BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35340.1
Length=3369
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg345267 jgi|Araly1|345267|fgenesh1_pg.C_scaffold_4001609 2394 0.0
> Ahg345267 jgi|Araly1|345267|fgenesh1_pg.C_scaffold_4001609
Length=3078
Score = 2394 bits (1296), Expect = 0.0
Identities = 1410/1467 (96%), Gaps = 0/1467 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1732 AGGATATAGCACGGGCTCGGCCTGATCTGAAGTTATTGATATCCAGTGCAACCATGGATG 1791
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AGGATATAGCCCGGGCTCGGCCTGATCTGAAGTTATTGATATCCAGTGCAACCATGGATG 1498
Query 1792 CAGAGAAGTTTTCTGAtttttttGACCAAGCCCCTATCTTCAGGTTCCCAGGAAGAAGGT 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1499 CAGAGAAGTTTTCTGATTTTTTTGACCAAGCCCCTATCTTCAGTTTCCCAGGAAGAAGGT 1558
Query 1852 ATCCTGTTGACATTTGCTTTACTACTGCACCTGAAGCTGATTACATGGACGCAGCAATAA 1911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 ATCCTGTTGACATTTGCTTTACTACTGCACCTGAAGCTGATTACATGGACGCAGCAATAG 1618
Query 1912 CTACTGTGCTTACGATACATGTGAAGGAGCCACTTGGGGATGTTTTGGTCTTCCTCCCAG 1971
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTACTGTCCTTACGATCCATGTGAAGGAGCCACTTGGGGATGTTTTGGTCTTCCTCCCAG 1678
Query 1972 GTCAAGAGGAAATTGAAGCCGTAGAAGAGAACTTGAAGCACAAGATAAGAGGTTTGGGTA 2031
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1679 GTCAAGAGGAAATTGAGGCCGTAGAAGAGAACTTGAAGCACAAAATTAGAGGTTTGGGTA 1738
Query 2032 CAAAGATCCGCGAACTCATTATATGCCCAATTTACGCTAACCTTCCAAGTGAGCTCCAAG 2091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CAAAGATCCGCGAACTCATTATATGCCCAATTTACGCTAACCTTCCAAGTGAGCTCCAAG 1798
Query 2092 CAAAAATATTTGAACCAACTCCTGAAGGGGCACGAAAAGTCGTGCTAGCAACTAATATTG 2151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 1799 CAAAAATATTTGAACCAACTCCTGAAGGGGCACGAAAAGTGGTGCTAGCGACAAATATTG 1858
Query 2152 CTGAAACATCATTGACCATCGATGGTATAAAGTATGTCGTTGATCCAGGCTTTAGCAAGA 2211
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CTGAAACATCATTAACCATTGATGGTATAAAGTATGTTGTTGATCCAGGCTTTAGCAAGA 1918
Query 2212 TGAAATCCTATAACCCTAGAACAGGGATGGAATCTTTGCTTGTAACGCCTATCTCTAAGG 2271
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TGAAGTCCTATAACCCTAGAACAGGGATGGAGTCTTTGCTTGTAACGCCTATCTCTAAGG 1978
Query 2272 CTTCAGCGACTCAACGAACTGGTCGAGCTGGAAGAACCAGTCCAGGGAAGTGTTACCGCC 2331
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CTTCAGCGACTCAACGAGCTGGTCGAGCTGGAAGAACCAGTCCAGGGAAGTGTTACCGCT 2038
Query 2332 TGTACACGGCGTTTAATTACTACAATGACTTGGAGGACAATACCGTACCTGAAATACAAA 2391
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |
Sbjct 2039 TGTACACGGCGTATAATTACTACAATGACTTGGAGGACAATACCGTACCAGAAGTACAGA 2098
Query 2392 GGACTAATCTTGCTAGTGTGGTGCTTTCTTTGAAGAGTCTTGGTATTCATAATCTGCTGA 2451
