BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35130.2
Length=2139
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934121 jgi|Araly1|934121|scaffold_402109.1 1467 0.0
> Ahg934121 jgi|Araly1|934121|scaffold_402109.1
Length=1810
Score = 1467 bits (794), Expect = 0.0
Identities = 887/931 (95%), Gaps = 9/931 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 281 AGATATTTGGGTTTTGGAGTCACAAATCTCAATGGTGCCACTGTTAAAAGCTATAAGCAA 340
|||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 117 AGATATTTGGGTTTTGGACTCGCTAATCTCAATGGTGCTACTGTTAAAAGCTATAAGCAA 176
Query 341 GAGGGGTTTGTCATAGATGAACGTGGGAAATTAAAAAGATTTAACAGGAAGAAACTCTCC 400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 177 GAGGGGTTTGTCATAGATGAACGTGGGAAATTAAAAAGATTTAGTAGGAAGAAACTCTCG 236
Query 401 AGGAAACGATGTGGCTCTTTGAGAGGGCGAGGATGGAAATATGGATCCGGGTTTGTCGAT 460
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AGGAAGCGTTGTGGCTCTTTGAGAGGGCGAGGATGGAAATATGGATCCGGGTTTGTCGAT 296
Query 461 GGGATATTTCCTGTTCTGAGTCCCATTGCTCAGAAGATTCTGAGCTTTATTCAGAAAGAA 520
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GGGATCTTTCCTGTTCTGAGTCCCATTGCTCAGAAGATTCTGAGCTTTATTCAGAAAGAA 356
Query 521 ACTGATCCTGACAAAGTAGCTGATGTCCTTGGAGCTCTTCCTTCTACACATGCCTCATGG 580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 ACTGATCCTGACAAAGTAGCTGATGTCCTTGGAGCTCTTCCTTCTACACATGCCTCATGG 416
Query 581 GACGATCTAATCAATGTTTCTGTGCAACTTCGTTTGAACAAGAAATGGGATTCTATTATC 640
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 417 GATGATCTAATCAATGTTTCTGTGCAACTTCGTTTGAATAAGAAATGGGATTCAATTATC 476
Query 641 TTGGTGTGTGAGTGGATTTTAAGGAAGAGCTCCTTTCAGCCTGATGTAATCTGCTTCAAT 700
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 CTGGTGTGTGAGTGGATTTTAAGGAGGGGCTCCTTTCAGCCTGATGTAATCTGCTTCAAT 536
Query 701 TTGCTTATAGATGCTTATGGACAGAAGTTCCAGTACAAGGAGGCGGAATCACTCTATGTA 760
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 TTGCTTATAGATGCTTATGGACAGAAGTTCCGGTACAAGGAGGCGGAATCACTCTATGTA 596
Query 761 CAGCTTCTTGAATCCCGCTATGTGCCTACGGAAGACACATACGCTCTTCTTATAAAGGCA 820
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 597 CAACTTCTTGAATCCCGCTGCGTGCCTACGGAAGACACATACACTCTTCTTATAAAGGCA 656
Query 821 TACTGTATGGCAGGGCTCATAGAGAGAGCTGAAGTTGTTTTAGTCGAGATGCAAAATCAT 880
|||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 657 TACTGTATAGCAGGGCTCATAGAGAAAGCTGAAGCTGTTTTAATCGAGATGCAAAATCAT 716
Query 881 CATGTTTCTCCAAAAACTATAGGTGTAACTGTATACAATGCCTATATTGAGGGGTTAATG 940
||||||||||||| | | | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 717 CATGTTTCTCCAAG---T---G-T-TA-CTGTATACAATGCCTATATCGAGGGGTTAATG 767
Query 941 AAGAGAAAAGGAAACACCGAAGAAGCGATTGATGTTTTCCAGAGGATGAAGCGTGATCGA 1000
||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 AAGAGGAAAGGAAACACCGAACAAGCAATCGATGTTTTCCAGAGGATGAAGCGTGATCGA 827
Query 1001 TGCAAACCAACCACTGAAACTTACAACTTGATGATAAATTTATACGGAAAGGCAAGTAAA 1060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 TGCAAACCAACCACTGAAACTTACAACTTGATGATAAATTTATACGGAAAGGCAAGTAAA 887
Query 1061 TCATATATGTCCTGGAAATTGTATTGTGAAATGAGAAGTCACCAATGTAAACCGAACATC 1120
||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 TCATACATGTCCTGGAAATTATTTTGTGAAATGAGAAGTCACCAATGTAAACCGAACATC 947
