BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35030.1
Length=2209
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482468 jgi|Araly1|482468|fgenesh2_kg.4__1528__AT2G35030.1 3275 0.0
> Ahg482468 jgi|Araly1|482468|fgenesh2_kg.4__1528__AT2G35030.1
Length=2097
Score = 3275 bits (1773), Expect = 0.0
Identities = 1991/2099 (95%), Gaps = 4/2099 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 109 TAGCTGATGCAATCTCGCGCATTGTCGCGCCTGAGAAGTTACTACAAAAGATCATCGGTA 168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 TAGCTGATGCAATCTCGCGCATTGTCGCGCCTGAGAAGTTACTACAGAAGATCATCGGTA 60
Query 169 TTTCCCAGCTCAGACAATGACCGATCCGTGCAACTATTTAATCTCGTACGTTCGATTTAC 228
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTCCCATCTCAGACAATGAACGATCCGTGCAACTACGTAATCTCGTACGTTCGATTTAC 120
Query 229 TCTTCCAGCTC-AAGACCACGTGTGCCACAACCCGAATGGCTGATTGGGGAGCTGTGCAA 287
||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 TCTTCCAGCTCGAA-ACCACGTGTGCCACGACCCGAATGGCTGATTGGGAAGCTGTGCAA 179
Query 288 AGTAGGTAAAATTGCAGAAGCACGCAAACTGTTCGACGGATTGCCTGAGAGAGATGTGGT 347
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGTAGGTAAACTTGCAGAAGCACGCAAACTGTTCGACGGATTGCCTGAGAGAGATGTGGT 239
Query 348 CACATGGACGCATGTGATTACTGGGTATATTAAGTTAGGGGATATGAGAGAAGCTAGGGA 407
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 240 CACATGGACGTATGTGATTACTGGGTATATTAAGTTAGGGAATATGAGAGAAGCTAGGGA 299
Query 408 ATTGTTCGATAGGGTTGATTCTAGGAAAAATGTGGTGACTTGGACAGCCATGGTTAGTGG 467
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATTGTTTGATAGGGTTGATTCTAGGAAAAATGTTGTGACTTGGACAGCCATGGTTAGTGG 359
Query 468 GTACTTGAGATCTAAGCAGCTTTCTATAGCTGAGATGCTTTTTCAGGAAATGCCTGAGAG 527
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 360 GTACTTGAGATCTAAGCAGCTTTCTGTAGCTGAGATGCTTTTCCAGGAAATGCCGGAGAG 419
Query 528 AAATGTAGTTTCTTGGAATACTATGATTGATGGGTATGCTCAAAGTGGGAGAATTGATAA 587
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 420 AAATATAGTTTCTTGGAATACTATGATTGATGGGTATGCTCAGAGCGGGAGAATTGATAA 479
Query 588 AGCCCTGGAACTGTTTGATGAAATGCCTGAGAGAAACATTGTTTCTTGGAACTCAATGGT 647
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 480 AGCCCTGGAACTGTTTGATGAAATGCCTGAGAGAAACATTGTTTCTTGGAACTCAATGAT 539
Query 648 TAAAGCGCTGGTGCAGCGTGGGAGGATAGATGAGGCGATGAATCTATTCGAAAGAATGCC 707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAAAGCGCTGGTGCAGCGTGGGAGGATAGATGAGGCGATGAATCTATTCGAAAGAATGCC 599
Query 708 TAGAAGGGATGTCGTTTCATGGACTGCTATGGTCGATGGATTGGCAAAGAACGGTAAGGT 767
|| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TATAAAGGATGTCATTTCATGGACAGCTATGGTCGATGGGTTGGCAAAGAACGGTAAGGT 659
Query 768 AGATGAAGCGAGACGACTTTTTGATTGTATGCCTGAGAGAAATATCATTTCTTGGAATGC 827
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AGATGAAGCGAGACGACTTTTCGATTGTATGCCTGAGAGAAATATCATTTCTTGGAATGC 719
Query 828 AATGATCACAGGTTATGCACAAAACAATAGGATAGACGAAGCTGACCAACTCTTTCAAGT 887
||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TATGATCACAGGTTATACATATAACAATAGGATAGACGAAGCTGACCAACTCTTTCAAGT 779
Query 888 GATGCCGGAGAGGGACTTTGCTTCATGGAATACAATGATCACAGGATTTATACGGAATAG 947
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GATGCCAGAGAGGGACTTTGCTTCATGGAATACGATGATCACAGGATTTATACGGAATAG 839
Query 948 GGAAATGAACAAAGCATGTGGTTTATTTGACCGGATGCCTGAAAAGAATGTCATTTCCTG 1007
|||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 840 GGAAATTAACAGGGCATGTGGTTTATTCGACCGGATGCCTCAAAAGAATGTTATTTCCTG 899
Query 1008 GACCACGATGATTACAGGATATGTCGAGAATAAAGAGAACGAAGAGGCACTTAATGTTTT 1067
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 900 GACCGCGATGATTACAGGATACGTCGAGAATAAAGAAAACGAAGAGGCGCTTAAAGTTTT 959
Query 1068 CTCAAAGATGTTAAGGGATGGCAGTGTTAAGCCTAACGTAGGAACTTATGTGAGCATTTT 1127
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTCAAAGATGTTAAGGGATGGCTGTGTTAAGCCTAATGTAGGAACTTATGTGAGCATTTT 1019
