BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35320.1
Length=1277
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg901375 jgi|Araly1|901375|Al_scaffold_0004_2025 1504 0.0
Ahg918628 jgi|Araly1|918628|Al_scaffold_0457_1 1493 0.0
> Ahg901375 jgi|Araly1|901375|Al_scaffold_0004_2025
Length=927
Score = 1504 bits (814), Expect = 0.0
Identities = 890/927 (96%), Gaps = 3/927 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 ATGAATAATGATACATCAAAAAAGCTGGGAACTTTGGTTTCTGATGATGGACCAGTGAAT 171
|||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATGACAATACATCACAAAAGCTCGGAACTTTGGTTTCTGATGGTGGACCAGTGAAT 60
Query 172 GTATATGTATGGGACATGGACGAGACTCTTATCTTACTTAGATCTCTGTTAAATGGAACT 231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 GTATATGTATGGGACATGGACGAGACTCTTATCTTACTTAGATCTCTGTTAAATGGGACT 120
Query 232 TATGCTGAGTCTTTTAATGGCTCCAAAGATGTTAAAAGAGGTGTAGAGATTGGGAGGATG 291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATGCTGAGTCTTTTAATGGCTCCAAAGATGTTAAAAGAGGTGTAGAGATTGGGAGGATG 180
Query 292 TGGGAGAAACACATACTTAAGATCTGTGACGATTTTTTCTTCTACGAGCAAGTTGAGGAA 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 TGGGAGAAACACATACTTAAGATCTGTGACGATTTTTTCTTCTACGAGCAAATTGAGGAA 240
Query 352 TGCAATGAGCCATTTCTTGATTCATTGAGACAGTATGATGATGGAAAGGATCTTTCTCGG 411
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 241 TGCAATGAGCCATTTCTTGATTCTTTGAGACAGTACGATGACGGAAAGGATCTTTCTCTC 300
Query 412 TATGAGTTCAAACAAGACGACTTTAGTACTCCTACTGATGACTTGAACAAGAGGAAACTT 471
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATGACTTCAAACAAGACGACTTTAGTACTCCTACTGATGACTTGAACAAGAGGAAACTT 360
Query 472 GCGTACAGGCATCGAGCTGTTGCGGAGAGATACGAAAAGGGTTTGTGTCCATTCATTGAC 531
||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 361 GCGTACAGGCATCGAGCTGTTGCACACAAATACGAAAAGGGTTTGTGTCCATTCCTTGAC 420
Query 532 AGCGAATCGATGAGTGGGTTGGATGAGTTGTATAATGTGACTGATGAATACACAGACCGG 591
|| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 AGTGAATCGATGAATGTGTTGGATGAGTTGTATAATGTGACTGATGAATACACAGAACGG 480
Query 592 TGGCTTTCTTCGGCAAGGGCTTTCTTGGAGCAGTGTTCATGTGTG---GAAGAGTCTAGT 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 481 TGGCTTTCTTCGGCAAGGGCTTTCTTGGAGCAGTGTTCATGTGTGAAAGAAGAGTCCAGT 540
Query 649 GATGGAACAAGTGCAATCGAACAAAGCTCTCAGGATATACATATTCTAGTGACTTCCGGG 708
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATGGACCAAGTGCAATCGATCAAAGCTCTCAGGATATACATATTCTAGTGACTTCCGGG 600
Query 709 GCCCTCATACCGAGCCTCGTGAAATGCCTGCTTTTCCGGCTAGATACATTCCTAAGACAT 768
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCCCTCATACCGAGCCTCGTGAAGTGCCTGCTTTTCCGGCTAGATACATTCCTAAGACAT 660
Query 769 GAAAATGTGTACAGTTCAATAGATGTGGGGAAGCTCCAATGTTTCAAATGGATCAAGGAG 828
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 GAAAATGTGTACAGTTCAATAGATGTGGGGAAGCTCCAATGTTTCAAATGGATCAAAGAG 720
Query 829 CGTTTCAACCACCCAAAATTCAGATTCTGTGCGATCGGGGACGGATGGGAAGAGTGTGCA 888
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CGTTTCAACCACCCAAAATTCAGATTCTGTGTGATCGGGGACGGATGGGAAGAGTGTGCA 780
Query 889 GCCGCACAAGCCTTGCAATGGCCATTCGTTAAGATCGATTTGCAACCGGATAGCTCCCAC 948
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCCGCACAGGCAATGCAATGGCCATTCGTTAAGATCGATTTGCAACCGGATAGCTCCCAC 840
Query 949 AGATTCCCTGGCTTAACACCTAAGACTGTAAGCTACTACTTTGCTGCTGTATATGGGAAC 1008
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGATTCCCTGGCGTAACACCTAAGACTGTGAGCTACTACTTTGCTGCTGTATATGGGAAC 900
Query 1009 TCTGATGCTGATTCCAGCAAAGAGTAA 1035