Query 1121 TGCACATACACAGCGCTTGTGAATGCATTTGCTAGAGAAGGTCTTTGCGAGAAAGCTGAA 1180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 948 TGCACATACACAGCGCTTGTGAATGCATTTGCTAGAGAAGGTCTTTGCGAGAAAGCCGAA 1007
Query 1181 GAAATATTTGAACAGCTTCAAGAAGATGGGC 1211
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 GAAATATTTGAACAGCTTCAAGAAGATGGGC 1038
Score = 1201 bits (650), Expect = 0.0
Identities = 718/752 (95%), Gaps = 0/752 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1256 AGTCGTGCAGGTTATCCATATGGTGCTGCTGAGATTTTCTCTCTAATGCAACATATGGGA 1315
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1047 AGTCGTGCAGGTTATCCGTATGGTGCTGCTGAGATTTTCTCTCTGATGCAACATATGGGA 1106
Query 1316 TGTGAACCAGACAGAGCTTCCTACAATATCATGGTTGATGCATATGGCAGAGCAGGTCTT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 TGTGAACCAGACAGAGCTTCCTACAATATCATGGTCGATGCATATGGCAGAGCAGGTCTT 1166
Query 1376 CACTCAGATGCAGAAGCTGTGTTTGAAGAAATGAAGAGACTAGGCATAGCACCGACGATG 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1167 CACTCAGATGCAGAAGCTGTGTTTGAAGAAATGAAGAGGCTAGGCATAGCACCGACAATG 1226
Query 1436 AAATCCCACATGCTGCTTCTATCAGCTTACTCTAAAGCCAGAGACGTAACAAAATGTGAA 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1227 AAATCCCACATGCTGCTTCTATCAGCTTACTCTAGAGCCAGAGACGTCACAAAATGTGAA 1286
Query 1496 GCCATTGTGAAAGAAATGAGCGAAAACGGAGTAGAACCGGATACATTTGTCCTAAACAGC 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1287 GCCATTGTGAAAGAAATGAGCGAAAACGGAGTAGAACCAGACACATTTGTCCTAAACAGC 1346
Query 1556 ATGCTCAACTTATATGGCCGGTTAGGGCAGTTCACGAAAATGGAAAAGATTCTAGCCGAG 1615
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1347 ATGCTCAACTTATACGGCCGGTTAGGGCAGTTCACCAAGATGGAAAAGATTCTAGCTGAG 1406
Query 1616 ATGGAGAACGGTCCTTGCACCGCGGATATAAGCACATACAACATTTTGATCAATATCTAT 1675
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 ATGGAGAATGGTCCTTGCACCGCGGACATAAGCACATACAACATTTTGATCAATATCTAC 1466
Query 1676 GGTAAAGCCGGGTTCTTGGAGAGAATTGAAGAACTTTTTGTGGAGCTCAAGGAGAAGAAT 1735
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||
Sbjct 1467 GGTAAAGCCGGGTTCTTGGAGAGAATTGAAGAGCTTTTCGTCGAGCTCAAGGAGAGGAAT 1526
Query 1736 TTCAGACCAGACGTTGTGACATGGACCTCGAGGATTGGTGCTTACTCAAGGAAGAAACTG 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 TTCAGACCAGACGTTGTGACATGGACCTCGAGGATCGGTGCTTACTCAAGGAAGAAACTG 1586
Query 1796 TATGTGAAATGTCTGGAGGTTTTTGAAGAGATGATTGATTCAGGTTGTGCACCAGATGGA 1855
||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 TATGTAAAATGTTTAGAGATTTTTGAAGAGATGATTGATTCAGGTTGTGCACCAGATGGA 1646
Query 1856 GGAACAGCCAAGGTTCTTCTTTCGGCTTGTTCTAGTGAAGAGCAAGTGGAACAAGTTACT 1915
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1647 GGAACAGCTAAGGTTCTTCTTTCAGCTTGTTCTAGTGAAGATCAAGTGGAACAAGTTACT 1706
Query 1916 TCAGTGCTTAGAACAATGCACAAGGGCGTGACTGTGAGTTCTCTTGTCCCAAAGCTGATG 1975
|||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1707 TCAGTGCTTAGAACAATGCATAAGGGTGTGTCTGTGAGTTCTCTTGTCCCAAACCTAATG 1766
Query 1976 GCTAAATCTTTAACTGTAAACTGATAAAGATA 2007
|||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1767 GCTAAATCTTTAACTGTAAACTGAAAAAGATA 1798
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80484687685
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5