAGAAGGAGATAGCTGTGATAGTAGACA 826
Query 1397 TCAACAGTAGGGATACTGTTGATCCTTTCAGGTACCAGGAAACAAGAAGGAAGAGAAGCA 1456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 827 TCAACAGTAGGGATACTGTTGATCCTTTCAGGTACCAGGAAACAAGAAGGAACAGAAGCA 886
Query 1457 GCTCGGCAAAGGTATTCAGTGCATTGTCATGGAGTTGGTCTTCAAAGTCTCTTCAGTTGG 1516
| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 GTTCCGCAAAGGTATTCAGTTCATTGTCATGGAGCTGGTCTTCAAAGTCTCTTCAGTTGG 946
Query 1517 GCAAAGATGCTACAACAAGCGGGACTGTTGAACCCTGTAGGCCTGGAGCTCACTGCAGCA 1576
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 GCAAAGATGCTACAACAAGCGGCACTGTTGAACCCTGTAGGCCTGGAGCTCACTGCAGCA 1006
Query 1577 CACTTGAGAAGCTATACACAGCTGAGAAGAAACTTTACCAGCTAGTCAGAAACAAAGAGA 1636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 CACTTGAGAAGCTATACACAGCTGAGAAGAAACTTTACCAGCTAGTCAGAAACAAAGAGA 1066
Query 1637 TTGCCAAAGTGGAGCATGAGAGGAAGTCTGCATTACTGCAAAAGCAAGATGGGGAAACCT 1696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 TTGCCAAAGTGGAGCATGAGAGGAAGTCTGCATTACTGCAAAAGCAAGATGGGGAAACCT 1126
Query 1697 ATGATTTGAGCAAAATGGAGAAAGCACGCTTGTCTTTGGAGAGTTTGGAAACCGAGATAC 1756
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1127 ATGATTTGAGCAAAATGGAGAAGGCACGCTTGTCTTTGGAGAGTTTGGACACCGAGATAC 1186
Query 1757 AGCGTCTAGAAGATTCCATAACTACAACACGCTCATGTTTGCTTAACTTGATCAATGATG 1816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 AGCGTCTAGAAGATTCCATAACTACAACACGCTCATGTATGCTTAACTTGATCAATGATG 1246
Query 1817 AGCTGTATCCGCAGCTAGTTGCTTTAACTTCAGGGCTAGCACAGATGTGGAAAACAATGC 1876
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1247 AGCTGTATCCGCAGCTAGTTGCTTTAACTTCTGGGCTAGCACATATGTGGAAAACAATGC 1306
Query 1877 TCAAGTGTCATCAAGTTCAAATTCATATATCCCAGCAACTGAACCATCTTCCGGATTACC 1936
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1307 TCAAGTGCCATCAAGTTCAAATTCATATATCACAGCAACTGAACCATCTTCCAGATTACG 1366
Query 1937 CGAGTATAGATCTCAGTTCGGAATACAAACGCCAGGCGGTTAATGAACTAGAGACCGAGG 1996
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1367 CAAGTATAGATCTCAGTTCGGAATACAAACGCCAGGCGGTTAATCAACTAGAGACTGAGG 1426
Query 1997 TTACTTGCTGGTACAATAGCTTTTGCAAGTTAGTAAATTCCCAGCGAGAATACGTGAAAA 2056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1427 TTACTTGCTGGTACAATAGCTTTTGCAAGTTAGTAAATTCTCAGCGAGAATACGTGAAAA 1486
Query 2057 CACTCTGTACGTGGATCCAACTTACTGATCGCCTCTCTAACGAAGACAACCAAAGAAGTA 2116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1487 CACTCTGTACGTGGATCCAACTTACTGATCGCCTCTCTAATGAAGACAACCAAAGAAGTA 1546
Query 2117 GCTTGCCTGTTGCTGCTCGTAAGCTCTGCAAAGAGTGGCAGCTTGTATTTGAAAAGCTTC 2176
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1547 GCTTGCCTGTTGCTGCTCGTAAGCTCTGCAAAGAATGGCATCTTGTATTTGAAAAGCTTC 1606
Query 2177 CTGATAAGGTAACTTCAGAGGCCATTAAAAGCTTTCTGATGTCAATTAAATCTATTATTC 2236
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1607 CTGATAAGGTAACTTCGGAGGCCATTAAAAGCTTTCTGATGTCAATTAAATCTGTTATTC 1666
Query 2237 ATCAACAAGCTGAGGAATACAACCTGCGTAGGAAATGCAATAAACTTGAGAGGAGGCTTG 2296
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 ATCAACAAGCTGAGGAATACAACCTGCGGAGGAAATGTAATAAACTTGAGAGGAGGCTTG 1726
Query 2297 AGAAAGAGCTAATTTCACTGGCTGAGATTGAAAGAAGGCTCGAGGGGATTTTAGCAATGG 2356
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1727 AGAAAGAGCTAATTTCACTGGCTGAGATCGAAAGAAGGCTCGAGGGAATTTTAGCAATGG 1786
Query 2357 AAGAGGAGGAAGTAAGCTCAACGAGTTTGGGCTCTAAGCATCCGTTGTCAATCAAACAAG 2416
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1787 AAGAAGAGGAAGTAAGCTCAGCGAGTTTGGGCTCTAAGCATCCGTTGACAATCAAACAAG 1846
Query 2417 CCAAGATCGAAGCCTTGAGAAAACGAGTGGATATTGAGAAAACTAAGTACTTAAACTCGG 2476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1847 CCAAGATCGAAGCCTTGAGAAAACGAGTGGATATTGAGAAAGCTAAGTACTTAAACTCGG 1906
Query 2477 TCGAGGTTAGTAAGAGAATGACACTAGACAACCTCAAATCAAGCCTTCCCAATGTCTTTC 2536
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 TCGAGGTTAGTAAGAGAATGACACTGGACAACCTCAAATCAAGCCTTCCCAATGTCTTTC 1966
Query 2537 AGATGTTGACTGCTCTAGCTAATGTCTTTGCCAATGGGTTTGAATCCGTTAATGGCCAAA 2596
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||
Sbjct 1967 AGGTGTTGACTGCTCTCGCTAATGTCTTTGCCAATGGGTTTGAATCCATGAATGGTCAAA 2026
Query 2597 CCGGTACAGATGTTTCCGACACATCCCAACATTCCGATGAATCTCAACCCTAA 2649
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2027 CCGGTACAGATGTTTTCGACACATCCCAAGATTCCGATGAGTCTCAACCCTAA 2079
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106005151835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5