Query 1128 AAGCGCCTGTAGTGACTTGGCTGGGCTTGTAGAAGGGCAGCAGATTCACCAGTTGATATC 1187
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AAGCGCCTGTAGTGACTTGGCTGGGCTTGTGGAAGGGCAGCAGATTCACCAGTTGATATC 1079
Query 1188 TAAGTCGGTCCACCAAAAGAACGAAATTGTGACTTCAGCGCTTCTTAACATGTACTCGAA 1247
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1080 TAAGTCGGTCCACCAAAAGAATGAAGTTGTGACTTCAGCGCTTATTAACATGTACTCGAA 1139
Query 1248 ATCCGGTGAACTGATTGCTGCTAGGAAGATGTTCGATAATGGACTGGTATGCCAGCGGGA 1307
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1140 ATCCGGTGAACTGATTGCTGCGAGGAAGATGTTCGATAACGGACTGGTATGCCAACGGGA 1199
Query 1308 TTTGATATCATGGAACAGTATGATTGCGGTTTATGCACATCACGGGCATGGGAAGGAAGC 1367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTTGATATCATGGAACAGTATGATTGCGGTTTATGCACACCACGGGCATGGGAAGGAAGC 1259
Query 1368 AATTGAAATGTATAACCAGATGCGGAAACACGGGTTCAAACCTAGTGCGGTGACCTATCT 1427
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1260 AATTGAAATGTACGATCAGATGCGGAAACACGGGTTCAAACCTAGTGAGGTTACCTATCT 1319
Query 1428 GAACTTGCTATTTGCGTGCAGCCATGCCGGACTGGTAGAGAAAGGAATGGAGTTCTTTAA 1487
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TAACTTGCTATTTGCTTGCAGCCACGCCGGACTGGTAGAAAAAGGAATGGAGTTCTTTAA 1379
Query 1488 GGATCTTGTGAGAGACGAGTCACTTCCTCTGCGAGAAGAGCACTATACGTGTCTTGTGGA 1547
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGAGCTTGTGAGAGACAAGTCACTTCCTCTGCGAGAAGAGCACTATACGTGTCTTGTGGA 1439
Query 1548 TCTCTGCGGTCGTGCTGGTAGATTGAAAGATGTTACAAATTTTATCAACTGTGATGACGC 1607
||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1440 TCTCTGCGGTCGTGCGGGTAGATTAAAAGATGTTTTAAATTTCATCAACCGTGATGACGC 1499
Query 1608 TAGGCTGTCAAGATCGTTCTATGGAGCGATCTTATCCGCTTGTAATGTTCACAATGAAGT 1667
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1500 TAGGCTATCAAGATCGTTCTATGGAGCGATCTTATCCGCTTGTAATGTTCACAGTGAAGT 1559
Query 1668 GAGTATTGCTAAGGAGGTGGTGAAGAAGGTATTAGAAACAGGGTCGGATGATGCTGGGAC 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GAGTATTGCTAAGGAGGTGGTGAAGAAGGTATTAGAAACAGGGTCGGATGATGCTGGGAC 1619
Query 1728 TTATGTATTGATGTCTAATATATATGCGGCGAACGGGAAAAGGGAAGAAGCTGCAGAGAT 1787
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1620 TTATGTAATGATGTCTAATATATATGCGGCGAACGGGAAAAGGGAAAAAGCTGCAGAGAT 1679
Query 1788 GAGAATGAAGATGAAGGAGAAAGGGTTGAAGAAGCAGCCGGGTTGCAGTTGGGTTAAGGT 1847
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1680 GAGAATGAAGATGAAAGAGAAAGGGTTGAAGAAACAGCCGGGTTGCAGTTGGGTTAAGAT 1739
Query 1848 GGGGAAGCAGAAC-CATCTTTTTGTTGTTGGAGACAAGTCACATCCTCAGTTTGAAGCCT 1906
||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CGGGAATCAGA-CGCATCTTTTTGTTGTTGGAGATAAGTCACATCCTCAGTTTGAAGCCT 1798
Query 1907 TGGATTCGATATTATCCGATCTTCGCAACAAAATGAGAAAGAACAAGAACGTGACTTCAG 1966
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1799 TGGATTCGATAGTATCCGATCTTCGCAACAAAATGAGAAAGAACAAGAACATGACCTCAG 1858
Query 1967 ATGCGGAAGAAGCTGAGTTCTTGGTTATTTGAATTCCCTCTGCATAGCGGAGATGTATTC 2026
| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1859 AAGCGGAAGAAGATGAGTTCTTGGTTCTTTGAATTCCTTCTGCATACCGGAGATGTATTC 1918
Query 2027 AGACTCCTCGATATAAGATCGGTGAACGGATTTATTCAAGGCATTTGGTGTTGGACTAAG 2086
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGACTCCTTGGTATAAGATCGGTGAACGGATTTATTCAAGCCATTTGGTGTTGGACTAAA 1978
Query 2087 CAATTCAACTGCCCGAAGCATCTTGACGATAAGGATATGATATGACGTAGCTTGCAGGAG 2146
||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1979 CAATTCATCTGCCCGAAGTATCATGACGAGAAGGACATGATATGACACAGCTTGCAGGAG 2038
Query 2147 ATTTTCTGTTTGTAGTTTGTTGGCATATAAAATGCAATTGATACATCTTAGCCTTATAG 2205
||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2039 ATTTTCTGTTTGTAGTTAGTTGGCTTAGAAAATGCAACTGATACGTCTTAGCCTTATAG 2097
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83151004835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5