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GGACGAATCTTGCTAGTGTGGTGCTTGCTTTGAAGAGTCTTGGTATTCATAATCTGCTGA 2158
Query 2452 ACTTTGACTTTATGGACCCTCCGCCTTCTGAAGCTCTTATAAAGTCCTTAGAGCTGCTCT 2511
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2159 ACTTTGACTTTATGGACCCTCCGCCTTCTGAAGCTCTTATAAAGTCTTTAGAACTGCTCT 2218
Query 2512 TTGCTCTGGGTGCTCTCAATCAGCTTGGCGAATTGACTAAAGCTGGTAGACGGATGGCAG 2571
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TTGCTCTGGGTGCTCTCAATCAGCTCGGCGAATTGACTAAAGCTGGTAGACGGATGGCAG 2278
Query 2572 AGTTTCCTCTTGATCCAATGTTGTCGAAGATGATTGTTGTTTCTGACAAATACAAATGCT 2631
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 2279 AGTTTCCCCTTGATCCAATGCTGTCGAAGATGATTGTTGTTTCTGACAAGTATAAGTGCT 2338
Query 2632 CCGATGAGATTATATCAATTGCTGCTATGTTGTCCATCGGGCCTTCTATCTTTTACCGCC 2691
|||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 2339 CCGATGAGATCATATCAATTGCTGGTATGTTGTCCATCGGGCCTTCCATCTTCTACCGTC 2398
Query 2692 CCAAGGACAAGCAAGTTCACGCTGACAATGCAATGAAGAATTTTCACGTTGGAAATGTCG 2751
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2399 CCAAGGACAAGCAAGTTCATGCTGACAATGCAATGATGAATTTTAACGTTGGAAATGTCG 2458
Query 2752 GTGATCACATTGCTTTCCTGAAGATTTACAATTCGTGGAAGGAAACGAACTACTCAACAC 2811
|||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GTGATCACATCGCTTTGCTCAAGATTTACAATTCCTGGAAGGAAACGAACTACTCAACAC 2518
Query 2812 AATGGTGCTACGAGAACTATATTCAGGTTCGGAGTATGAAAAGAGCCAGAGATATCCGTG 2871
||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 AATGGTGCTACGAGAACTACATTCAGGTCCGAAGCATGAAAAGAGCCAGAGATATCCGTG 2578
Query 2872 ATCAGTTGGAGGGTCTTCTCGAGAGAGTTGAAATAGACGTTAGCTCAAACGCGAATGAGT 2931
|||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2579 ATCAATTGGAGGGACTTCTCGAGAGAGTCGAAATAGATGTTAGCTCAAACGCGAACGAGT 2638
Query 2932 TGGATTCAATAAGAAAATCCATTGTAGCTGGTTTCTTTCCACACACTGCGAAGCTACAGA 2991
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2639 TGGATTCAATAAGAAAATCCATAGTAGCTGGTTTCTTTCCACACACTGCCAAGCTACAGA 2698
Query 2992 AGAATGGATCATATCGAACAGTGAAGCATCCCCAAACCGTACACATACATCCAGCCTCTG 3051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 AGAATGGATCATATCGAACAGTGAAGCATCCCCAAACCGTACACATACATCCAGCCTCTG 2758
Query 3052 GCTTATCTCAGGTATTGCCGAGATGGGTTGTATATCATCAACTAGTCCTTACCTCTAAGG 3111
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 GCTTATCTCAGGTACTGCCGAGATGGGTTGTATATCATCAACTAGTCCTTACCTCTAAGG 2818
Query 3112 AATACATGCGACAGGTAACAGAGTTAAAACCCGAGTGGTTGATTGAGATAGCTCCACACT 3171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 AATACATGCGACAGGTAACAGAGTTAAAACCCGAGTGGTTGATTGAGATAGCTCCACACT 2878
Query 3172 ATTATCAGCTCAAGGACGTTGAAGATG 3198
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 ATTATCAGCTCAAGGACGTTGAAGATG 2905
Score = 2196 bits (1189), Expect = 0.0
