BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G35030.1 Length=2209 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg482468 jgi|Araly1|482468|fgenesh2_kg.4__1528__AT2G35030.1 3275 0.0 > Ahg482468 jgi|Araly1|482468|fgenesh2_kg.4__1528__AT2G35030.1 Length=2097 Score = 3275 bits (1773), Expect = 0.0 Identities = 1991/2099 (95%), Gaps = 4/2099 (0%) Strand=Plus/Plus Query 109 TAGCTGATGCAATCTCGCGCATTGTCGCGCCTGAGAAGTTACTACAAAAGATCATCGGTA 168 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1 TAGCTGATGCAATCTCGCGCATTGTCGCGCCTGAGAAGTTACTACAGAAGATCATCGGTA 60 Query 169 TTTCCCAGCTCAGACAATGACCGATCCGTGCAACTATTTAATCTCGTACGTTCGATTTAC 228 |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 61 ATTCCCATCTCAGACAATGAACGATCCGTGCAACTACGTAATCTCGTACGTTCGATTTAC 120 Query 229 TCTTCCAGCTC-AAGACCACGTGTGCCACAACCCGAATGGCTGATTGGGGAGCTGTGCAA 287 ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 121 TCTTCCAGCTCGAA-ACCACGTGTGCCACGACCCGAATGGCTGATTGGGAAGCTGTGCAA 179 Query 288 AGTAGGTAAAATTGCAGAAGCACGCAAACTGTTCGACGGATTGCCTGAGAGAGATGTGGT 347 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 AGTAGGTAAACTTGCAGAAGCACGCAAACTGTTCGACGGATTGCCTGAGAGAGATGTGGT 239 Query 348 CACATGGACGCATGTGATTACTGGGTATATTAAGTTAGGGGATATGAGAGAAGCTAGGGA 407 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 240 CACATGGACGTATGTGATTACTGGGTATATTAAGTTAGGGAATATGAGAGAAGCTAGGGA 299 Query 408 ATTGTTCGATAGGGTTGATTCTAGGAAAAATGTGGTGACTTGGACAGCCATGGTTAGTGG 467 |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 ATTGTTTGATAGGGTTGATTCTAGGAAAAATGTTGTGACTTGGACAGCCATGGTTAGTGG 359 Query 468 GTACTTGAGATCTAAGCAGCTTTCTATAGCTGAGATGCTTTTTCAGGAAATGCCTGAGAG 527 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 360 GTACTTGAGATCTAAGCAGCTTTCTGTAGCTGAGATGCTTTTCCAGGAAATGCCGGAGAG 419 Query 528 AAATGTAGTTTCTTGGAATACTATGATTGATGGGTATGCTCAAAGTGGGAGAATTGATAA 587 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 420 AAATATAGTTTCTTGGAATACTATGATTGATGGGTATGCTCAGAGCGGGAGAATTGATAA 479 Query 588 AGCCCTGGAACTGTTTGATGAAATGCCTGAGAGAAACATTGTTTCTTGGAACTCAATGGT 647 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 480 AGCCCTGGAACTGTTTGATGAAATGCCTGAGAGAAACATTGTTTCTTGGAACTCAATGAT 539 Query 648 TAAAGCGCTGGTGCAGCGTGGGAGGATAGATGAGGCGATGAATCTATTCGAAAGAATGCC 707 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TAAAGCGCTGGTGCAGCGTGGGAGGATAGATGAGGCGATGAATCTATTCGAAAGAATGCC 599 Query 708 TAGAAGGGATGTCGTTTCATGGACTGCTATGGTCGATGGATTGGCAAAGAACGGTAAGGT 767 || || ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 600 TATAAAGGATGTCATTTCATGGACAGCTATGGTCGATGGGTTGGCAAAGAACGGTAAGGT 659 Query 768 AGATGAAGCGAGACGACTTTTTGATTGTATGCCTGAGAGAAATATCATTTCTTGGAATGC 827 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 AGATGAAGCGAGACGACTTTTCGATTGTATGCCTGAGAGAAATATCATTTCTTGGAATGC 719 Query 828 AATGATCACAGGTTATGCACAAAACAATAGGATAGACGAAGCTGACCAACTCTTTCAAGT 887 ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TATGATCACAGGTTATACATATAACAATAGGATAGACGAAGCTGACCAACTCTTTCAAGT 779 Query 888 GATGCCGGAGAGGGACTTTGCTTCATGGAATACAATGATCACAGGATTTATACGGAATAG 947 |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 GATGCCAGAGAGGGACTTTGCTTCATGGAATACGATGATCACAGGATTTATACGGAATAG 839 Query 948 GGAAATGAACAAAGCATGTGGTTTATTTGACCGGATGCCTGAAAAGAATGTCATTTCCTG 1007 |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| Sbjct 840 GGAAATTAACAGGGCATGTGGTTTATTCGACCGGATGCCTCAAAAGAATGTTATTTCCTG 899 Query 1008 GACCACGATGATTACAGGATATGTCGAGAATAAAGAGAACGAAGAGGCACTTAATGTTTT 1067 |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 900 GACCGCGATGATTACAGGATACGTCGAGAATAAAGAAAACGAAGAGGCGCTTAAAGTTTT 959 Query 1068 CTCAAAGATGTTAAGGGATGGCAGTGTTAAGCCTAACGTAGGAACTTATGTGAGCATTTT 1127 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CTCAAAGATGTTAAGGGATGGCTGTGTTAAGCCTAATGTAGGAACTTATGTGAGCATTTT 1019 Query 