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCTGATGCTGATTCCAGCAAAGAGTAA 927
> Ahg918628 jgi|Araly1|918628|Al_scaffold_0457_1
Length=927
Score = 1493 bits (808), Expect = 0.0
Identities = 888/927 (96%), Gaps = 3/927 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 ATGAATAATGATACATCAAAAAAGCTGGGAACTTTGGTTTCTGATGATGGACCAGTGAAT 171
|||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATGACAATACATCACAAAAGCTCGGAACTTTGGTTTCTGATGGTGGACCAGTGAAT 60
Query 172 GTATATGTATGGGACATGGACGAGACTCTTATCTTACTTAGATCTCTGTTAAATGGAACT 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 61 GTATATGTATGGGACATGGACGAGACTCTTATCTTACTTAGATCTTTGTTAAATGGGACT 120
Query 232 TATGCTGAGTCTTTTAATGGCTCCAAAGATGTTAAAAGAGGTGTAGAGATTGGGAGGATG 291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATGCTGAGTCTTTTAATGGCTCCAAAGATGTTAAAAGAGGTGTAGAGATTGGGAGGATG 180
Query 292 TGGGAGAAACACATACTTAAGATCTGTGACGATTTTTTCTTCTACGAGCAAGTTGAGGAA 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 TGGGAGAAACACATACTTAAGATCTGTGACGATTTTTTCTTCTACGAGCAAATTGAGGAA 240
Query 352 TGCAATGAGCCATTTCTTGATTCATTGAGACAGTATGATGATGGAAAGGATCTTTCTCGG 411
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 TGCAATGAGCCATTTCTTGATTCTTTGAGACAGTACGATGACAGAAAGGATCTTTCTCTC 300
Query 412 TATGAGTTCAAACAAGACGACTTTAGTACTCCTACTGATGACTTGAACAAGAGGAAACTT 471
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATGACTTCAAACAAGACGACTTTAGTACTCCTACTGATGACTTGAACAAGAGGAAACTT 360
Query 472 GCGTACAGGCATCGAGCTGTTGCGGAGAGATACGAAAAGGGTTTGTGTCCATTCATTGAC 531
||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 361 GCGTACAGGCATCGAGCTGTTGCACACAAATACGAAAAGGGTTTGTGTCCATTCCTTGAC 420
Query 532 AGCGAATCGATGAGTGGGTTGGATGAGTTGTATAATGTGACTGATGAATACACAGACCGG 591
|| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 AGTGAATCGATGAATGTGTTGGATGAGTTGTATAATGTGACTGATGAATACACAGAACGG 480
Query 592 TGGCTTTCTTCGGCAAGGGCTTTCTTGGAGCAGTGTTCATGTGTG---GAAGAGTCTAGT 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 481 TGGCTTTCTTCGGCAAGGGCTTTCTTGGAGCAGTGTTCATGTGTGAAAGAAGAGTCCAGT 540
Query 649 GATGGAACAAGTGCAATCGAACAAAGCTCTCAGGATATACATATTCTAGTGACTTCCGGG 708
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATGGACCAAGTGCAATCGATCAAAGCTCTCAGGATATACATATTCTAGTGACTTCCGGG 600
Query 709 GCCCTCATACCGAGCCTCGTGAAATGCCTGCTTTTCCGGCTAGATACATTCCTAAGACAT 768
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCCCTCATACCGAGCCTCGTGAAGTGCCTGCTTTTCCGGCTAGATACATTCCTAAGACAT 660
Query 769 GAAAATGTGTACAGTTCAATAGATGTGGGGAAGCTCCAATGTTTCAAATGGATCAAGGAG 828
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 GAAAATGTGTACAGTTCAATAGATGTGGGGAAGCTCCAATGTTTCAAATGGATCAAAGAG 720
Query 829 CGTTTCAACCACCCAAAATTCAGATTCTGTGCGATCGGGGACGGATGGGAAGAGTGTGCA 888
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CGTTTCAACCACCCAAAATTCAGATTCTGTGTGATCGGGGACGGATGGGAAGAGTGTGCA 780
Query 889 GCCGCACAAGCCTTGCAATGGCCATTCGTTAAGATCGATTTGCAACCGGATAGCTCCCAC 948
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCCGCACAGGCAATGCAATGGCCATTCGTTAAGATCGATTTGCAACCGGATAGCTCCCAC 840
Query 949 AGATTCCCTGGCTTAACACCTAAGACTGTAAGCTACTACTTTGCTGCTGTATATGGGAAC 1008
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGATTCCCTGGCGTAACACCTAAGACTGTGAGCTACTACTTTGCTGCTGTATATGGGAAC 900
Query 1009 TCTGATGCTGATTCCAGCAAAGAGTAA 1035
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCTGATGCTGATTCCAGCAAAGAGTAA 927
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 47729892084
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5