Identities = 1364/1448 (94%), Gaps = 14/1448 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 ATGGGGAGCAATGATTTGAACACCTGGGTTTCGGACAAGTTGATGGTTCTGCTAGGCTTT 170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGGAGCAATGATTTGAACACCTGGGTTTCGGACAAGTTGATGGTTCTGCTAGGCTTT 60
Query 171 TCACAAACTGCTGTCGTGCAGTATCTAATTGCAATGGCTAAACAATCAAAATCACCAGGT 230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 61 TCACAAACTGCTGTCGTGCAGTATCTAATTGCAATGGCTAAAAAATCAAAATCACCAGAT 120
Query 231 GAACTCGTCCGTGAATTGGTGGAATGCGGGTTTTCTTTGTCCGGTGATACCCGCGCGTTC 290
|||||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 121 GAACTCGTCCGTGAGTTGGTTGACTACGGTTTTTCTTTGTCTGGTGATACCCGTGCTTTT 180
Query 291 GCAGAAGAAATTTATGCTAGAGCTCCCCGGAAAACCCCTGGAGTGAATCTCTACCAGCAA 350
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCGGAAGAAATTTACGCCAGAGCTCCCCGGAAAACCGCTGGTGTGAATCTCTACCAGCAA 240
Query 351 CAGGAAGCAGAGGCAGCGATGCTGTTGAAGAAGCAGAAAACTTTTTCCCTTTTAGAGGCT 410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAGGAAGCAGAGGCAGCGATGCTGTTGAAGAAGCAGAAGACTTTTTCCCTTTTAGAGGCT 300
Query 411 GATCATGATGAAGATGAAAACAATGTGAAGAAACAATCTGC-TTCGAAAACCGGAAAGTC 469
|||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 301 GATCGTGATGAAGATGAAGGCTATGTGGAGAAACAATCTGCCTT-GAAAACCGGAAAGTC 359
Query 470 AGATAAAGGCCAAAAGAGGTTCAGGAAGAAAAGTGAGCAATTGGAAGACGACGATGATGA 529
||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 AGATAAAAGCCGAAAGAGGTTCAGGAAGAAAATTGAGCAACTGGAAGACGACGATGATGA 419
Query 530 -G-GT-AG-T--GATTGTTAGAGAGGACAAAAGGAATGTTAGGAGAAAGGTTTCCGAAGA 583
| | | | |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 420 TGAGGCAAATTTGATTGTTAAAGAGGACAAAAGGAATGTTAGGAGTAAGGTTTCCGAAGG 479
Query 584 CGAGGATGATGGCACTGAGTCTGAAGAGGAAAGATTACGTGACCAAAGGGAGAGAGAAGA 643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CGAGGATGATGGCACTGAGTCTGAAGAGGAAAGATTACGTGACCAAAGGGAGAGAGAAGA 539
Query 644 ACTAGAGCAGCACCTAAGAGAACGAGATACTGCACGGACACGAAAGCTAACCGAGCCAAA 703
||| |||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 540 ACTGGAGCAGCATTTAAAAGATCGTGATACTGCACGGACACGAAAGCTAACAGAGCCAAA 599
Query 704 AATGTCAAAGAAAGAGCAAGAAGAGTTTGTTCGAAGAGATAGTGCTGTAGACAAGGGTGA 763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 AATGTCAAAGAAAGAGCAAGAAGAGTTTGTTCGAAGAGACAGTGCTGTAGAGAAGGGTGA 659
Query 764 TATTGAATCCTTAAGGAAATTCTCATGGCAAGAATATATGAAGAAAAGGAAACAGAAGAA 823
||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 660 TATTGTATCCTTAAGGAACTTCTCACGGCAAGAATATTTGAAGAAAAGGGAACAGAAGAA 719
Query 824 AGTACTAGAGCTAAAGGATGATATAGAAGATGAACCATACCTTTTTGGAGATGAAAAGCT 883
| | |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 720 ACTGGAAGAGCTGAAGGATGATCTAGAAGATGAACAATACCTTTTTGGAGATGAAAAGGT 779
Query 884 CACTGAAAGAGAAATTCGTGAATTTAGATACAAGAGAGAAATCTATGAGCTCATAAAGAA 943