1128 AAGCGCCTGTAGTGACTTGGCTGGGCTTGTAGAAGGGCAGCAGATTCACCAGTTGATATC 1187 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 AAGCGCCTGTAGTGACTTGGCTGGGCTTGTGGAAGGGCAGCAGATTCACCAGTTGATATC 1079 Query 1188 TAAGTCGGTCCACCAAAAGAACGAAATTGTGACTTCAGCGCTTCTTAACATGTACTCGAA 1247 ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1080 TAAGTCGGTCCACCAAAAGAATGAAGTTGTGACTTCAGCGCTTATTAACATGTACTCGAA 1139 Query 1248 ATCCGGTGAACTGATTGCTGCTAGGAAGATGTTCGATAATGGACTGGTATGCCAGCGGGA 1307 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1140 ATCCGGTGAACTGATTGCTGCGAGGAAGATGTTCGATAACGGACTGGTATGCCAACGGGA 1199 Query 1308 TTTGATATCATGGAACAGTATGATTGCGGTTTATGCACATCACGGGCATGGGAAGGAAGC 1367 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1200 TTTGATATCATGGAACAGTATGATTGCGGTTTATGCACACCACGGGCATGGGAAGGAAGC 1259 Query 1368 AATTGAAATGTATAACCAGATGCGGAAACACGGGTTCAAACCTAGTGCGGTGACCTATCT 1427 |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 1260 AATTGAAATGTACGATCAGATGCGGAAACACGGGTTCAAACCTAGTGAGGTTACCTATCT 1319 Query 1428 GAACTTGCTATTTGCGTGCAGCCATGCCGGACTGGTAGAGAAAGGAATGGAGTTCTTTAA 1487 |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1320 TAACTTGCTATTTGCTTGCAGCCACGCCGGACTGGTAGAAAAAGGAATGGAGTTCTTTAA 1379 Query 1488 GGATCTTGTGAGAGACGAGTCACTTCCTCTGCGAGAAGAGCACTATACGTGTCTTGTGGA 1547 ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 GGAGCTTGTGAGAGACAAGTCACTTCCTCTGCGAGAAGAGCACTATACGTGTCTTGTGGA 1439 Query 1548 TCTCTGCGGTCGTGCTGGTAGATTGAAAGATGTTACAAATTTTATCAACTGTGATGACGC 1607 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||| Sbjct 1440 TCTCTGCGGTCGTGCGGGTAGATTAAAAGATGTTTTAAATTTCATCAACCGTGATGACGC 1499 Query 1608 TAGGCTGTCAAGATCGTTCTATGGAGCGATCTTATCCGCTTGTAATGTTCACAATGAAGT 1667 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1500 TAGGCTATCAAGATCGTTCTATGGAGCGATCTTATCCGCTTGTAATGTTCACAGTGAAGT 1559 Query 1668 GAGTATTGCTAAGGAGGTGGTGAAGAAGGTATTAGAAACAGGGTCGGATGATGCTGGGAC 1727 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 GAGTATTGCTAAGGAGGTGGTGAAGAAGGTATTAGAAACAGGGTCGGATGATGCTGGGAC 1619 Query 1728 TTATGTATTGATGTCTAATATATATGCGGCGAACGGGAAAAGGGAAGAAGCTGCAGAGAT 1787 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1620 TTATGTAATGATGTCTAATATATATGCGGCGAACGGGAAAAGGGAAAAAGCTGCAGAGAT 1679 Query 1788 GAGAATGAAGATGAAGGAGAAAGGGTTGAAGAAGCAGCCGGGTTGCAGTTGGGTTAAGGT 1847 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1680 GAGAATGAAGATGAAAGAGAAAGGGTTGAAGAAACAGCCGGGTTGCAGTTGGGTTAAGAT 1739 Query 1848 GGGGAAGCAGAAC-CATCTTTTTGTTGTTGGAGACAAGTCACATCCTCAGTTTGAAGCCT 1906 ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 CGGGAATCAGA-CGCATCTTTTTGTTGTTGGAGATAAGTCACATCCTCAGTTTGAAGCCT 1798 Query 1907 TGGATTCGATATTATCCGATCTTCGCAACAAAATGAGAAAGAACAAGAACGTGACTTCAG 1966 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1799 TGGATTCGATAGTATCCGATCTTCGCAACAAAATGAGAAAGAACAAGAACATGACCTCAG 1858 Query 1967 ATGCGGAAGAAGCTGAGTTCTTGGTTATTTGAATTCCCTCTGCATAGCGGAGATGTATTC 2026 | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 1859 AAGCGGAAGAAGATGAGTTCTTGGTTCTTTGAATTCCTTCTGCATACCGGAGATGTATTC 1918 Query 2027 AGACTCCTCGATATAAGATCGGTGAACGGATTTATTCAAGGCATTTGGTGTTGGACTAAG 2086 |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1919 AGACTCCTTGGTATAAGATCGGTGAACGGATTTATTCAAGCCATTTGGTGTTGGACTAAA 1978 Query 2087 CAATTCAACTGCCCGAAGCATCTTGACGATAAGGATATGATATGACGTAGCTTGCAGGAG 2146 ||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| Sbjct 1979 CAATTCATCTGCCCGAAGTATCATGACGAGAAGGACATGATATGACACAGCTTGCAGGAG 2038 Query 2147 ATTTTCTGTTTGTAGTTTGTTGGCATATAAAATGCAATTGATACATCTTAGCCTTATAG 2205 ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 2039 ATTTTCTGTTTGTAGTTAGTTGGCTTAGAAAATGCAACTGATACGTCTTAGCCTTATAG 2097 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 83151004835 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5