BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35510.1
Length=2299
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482511 jgi|Araly1|482511|fgenesh2_kg.4__1571__AT2G35510.1 3024 0.0
> Ahg482511 jgi|Araly1|482511|fgenesh2_kg.4__1571__AT2G35510.1
Length=2267
Score = 3024 bits (1637), Expect = 0.0
Identities = 1899/2023 (94%), Gaps = 28/2023 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 295 GTGCTACAGCCTGtttttttCGAAGCTGTTGGTGAGTTCCCATCCTTAGTACTGCTAGAC 354
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 254 GTGCTACAGCCGGTTTTTTTCGATGCTGTTGGTGAGCTCCCATCCTTAGGACTGCTAGAG 313
Query 355 AGTTCGGTGTGTTAGTTGACTTTATATTCAAGGTTATAGGTTTAGTGTTGTTAGTAGAGA 414
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 314 AGTTCGGTGTTTTAGTTGACTTTATATTCAAGGTTATAGGTTTAGCGTTGTTAGTAGATA 373
Query 415 AAAATGGAAGCCAAAATCGTCAAGGTATCGGATAGTAGTTATAAAGATGGT-CTTGGGAA 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 374 GAAATGGAAGCCAAAATCGTCAAGGTATCGGATAGTAGTTATAAAGAT-GTACTTGGGAA 432
Query 474 GAAGAGAAAGCATCCAGGGAACTATACTCCTTATGATTCTGGAAGGTCATATGCAAAGCT 533
||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 GAAGAGAAAGCATCCCGGGAACTATATTCCATATGATTCTGGAAGGTCATATGCAAAGCT 492
Query 534 GCAATGGGTGCTTTCACCCAACAGTTCCACCCAGAAGCTTGAGAAAAGGAGAAATTTGGA 593
||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 493 TCAATGTGTGCTCTCACCGAACAGTTCCACCCAAAAGCTTGAGAAAAAGAGAAATTTGGA 552
Query 594 TGGTGAAAACAAAGTTATTGTTTCTGAGAATCATGTTGAGAAGTCTTTGGTCAGATACTT 653
|||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 553 TGGTGAAAACAAAGCTAATGTTTCTGAGAATCGTGTTGGGAAGTCTCTGGTCAGATACTT 612
Query 654 CTCTTATTATAAGAAGACAGGAGTGCCAAAACGTGTAATGTTCCATGAGAATGGTGAATG 713
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 CTCCTATTATAAGAAGACAGGAGTGCCAAAGCGTGTAATGTTCCATGAGAATGGTGAATG 672
Query 714 GATTGATTTGCCTGATCATATTCTATGCGACATCAGGAATGATCTTGAAGCAAAGAGAGC 773
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 GATTGATTTGCCTGAGCATATTCTTTGCGACATCAGGAATGATCTTGAAGCAAAGAGAGC 732
Query 774 TACAATTGAGTTCAATTGGTGCGGTCGCCATTTTCTCCTGGATTTCTTGCACATGTATCG 833
| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 TGCAATTGAGTTCAATTGGTGTGGTCGCCCTTTTCTCCTGGATTTCTTGCACATGTATCG 792
Query 834 ACTAGACTTGGAAACAGGTGTAAAAACCCAGCTTGCTTGGATTGATATTGCTGGCAAATG 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 ACTAGACTTGGAAACAGGTGTAAAAACCCAGCTTGCTTGGATTGATATTGCTGGCAAATG 852
Query 894 CTTTTTCCCTGAAACTTTTGACACCCTCGAAAGGGACGGCTGCCATCATATCCGTGGGGA 953
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 853 CTTTTTCCCCGAAACTTTTGACAGCCTCGAAAGGGACTGCTGCCATCATATCTGTGGGGA 912
Query 954 AGATCCGGAACAACATGATCAACGTGAGATCAAGCTGCACATTGAAATTGATGTAAATAG 1013
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 913 AGATCCAGAACAACATGATCAACGTGAGATCAAGCTGCACATTGAAATTGATGTAAATGG 972
Query 1014 TGGGGAGTTACCGAGGCTGAATTTGAATGTGGTCACTGACGAGTCTGGTGACAATATGGA 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 TGGGGAGTTACCGAGGCTGAATTTGAATGTGGTCAGTGACGAGTCTGGTGACAATATGGA 1032
Query 1074 TGATTTTCAAGCTGTTCAGAGATCCTCAAATGGGCCAAATGACGAGGCATCAGAGGATAG 1133
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 TGATATTCAAGCTGTTCAGAGATCCTCAAATGGGCAAAATGACGAGGCATCAGAGGATAG 1092
Query 1134 CTGCAGCCGTGAGCTTGATGATGCTGTTGAGAAATGGGACAAAACAGAAACTGATCGGTT 1193
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1093 CTGCAGCCGTGAGCTTGATGATGCTGTTAAGAAATGGGACAAAACAGAAATTGATCAGTT 1152
Query 1194 CTCTGGTGTCAAGCCTGCTGAGGAGGAGCTTGATAAAGATGCTGTCAAACAAATGTTTGC 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1153 CTCTGGTGTCAAGCCTGCTGAGGAGGAGCTTGATAAAAATGTTGTCAAACAAATGTTTGC 1212
Query 1254 TTTGGGTGCTGCCACTCTAGGGCATGTAGAGTCGCTTGATGTGTATCAGTTTTCAAGCGA 1313