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||
Sbjct 780 CACTGAAAAAGAAATTCATGAATTTAGATACAAGAAAAAAATCTATGAGGTCATAAAGAG 839
Query 944 AAGTACACAAGAAGAAGATAATGTAGGAGAGTATAGAATGCCGGATGCATATGATCAACA 1003
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AAGTACACAAGAAGAAGATAATGTAGAAGAGTATAGAATGCCGGATGCATATGATCAACA 899
Query 1004 GGGAAGTGTTGATCAGGAGAAGAGGTTTGCTGTTTCTGTACAACGGTACAGGGACATGGG 1063
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 900 GGGAAGTGTTGATCAGGAGAAGAGATTTGCTGTTTCTGTACAA----A--GGGACATGGG 953
Query 1064 TTCCGCAGAGAAAATGAACCCCTTTGCAGAGCAAGAAGCTTGGGAGGACCATCAGATTGA 1123
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 TTCCGCGGAGAAAATGAACCCCTTTGCAGAGCAAGAAGCTTGGGAGGACCATCAGATTGA 1013
Query 1124 AAACGCAGCATTAAAATTTGGTGCAAAGAATAAGGAGGTCTCAGACAATTACGAGTTTGT 1183
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 AAACGCAACATTAAAATTTGGTGCAAAGAATAAGGAGGTCTCAGACAATTACGAGTTTGT 1073
Query 1184 ATTTGAAGACCAAATAGACTTCATAAAGGCATCTGTGTTGGCTGGTGATAATTATGAAGA 1243
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1074 ATTTGAAGACCAAATAGACTTCATAAAGGCATCTGTGTTGGCTGGTGAAAATTATGAAGA 1133
Query 1244 TGAAATGCATGCTAAACCATCTCAAGATTCTGCTGGGAAATCGGCTTTTCATATGCTTCA 1303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1134 TGAAATGCATGCTAAACCATCTCAAGATTCTGCTGGGAAATCTGCTTTTCATATGCTTCA 1193
Query 1304 GGAGGATAGAAAAGCTCTGCCAATTTATACATATCGTGATCAACTTCTTAATGCTGTGAA 1363
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1194 GGAGGATAGAAAAGCTCTGCCAATTTATTCATATCGTGATCGACTTCTTAATGCTGTGAA 1253
Query 1364 AGATCATCAGGTTCTTATCATTGTGGGGGAAACGGGTTCTGGCAAGACTACACAGATACC 1423
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1254 AGACCATCAGGTTCTTATCATTGTGGGGGAAACGGGTTCTGGCAAGACTACACAAATACC 1313
Query 1424 CCAATATCTTCACGAAGCTGGTTACACAAAGCTTGGAAAGGTTGGTTGTACGCAGCCTCG 1483
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 CCAATATCTTCACGAAGCTGGTTACACAAAGCATGGAAAGGTTGGTTGTACGCAGCCTCG 1373
Query 1484 AAGAGTTGCGGCTATGAGTGTGGCTGCTCGTGTTGCTCAAGAGATGGGTGGTAAACTTGG 1543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 AAGAGTTGCGGCTATGAGTGTGGCTGCTCGTGTTGCTCAAGAGATGGGTGGTAAACTTGG 1433
Query 1544 GCATGAGG 1551
||||||||
Sbjct 1434 GCATGAGG 1441
Score = 115 bits (62), Expect = 2e-24
Identities = 62/62 (100%), Gaps = 0/62 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3198 GCTACATCCAAGAAAATGCCCAAAACCAGTGGCCGAGCTGTGGTGTAGCAACTTTGATCA 3257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3011 GCTACATCCAAGAAAATGCCCAAAACCAGTGGCCGAGCTGTGGTGTAGCAACTTTGATCA 3070
Query 3258 AA 3259
||
Sbjct 3071 AA 3072
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127188408966
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5