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 TTTGGGTACTGCCACTCTAGGGCATGTAGAGTTGCTTGATGTGTATCAGTTTTCAAGCGA 1272
Query 1314 GATTGC-AAAGGCTCGTCTATCTCTTTTCCAGAAGCAAGCTGACATCACTAAGAAACACC 1372
|| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1273 GACTGCCAAAG-CTCGTCTATCACTTTTCCAGAAGCAAGCTGACATCACTAAGAAACGCC 1331
Query 1373 GAGGAGATGCAAACATTAGATATGCATGGGTTCCTGCGAAGAAGGAAGTGTTATCTGCCG 1432
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 GAGGAGATGCGAACATTAGATATGCATGGGTTCCTGCGAAGAAGGAAGTGTTATCTGCCG 1391
Query 1433 TGATGATGCATGGACTTGGAGTGGGTGGAGCATTCATTAAAAAGTCTATGTATGGTGTTG 1492
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 TTATGATGCATGGACTTGGAGTGGGTGGAGCTTTCGTTAAAAAGTCTATGTATGGTGTTG 1451
Query 1493 GGGTTCAC------GCTGCAAACTGCCCTTATTTCAGTGCTAGATACTGTGATATTGACG 1546
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 GGGTTCACTTAAATGCTGCAAACTGCTCTTATTTCAGTGCTAGATACTGTGATATTGACG 1511
Query 1547 ATAATGGTGTGCGGCACATGGTTTTGTGCCGCGTAATAATGGGGAATATGGAGCCTCTTC 1606
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 ATAATGGTGTGCGGCACATGGTTTTGTGCCGTGTAATAATGGGGAATATGGAGCCTCTTC 1571
Query 1607 GTGGTGATAACACGCAGTACTTTACTGGTGGAGAAGAGTATGATAATGGGGTTGATGATG 1666
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1572 GTGGTGATAACACGCAGTTCTTTAGTGGTGGAGAGGAGTATGATAATGGAGTTGATGATG 1631
Query 1667 TTGAGAGTCCAAAGCATTACCTTATCTGGAACATGAATATGAACACTCACATTTACCCAG 1726
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 TTGAGAGTCCGAAGCATTATCTTATCTGGAACATGAATATGAACACTCACATTTACCCAG 1691
Query 1727 AATTTGTAGTTAGCTTCAAGCTGTCTATCCCCAATGCTGAAGGGAATATTCTTCCTACTA 1786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1692 AATTTGTAGTTAGCTTCAAGCTGTCTATCCCCAATGCTGAAGTGAATACTCTTCCTACTA 1751
Query 1787 CTCAGAGTAGGCACGAGAGTTCGG-GACTCACCTTGGAAGGACCCAAAGGTTCTCCCTCA 1845
||||||||| |||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 CTCAGAGTAAGCACGAGACTTTGGAG-CTCACCTTGGAAGGACCCAAAGGTTCTCCCTCA 1810
Query 1846 AATGAGCCAGGAAGGGTATCAAATGGAGG---TTCAGGGAGCGAAAAGAATAG---C--T 1897
||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| | |
Sbjct 1811 AATGATCCAGGAAGAGTATCAAATGGAGGAGGTTCAGGGAGCCAAAAGACTAGAGGCAGT 1870
Query 1898 -CCAGCAGTAGAAGGCCCAGATCTCCTATAATGCCTTTCCCTCTGCTGTTCAAAGCAATC 1956
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1871 TCCAGCAGTAGACGGCCCAGATCTCCTATGATGCCTTTCCCTTTGCTGTTCAAAGCAATC 1930
Query 1957 TCGAGCAAAATTGCTCGTAAAGACATGGATTTGATAAT-TGCTGGTTACCAGGAACTCAG 2015
|| | ||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 TCAACCAAAATTGCCCGGAAAGACATGGATTTGATT-TCTGCTGGTTACCAGGAACTCAG 1989
Query 2016 GGAGAAGAAGGTGTCGAGAAAGGAATTTTATAAGACGCTGAGTATGATTGTAGGAGATGA 2075
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1990 GGAGAAGAAGGTGTCGAGAAAGGAATTTTACAAGACGCTGAGGGTGATTGTAGGAGATGA 2049
Query 2076 TGATCTGCTGATATCTACAATAACAGGCCTTCAAAGGAGTTTGGGTTAGATTAATGTGTC 2135
||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2050 TGATCTGCTGAAATCCACCATAACAAGCCTTCAAAGGAGTTTGGGTTAGAGTAATGTGTC 2109
Query 2136 GACTTCTCTTTGCTGTCGTGAAACCTTAATAGTTTGGATTACGACAAACGTGACTTGATC 2195
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 2110 GACTTCTCTTTGCTGTCGTGAAACCTTAATAATTTAGATTACGACAAACCTGACTTGGTC 2169
Query 2196 TTTAGAAACTTAGTAGTAGTACTGTTATATTTACTCTTTTGGTGAAACTAGTCTCCATTA 2255
||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2170 TTTAGGAACTTAGTAGTA-T--TGTTATATTTACTCTT--GGTGAAACTAGTCTTCATTG 2224
Query 2256 TCCTGTTTTTCTTTACTTGGAATCAAAGAGTCTTTTATTGATC 2298
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2225 TCCTGTTTTTCCTTATTTGGAATCAAAGAGTCTTTTATTCATC 2267
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86579126885
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5